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Datei:Maximum Likelihood -Tree-of-Aleurobotrys and related Taxa.svg

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Beschreibung

Figure. Figure. Molecular Phylogenetic analysis of Aleurobotrys and related Taxa by Maximum Likelihood method
The evolutionary history was inferred by using the Maximum Likelihood method based on the Kimura 2-parameter model [1]. The tree with the highest log likelihood (-3361.7056) is shown. The percentage of trees in which the associated taxa clustered together is shown next to the branches. A user-specified tree was used as an initial tree in the heuristic search. A discrete Gamma distribution was used to model evolutionary rate differences among sites (5 categories (+G, parameter = 0.5290)). The rate variation model allowed for some sites to be evolutionarily invariable ([+I], 69.0768% sites). The tree is drawn to scale, with branch lengths measured in the number of substitutions per site. The analysis involved 20 nucleotide sequences. All positions with less than 95% site coverage were eliminated. That is, fewer than 5% alignment gaps, missing data, and ambiguous bases were allowed at any position. There were a total of 1171 positions in the final dataset. Evolutionary analyses were conducted in MEGA6 [2]


1. Kimura M. (1980). A simple method for estimating evolutionary rate of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. Journal of Molecular Evolution 16:111-120.
2. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., and Kumar S. (2013). MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution30: 2725-2729.

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aktuell20:53, 2. Sep. 2014Vorschaubild der Version vom 20:53, 2. Sep. 2014370 × 476 (19 KB)Thkgk{{Information |Description=Figure. Figure. '''Molecular Phylogenetic analysis of ''Aleurobotrys'' and related Taxa by Maximum Likelihood method '''<br/> The evolutionary history was inferred by using the Maximum Likelihood method based on the Kimura 2...

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