EcoRI ist ein Enzym aus der Familie der Nukleasen. Es war die erste Nuklease I aus dem Stamm R von Escherichia coli. Es findet insbesondere in der Molekularbiologie Anwendung als Restriktionsenzym. Das Enzym besteht aus einem Homodimer und schneidet doppelsträngige DNA innerhalb der palindromischen Erkennungssequenz unter Bildung eines 5'-Überhangs wie folgt:
| EcoRI | ||
|---|---|---|
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| Bändermodell mit DNA nach PDB 1QPS | ||
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Vorhandene Strukturdaten: 1ckq, 1cl8, 1eri, 1qc9, 1qps, 1qrh, 1qri, 2oxv | ||
| Masse/Länge Primärstruktur | 276 Aminosäuren | |
| Sekundär- bis Quartärstruktur | Homodimer | |
| Kofaktor | 2 Mg2+ | |
| Bezeichner | ||
| Externe IDs | ||
| Enzymklassifikation | ||
| EC, Kategorie | 3.1.21.4, Restriktionsenzym | |
| Reaktionsart | Hydrolyse | |
| Substrat | GAATTC (dDNA) | |
| Vorkommen | ||
| Homologie-Familie | ECOR1 | |
| Übergeordnetes Taxon | Proteobakterien | |
| Erkennungssequenz | Restriktionsschnitt |
|---|---|
5'-GAATTC-3' 3'-CTTAAG-5' |
5'-G AATTC-3' 3'-CTTAA G-5' |
Diese Ausbildung eines 4-Basen-Überhangs („sticky ends“) wird in der Molekularbiologie bei der erleichterten Ligation von DNA-Fragmenten ausgenutzt. Unter bestimmten Bedingungen zeigt EcoRI eine verminderte Selektivität für die Erkennungssequenz (Star-Aktivität).