Die Bathyarchaeen sind eine Klade von Archaeen. Nach ursprünglichem Vorschlag galt diese Gruppe taxonomisch als Kandidatenphylum „Bathyarchaeota“,[1] in neueren Taxonomien fungiert sie aber als Kandidatenklasse Bathyarchaeia.[2][3] Diese Gruppe ist per Vorschlag ein nachträglich hinzugekommener Teil des „TACK-Superphylums“, so dass sein Anfangsbuchstabe ‚B‘ nicht in das zugehörige Akronym (‚TACK‘) einging.
Ca. Bathyarchaeia | ||||||||||||
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Systematik | ||||||||||||
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Wissenschaftlicher Name der Abteilung | ||||||||||||
Ca. Bathyarchaeota | ||||||||||||
Meng et al. 2014 | ||||||||||||
Wissenschaftlicher Name der Klasse | ||||||||||||
Ca. Bathyarchaeia | ||||||||||||
Khomyakova et al. 2023/ |
Obwohl es bisher nicht möglich war, Vertreter dieser Gruppe zu kultivieren, haben Metagenomanalysen ergeben, dass es sich um weit verbreitete Organismen handelt, die in nährstoffarmen Sedimenten des Meeresbodens reichlich vorkommen. Genetische Analysen haben ergeben, dass zumindest einige Linien der „Bathyarchaeota“ einen Stoffwechselweg der Homoacetogenese gehen, was bis dato ausschließlich bei Bakterien beobachtet wurde.[4]
Beschreibung
BearbeitenDie Bathyarchaeen sind anaerob und scheinen eine Schlüsselrolle im globalen Kohlenstoffkreislauf in terrestrischen und marinen anoxischen Sedimenten zu spielen. Einige Bathyarchaeen sind in der Lage, den archaealen Wood-Ljungdahl-Weg zu gehen, was auf eine Fähigkeit zur CO2-Fixierung durch Acetogenese hindeutet (zuvor nur bei Bakterien bekannt). Von Bedeutung ist, dass einige Vertreter Methanbildner sein könnten, d. h. sie sind anscheinend in der Lage, Methan aus Methanol, Methylsulfiden (Dimethylsulfid etc.) und methylierten Amine zu produzieren.[5]
Systematik
BearbeitenDie alten/veralteten Bezeichnungen wie MCG-6 weisen auf die frühere Zuordnung zum Phylum Crenarchaeota hin. Wo nicht anders angegeben, folgt die Systematik der List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN),[2] sowie der Genome Taxonomy Database (GTDB)[6] und der Taxonomie des National Center for Biotechnology Information (NCBI),[1] die Metagenomik ist nicht komplett wiedergegeben:
Superphylum „TACK“
- Phylum Thermoproteota Garrity & Holt 2021
- (Phylum) „Candidatus Bathyarchaeota“ Meng et al. 2014[1]
- Synonyme Terrestrical Miscellaneous Crenarchaeotal group, Miscellaneous Crenarchaeotal group, MCG, auch I.3 (veraltet)
- Klasse „Candidatus Bathyarchaeia“ McGonigle et al. 2019 bzw. Loh et al. 2021 oder Khomyakova et al. 2023[3]
- Synonyme Miscellaneous Crenarchaeotal group 6, MCG-6[3] (veraltet)
- Ordnung „Candidatus Baizomonadales“ Hou et al. 2023(P)
- Ordnung „Candidatus Bathyarchaeales“ Khomyakova et al. 2023
- Familie „Candidatus Bathyarchaeaceae“ Khomyakova et al. 2023
- Gattung „Candidatus Bathyarchaeum“ Khomyakova et al. 2023
- Spezies „Ca. Bathyarchaeum tardum“ Khomyakova et al. 2023
- Referenzstamm M17CTs alias M17C oder INSDC:CP122380
- Spezies „Ca. Bathyarchaeum tardum“ Khomyakova et al. 2023
- Gattung BA1(G)
- Spezies BA1 sp001399805(G)
- Synonym Ca. Bathyarchaeota archaeon BA1(N)
- Spezies BA1 sp001399805(G)
- Gattung BA2(G)
- Spezies BA2 sp001399795(G)
- Synonym Ca. Bathyarchaeota archaeon BA2(N)
- Spezies BA2 sp001399795(G)
- Gattung „Candidatus Bathyarchaeum“ Khomyakova et al. 2023
- Familie „Bathycorpusculaceae“ Loh & Brune 2023
- Synonym UBA233(G) – Gattung Termiticorpusculum syn. mit Bathycorpusculum
- Gattung „Bathycorpusculum“ Loh & Brune 2023
- Synonym PALSA-86 (NCBI, offenbar verschrieben für PALSA-986; siehe enthaltene Spezies)
- Synonym „[Hafrusarcha]“ (formal ergänzt nach Pallen et al. 2022, NCBI)
- Synonym „Ca. Termiticorpusculum“ Loh et al. 2021[A. 1]
- Synonym „Ca. Termitimicrobium“ Loh et al. 2021(N,G)[A. 1]
- Spezies „Ca. Bathycorpusculum acetigenerans“ Loh & Brune 2023
- Synonym „Ca. Hafrusarcha ugapana“ Pallen et al. 2022(N)
- Synonym PALSA-986 sp009781675(N)
- Synonym Termiticorpusculum sp009781675(G)
- Referenzstamm Emb289P1_bin127 alias Emb289P1bin127(N,G)
- Spezies „Bathycorpusculum acidaminoxidans“ [„Ca. Bathycorpusculum acidaminoxidans“ Loh & Brune 2023]
- Synonym „Ca. Hafrusarcha ecaria“ Pallen et al. 2022(N)
- Synonym PALSA-986 sp009787585(N)
- Synonym Termiticorpusculum sp009787585
- Referenzstamm Co191P4_bin18(N), Co191P4_bin18TS(L), Co191P3bin4(G)
- Spezies „Ca. Bathycorpusculum fermentans“ Loh & Brune 2023
- Synonym „Ca. Hafrusarcha emabaria“ Pallen et al. 2022(N)
- PALSA-986 sp009787175(N)
- Synonym Termiticorpusculum sp009787175(G)
- Referenzstamm Nc150P4bin1(G)
- Spezies „Ca. Bathycorpusculum grumuli“ Loh & Brune 2023
- Synonym „Ca. Hafrusarcha otegia“ Pallen et al. 2022(N)
- PALSA-986 sp009776805(N)
- Termiticorpusculum sp009776805(G)
- Referenzstamm Th196P4_bin19 alias Th196P4bin19(N,G)
- Spezies „Ca. Bathycorpusculum hydrogenotrophicum“ Loh & Brune 2023
- Synonym „Ca. Hafrusarcha upamia“ Pallen et al. 2022(N)
- PALSA-986 sp009783705(N)
- Termiticorpusculum sp009783705(G)
- Referenzstamm Lab288P3_bin169 alias Lab288P3bin169(N,G)
- Spezies „Ca. Bathycorpusculum soli“ Loh & Brune 2023
- Synonym PALSA-986 sp009783705(N)
- Synonym Termiticorpusculum sp009783705(G)
- Referenzstamm Pmx449_bin19(N), Lab288P3bin169(G)
- Spezies „Ca. Bathycorpusculum termitum“ Loh & Brune 2023
- Referenzstamm Cus372_bin2(N)
- Spezies „Ca. Bathycorpusculum terrae“ Loh & Brune 2023
- Synonym „Ca. Hafrusarcha icagaria“ Pallen et al. 2022
- Synonym PALSA-986 sp009779045(N)
- Synonym Termiticorpusculum sp009779045(G)
- Referenzstamm Lab288P3_bin115(N), Lab288P4bin25(G)
- Gattung SG8-32-3 (früher miscellaneous Crenarchaeota group-1, MCG-1)
- Spezies SG8-32-3 sp001273335(G)
- Synonym miscellaneous Crenarchaeota group-1 archaeon SG8-32-3(N)
- Spezies miscellaneous Crenarchaeota group-1 archaeon SG8-32-1(N)
- Spezies SG8-32-3 sp001273335(G)
- Gattung AD8-1 (früher miscellaneous Crenarchaeota group-6, MCG-6)
- Spezies AD8-1 sp001273385(G)
- Synonym miscellaneous Crenarchaeota group-6 archaeon AD8-1(N)
- Spezies AD8-1 sp001273385(G)
- Familie „Candidatus Bathyarchaeaceae“ Khomyakova et al. 2023
- Ordnung „Candidatus Hecatellales“ Adam et al. 2022
- Familie „Candidatus Hecatellaceae“ Adam et al. 2022
- Gattung „Candidatus Hecatella“ Adam et al. 2022
- Spezies „Ca. Hecatella orcuttiae“ Adam et al. 2022
- Referenzstamm JdFR-11(N,G)
- Spezies „Ca. Hecatella orcuttiae“ Adam et al. 2022
- Gattung EX4484-218(G)
- Spezies EX4484-218 sp002254975(G)
- Synonym Ca. Hecatellales archaeon ex4484_218(N)
- Synonym Ca. Candidatus Bathyarchaeota archaeon ex4484_218(N)
- Spezies EX4484-218 sp002254975(G)
- Gattung B25(G)
- Spezies B25 sp003662515(G)
- Synonym Ca. Bathyarchaeota archaeon B25(N)[A. 2]
- Spezies B25 sp003662515(G)
- Gattung „Candidatus Hecatella“ Adam et al. 2022
- Familie „Candidatus Hecatellaceae“ Adam et al. 2022
- Ordnung Ca. Houtuarculales(P)
- Synonym 40CM-2-53-6 [ord](G)[A. 3]
- Familie Candidatus Paludivitaceae[A. 4]
- Synonym BC38-41(P)
- Synonym FEN-987(G)
- Klade BC38(P)
- Spezies [Bathyarchaea sp. MBMAG202] (formal ergänzt)
- Referenzstamm MBMAG202(P)
- Spezies [Bathyarchaea sp. MBMAG504] (formal ergänzt)
- Referenzstamm MBMAG504(P)
- Spezies [Bathyarchaea sp. MBMAG202] (formal ergänzt)
- Klade BC39(P)
- Gattung FEN-987(G)
- Synonym BC40(P)
- Spezies FEN-987 sp003152955(G)
- Referenzstamm FEN-987(G) alias fen_987(P) oder fen_987[10]
- Klade BC41(P)
- ohne Familienzuordnung
- Klade BC42(P)
- Klade BC47(P)
- Ordnung Wuzhiqiibiales(P)
- Synonym TCS64(G)[A. 5]
- Familie B23(G)
- Gattung B23(G)
- Spezies B23 sp001593875(G)
- Synonym Ca. Bathyarchaeota archaeon B23(N)
- Spezies B23 sp001593875(G)
- Gattung B23(G)
- Familie PIYN01(G)
- Familie TCS64(G)
- ohne Familienzuordnung
- Klade BC24(P)
- Klade BC25(P)
- Klade BC29(P)
- Ordnung Zhuquarculales(P)
- Ordnung B24(G)
- Familie B24(G)
- Gattung B24(G)
- Spezies B24 sp001593865(G)
- Synonym Ca. Bathyarchaeota archaeon B24(N)[A. 2]
- Referenzstamm B24, Stamm B27_G17(G)
- Spezies B24 sp021161255(G)
- Referenzstamm AUK243(G)
- Spezies B24 sp001593865(G)
- Gattung B24(G)
- Familie B24(G)
- Ordnung EX4484-135(G)
- Familie EX4484-135(G)
- Gattung EX4484-135(G)
- Spezies EX4484-135 sp002255025(G)
- Synonym Ca. Bathyarchaeota archaeon ex4484_135(N)
- Referenzstamm ex4484_135(G)
- Spezies EX4484-135 sp011040545(G)
- Referenzstamm HyVt-157(G)
- Spezies EX4484-135 sp002255025(G)
- Gattung EX4484-135(G)
- Familie EX4484-135(G)
- Ordnung JAPDIZ01(G)
- Familie JAPDIZ01(G)
- Gattung JAPDIZ01(G)
- Spezies JAPDIZ01 sp029259355(G)
- Referenzstamm S4B2_HD70(G)
- Spezies JAPDIZ01 sp029259355(G)
- Gattung JAPDIZ01(G)
- Ordnung RBG-16-48-13(G)
- Familie GCA-020345945(G)
- Gattung GCA-020345945(G)
- Spezies GCA-020345945 sp020345945(G)
- Referenzstamm bin22(G,P)[19]
- Spezies GCA-020345945 sp020345945(G)
- Gattung GCA-020345945(G)
- Familie GCA-020355125(G)
- Gattung GCA-020355125(G)
- Spezies GCA-020355125 sp020355125(G)
- Referenzstamm bin796(G,P)
- Spezies GCA-020355125 sp020355125(G)
- Gattung GCA-020355125(G)
- Familie RBG-16-48-13(G)
- Gattung RBG-16-48-13(G)
- Spezies RBG-16-48-13 sp001775995(G)
- Synonym Ca. Bathyarchaeota archaeon RBG_16_48_13(N)
- Referenzstamm RBG_16_48_13(G,N)
- Spezies RBG-16-48-13 sp001775995(G)
- Gattung RBG-16-48-13(G)
- Familie GCA-020345945(G)
- (Phylum) „Candidatus Bathyarchaeota“ Meng et al. 2014[1]
Mitglieder der Bathyarchaeen ohne nähere Zuordnung:
- Klade: miscellaneous Crenarchaeota group-15 (MCG-15)
- Spezies: miscellaneous Crenarchaeota group-15 archaeon DG-45(N)
- Klade: miscellaneous Crenarchaeota group-15 (MCG-15)
- (G) – Genome Taxonomy Database (GTDB)[6]
- (L) – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)[2]
- (N) – Taxonomie des National Center for Biotechnology Information (NCBI)[1][3]
- (P) – Pavia et al. (2024)[9]
Anmerkungen
Bearbeiten- ↑ a b ein Synonym gemäß NCBI; in der LPSN aber eine nicht näher zugeordnete Gattung der Bathyarchaeia
- ↑ a b Spezies Ca. Hecatellales archaeon B24 (syn. Ca. Bathyarchaeota archaeon B25) - offenbar Fehleintrag bei NCBI
- ↑ Die Synonymisierung der GTDB-Ordnung 40CM-2-53-6 mit Ca. Houtuarculales erfolgt über das Mitglied FEN-987 alias fen-987 oder fen_987.
- ↑ BC steht für Bathyarchaeia clade; der vorgeschlagene Familienname Paludivitaceae leitet sich ab von lateinisch palus ‚Sumpf‘ oder ‚Moor‘ und vita ‚Leben‘, versehen mit dem Familiensuffix.[9] Die Synonymisierung der GTDB-Familie FEN-987 mit Ca. Paludivitaceae erfolgt über das Mitglied FEN-987 alias fen-987 oder fen_987.
- ↑ Die Synonymisierung der GTDB-Ordnung TCS64 mit Wuzhiqiibiales erfolgt über das Mitglied UBA8941.
- ↑ Die Synonymisierung der GTDB-Gattung UBA8941 mit der Klade BC27 erfolgt über das Mitglied RBG_13_52_12 [archaeon].
Einzelnachweise
Bearbeiten- ↑ a b c d NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Bathyarchaeota, Details: Bathyarchaeota Meng et al. 2014 (phylum; alias MCG, Terrestrial Miscellaneous Crenarchaeotic Group); graphisch: Candidatus Bathyarchaeota, auf: Lifemap, NCBI Version.
- ↑ a b c LPSN: Phylum "Candidatus Bathyarchaeota", Class "Candidatus Bathyarchaeia".
- ↑ a b c d NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Bathyarchaeia, Details: "Candidatus Bathyarchaeia" Khomyakova et al. 2023 (class; homotypic synonym: "Candidatus Bathyarchaeia" Loh et al. 2021, common name: MCG-6).
- ↑ Y. He, M. Li, V. Perumal, X. Feng, J. Fang, J. Xie, S. M. Sievert, F. Wang: Genomic and enzymatic evidence for acetogenesis among multiple lineages of the archaeal phylum Bathyarchaeota widespread in marine sediments. In: Nature Microbiology, Band 1, Nr. 16035, 4. April 2016; doi:10.1038/nmicrobiol.2016.35 (englisch).
- ↑ Cindy J. Castelle, Jillian F. Banfield: Major New Microbial Groups Expand Diversity and Alter our Understanding of the Tree of Life. In: Cell Perspective, Band 172, Nr. 6, S. 1181–1197, 8. März 2018; doi:10.1016/j.cell.2018.02.016 (englisch).
- ↑ a b GTDB: Bathyarchaeia
- ↑ NCBI Nucleotide: MAG TPA_asm: Candidatus Bathyarchaeota archaeon isolate UWMA-0236, …. Accession: DTZB01000000.
- ↑ NCBI Nucleotide: Bathyarchae* B29_G1.
- ↑ a b
Michael J. Pavia, Arkadiy I. Garber, Sarah Avalle, Franco Macedo-Tafur, Rodil Tello-Espinoza, Hinsby Cadillo-Quiroz: Functional insights of novel Bathyarchaeia reveal metabolic versatility in their ro​:le in peatlands of the Peruvian Amazon. In: Environmental Microbiology, Band 12, Nr. 12, 14. November 2024; doi:10.1128/spectrum.00387-24 (englisch). Siehe insbes. Fig. 1. Dazu:
- aai_scores.upper_triangle.csv (github.com).
- Pavia_asu_0010E_24088.pdf (asu.edu).
- Scientists Uncover Bizarre Microbes That Could Rewrite Earth’s Climate Story. In: SciTechDaily vom 29. Januar 2025.
- ↑ NCBI Nucleotide: MAG: Candidatus Bathyarchaeota archaeon isolate fen_987 …. Accession: PMBQ00000000.
- ↑ a b NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Bathyarchaeota archaeon RBG_13_52_12 (species). Nucleotide: archaeon RBG_13_52_12.
- ↑ a b NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Bathyarchaeota archaeon TCS64 (species). Nucleotide: archaeon TCS64.
- ↑ a b NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Bathyarchaeota archaeon RBG_13_60_20 (species). Nucleotide: archaeon RBG_13_60_20.
- ↑ a b NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Bathyarchaeota archaeon RBG_16_57_9 (species). Nucleotide: archaeon RBG_16_57_9.
- ↑ NCBI Nucleotide: Bathyarchae* archaeon bin91. Treffer: bin91 (China) und Hel238.bin91 (Helgoland).
- ↑ NCBI Nucleotide: MAG: Candidatus Bathyarchaeota archaeon isolate Hel238.bin100, …. Accession: JAEHCV000000000 (Helgoland).
- ↑ NCBI Nucleotide: Bathyarchae* B42_G17.
- ↑ NCBI Nucleotide: Bathyarchae* B13_G2.
- ↑ NCBI Nucleotide: MAG: Candidatus Bathyarchaeota archaeon isolate bin22 ….