PhagesDB
Die Actinobacteriophage Database, kurz auch als PhagesDB bezeichnet, ist eine Website und Datenbank, die Informationen über die Entdeckung, Charakterisierung und Genomik von Viren sammelt und zur Verfügung stellt, die bevorzugt Aktinobakterien-wirte. Sie dient damit dem Vergleich dieser Bakterienviren (Bakteriophagen) und ihrer Genom-Eigenschaften. Die Datenbank enthält derzeit (Stand 1. November 2023) Informationen über mehr fast 24.000 Bakteriophagen, darunter über 2.400 mit (teil-)sequenziertem Genom.[3][4][5][3]
Die PhagesDB-Daten können von frei eingesehen werden. Die Website bietet dabei verschiedene Möglichkeiten, die grundlegenden Daten abzurufen.[6][7]
Der Actinobacteriophagen-Forschung steht mit PhagesDB eine Datenbank zur Verfügung, in die sie ihre Ergebnisse zur Analyse und weiteren Forschung einstellen kann.[8][9] Zudem steht eine Programmierschnittstelle (Application Programming Interface, API) zur Verfügung.[10]
PhagesDB enthält auch Daten zu Phagenspezies und -gruppen, die vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) noch nicht offiziell bestätigt wurden, und zudem Daten zu Phagen, für die bislang noch keine Veröffentlichung vorliegt.[11]
Beschreibung und Geschichte
BearbeitenDie Actinobacteriophage Database (PhagesDB) wurde im April 2010 gestartet. Sie ist am Pittsburgh Bacteriophage Institute an der University of Pittsburgh beheimatet. Zu ihr gehört auch die Organisation SEA-PHAGES (Science Education Alliance-Phage Hunters Advancing Genomics and Evolutionary Science).[4]
Die Erstellung der PhagesDB-Website erfolgte mit dem Python-Framework Django.[12][3][4]
PhagesDB hat individuelle Seiten für jeden Phagen (d. h. Stamm) in der Datenbank. Außerdem gibt es die Möglichkeit, Phagen-Genome zu vergleichen. PhagesDB kann für diesen Zweck zwar allein verwendet werden, ist aber genauer, wenn sie in zusammen mit anderen Bioinformatik-Websites wie NCBI BLAST verwendet wird.[3]
Darüber hinaus gibt es viele verschiedene Möglichkeiten, Gruppen von Phagen (z. B. Taxa oder Cluster) zu betrachten und zu analysieren.[13][14] PhagesDB verfügt per Integration mit Phamerator[15] auch über Details über kodierte Aminosäuren-Sequenzen zu seinen Phagengenomen (Proteome).[16]
Weblinks und Literatur
Bearbeiten- The Actinobacteriophage Database at PhagesDB.org. Homepage.
- Phamerator find and share the story of your bacteriophage. Homepage.
- Welcome to the MPI Bioinformatics Toolkit. Max-Planck-Institut für Biologie Tübingen.
- Glossary. Auf: The Actinobacteriophage Database at PhagesDB.org
- Graham F. Hatfull, Gary J. Sarkis: DNA sequence, structure and gene expression of mycobacteriophage L5: a phage system for mycobacterial genetics. In: Molecular Microbiology. 7. Jahrgang, Nr. 3, Februar 1993, S. 395–405, doi:10.1111/j.1365-2958.1993.tb01131.x, PMID 8459766 (englisch).
- Marisa L. Pedulla, Michael E. Ford, Jennifer M. Houtz, Tharun Karthikeyan, Curtis Wadsworth, John A. Lewis, Debbie Jacobs-Sera, Jacob Falbo, Joseph Gross, Nicholas R. Pannunzio, William Brucker, Vanaja Kumar, Jayasankar Kandasamy, Lauren Keenan, Svetsoslav Bardarov, Jordan Kriakov, Jeffrey G. Lawrence, William R. Jacobs Jr., Roger W. Hendrix, Graham Fl Hatfull: Origins of highly mosaic mycobacteriophage genomes. In: Cell. 113. Jahrgang, Nr. 2, 18. April 2003, S. 171–182, doi:10.1016/S0092-8674(03)00233-2, PMID 12705866 (englisch).
Einzelnachweise
Bearbeiten- ↑ NCBI Taxonomy Browser: Arthrobacter phage GantcherGoblin (species), Nucleotide: Arthrobacter phage GantcherGoblin, complete genome GenBank: ON970564.1; dazu: Arthrobacter phage GantcherGoblin, auf PhagesDB.
- ↑ J. J. Wheeler, Carina M. Carlos, Helen A. Cedzidlo, Xingfeiyang Liu, Massimo S. Modica, Izaiah D. Rhodes, Leah F. Truskinovsky: Complete Genome Sequence of Arthrobacter Phage GantcherGoblin Exhibits Both Conservation with Subcluster AU6 Phages and Genetic Novelty. In: Microbiology Resource Announcements, Band 11, Nr. 12, November 2022, S. e0077122; doi:10.1128/mra.00771-22, ResearchGate (englisch).
- ↑ a b c d Daniel A. Russell, Graham F. Hatfull: PhagesDB: the actinobacteriophage database. In: Bioinformatics. 33. Jahrgang, Nr. 5, 1. März 2017, ISSN 1367-4803, S. 784–786, doi:10.1093/bioinformatics/btw711, PMID 28365761, PMC 5860397 (freier Volltext) – (englisch).
- ↑ a b c The Actinobacteriophage Database - at PhagesDB.org. Homepage (englisch).
- ↑ Graham F. Hatfull, Marisa L. Pedulla, Deborah Jacobs-Sera, Pauline M. Cichon, Amy Foley, Michael E. Ford, Rebecca M. Gonda, Jennifer M. Houtz, Andrew J. Hryckowian, Vanessa A. Kelchner, Swathi Namburi, Kostandin V. Pajcini, Mark G. Popovich, Donald T. Schleicher, Brian Z. Simanek, Alexis L. Smith, Gina M. Zdanowicz, Vanaja Kumar, Craig L. Peebles, William R. Jacobs Jr., Jeffrey G. Lawrence, Roger W. Hendrix: Exploring the mycobacteriophage metaproteome: phage genomics as an educational platform. In: PLOS Genetics. 2. Jahrgang, Nr. 6, 9. Juni 2006, S. e92, doi:10.1371/journal.pgen.0020092, PMID 16789831, PMC 1475703 (freier Volltext) – (englisch).
- ↑ Data Downloads. In: The Actinobacteriophage Database (PhagesDB.org). (englisch).
- ↑ David I. Hanauer, Deborah Jacobs-Sera, Marisa L. Pedulla, Steven G. Cresawn, Roger W. Hendrix, Graham F. Hatfull: Inquiry learning. Teaching scientific inquiry. In: Science. 314. Jahrgang, Nr. 5807, 22. Dezember 2006, S. 1880–1881, doi:10.1126/science.1136796, PMID 17185586 (englisch).
- ↑ Graham F. Hatfull: Innovations in undergraduate science education: going viral. In: Journal of Virology. 89. Jahrgang, Nr. 16, 21. Juli 2015, S. 8111–8113, doi:10.1128/JVI.03003-14, PMID 26018168, PMC 4524241 (freier Volltext) – (englisch).
- ↑ Tuajuanda C. Jordan, Sandra H. Burnett, Susan Carson, Steven M. Caruso, Kari Clase, Randall J. DeJong, John J. Dennehy, Dee R. Denver, David Dunbar, Sarah C. R. Elgin, Ann M. Findley, Chris R. Gissendanner, Urszula P. Golebiewska, Nancy Guild, Grant A. Hartzog, Wendy H. Grillo, Gail P. Hollowell, Lee E. Hughes, Allison Johnson, Rodney A. King, Lynn O. Lewis, Wei Li, Frank Rosenzweig, Michael R. Rubin, Margaret S. Saha, James Sandoz, Christopher D. Shaffer, Barbara Taylor, Louise Temple, Edwin Vazquez, Vassie C. Ware, Lucia P. Barker, Kevin W. Bradley, Deborah Jacobs-Sera, Welkin H. Pope, Daniel A. Russell, Steven G. Cresawn, David Lopatto, Cheryl P. Bailey, Graham F. Hatfull: A broadly implementable research course in phage discovery and genomics for first-year undergraduate students. In: mBio. 5. Jahrgang, Nr. 1, 4. Februar 2014, S. e01051–e01013, doi:10.1128/mbio.01051-13, PMID 24496795, PMC 3950523 (freier Volltext) – (englisch).
- ↑ swagger – PhagesDB API. In: PhagesDB.org. (englisch).
- ↑ Terms of Use. In: The Actinobacteriophage Database (PhagesDB.org). (englisch).
- ↑ django | Get started with Django. In: www.djangoproject.com. (englisch).
- ↑ Filter Phage List. In: The Actinobacteriophage Database (PhagesDB.org). (englisch).
- ↑ Compare Phage Pictures. In: The Actinobacteriophage Database (PhagesDB.org). (englisch).
- ↑ Phamerator | find and share the story of your bacteriophage. In: Phamerator (phamerator.org). (englisch).
- ↑ Steven G. Cresawn, Matt Bogel, Nathan Day, Deborah Jacobs-Sera, Roger W. Hendrix, Graham F. Hatfull: Phamerator: a bioinformatic tool for comparative bacteriophage genomics. In: BMC Bioinform. 12. Jahrgang, 12. Oktober 2011, S. 395, doi:10.1186/1471-2105-12-395, PMID 21991981, PMC 3233612 (freier Volltext) – (englisch).