6-Carboxyfluorescein (6-FAM) ist ein Fluoreszenzfarbstoff mit einer Absorptionswellenlänge von 495 nm und einer Emissionswellenlänge von 517 nm.[1] Er kann sowohl in die Gruppe der Triphenylmethanfarbstoffe, als auch der Xanthenfarbstoffe eingeordnet werden. 6-FAM findet Verwendung in der Sequenzierung von Nukleinsäuren und in der Markierung von Nukleotiden.
| Strukturformel | |||||||||||||||||||
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| Allgemeines | |||||||||||||||||||
| Name | 6-Carboxyfluorescein | ||||||||||||||||||
| Andere Namen |
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| Summenformel | C21H12O7 | ||||||||||||||||||
| Kurzbeschreibung |
roter Feststoff[1] | ||||||||||||||||||
| Externe Identifikatoren/Datenbanken | |||||||||||||||||||
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| Eigenschaften | |||||||||||||||||||
| Molare Masse | 376,32 g·mol−1 | ||||||||||||||||||
| Aggregatzustand |
fest | ||||||||||||||||||
| Schmelzpunkt | |||||||||||||||||||
| Löslichkeit | |||||||||||||||||||
| Sicherheitshinweise | |||||||||||||||||||
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| Soweit möglich und gebräuchlich, werden SI-Einheiten verwendet. Wenn nicht anders vermerkt, gelten die angegebenen Daten bei Standardbedingungen (0 °C, 1000 hPa). | |||||||||||||||||||
Die häufig anzutreffende Bezeichnung FAM ist nicht korrekt, trägt aber der Tatsache Rechnung, dass das kommerziell erhältliche Produkt aus den beiden Isomeren 5-FAM und 6-FAM besteht.[3]
Verwendung
BearbeitenBei der quantitativen Analyse von Nukleinsäuren mittels Real-Time-PCR wird das Phosphoramidit-Derivat 6-FAM-phosphoramidit eingesetzt. Bei diesem sind neben der Einführung des Phosphoramiditrestes die Hydroxygruppen von 6-FAM an den Positionen 3′ und 6′ mit Dimethylpropansäure verestert. Womit sich die Absorptions- und Emissionswellenlängen von 6-FAM-phosphoramidit und 6-Carboxyfluorescein unterscheiden.
Ein weiteres bekanntes Derivat von 6-Carboxyfluorescein ist sein Succinimidylester,[4] das die gleiche Anwendung findet, wie das Phosphoramidit, im Gegensatz zu diesem aber wie 6-FAM eine Absorptionswellenlänge von 495 nm und einer Emissionswellenlänge von 517 nm besitzt.[5]
Eigenschaften
BearbeitenNeben der offenen Carbonsäureform existiert, ebenso wie beim Fluorescein, die Spiro-Lacton-Form als Tautomer:
Tautomerie
Einzelnachweise
Bearbeiten- ↑ a b c Eintrag zu 6-FAM bei Anaspec, abgerufen am 23. Oktober 2016.
- ↑ a b c Datenblatt 6-Carboxyfluorescein, ~97% (HPLC) bei Sigma-Aldrich, abgerufen am 27. Oktober 2016 (PDF).
- ↑ Eintrag zu 6-Carboxyfluorescein in der ChemIDplus-Datenbank der United States National Library of Medicine (NLM) (Seite nicht mehr abrufbar)
- ↑ M. Adamczyk, J. R. Fishpaugh, K. J. Heuser: Preparation of succinimidyl and pentafluorophenyl active esters of 5- and 6-carboxyfluorescein. In: Bioconjug. Chem. 1997, 8 (2), S. 253–255. PMID 9095369.
- ↑ Eintrag zu 6-FAM, SE bei Anaspec, abgerufen am 23. Oktober 2016.
Literatur
Bearbeiten- J. W. Brandis: Dye structure affects Taq DNA polymerase terminator selectivity. In: Nucleic Acids Res. 27(8), 1999, S. 1912–1918. PMID 10101201. (PDF)
- J. A. Jordan u. a.: TaqMan-based detection of Trichomonas vaginalis DNA from female genital specimens. In: J. Clin. Microbiol. 39(11), 2001, S. 3819–3822. PMID 11682492. PDF