B-DNA

B-DNA ist eine der möglichen Doppelhelix-Strukturen von DNA.

Seitenansicht und Obenansicht von A-, B- und Z-DNA

Eigenschaften

B-DNA ist eine rechtsgängige doppelsträngige DNA-Doppelhelix, die im Vergleich zur A-Form entspannter ist und deren Nukleinbasen orthogonal zur Helixachse ausgerichtet sind. B-DNA ist die unter physiologischen Bedingungen typisch vorliegende Form doppelsträngiger DNA, z. B. bei Chromosomen in Zellen. Andere DNA-Strukturen sind z. B. A-DNA, Z-DNA, hairpin, triplex, cruciform, left-handed Z-form, tetraplex und A-motif. Aufgrund der entspannteren Form besitzt B-DNA im Vergleich zu A-DNA eine kleinere Anzahl an Nukleinbasen pro Windung der Helix, eine flachere große Furche, eine tiefere kleine Furche und ist um etwa 30 % länger pro Windung.

Doppelsträngige DNA-Strukturen (dsDNA)

B-DNA

Helixachse (gelbe Punkte) in Bezug auf Guanosin-Cytidin-Basenpaarungen bei A-, B- und Z-DNA

Basenpaargeometrien

Geometrie	A-Form	B-Form	Z-Form
Helix-Drehrichtung	rechtsgängig	rechtsgängig	linksgängig
Wiederholungseinheit	1 bp	1 bp	2 bp
Rotation/bp	33,6°	34,6°	60°/2
bp/Windung	11	10,4	12
Inklination der bp zur Achse	+19°	−1,2°	−9°
Länge/bp entlang der Achse	2,4 Å (0,24 nm)	3,4 Å (0,34 nm)	3,7 Å (0,37 nm)
Länge/Windung	24,6 Å (2,46 nm)	33,2 Å (3,32 nm)	45,6 Å (4,56 nm)
Biegung (propeller twist)	+18°	+16°	0°
Glycosylwinkel	anti	anti	Pyrimidin: anti, Purin: syn
Phosphatabstand	5,9 Å	7,0 Å	C: 5,7 Å, G: 6,1 Å
Glycosylflexibilität (sugar pucker)	C3’-endo	C2'-endo	C: C2'-endo, G: C3’-endo
Durchmesser	23 Å (2,3 nm)	20 Å (2,0 nm)	18 Å (1,8 nm)

Literatur

• E. Girard, T. Prangé, A. C. Dhaussy, E. Migianu-Griffoni, M. Lecouvey, J. C. Chervin, M. Mezouar, R. Kahn, R. Fourme: Adaptation of the base-paired double-helix molecular architecture to extreme pressure. In: Nucleic acids research. Band 35, Nummer 14, 2007, S. 4800–4808, doi:10.1093/nar/gkm511, PMID 17617642, PMC 1950552 (freier Volltext).
• P. Cysewski: The post-SCF quantum chemistry characteristics of inter- and intra-strand stacking interactions in d(CpG) and d(GpC) steps found in B-DNA, A-DNA and Z-DNA crystals. In: Journal of molecular modeling. Band 15, Nummer 6, Juni 2009, S. 597–606, doi:10.1007/s00894-008-0378-9, PMID 19039609.

Weblinks

• Nucleic Acid Nomenclature (englisch).