Benutzer:Dirk123456/Baustellenbaustelle 001/Baustelle-2/Baustelle-2.16
| DNA-Methyltransferasen | ||
|---|---|---|
| Enzymklassifikation | ||
| EC, Kategorie | 2.1.1.72 | |
| Reaktionsart | Methylierung | |
| Substrat | Nukleotide | |
| Produkte | Methylnukleotide | |
| DNA-Methyltransferasen | ||
|---|---|---|
| Enzymklassifikation | ||
| <a href="/wiki/EC-Nummer" title="EC-Nummer">EC, Kategorie</a> | <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.brenda-enzymes.org/php/result_flat.php4?ecno=2.1.1.72">2.1.1.72</a> | |
| Reaktionsart | <a href="/wiki/Methylierung" title="Methylierung">Methylierung</a> | |
| Substrat | <a href="/wiki/Nukleotide" title="Nukleotide">Nukleotide</a> | |
| Produkte | Methylnukleotide | |
| DNA-Methyltransferasen | ||
|---|---|---|
| Enzymklassifikation | ||
| [[EC-Nummer|EC, Kategorie]] | [https://www.brenda-enzymes.org/php/result_flat.php4?ecno=2.1.1.72 2.1.1.72] | |
| Reaktionsart | [[Methylierung]] | |
| Substrat | [[Nukleotide]] | |
| Produkte | Methylnukleotide | |
| DNA-Methyltransferasen | ||
|---|---|---|
| Enzymklassifikation | ||
| EC, Kategorie | 2.1.1.72 | |
| Reaktionsart | Methylierung | |
| Substrat | Nukleotide | |
| Produkte | Methylnukleotide | |
Weggelassen: infobox wikitable, id="Vorlage_Infobox_Protein", summary="Infobox Protein"
| DNA-Methyltransferasen | ||
|---|---|---|
| Enzymklassifikation | ||
| EC, Kategorie | 2.1.1.72 | |
| Reaktionsart | Methylierung | |
| Substrat | Nukleotide | |
| Produkte | Methylnukleotide | |
Zur Referenzversion am 14. Oktober 2019: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=Benutzer:Dirk123456/Baustellenbaustelle_001/Baustelle-2/Baustelle-2.16&oldid=193119856
Einleitung
BearbeitenDie Baustelle 2.16 beschäftigt sich in erster Linie mit den Artikeln DNA-Methyltransferasen und DNA-Methylierung. Den Hintergrund bildet die Benennung und Einteilung von DNA-Methyltransferasen.
Die Baustelle 2.16 wurde am 29. September 2019 angelegt und ihr erster Inhalt (29. September 2019 um 15:06 Uhr, https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=Benutzer:Dirk123456/Baustellenbaustelle_001/Baustelle-2/Baustelle-2.16&oldid=192704422) bezog sich auf den Artikel DNA-Methyltransferasen, Version vom 15. April 2019 um 05:01 Uhr (https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=DNA-Methyltransferasen&oldid=187579075).
- 2 Thema Infobox Protein
- Versuche mit der Vorlage Infobox Protein. Hinweis auf ergänzenden Text, den die Vorlage nicht liefert.
- 3 Die Schreibweisen von "de novo" und "maintenance" im Englischen und im Deutschen
- Recherche zu den Schreibweisen. Diskussionsbeitrag unter Diskussion:DNA-Methyltransferasen. Änderungen in einem Abschnitt.
- 4 Entwurf: Einteilung nach dem Methylierungszustand der DNA (Wartung und de novo)
- Ausgiebige Recherche zu den De-novo- und Wartungsmethylasen, mehrere Literaturtabellen. (Bisher lediglich zwei Zitate angewendet, 2019-10-14).
- 5 Schreibweisen für Nukleinbasen und Enzyme
- Ausgiebige Betrachtung zu den Hervorhebungen (kursiv und hochgestellt) in der wissenschaftlichen Literatur und einer möglichen Umsetzung ins Deutsche. Dabei spielen die „Hervorhebung der Hervorhebungen“ (z. B. durch <code>...</code>) und die Anwendung in Referenzlisten eine Rolle.
- 6 Andere Sachen
- Experimente mit Formatierungen. Nutzung von ASCII in der Wikipedia. Vorbereitung eines Diskussionsbeitrags (Antwort an mich selbst).
- 7 Anmerkungen
- Experimente mit Formatierungen. Rahmenfarben, Hintergründe usw. wirken sich nicht immer zuverlässig auf die Anwendung in Referenzlisten aus.
- 8 Einzelnachweise
- Liste der Einzelnachweise. Die meisten Referenzen haben Namen der Form name=":1". Einige Referenzen haben echte Namen, z. B. name="Blow_etal2016", um mit dem Artikel DNA-Methylierungen kompatibel zu sein.
Thema Infobox Protein
BearbeitenIn der jetzigen Version (heute: 2019-09-29) erzeugt die Vorlage "Infobox Protein" für die Parameter "EC-Nummer=" und "Kategorie=" eine einzelne Tabellenzeile, in der die Parameter und die Werte jeweils durch ein Komma getrennt werden.
Da in der Proteingruppe mehrere EC-Nummern für DNA-Methyltransferasen vergeben wurden (EC 2.1.1.72; EC 2.1.1.113; EC 2.1.1.37), aber nicht alle 2.1.1.-Nummern DNA-Methyltransferasen sind, steht ein nicht sichtbarer Kommentar als Ersatz für den Wert zu EC-Nummer=. Dadurch entsteht in der Browseransicht ein einzelnes, am Anfang stehendes Komma in der zweiten Spalte der Infobox.
Ich dachte nun, statt des nicht sichtbarer Kommentars (<!--2.1.1.- -->) oder einer einzelnen EC-Nummer, einen sichtbaren Kommentar als Wert des Paramers zu übergeben; etwa in dieser Art: |EC-Nummer=Gruppe von Enzymen mit mehreren EC-Nummern (EC 2.1.1.72; EC 2.1.1.113; EC 2.1.1.37).
Nach einer Reihe von Experimenten stellte ich folgendes fest:
- Der Wert erscheint in der Browseransicht, wenn er exakt aus einem Wort besteht;
- Der Wert erscheint teilweise verdoppelt in der Browseransicht, wenn er aus mehreren Wörtern besteht.
Im Falle mehrerer Wörter wird das erste Wort von der ursprünglichen Zeichenkette abgeschnitten und an diesen String die gesamte ursprünglichen Zeichenkette (ohne Verschnitt) angehängt.
Außerdem werden für die Browseransicht Verknüpfungen vorgenommen:
- Ein Wort: <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.brenda-enzymes.org/php/result_flat.php4?ecno=ErstesWort">ErstesWort</a>
- Mehrere Wörter, z. B. drei: <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.brenda-enzymes.org/php/result_flat.php4?ecno=ErstesWort">ZweitesWort DrittesWort ErstesWort ZweitesWort DrittesWort</a>
Am Ende macht nur die Verwendung einer gültigen EC-Nummer ohne Zusätze Sinn:
- <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.brenda-enzymes.org/php/result_flat.php4?ecno=2.1.1.72">2.1.1.72</a>
Insofern eignet sich die Vorlage "Infobox Protein" nur bedingt für Proteingruppen. Auch die Tatsache, das es sich um eine Gruppe handelt (Mehrzahl), deren Mitglieder einer Kategorie angehören (Einzahl) wirkt unrund: "DNA-Methyltransferasen ... EC, Kategorie | , Methyltransferase".
Ein weiteres Experiment bestand darin, den Parameter "EC-Nummer=" ganz wegzulassen. Da in der Vorlage:Infobox Protein, der Parameter "Kategorie" mit Wert bestehen blieb (|Kategorie=Methyltransferase), hat das keine Veränderung ergeben. Der Grund dürfte sein, dass "Kategorie" ein Parameter vom Typ "Inhalt" ist, der automatisch einen Parameter vom Typ "Zeile" anfordert, nämlich "EC-Nummer". (Hilfe:TemplateData/Anwendung#Zeile und Hilfe:TemplateData/Anwendung#Inhalt).
Unter Vorlage:Infobox_Protein#Parameter-Details wird dazu folgendes angegeben:
| Parameter | Beschreibung | Möglicher Wert |
|---|---|---|
| EC-Nummer | (Enzyme) EC-Nummer des Enzyms | 2.1.1.14 |
| Kategorie | (Enzyme) Link auf Enzym-Kategorie | [[Hydrolasen]] |
Daher wurden testweise auch beide Enzym-Parameter ("EC-Nummer" und "Kategorie") weggelassen. Allerdings sind dann nur noch drei Parameter übrig: "Reaktionsart", "Substrat" und "Produkte".
Anwendung der Parameter
Bearbeiten1: Ursprüngliche Infobox Protein (am 29.9.2019); 2: |Kategorie=Methyltransferase weggelassen; 3: Alle leeren Parameter weggelassen. In der dritten Spalte steht eine „Abschrift“ als Wikipedia-Tabelle.
| Wikitext | Auswirkung | Als Tabelle | |||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | {{Infobox Protein|Name=DNA-Methyltransferasen |Bild= |EC-Nummer=<!--2.1.1.- --> |CAS= |Kategorie=Methyltransferase |Reaktionsart=[[Methylierung]] |Substrat=[[Nukleotide]] |Produkte=Methylnukleotide }} |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||
| 2 | {{Infobox Protein |Name=DNA-Methyltransferasen |Kategorie=Methyltransferase |Reaktionsart=[[Methylierung]] |Substrat=[[Nukleotide]] |Produkte=Methylnukleotide }} |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||
| 3 | {{Infobox Protein|Name=DNA-Methyltransferasen
|
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||
Allerlei zur Infobox Protein
Bearbeiten(https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=DNA-Methyltransferasen&oldid=187579075; 15. April 2019 um 05:01 Uhr)
etwa folgendes: "EC, Kategorie | , Methyltransferase" (als Separator der Tabellenspalten dient hier "|" ). Würde man nun (EC 2.1.1.72; EC 2.1.1.113; EC 2.1.1.37)
{{Infobox Protein
|Name=DNA-Methyltransferasen
|Bild=
|EC-Nummer=<!--2.1.1.- -->
|CAS=
|Kategorie=Methyltransferase
|Reaktionsart=[[Methylierung]]
|Substrat=[[Nukleotide]]
|Produkte=Methylnukleotide
}}
|EC-Nummer=xxx
| DNA-Methyltransferasen | |
|---|---|
| Enzymklassifikation | |
| EC, Kategorie | xxx |
| Reaktionsart | Methylierung |
| Substrat | Nukleotide |
| Produkte | Methylnukleodide |
|EC-Nummer=<!--2.1.1.- -->
| DNA-Methyltransferasen | |
|---|---|
| Enzymklassifikation | |
| EC, Kategorie | xxx |
| Reaktionsart | Methylierung |
| Substrat | Nukleotide |
| Produkte | Methylnukleodide |
|EC-Nummer=
| DNA-Methyltransferasen | |
|---|---|
| Enzymklassifikation | |
| EC, Kategorie | , Methyltransferase |
| Reaktionsart | Methylierung |
| Substrat | Nukleotide |
| Produkte | Methylnukleodide |
| DNA-Methyltransferasen | |
|---|---|
| Enzymklassifikation | |
| Reaktionsart | Methylierung |
| Substrat | Nukleotide |
| Produkte | Methylnukleodide |
Acht Tests A bis H
Bearbeiten| Wikitext | Auswirkung | ||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| {{Infobox Protein |Name=DNA-Methyltransferasen |Bild= ---1--- {{Infobox Protein
|Name = DNA-Methyltransferasen
|Bild =
|CAS =
|EC-Nummer = xxx
|Kategorie = Methyltransferase
|Reaktionsart = [[Methylierung]]
|Substrat = [[Nukleotide]]
|Produkte = Methylnukleotide
}}
|
|
Der EC-Nummer-freie String wird einfach hingeschrieben. | |||||||||||||||||||
| {{Infobox Protein |Name=DNA-Methyltransferasen ---2--- {{Infobox Protein
|Name = DNA-Methyltransferasen
|Bild =
|CAS =
|EC-Nummer = <!--2.1.1.- -->
|Kategorie = Methyltransferase
|Reaktionsart = [[Methylierung]]
|Substrat = [[Nukleotide]]
|Produkte = Methylnukleotide
}}
|
|
Der Kommentar wird weg gelassen. | |||||||||||||||||||
| {{Infobox Protein |Name=DNA-Methyltransferasen ---3--- {{Infobox Protein
|Name = DNA-Methyltransferasen
|Bild =
|CAS =
|EC-Nummer = (EC 2.1.1.72; EC 2.1.1.113; EC 2.1.1.37)
|Kategorie = Methyltransferase
|Reaktionsart = [[Methylierung]]
|Substrat = [[Nukleotide]]
|Produkte = Methylnukleotide
}}
|
|
Es wird alles vor der ersten eigentlichen EC-Nummer abgeschnitten, alles nach der ersten eigentlichen EC-Nummer drann gelassen und dann alles (ohne Verschnitt) nochmal wiederholt. | |||||||||||||||||||
| {{Infobox Protein |Name=DNA-Methyltransferasen ---4--- {{Infobox Protein
|Name = DNA-Methyltransferasen
|Bild =
|CAS =
|EC-Nummer = 2.1.1.72
|Kategorie = Methyltransferase
|Reaktionsart = [[Methylierung]]
|Substrat = [[Nukleotide]]
|Produkte = Methylnukleotide
}}
|
|
Wirkt, als wenn "2.1.1.72" die Nummer der Kategorie wäre. | |||||||||||||||||||
| {{Infobox Protein |Name=DNA-Methyltransferasen |Bild= ---5--- {{Infobox Protein
|Name = DNA-Methyltransferasen
|Bild =
|CAS =
|EC-Nummer = Gruppe von Enzymen mit mehreren EC-Nummern
|Kategorie = Methyltransferase
|Reaktionsart = [[Methylierung]]
|Substrat = [[Nukleotide]]
|Produkte = Methylnukleotide
}}
|
|
Das erste Wort wird abgeschnitten, dann wird der gesamte String (ohne Verschnitt) wiederholt. | |||||||||||||||||||
| {{Infobox Protein |Name=DNA-Methyltransferasen |Bild= ---6--- {{Infobox Protein
|Name = DNA-Methyltransferasen
|Bild =
|CAS =
|EC-Nummer = EC 2.1.1.72
|Kategorie = Methyltransferase
|Reaktionsart = [[Methylierung]]
|Substrat = [[Nukleotide]]
|Produkte = Methylnukleotide
}}
|
|
Der Präfix "EC" bildet keine Ausnahme gegenüber anderen Wörtern. | |||||||||||||||||||
| ++ Achtung: Kopier-Fehler !! ++
---7--- {{Infobox Protein
|Name = DNA-Methyltransferasen
|Reaktionsart = [[Methylierung]]
|Substrat = [[Nukleotide]]
|Produkte = Methylnukleotide
}}
|
|
Falsche Aussage !! Ohne |EC-Nummer=, aber mit |Kategorie=.
Unter A bis H in 7., also G korrigiert. | |||||||||||||||||||
| Wikitext | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| {{Infobox Protein |Name=DNA-Methyltransferasen ---8--- {{Infobox Protein
|Name = DNA-Methyltransferasen
|Bild =
|CAS =
|EC-Nummer = Die DNA-Methyltransferasen sind eine Gruppe von Enzymen mit mehreren EC-Nummern (EC 2.1.1.72; EC 2.1.1.113; EC 2.1.1.37)
|Kategorie = Methyltransferase
|Reaktionsart = [[Methylierung]]
|Substrat = [[Nukleotide]]
|Produkte = Methylnukleotide
}}
| ||||||||||||||||||
| Auswirkung | ||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||
| Beschreibung | ||||||||||||||||||
| Ein ganzer Text als ein Wort. Durch geschützte Leerzeichen wird ein einzelnes Wort „vorgetäuscht“. | ||||||||||||||||||
Variante B (Acht Tests A bis H)
Bearbeiten| Wikitext | Auswirkung | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| {{Infobox Protein |Name=DNA-Methyltransferasen |Bild= ---1--- {{Infobox Protein
|Name = DNA-Methyltransferasen
|Bild =
|EC-Nummer = xxx
|CAS =
|Kategorie = Methyltransferase
|Reaktionsart = [[Methylierung]]
|Substrat = [[Nukleotide]]
|Produkte = Methylnukleotide
}}
|
|
Der EC-Nummer-freie String wird einfach hingeschrieben. | ||||||||||||||||||
| {{Infobox Protein |Name=DNA-Methyltransferasen ---2--- {{Infobox Protein
|Name = DNA-Methyltransferasen
|Bild =
|EC-Nummer = <!--2.1.1.- -->
|CAS =
|Kategorie = Methyltransferase
|Reaktionsart = [[Methylierung]]
|Substrat = [[Nukleotide]]
|Produkte = Methylnukleotide
}}
|
|
Der Kommentar wird weg gelassen. | ||||||||||||||||||
| {{Infobox Protein |Name=DNA-Methyltransferasen ---3--- {{Infobox Protein
|Name = DNA-Methyltransferasen
|Bild =
|EC-Nummer = (EC 2.1.1.72; EC 2.1.1.113; EC 2.1.1.37)
|CAS =
|Kategorie = Methyltransferase
|Reaktionsart = [[Methylierung]]
|Substrat = [[Nukleotide]]
|Produkte = Methylnukleotide
}}
|
|
Es wird alles vor der ersten eigentlichen EC-Nummer abgeschnitten, alles nach der ersten eigentlichen EC-Nummer drann gelassen und dann alles (ohne Verschnitt) nochmal wiederholt. | ||||||||||||||||||
| {{Infobox Protein |Name=DNA-Methyltransferasen ---4--- {{Infobox Protein
|Name = DNA-Methyltransferasen
|Bild =
|EC-Nummer = 2.1.1.72
|CAS =
|Kategorie = Methyltransferase
|Reaktionsart = [[Methylierung]]
|Substrat = [[Nukleotide]]
|Produkte = Methylnukleotide
}}
|
|
Wirkt, als wenn "2.1.1.72" die Nummer der Kategorie wäre. | ||||||||||||||||||
| {{Infobox Protein |Name=DNA-Methyltransferasen |Bild= ---5--- {{Infobox Protein
|Name = DNA-Methyltransferasen
|Bild =
|EC-Nummer = Gruppe von Enzymen mit mehreren EC-Nummern
|CAS =
|Kategorie = Methyltransferase
|Reaktionsart = [[Methylierung]]
|Substrat = [[Nukleotide]]
|Produkte = Methylnukleotide
}}
|
|
Das erste Wort wird abgeschnitten, dann wird der gesamte String (ohne Verschnitt) wiederholt. | ||||||||||||||||||
| {{Infobox Protein |Name=DNA-Methyltransferasen |Bild= ---6--- {{Infobox Protein
|Name = DNA-Methyltransferasen
|Bild =
|EC-Nummer = EC 2.1.1.72
|CAS =
|Kategorie = Methyltransferase
|Reaktionsart = [[Methylierung]]
|Substrat = [[Nukleotide]]
|Produkte = Methylnukleotide
}}
|
|
Der Präfix "EC" bildet keine Ausnahme gegenüber anderen Wörtern. | ||||||||||||||||||
| ++ Achtung: Kopier-Fehler !! ++
---7--- {{Infobox Protein
|Name = DNA-Methyltransferasen
|Reaktionsart = [[Methylierung]]
|Substrat = [[Nukleotide]]
|Produkte = Methylnukleotide
}}
|
|
Falsche Aussage !! Ohne |EC-Nummer=, aber mit |Kategorie=.
Unter A bis H in 7., also G korrigiert. | ||||||||||||||||||
| Wikitext | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| {{Infobox Protein |Name=DNA-Methyltransferasen ---8--- {{Infobox Protein
|Name = DNA-Methyltransferasen
|Bild =
|EC-Nummer = Die DNA-Methyltransferasen sind eine Gruppe von Enzymen mit mehreren EC-Nummern (EC 2.1.1.72; EC 2.1.1.113; EC 2.1.1.37)
|CAS =
|Kategorie = Methyltransferase
|Reaktionsart = [[Methylierung]]
|Substrat = [[Nukleotide]]
|Produkte = Methylnukleotide
}}
| ||||||||||||||||||
| Auswirkung | ||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||
| Beschreibung | ||||||||||||||||||
| Ein ganzer Text als ein Wort. Durch geschützte Leerzeichen wird ein einzelnes Wort „vorgetäuscht“. | ||||||||||||||||||
Test für A bis N
Bearbeiten| - |
nr. |
Wikitext demask. |
Wikitext - Tabelle | |||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
A |
{{Infobox Protein
|Name=DNA-Methyltransferasen
|Bild=
|EC-Nummer=<!--2.1.1.- -->
|CAS=
|Kategorie=Methyltransferase
|Reaktionsart=[[Methylierung]]
|Substrat=[[Nukleotide]]
|Produkte=Methylnukleotide
}}
|
| ||||||||||||||||||
|
B |
{{Infobox Protein
|Name=DNA-Methyltransferasen
|Bild=
|EC-Nummer=xxx
|CAS=
|Kategorie=Methyltransferase
|Reaktionsart=[[Methylierung]]
|Substrat=[[Nukleotide]]
|Produkte=Methylnukleotide
}}
|
| ||||||||||||||||||
|
C |
{{Infobox Protein
|Name=DNA-Methyltransferasen
|Bild=
|EC-Nummer=(EC 2.1.1.72; EC 2.1.1.113; EC 2.1.1.37)
|CAS=
|Kategorie=Methyltransferase
|Reaktionsart=[[Methylierung]]
|Substrat=[[Nukleotide]]
|Produkte=Methylnukleotide
}}
|
| ||||||||||||||||||
|
D |
{{Infobox Protein
|Name=DNA-Methyltransferasen
|Bild=
|EC-Nummer=2.1.1.72
|CAS=
|Kategorie=Methyltransferase
|Reaktionsart=[[Methylierung]]
|Substrat=[[Nukleotide]]
|Produkte=Methylnukleotide
}}
|
| ||||||||||||||||||
|
E |
{{Infobox Protein
|Name=DNA-Methyltransferasen
|Bild=
|EC-Nummer=Gruppe von Enzymen mit mehreren EC-Nummern
|CAS=
|Kategorie=Methyltransferase
|Reaktionsart=[[Methylierung]]
|Substrat=[[Nukleotide]]
|Produkte=Methylnukleotide
}}
|
| ||||||||||||||||||
|
F |
{{Infobox Protein
|Name=DNA-Methyltransferasen
|Bild=
|EC-Nummer=EC 2.1.1.72
|CAS=
|Kategorie=Methyltransferase
|Reaktionsart=[[Methylierung]]
|Substrat=[[Nukleotide]]
|Produkte=Methylnukleotide
}}
|
| ||||||||||||||||||
|
G |
{{Infobox Protein
|Name=DNA-Methyltransferasen
|Reaktionsart=[[Methylierung]]
|Substrat=[[Nukleotide]]
|Produkte=Methylnukleotide
}}
|
| ||||||||||||||||||
|
H |
{{Infobox Protein
|Name=DNA-Methyltransferasen
|EC-Nummer=2.1.1.-
|Reaktionsart=[[Methylierung]]
|Substrat=[[Nukleotide]]
|Produkte=Methylnukleotide
}}
|
| ||||||||||||||||||
|
I |
{{Infobox Protein
|Name=DNA-Methyltransferasen
|EC-Nummer=2.1.1.-
|EC-Nummer=2.1.1.72
|Reaktionsart=[[Methylierung]]
|Substrat=[[Nukleotide]]
|Produkte=Methylnukleotide
}}
|
| ||||||||||||||||||
|
J |
{{Infobox Protein
|Name=DNA-Methyltransferasen
|Kategorie=gibt keinen Sinn
|EC-Nummer=2.1.1.-
|Reaktionsart=[[Methylierung]]
|Substrat=[[Nukleotide]]
|Produkte=Methylnukleotide
}}
|
| ||||||||||||||||||
|
K |
{{Infobox Protein
|Name=DNA-Methyltransferasen
|Kategorie=gibt keinen Sinn
|Kategorie=Methyltransferasen
|EC-Nummer=2.1.1.-
|EC-Nummer=2.1.1.72
|Reaktionsart=[[Methylierung]]
|Substrat=[[Nukleotide]]
|Produkte=Methylnukleotide
}}
|
| ||||||||||||||||||
|
L |
{{Infobox Protein
|Name=DNA-Methyltransferasen
|EC-Nummer=2.1.1.-
|Kategorie=Methyltransferase
|Reaktionsart=[[Methylierung]]
|Substrat=[[Nukleotide]]
|Produkte=Methylnukleotide
}}
|
| ||||||||||||||||||
|
M |
{{Infobox Protein
|Name=DNA-Methyltransferasen
|EC-Nummer=2.1.1.- DNA-Methyltransferasen EC 2.1.1.72, -.113 und -.37; unter 2.1.1.-
|Kategorie=Methyltransferase
|Reaktionsart=[[Methylierung]]
|Substrat=[[Nukleotide]]
|Produkte=Methylnukleotide
}}
|
| ||||||||||||||||||
|
N |
{{Infobox Protein
|Name=DNA-Methyltransferasen
|Bild=
|EC-Nummer=Die DNA-Methyltransferasen sind eine Gruppe von Enzymen mit mehreren EC-Nummern (EC 2.1.1.72; EC 2.1.1.113; EC 2.1.1.37)
|CAS=
|Kategorie=Methyltransferase
|Reaktionsart=[[Methylierung]]
|Substrat=[[Nukleotide]]
|Produkte=Methylnukleotide
}}
|
| ||||||||||||||||||
Ersatz für fehlende Informationen in der Infobox
BearbeitenDie Infobox Protein arbeitet nur mit einer einzelnen EC-Nummer zusammen. Die DNA-MTasen haben drei EC-Nummern, was sich in der Infobox Protein nicht abbilden lässt und unter "DNA-Methyltransferasen"/"EC Klassifizierung" nicht gut dargestellt wurde (vor 14:20, 12. Okt. 2019).
Daher wurden Änderungen vorgenommen:
Planungskommentar: „Die DNA-MTasen bilden selbst keine Gliederungsebene innerhalb des EC-Nummern-Systems. Daher ist die Formulierung "Die DNA-MTasen gehören ... und sind dort ... vertreten" vielleicht klarer als "DNA-MTasen können ... unterteilt werden".“
Relevanter Versionsunterschied: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=DNA-Methyltransferasen&type=revision&diff=193065864&oldid=193065741
Mit MoreEC
Bearbeitenvar 1
Bearbeiten| DNA-Methyltransferasen | ||
|---|---|---|
| Enzymklassifikationen | ||
| EC, Kategorie | 2.1.1.-, Methyltransferasen | |
| Reaktionsart | DNA-Methylierung | |
| Substrat | Nukleinbasen (Adenin und Cytosin) innerhalb von DNA | |
| Produkte | Methylierte Nukleinbasen (N6-Methyladenin und N4-Methylcytosin sowie 5- Methylcytosin) innerhalb von DNA | |
| EC, Kategorie | 2.1.1.37, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase | |
| Reaktionsart | DNA-Methylierung, Übertragung einer Methylgruppe auf den Purin-Ring des Adenins in Position C5. | |
| Substrat | Cytosin innerhalb von DNA | |
| Produkte | 5-Methylcytosin innerhalb von DNA | |
| EC, Kategorie | 2.1.1.72, Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) | |
| Reaktionsart | DNA-Methylierung, Übertragung einer Methylgruppe auf den Purin-Ring des Adenins in Position N6. | |
| Substrat | Adenin innerhalb von DNA | |
| Produkte | N6-Methyladenin innerhalb von DNA | |
| EC, Kategorie | 2.1.1.113, Site-specific DNA-methyltransferase (cytosine-N(4)-specific) | |
| Reaktionsart | DNA-Methylierung, Übertragung einer Methylgruppe auf den Purin-Ring des Cytosins in Position N4. | |
| Substrat | Adenin innerhalb von DNA | |
| Produkte | N4-Methylcytosin innerhalb von DNA | |
var 2
Bearbeiten| Methyltransferasen | ||
|---|---|---|
| Enzymklassifikationen | ||
| EC, Kategorie | 2.1.1.-, "Transferring one carbon groups" | |
| Reaktionsart | Methylierung, z. B. DNA-Methylierung durch verschiedene DNA-Methyltransferasen. | |
| Substrat | Nukleinbasen (Adenin und Cytosin) innerhalb von DNA | |
| Produkte | Methylierte Nukleinbasen (N6-Methyladenin und N4-Methylcytosin sowie 5-Methylcytosin) innerhalb von DNA | |
| EC, Kategorie | 2.1.1.37, Methyltransferasen | |
| Reaktionsart | DNA-Methylierung, Übertragung einer Methylgruppe auf den Pyrimidin-Ring des Cytosins in Position 5 durch eine "DNA (cytosine-5-)-methyltransferase" (EC 2.1.1.37). | |
| Substrat | Cytosin innerhalb von DNA | |
| Produkte | 5-Methylcytosin innerhalb von DNA | |
| EC, Kategorie | 2.1.1.72, Methyltransferasen | |
| Reaktionsart | DNA-Methylierung, Übertragung einer Methylgruppe auf Position N6 (Aminogruppe am Purin-Ring in Position 6) des Adenins durch eine "Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)" (2.1.1.72). | |
| Substrat | Adenin innerhalb von DNA | |
| Produkte | N6-Methyladenin innerhalb von DNA | |
| EC, Kategorie | 2.1.1.113, Methyltransferasen | |
| Reaktionsart | DNA-Methylierung, Übertragung einer Methylgruppe auf Position N4 (Aminogruppe am Pyrimidin-Ring in Position 4) des Cytosins durch eine "Site-specific DNA-methyltransferase (cytosine-N(4)-specific)" (EC 2.1.1.113). | |
| Substrat | Cytosin innerhalb von DNA | |
| Produkte | N4-Methylcytosin innerhalb von DNA | |
Varianten
BearbeitenTest (2019-10-24) von drei Zuständen (Abwesend, Leer, Befüllt) von zwei Parametern in der Vorlage Infobox, Protein. Die neun Varianten wurden von Name_0 bis Name_9 benannt.
| EC-Nummer abwesend |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EC-Nummer= |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
| EC-Nummer=1.2.3.4 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Die Schreibweisen von "de novo" und "maintenance" im Englischen und im Deutschen
BearbeitenAngewendete Schreibweisen für "de novo" und "in vitro"
BearbeitenDNA-Methylierung (https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=DNA-Methylierung&oldid=192836307; 4. Oktober 2019 um 03:27 Uhr)
DNA-Methylierung bei Eukaryoten / Bei Pflanzen
| De-Novo-Klasse-Enzyme | De-novo-DNA-Methyltransferase | de novo DNA-Methylierung | De-novo-DNA-Methylierungen |
DNA-Methylierung bei Eukaryoten / Bei Säugetieren / DNA-Methyltransferasen (DNMT) / Epigenetische Veränderungen an CpG-Dinukleotiden
| de-novo-Methylierung |
DNA-Methyltransferasen (https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=DNA-Methyltransferasen&oldid=192811356; 3. Oktober 2019 um 09:02 Uhr )
Überschrift: de novo- und maintenance- (Wartungs-)DNA-MTasen | De novo-Methyltransferasen ... [Satzanfang] | ... erlauben, Cytosin de novo zu methylieren. [Attribut] | de novo-MTasen |
Außerdem: Maintenance-Methyltransferasen ... [Satzanfang]
"In-vitro-" und "in vitro"
In der Wikipedia gibt es "In Vitro" als Überschrift, "in vitro" als zu erklärende Wortgruppe und (in vivo) sowie "in vitro" im Text (https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=In_vitro&oldid=188358470; 8. Mai 2019 um 12:12 Uhr). Unter "Siehe auch" sind ähnliche Wortgruppen als verküpfte Stichpunkte nicht kursiv wiedergegeben (ex vivo, in situ, in silico, in operando und in utero). Weiterhin wird "Kurt Heininger: In-vitro- und in-vivo-Untersuchungen zur ..." zitiert (im Titel nicht kursiv; https://www.springer.com/de/book/9783642770937).
- https://www.netdoktor.de/kinderwunsch/kuenstliche-befruchtung/ivf-in-vitro-fertilisation/ - IVF: In-Vitro-Fertilisation | Von Dr. Nicole Wendler, Biologin 10. November 2016 |
- Die IVF (In-Vitro-Fertilisation) ist die älteste Methode der assistierten Befruchtung. Die „klassische“ Befruchtung im Reagenzglas kam erstmals 1978 erfolgreich zur Anwendung. ...
- Als „in vitro“ bezeichnet man ...
- Nicole Wendler ist promovierte Biologin aus dem Bereich Onkologie und Immunologie. Als Medizinredakteurin, Autorin und Lektorin ist sie für verschiedene Verlage tätig, für die sie komplizierte und umfangreiche medizinische Sachverhalte einfach, prägnant und logisch darstellt.
- https://www.duden.de/rechtschreibung/In_vitro_Fertilisation - die In-vitro-Fertilisation, der die In-vitro-Fertilisation, ...
- https://www.duden.de/rechtschreibung/in_vitro - Trennung: in vi|tro
Diskussionsbeitrag: Schreibweisen von "de novo" und "Wartung" (engl. "maintenance")
BearbeitenHallo, dieser Beitrag bezieht sich auf:
- https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=DNA-Methyltransferasen&oldid=192811356#de_novo-_und_maintenance-_(Wartungs-)DNA-MTasen, 3. Oktober 2019 um 09:02 Uhr.
Bei Wörtern und Wortgruppen in deutschen Texten gibt es bei den Schreibweisen ein große Vielfalt, wenn sie dem Englischen und/ oder Lateinischen entlehnt sind.
Je weniger ein Begriff mit Umgangssprache zu tun hat, desto geringer ist die Wahrscheinlichkeit, dass sich verbindliche Regeln durchgesetzt haben. Für die Biowissenschaften ist es zudem schwierig, deutsche Fachwörter zu finden, da Englisch als Wissenschaftssprache benutzt wird.
Daher habe ich ein paar Recherchen in der englischen und deutschen Wikipedia angestellt, vor allem aber auch in anderen Quellen, wie die Wörter und Wortgruppen "de novo" und "maintenance" in deutschen Texten bezüglich der DNA-Methyltransferasen abgebildet werden könnten (lat. "de novo" – dtsch. in etwa "von Neuem", "von Anfang an" | engl. "maintenance" – dtsch. "Wartung" , "Erhaltung", "Aufrechterhaltung" und ähnliches).
- Für die Frage, welche Benennungen im Zusammenhang mit DNA-Methyltransferasen überhaupt benutzt werden, dienten mir vor allem wissenschaftliche Artikel.
- Für die Frage, wie die Wörter im Deutschen integriert werden könnten, dienten mir vor allem die Wörter und Wortgruppen "in vitro" und "In-vitro-Fertilisation" (aber auch "de facto", "per se", "in silico" und ähnliches).
Dabei kam folgendes heraus:
„Quasi-Standards“ (sind nahezu verbindliche Regeln):
- Substantive, Überschriften und Satzanfänge sollten immer groß geschrieben werden.
- Einzeln stehende lateinische Wortgruppen sollten kursiv geschrieben werden (z. B.: "Die Methylierung erfolgte de novo.").
- Zusammengesetzte Wörter sollten im Deutschen durch Bindestriche verbunden werden (z. B.: "Die In-vitro-Fertilisation bietet große Chancen.").
Weniger verbindlich:
- Wird der fremdsprachige Anteil in der fremden Sprache klein geschrieben, dann wird er vorzugsweise auch im Deutschen klein geschrieben, wenn die deutsche Rechtschreibung/ Grammatik das zulässt. "In-vitro-Fertilisation" ist die häufigere Variante gegenüber "In-Vitro-Fertilisation" (und "in-vitro-Fertilisation" ist vermutlich falsch).
- Je fremder ein Wortteil im Deutschen ist, desto häufiger wird er markiert. Die In-vitro-Fertilisation ist häufig in Gebrauch, In-vitro-Fertilisation oder In-vitro-Befruchtung findet man kaum.
Das könnte man alles als nicht so wichtig abtun. Allerdings wird durch alternative Formatierungen eines Ausdrucks (kursive Schreibweise) in manchen Sachgebieten, je nach Kontext, gelegentlich auch die Zuordnung variiert (Unterscheidung von homologen Genen bei Maus und Mensch, Unterscheidung zwischen Gen und Protein bei Bakterien usw.). Dadurch könnte beim Leser der Eindruck entstehen, dass er verschiedene Bedeutungen hinter verschiedenen Schreibweisen erkennen müsste, auch wenn das nicht der Fall ist. Das heißt, die Schreibweise von De-novo-Methyltransferase bzw. De-novo-Methyltransferase zeigt erst einmal nicht, ob eine RNA-Methyltransferase oder eine DNA-Methyltransferase gemeint sei.
Für die DNA-Methyltransferasen stelle ich fest, dass "de novo DNA methyltransferase" als Fachbegriff gesehen wird; Amouroux et al. 2016, PMID 26751286:
- "... zygotes contain de novo DNA methyltransferase activities ...",
während "maintenance" kaum in einem einzelnen, vollständig zusammengesetzter Fachbegriff auftaucht (keine "maintenance DNA methyltransferase"; z. B. weder in Amouroux et al. [2016, PMID 26751286], noch in Jair et al. [2006, PMID 16423997]). Statt dessen wird die "Wartung" in Anführungszeichen gesetzt; Jair et al. 2006, PMID 16423997:
- "... enzyme activity that methylates unmethylated DNA (de novo) ... methylates hemimethylated sites (“maintenance”) ...".
Insgesamt wird mit langen Zusammensetzungen eher sparsam umgegangen; in einer Methodenbeschreibung wird allerdings "maintenance/de novo DNA methylation" verwendet; Amouroux et al. 2016, PMID 26751286:
- "... quantification of maintenance/de novo DNA methylation, ...".
Rein theoretisch könnte man folglich vielleicht folgende Paare bilden:
- De-novo- und Maintenance-DNA-Methyltransferasen – Man würde "De-novo-DNA-Methyltransferase" und "Maintenance-DNA-Methyltransferase" in den Status von feststehenden Fachwörtern versetzen, obwohl "maintenance DNA methyltransferase" im Englischen nicht angewendet wird.
- De-novo- und Wartungs-DNA-Methyltransferasen – "De-novo-DNA-Methyltransferase" und "Wartungs-DNA-Methyltransferase" würde ganz gut passen; aber ist "Wartungs-DNA-Methyltransferase" oder "Erhaltungs-DNA-Methyltransferase" die bessere Übersetzung?
- ...
Was ist eigentlich das Unterscheidungskriterium für die beiden Komponenten des Begriffspaares?
Das Wort "maintenance" bezieht sich auf die erforderliche Vervollständigung der Methylierung anhand des „alten“ Einzelstrangs nach einer DNA-Verdopplung, während sich "de novo" auf eine komplette Neubildung eines Methylierungsmusters bezieht.
- Methylierungsstatus: Jair et al. (2006, PMID 16423997) legten den Fokus auf den vorherigen Zustand der DNA als Voraussetzung der jeweiligen Methylierung; nicht methylierte DNA führt also de novo und halbmethylierte DNA führt als „Wartungsmaßnahme“ zur DNA-Methylierung:
- "... enzyme activity that methylates unmethylated DNA (de novo) ... methylates hemimethylated sites (“maintenance”) ...".
- Replikation: Amouroux et al. (2016, PMID 26751286) bezeichneten die beiden in Zygoten von Mäusen beobachteten Methylierungsaktivitäten als Erhaltungsaktivität (replikationsgekoppelt) und De-novo-Methylierungsaktivität (replikationsunabhängig):
- "... demonstrating that both the maintenance (replication coupled) and de novo (replication independent) methylation activities are present ...".
Wenn es DNA-Methyltransferasen (oder Untereinheiten) gibt, die sowohl de novo als auch bei der Wartung aktiv sind, wird die Betrachtung nicht einfacher.
Insgesamt werden die beiden Wörter/ Wortgruppen ("maintenance" und "de novo") eher zusamen mit "methylation" als mit "methyltransferase" oder "MTase" verwendet.
Gegenwärtig heißt eine Überschrift
- "de novo- und maintenance- (Wartungs-)DNA-MTasen" (DNA-Methyltransferasen&oldid=192811356, 3. Oktober 2019 um 09:02 Uhr),
was meiner Ansicht nach relativ sperrig ist.
Ich schlage vor, zuerst den Text unterhalb der Überschrift anzupassen und dann die Überschrift abzuändern:
- "Einteilung nach dem Methylierungszustand der DNA (Wartung und de novo)".
Da de novo fremder ist, als beispielsweise in vitro, würde ich die Kursiv-Schreibung in Zusammensetzungen beibehalten (In-vitro- innerhalb von "In-vitro-Fertilisation" wird mittlerweile nur selten kursiv hervorgehoben).
Die englischen Schreibweisen sollten angegeben werden. Ich bevorzuge "..." (sprachneutral) gegenüber „...“ (dtsch.) oder “...” (engl.), weil es noch verwirrender wäre, wenn englischer Text in deutschen Anführungszeichen stünde, aber auch, wenn englische Anführungszeichen im deutschen Text auftauchen würden.
Mit besten Grüßen
-- ~
Umsetzung im Artikel DNA-Methyltransferasen
Bearbeiten1.: Textänderungen unter der alten Überschrift de novo- und maintenance- (Wartungs-)DNA-MTasen
Änderungskommentar: Anpassung von Benennungen; siehe Diskussion: Schreibweisen von "de novo" und "Wartung" (engl. "maintenance").
Neuer Text:
Bei Lebewesen mit ausgeprägter Differenzierung werden die DNA-Methylasen nach ihrem Auftreten in verschiedenen Entwicklungsstadien eingeteilt.
De-novo-DNA-Methyltransferasen (engl. "de novo DNA methyltransferases") erkennen spezifische Stellen in der DNA, welche es ihnen erlauben, Cytosin de novo zu methylieren. Dies ist bei Säugetieren besonders in der frühen Embryonalentwicklung wichtig, da durch sie ein Methylierungsmuster aufgebaut wird (siehe auch genomische Prägung).
DNA-Methyltransferasen zur „Wartung“ (engl. "maintenance") fügen Methylgruppen an solchen Stellen der DNA an, an denen an einem DNA-Strang schon eine Methylgruppe vorhanden ist. Dadurch wird das Methylierungsmuster, welches einmal in der Embryonalentwicklung durch die De-novo-DNA-Methyltransferasen aufgebaut wurde, erhalten.
2.: Änderung der Überschrift von de novo- ...-MTasen nach Einteilung ... de novo)
Änderungskommentar: Änderung einer Überschrift; siehe Diskussion: Schreibweisen von "de novo" und "Wartung" (engl. "maintenance").
Der Text wurde von "de novo- und maintenance- (Wartungs-)DNA-MTasen" nach "Einteilung nach dem Methylierungszustand der DNA (Wartung und de novo)" geändert.
3.: Ergänzungssatz mit zwei Referenzen unter der neuen Überschrift Einteilung nach dem Methylierungszustand der DNA (Wartung und de novo)
Änderungskommentar: Neuer Abschnitt "Einzelnachweise" und 1 Satz mit 2 Referenzen unter "Einteilung ... (Wartung und de novo)".
Plan: Im Artikel DNA-Methyltransferasen werden Einzelnachweise eingefügt (bisher nicht vorhanden) und ein Satz mit zwei Zitaten:
Bei Pflanzen und Tieren ist die Differenzierung häufig mit umfassenden Änderungen des Methylierungszustandes der DNA verbunden; das wurde besonders bei verschiedenen Modellorganismen, z. B. bei der Acker-Schmalwand (Arabidopsis thaliana,[1] stellvertretend für die Gefäßpflanzen) und bei der Hausmaus (Mus musculus,[2] stellvertretend für die Säugetiere) untersucht.
Entwurf: Einteilung nach dem Methylierungszustand der DNA (Wartung und de novo)
BearbeitenBei Lebewesen mit ausgeprägter Differenzierung werden die DNA-Methylasen nach ihrem Auftreten in verschiedenen Entwicklungsstadien eingeteilt. Bei Pflanzen und Tieren ist die Differenzierung häufig mit umfassenden Änderungen des Methylierungszustandes der DNA verbunden; das wurde besonders bei verschiedenen Modellorganismen, z. B. bei der Acker-Schmalwand (Arabidopsis thaliana,[1][3][4][5] stellvertretend für die Gefäßpflanzen) und bei der Hausmaus (Mus musculus,[2][6][7][8] stellvertretend für die Säugetiere) untersucht.
Bei beiden Gruppen (Gefäßpflanzen und Säugetiere) findet in bestimmten Phasen...
Bei der DNA-Replikation werden nicht methylierte Nukleinbasen in den neuen DNA-Einzelstrang eingebaut, während der bereits vorhandene, gegenüber liegenden Strang Methylierungen vor
Es kann zwischen zwei Zuständen der DNA als Voraussetzung für eine folgende DNA-Methylierung unterschieden werden: entweder die DNA besitzt an der entsprechenden Stelle keine methylierten Nukleinbasen oder der DNA-Doppelstrang besitzt auf einem Strang methylierte Nukleinbasen und auf der gegenüber liegenden Seite nicht (hemimethylierte DNA).[9] Im ersten Fall muss die DNA de novo methyliert werden und die DNA-Methylierung ist von der Replikation unabhängig; im zweiten Fall ist die DNA-Methylierung an die Replikation gekoppelt, wobei ein neu gebildeter, bisher nicht methylierter Einzelstrang anhand des gegenüberliegenden, bereits mit methylierten Nukleinbasen versehenen DNA-Einzelstrangs als Vorlage „gewartet“ wird.[8]
De-novo-DNA-Methyltransferasen (engl. "de novo DNA methyltransferases") erkennen spezifische Stellen in der DNA, welche es ihnen erlauben, Cytosin de novo zu methylieren. Dies ist bei Säugetieren besonders in der frühen Embryonalentwicklung wichtig, da durch sie ein Methylierungsmuster aufgebaut wird (siehe auch genomische Prägung).
DNA-Methyltransferasen zur „Wartung“ (engl. "maintenance") fügen Methylgruppen an solchen Stellen der DNA an, an denen an einem DNA-Strang schon eine Methylgruppe vorhanden ist. Dadurch wird das Methylierungsmuster, welches einmal in der Embryonalentwicklung durch die De-novo-DNA-Methyltransferasen aufgebaut wurde, erhalten.
Neue Suche, Arabidopsis-Reviews
BearbeitenZhang et al. 2018 / PMID 30361538;[1] / 5 x "maintenance"; 2 x "de novo" / Beitrag der epigenetischen Variation zur Adaptation bei Arabidopsis.
aa (als Tabelle)
Bearbeiten#jw9b68.dj7ch.tjh.2019-10.gh2a1uvHi2o-Ende
| Thema | . | . | . |
|---|---|---|---|
| Arabidopsis thaliana | . | . | . |
| . | Rigal et al. 2010;[3] / | Rigal et al. 2010; Die Konfrontation mit dem Epigenom löst bei F1-Epihybriden von Arabidopsis thaliana eine sofortige Neuprogrammierung der DNA-Methylierung und des Transposon-Silencing aus. 3 x "maintenance", 3 x "de novo"
|
PMC 4833259 (freier Volltext); // PMID 27001853; |
| . | Henderson et al. 2010;[4] / | Henderson et al. 2010; Die De-novo-Cytosin-Methyltransferase DRM2 benötigt intakte UBA-Domänen und ein katalytisch mutiertes, paraloges DRM3 während der RNA-gerichteten DNA-Methylierung in Arabidopsis thaliana. 23 x "maintenance", 17 x "de novo" (Gen-Namen u. ä., z. B. INVOLVED IN DE NOVO 2 (IND2), nicht mitgezählt) | PMC 2965745 (freier Volltext); // PMID 21060858; |
| . | Ausin et al. 2009;[5] / | Ausin et al. 2009; IDN1 und IDN2 werden für die De-novo-DNA-Methylierung in Arabidopsis thaliana benötigt. 4 x "maintenance", 10 x "de novo" (Gen-Namen u. ä., z. B. INVOLVED IN DE NOVO 2 (IND2), nicht mitgezählt) | PMC 2842998 (freier Volltext); // PMID 19915591; |
| Mus musculus | . | . | . |
| . | Manzo et al. 2017;[6] / | Manzo et al. 2017; Die Isoform-spezifische Lokalisierung von DNMT3A reguliert die Genauigkeit der DNA-Methylierung auf bivalenten CpG-Inseln. 6 x "maintenance", ca. 30 x "de novo" | PMC 5709737 (freier Volltext); // PMID 29074627; |
| . | Yang et al. 2016;[7] / | Yang et al. 2016; Die maternal wirksamen Gene UTX und JMJD3 spielen bei der Entwicklung von Mus musculus-Präimplantationsembryos eine gegensätzliche Rolle. 0 x "maintenance", 0 x "de novo"; "maintaining" usw. wird nur im Zusammenhang mit der Aufrechterhaltung Pluripotenz u. ä. verwendet. | PMC 4935995 (freier Volltext); // PMID 27384759; |
| . | Amouroux et al. 2016;[8] / | Amouroux et al. 2016; Die De-novo-DNA-Methylierung führt zu einer Akkumulation von 5hmC in Mauszygoten. 6 x "maintenance", 18 x "de novo"; Es geht mehr um "Demythylierung" als um Methylierung. | PMC 4765106 (freier Volltext); // PMID 26751286; |
| DNA-Methylierung | . | . | . |
| . | Jair et al. 2006;[9] / | Jair et al. 2006; De-novo-CpG-Inselmethylierung in menschlichen Krebszellen. 10 x "maintenance", 43 x "de novo"; | doi:10.1158/0008-5472.CAN-05-1980; // PMID 16423997; |
| Replikation | . | . | . |
| . | Amouroux et al. 2016;[8] / | Amouroux et al. 2016; siehe oben. | PMC 4765106 (freier Volltext); // PMID 26751286; |
#jw9b68.dj7ch.tjh.2019-10.gh2a1uvHi2o-Anfang
bb (als Liste und als maskierte Referenzen)
BearbeitenArabidopsis thaliana
Rigal et al. 2010;[3] /
Henderson et al. 2010;[4] /
Ausin et al. 2009;[5] /
Mus musculus
Manzo et al. 2017;[6] /
Yang et al. 2016;[7] /
Amouroux et al. 2016;[8] /
DNA-Methylierung
Jair et al. 2006;[9] /
Replikation
Amouroux et al. 2016;[8] /
Arabidopsis thaliana
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Henderson et al. 2010; ref name="Henderson_etal2010" Ian R. Henderson, Angelique Deleris, William Wong, Xuehua Zhong, Hang Gyeong Chin: The de novo cytosine methyltransferase DRM2 requires intact UBA domains and a catalytically mutated paralog DRM3 during RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis thaliana. In: PLoS genetics. Band 6, Nr. 10, 28. Oktober 2010, ISSN 1553-7404, S. e1001182, doi:10.1371/journal.pgen.1001182, PMID 21060858, PMC 2965745 (freier Volltext). /ref / Literatur |Autor=Ian R. Henderson, Angelique Deleris, William Wong, Xuehua Zhong, Hang Gyeong Chin |Titel=The de novo cytosine methyltransferase DRM2 requires intact UBA domains and a catalytically mutated paralog DRM3 during RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis thaliana |Hrsg= |Sammelwerk=PLoS genetics |Band=6 |Nummer=10 |Auflage= |Verlag= |Ort= |Datum=2010-10-28 |ISBN= |ISSN=1553-7404 |DOI=10.1371/journal.pgen.1001182 |PMC=2965745 |PMID=21060858 |Seiten=e1001182
Ausin et al. 2009; ref name="Ausin_etal2009" Israel Ausin, Todd C. Mockler, Joanne Chory, Steven E. Jacobsen: IDN1 and IDN2 are required for de novo DNA methylation in Arabidopsis thaliana. In: Nature Structural & Molecular Biology. Band 16, Nr. 12, Dezember 2009, ISSN 1545-9985, S. 1325–1327, doi:10.1038/nsmb.1690, PMID 19915591, PMC 2842998 (freier Volltext). /ref / Literatur |Autor=Israel Ausin, Todd C. Mockler, Joanne Chory, Steven E. Jacobsen |Titel=IDN1 and IDN2 are required for de novo DNA methylation in Arabidopsis thaliana |Hrsg= |Sammelwerk=Nature Structural & Molecular Biology |Band=16 |Nummer=12 |Auflage= |Verlag= |Ort= |Datum=2009-12 |ISBN= |ISSN=1545-9985 |DOI=10.1038/nsmb.1690 |PMC=2842998 |PMID=19915591 |Seiten=1325–1327
Mus musculus
Manzo et al. 2017; ref name="Manzo_etal2017" Massimiliano Manzo, Joël Wirz, Christina Ambrosi, Rodrigo Villaseñor, Bernd Roschitzki: Isoform-specific localization of DNMT3A regulates DNA methylation fidelity at bivalent CpG islands. In: The EMBO journal. Band 36, Nr. 23, 1. Dezember 2017, ISSN 1460-2075, S. 3421–3434, doi:10.15252/embj.201797038, PMID 29074627, PMC 5709737 (freier Volltext). /ref / Literatur |Autor=Massimiliano Manzo, Joël Wirz, Christina Ambrosi, Rodrigo Villaseñor, Bernd Roschitzki |Titel=Isoform-specific localization of DNMT3A regulates DNA methylation fidelity at bivalent CpG islands |Hrsg= |Sammelwerk=The EMBO journal |Band=36 |Nummer=23 |Auflage= |Verlag= |Ort= |Datum=2017-12-01 |ISBN= |ISSN=1460-2075 |DOI=10.15252/embj.201797038 |PMC=5709737 |PMID=29074627 |Seiten=3421–3434
Yang et al. 2016; ref name="Yang_etal2016" Lei Yang, Li-Shuang Song, Xue-Fei Liu, Qing Xia, Li-Ge Bai: The Maternal Effect Genes UTX and JMJD3 Play Contrasting Roles in Mus musculus Preimplantation Embryo Development. In: Scientific Reports. Band 6, 7. Juli 2016, ISSN 2045-2322, S. 26711, doi:10.1038/srep26711, PMID 27384759, PMC 4935995 (freier Volltext). /ref / Literatur |Autor=Lei Yang, Li-Shuang Song, Xue-Fei Liu, Qing Xia, Li-Ge Bai |Titel=The Maternal Effect Genes UTX and JMJD3 Play Contrasting Roles in Mus musculus Preimplantation Embryo Development |Hrsg= |Sammelwerk=Scientific Reports |Band=6 |Nummer= |Auflage= |Verlag= |Ort= |Datum=2016-07-07 |ISBN= |ISSN=2045-2322 |DOI=10.1038/srep26711 |PMC=4935995 |PMID=27384759 |Seiten=26711
Amouroux et al. 2016; ref name="Amouroux_etal2016" Rachel Amouroux, Buhe Nashun, Kenjiro Shirane, Shoma Nakagawa, Peter Ws Hill: De novo DNA methylation drives 5hmC accumulation in mouse zygotes. In: Nature Cell Biology. Band 18, Nr. 2, Februar 2016, ISSN 1476-4679, S. 225–233, doi:10.1038/ncb3296, PMID 26751286, PMC 4765106 (freier Volltext). /ref / Literatur |Autor=Rachel Amouroux, Buhe Nashun, Kenjiro Shirane, Shoma Nakagawa, Peter Ws Hill |Titel=De novo DNA methylation drives 5hmC accumulation in mouse zygotes |Hrsg= |Sammelwerk=Nature Cell Biology |Band=18 |Nummer=2 |Auflage= |Verlag= |Ort= |Datum=2016-02 |ISBN= |ISSN=1476-4679 |DOI=10.1038/ncb3296 |PMC=4765106 |PMID=26751286 |Seiten=225–233
DNA-Methylierung
Jair et al. 2006; ref name="Jair_etal2006" Kam-Wing Jair, Kurtis E. Bachman, Hiromu Suzuki, Angela H. Ting, Ina Rhee: De novo CpG island methylation in human cancer cells. In: Cancer Research. Band 66, Nr. 2, 15. Januar 2006, ISSN 0008-5472, S. 682–692, doi:10.1158/0008-5472.CAN-05-1980, PMID 16423997. /ref / Literatur |Autor=Kam-Wing Jair, Kurtis E. Bachman, Hiromu Suzuki, Angela H. Ting, Ina Rhee |Titel=De novo CpG island methylation in human cancer cells |Hrsg= |Sammelwerk=Cancer Research |Band=66 |Nummer=2 |Auflage= |Verlag= |Ort= |Datum=2006-01-15 |ISBN= |ISSN=0008-5472 |DOI=10.1158/0008-5472.CAN-05-1980 |PMID=16423997 |Seiten=682–692
Replikation
Amouroux et al. 2016; ref name="Amouroux_etal2016" Rachel Amouroux, Buhe Nashun, Kenjiro Shirane, Shoma Nakagawa, Peter Ws Hill: De novo DNA methylation drives 5hmC accumulation in mouse zygotes. In: Nature Cell Biology. Band 18, Nr. 2, Februar 2016, ISSN 1476-4679, S. 225–233, doi:10.1038/ncb3296, PMID 26751286, PMC 4765106 (freier Volltext). /ref / Literatur |Autor=Rachel Amouroux, Buhe Nashun, Kenjiro Shirane, Shoma Nakagawa, Peter Ws Hill |Titel=De novo DNA methylation drives 5hmC accumulation in mouse zygotes |Hrsg= |Sammelwerk=Nature Cell Biology |Band=18 |Nummer=2 |Auflage= |Verlag= |Ort= |Datum=2016-02 |ISBN= |ISSN=1476-4679 |DOI=10.1038/ncb3296 |PMC=4765106 |PMID=26751286 |Seiten=225–233
Suche nach "imprinting", "de novo" und "dna methylation" -- 77 Resultate
BearbeitenLiteraturtabelle C, 22 ausgewählte Zitate
BearbeitenSuche: | 2013:2019[dp] imprinting and "de novo" and "dna methylation" | Search results | Items: 77 |
#ha3n-brt5lhd8-m9ro-55g.2019-10.gr4x-Ende
| no. | Title. | Author(s), short | PMIDs | Beschreibung | PMID 31299897 | Free? |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. | Tracing the origin and evolution history of methylation-related genes in plants. | Pei et al. 2019 | PMID 31299897;[10] | 77 Pflanzen untersucht. Für Arabidopsis Zitate (5, 12-16, 17, 18):
"In Arabidopsis thaliana, DNA methylation ... (CG, CHG, and CHH) ... de novo by RNA-directed DNA methylation (RdDM) [5, 12–16]. The maintenance ... (MET1) [5] ... (CMT3) [17]. The methylation at CHH ... (CMT2) and RdDM [18]. In heterochromatin, de novo ... (DDM1) [18]." |
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#ch7-si11-ez5tr-u2cjd-e5z7dfofra-qorx.2019-10.3e33-g28-Anfang
Schreibweisen für Nukleinbasen und Enzyme
BearbeitenErläuterungen zu verschiedenen Schreibweisen für Nukleinbasen und Enzyme
BearbeitenDie Schreibweisen für die Nukleinbasen und DNA-Methyltransferasen wurden recherchiert. Es gibt auch verschiedene Schreibweisen für die Schreibweisen, da die verschiedenen Hervorhebungen irgendwie hervorgehoben werden müssen und weil die Zitate auf verschiedne Weise angebracht werden können.
Schreibweisen AA
BearbeitenSchreibweisen für methylierte Nukleinbasen. Die methylierten Nukleobasen können mit Hervorhebungen geschrieben werden, zumeist kursiv und hochgestellt. Die deutschen Schreibweisen N6-Methyladenin, N4-Methylcytosin und 5-Methylcytosin korrelieren dann mit den englischen Schreibweisen N6-methyladenine (z. B. Alexeeva et al. 2018, PMID 29685966 und Luo et al. 2015, PMID 26507168), N4-methylcytosine (z. B. Alexeeva et al. 2018, PMID 29685966 und Li et al. 2019, PMID 31497001) und 5-methylcytosine (z. B. Alexeeva et al. 2018, PMID 29685966 und Luo et al. 2015, PMID 26507168).
Häufig wird die Kursiv-Schreibung des Stickstoffatoms in Position 6 des Adenins und in Position 4 des Cytosins weggelassen (N6-methyladenine, N4-methylcytosine und 5-methylcytosine; z. B. Iyer et al. 2016, PMID 26660621 und Ehrlich et al. 1985, PMID 4000939).
Wenn keine Verwechslungsmöglichkeiten vorliegen, wird oft gänzlich auf die Schriftformatierung verzichtet (N6-methyladenine, N4-methylcytosine und 5-methylcytosine; z. B. Ratel et al. 2006, PMID 16684535), woraus sich die deutschen Schreibweisen N6-Methyladenin, N4-Methylcytosin und 5-Methylcytosin ergeben würden.
Gelegentlich wird nur die Position der Methylierung in Bezug zum Ringsystem der Nukleinbase angegeben und gegebenenfalls auf die Angabe eines Stickstoffatoms außerhalb des Rings verzichtet (6-methyladenosine, 4-methylcytosine und 5-methylcytosine; z. B. Blow et al. 2016, PMID 26870957).
Die Nutzung von Abkürzungen wird zumeist explizit angegeben, üblich sind m6A, m4C und m5C (z. B. Blow et al. 2016, PMID 26870957), 6mA, 4mC und 5mC (Heyn & Esteller 2015, PMID 25936836; Ratel et al. 2006, PMID 16684535) sowie m6A, m4C und m5C (Iyer et al. 2016, PMID 26660621; Ehrlich et al. 1985, PMID 4000939).
Bei speziellen Themen werden zusätzliche Unterscheidungsmerkmale angewendet. In einer Veröffentlichung (Alexeeva et al. 2018, PMID 29685966), in der es um die Möglichkeit der doppelten Methylierung an Nukleinbasen geht, wurden auch kursiv geschriebene Zeichen hochgestellt (z. B. in den Abkürzungen mN4C für N4-methylcytosine und mN4,5C für N4,5-dimethylcytosine).
In einer Veröffentlichung (Iyer et al. 2016, PMID 26660621), in der es um Methylierung und Demethylierung geht, wurde zum einen zwischen den Positionen unterschieden, an denen Ereignisse stattfinden können (N6 ist die exozyklische Aminogruppe [Stickstoffatom N] am Adenin in der Position 6 des Purin-Rings, N4 ist die exozyklische Aminogruppe am Cytosin in der Position 4 des Pyrimidinrings und C5 ist die Position 5 [Kohlenstoffatom C] des Pyrimidin-Rings des Cytosins) und zum anderen zwischen den Substraten der Enzyme und Bindungspartner. Die Methylierung wurde dort (Iyer et al. 2016, PMID 26660621) bevorzugt mit Bezeichnungen beschrieben, die nicht methylierte, aber methylierbare Stellen ausweisen; das sind beispielsweise die Bezeichnungen N6A‐MTases, N4C‐MTases und C5‐MTases für DNA-Methyltransferasen, während Enzyme und Vorgänge, die Methylgruppen voraussetzen, beispielsweise m6A demethylases und 5mC demethylation genannt wurden.
Schreibweisen BB
BearbeitenSchreibweisen für methylierte Nukleinbasen. Die methylierten Nukleobasen können mit Hervorhebungen geschrieben werden, zumeist kursiv und hochgestellt. Die deutschen Schreibweisen N6-Methyladenin, N4-Methylcytosin und 5-Methylcytosin korrelieren dann mit den englischen Schreibweisen N6-methyladenine (z. B. Alexeeva et al. 2018,[19] PMID 29685966 und Luo et al. 2015,[20] PMID 26507168), N4-methylcytosine (z. B. Alexeeva et al. 2018,[19] PMID 29685966 und Li et al. 2019,[21] PMID 31497001) und 5-methylcytosine (z. B. Alexeeva et al. 2018,[19] PMID 29685966 und Luo et al. 2015,[20] PMID 26507168).
Häufig wird die Kursiv-Schreibung des Stickstoffatoms in Position 6 des Adenins und in Position 4 des Cytosins weggelassen (N6-methyladenine, N4-methylcytosine und 5-methylcytosine; z. B. Iyer et al. 2016,[22] PMID 26660621 und Ehrlich et al. 1985,[23] PMID 4000939).
Wenn keine Verwechslungsmöglichkeiten vorliegen, wird oft gänzlich auf die Schriftformatierung verzichtet (N6-methyladenine, N4-methylcytosine und 5-methylcytosine; z. B. Ratel et al. 2006,[24] PMID 16684535), woraus sich die deutschen Schreibweisen N6-Methyladenin, N4-Methylcytosin und 5-Methylcytosin ergeben würden.
Gelegentlich wird nur die Position der Methylierung in Bezug zum Ringsystem der Nukleinbase angegeben und gegebenenfalls auf die Angabe eines Stickstoffatoms außerhalb des Rings verzichtet (6-methyladenosine, 4-methylcytosine und 5-methylcytosine; z. B. Blow et al. 2016,[25] PMID 26870957).
Die Nutzung von Abkürzungen wird zumeist explizit angegeben, üblich sind m6A, m4C und m5C (z. B. Blow et al. 2016,[25] PMID 26870957), 6mA, 4mC und 5mC (Heyn & Esteller 2015,[26] PMID 25936836; Ratel et al. 2006,[24] PMID 16684535) sowie m6A, m4C und m5C (Iyer et al. 2016,[22] PMID 26660621; Ehrlich et al. 1985,[23] PMID 4000939).
Bei speziellen Themen werden zusätzliche Unterscheidungsmerkmale angewendet. In einer Veröffentlichung (Alexeeva et al. 2018,[19] PMID 29685966), in der es um die Möglichkeit der doppelten Methylierung an Nukleinbasen geht, wurden auch kursiv geschriebene Zeichen hochgestellt (z. B. in den Abkürzungen mN4C für N4-methylcytosine und mN4,5C für N4,5-dimethylcytosine).
In einer Veröffentlichung (Iyer et al. 2016,[22] PMID 26660621), in der es um Methylierung und Demethylierung geht, wurde zum einen zwischen den Positionen unterschieden, an denen Ereignisse stattfinden können (N6 ist die exozyklische Aminogruppe [Stickstoffatom N] am Adenin in der Position 6 des Purin-Rings, N4 ist die exozyklische Aminogruppe am Cytosin in der Position 4 des Pyrimidinrings und C5 ist die Position 5 [Kohlenstoffatom C] des Pyrimidin-Rings des Cytosins) und zum anderen zwischen den Substraten der Enzyme und Bindungspartner. Die Methylierung wurde dort (Iyer et al. 2016,[22] PMID 26660621) bevorzugt mit Bezeichnungen beschrieben, die nicht methylierte, aber methylierbare Stellen ausweisen; das sind beispielsweise die Bezeichnungen N6A‐MTases, N4C‐MTases und C5‐MTases für DNA-Methyltransferasen, während Enzyme und Vorgänge, die Methylgruppen voraussetzen, beispielsweise m6A demethylases und 5mC demethylation genannt wurden.
Schreibweisen CC
BearbeitenSchreibweisen für methylierte Nukleinbasen. Die methylierten Nukleobasen können mit Hervorhebungen geschrieben werden, zumeist kursiv und hochgestellt. Die deutschen Schreibweisen N6-Methyladenin, N4-Methylcytosin und 5-Methylcytosin korrelieren dann mit den englischen Schreibweisen N6-methyladenine (z. B. Alexeeva et al. 2018,[19] und Luo et al. 2015,[20]), N4-methylcytosine (z. B. Alexeeva et al. 2018,[19] und Li et al. 2019,[21]) und 5-methylcytosine (z. B. Alexeeva et al. 2018,[19] und Luo et al. 2015,[20]).
Häufig wird die Kursiv-Schreibung des Stickstoffatoms in Position 6 des Adenins und in Position 4 des Cytosins weggelassen (N6-methyladenine, N4-methylcytosine und 5-methylcytosine; z. B. Iyer et al. 2016,[22] und Ehrlich et al. 1985,[23]).
Wenn keine Verwechslungsmöglichkeiten vorliegen, wird oft gänzlich auf die Schriftformatierung verzichtet (N6-methyladenine, N4-methylcytosine und 5-methylcytosine; z. B. Ratel et al. 2006,[24]), woraus sich die deutschen Schreibweisen N6-Methyladenin, N4-Methylcytosin und 5-Methylcytosin ergeben würden.
Gelegentlich wird nur die Position der Methylierung in Bezug zum Ringsystem der Nukleinbase angegeben und gegebenenfalls auf die Angabe eines Stickstoffatoms außerhalb des Rings verzichtet (6-methyladenosine, 4-methylcytosine und 5-methylcytosine; z. B. Blow et al. 2016,[25]).
Die Nutzung von Abkürzungen wird zumeist explizit angegeben, üblich sind m6A, m4C und m5C (z. B. Blow et al. 2016,[25]), 6mA, 4mC und 5mC (Heyn & Esteller 2015,[26]; Ratel et al. 2006,[24]) sowie m6A, m4C und m5C (Iyer et al. 2016,[22]; Ehrlich et al. 1985,[23]).
Bei speziellen Themen werden zusätzliche Unterscheidungsmerkmale angewendet. In einer Veröffentlichung (Alexeeva et al. 2018,[19]), in der es um die Möglichkeit der doppelten Methylierung an Nukleinbasen geht, wurden auch kursiv geschriebene Zeichen hochgestellt (z. B. in den Abkürzungen mN4C für N4-methylcytosine und mN4,5C für N4,5-dimethylcytosine).
In einer Veröffentlichung (Iyer et al. 2016,[22]), in der es um Methylierung und Demethylierung geht, wurde zum einen zwischen den Positionen unterschieden, an denen Ereignisse stattfinden können (N6 ist die exozyklische Aminogruppe [Stickstoffatom N] am Adenin in der Position 6 des Purin-Rings, N4 ist die exozyklische Aminogruppe am Cytosin in der Position 4 des Pyrimidinrings und C5 ist die Position 5 [Kohlenstoffatom C] des Pyrimidin-Rings des Cytosins) und zum anderen zwischen den Substraten der Enzyme und Bindungspartner. Die Methylierung wurde dort (Iyer et al. 2016,[22]) bevorzugt mit Bezeichnungen beschrieben, die nicht methylierte, aber methylierbare Stellen ausweisen; das sind beispielsweise die Bezeichnungen N6A‐MTases, N4C‐MTases und C5‐MTases für DNA-Methyltransferasen, während Enzyme und Vorgänge, die Methylgruppen voraussetzen, beispielsweise m6A demethylases und 5mC demethylation genannt wurden.
Schreibweisen DD
BearbeitenSchreibweisen für methylierte Nukleinbasen. Die methylierten Nukleobasen können mit Hervorhebungen geschrieben werden, zumeist kursiv und hochgestellt. Die deutschen Schreibweisen N6-Methyladenin, N4-Methylcytosin und 5-Methylcytosin korrelieren dann mit den englischen Schreibweisen N6-methyladenine (z. B.[19][20]), N4-methylcytosine (z. B.[19][21]) und 5-methylcytosine (z. B.[19][20]).
Häufig wird die Kursiv-Schreibung des Stickstoffatoms in Position 6 des Adenins und in Position 4 des Cytosins weggelassen (N6-methyladenine, N4-methylcytosine und 5-methylcytosine; z. B.[22][23]).
Wenn keine Verwechslungsmöglichkeiten vorliegen, wird oft gänzlich auf die Schriftformatierung verzichtet (N6-methyladenine, N4-methylcytosine und 5-methylcytosine; z. B.[24]), woraus sich die deutschen Schreibweisen N6-Methyladenin, N4-Methylcytosin und 5-Methylcytosin ergeben würden.
Gelegentlich wird nur die Position der Methylierung in Bezug zum Ringsystem der Nukleinbase angegeben und gegebenenfalls auf die Angabe eines Stickstoffatoms außerhalb des Rings verzichtet (6-methyladenosine, 4-methylcytosine und 5-methylcytosine; z. B.[25]).
Die Nutzung von Abkürzungen wird zumeist explizit angegeben, üblich sind m6A, m4C und m5C (z. B.[25]), 6mA, 4mC und 5mC (z. B.[26][24]) sowie m6A, m4C und m5C (z. B.[22][23]).
Bei speziellen Themen werden zusätzliche Unterscheidungsmerkmale angewendet. In einer Veröffentlichung[19] in der es um die Möglichkeit der doppelten Methylierung an Nukleinbasen geht, wurden auch kursiv geschriebene Zeichen hochgestellt (z. B. in den Abkürzungen mN4C für N4-methylcytosine und mN4,5C für N4,5-dimethylcytosine).
In einer Veröffentlichung[22] in der es um Methylierung und Demethylierung geht, wurde zum einen zwischen den Positionen unterschieden, an denen Ereignisse stattfinden können (N6 ist die exozyklische Aminogruppe [Stickstoffatom N] am Adenin in der Position 6 des Purin-Rings, N4 ist die exozyklische Aminogruppe am Cytosin in der Position 4 des Pyrimidinrings und C5 ist die Position 5 [Kohlenstoffatom C] des Pyrimidin-Rings des Cytosins) und zum anderen zwischen den Substraten der Enzyme und Bindungspartner. Die Methylierung wurde dort[22] bevorzugt mit Bezeichnungen beschrieben, die nicht methylierte, aber methylierbare Stellen ausweisen; das sind beispielsweise die Bezeichnungen N6A‐MTases, N4C‐MTases und C5‐MTases für DNA-Methyltransferasen, während Enzyme und Vorgänge, die Methylgruppen voraussetzen, beispielsweise m6A demethylases und 5mC demethylation genannt wurden.
Schreibweisen in den verwendeten Zitaten
Bearbeiten- Dunn & Smith (1958, PMID 13522672) | 6-methylaminopurine (ist N6-methyladenine)
- Ehrlich et al. (1985, PMID 4000939) -- [23] -- N4-methylcytosine (m4C) | 5-methylcytosine (m5C) | N6-methyladenine (m6A) | PDF/ Schreibmaschine! -->
N4-methylcytosine (m4C),5-methylcytosine (m5C),N6-methyladenine (m6A),dam-type (Gm6ATC), - Ratel et al. (2006, PMID 16684535) -- [24] -- weder kursiv noch hochgestellt: 5-methylcytosine, N6-methyladenine, N4-methylcytosine, | 5-methylcytosine (m5C), N6-methyladenine (m6A), N4-methylcytosine (m4C).
- Ratel et al. (2006, PMID 16479578) -- Achtung! ref name="Ratel_etal2006" schon vorhanden -- weder kursiv noch hochgestellt: 5-methylcytosine, N6-methyladenine, N4-methylcytosine, | 5-methylcytosine (m5C), N6-methyladenine (m6A), N4-methylcytosine (m4C).
- Heyn & Esteller (2015, PMID 25936836) -- [26] -- weder kursiv noch hochgestellt: DNA N6-methyladenine (6mA) ... | 5-hydromethylcytosine (5hmC), | ... 5-formylcytosine and 5-carboxylcytosine, are ... N4-methylcytosine (4mC), | N6-methyladenine (6mA)
- Luo et al. (2015, PMID 26507168) -- [20] -- Im Abstract als Plain Text (PubMed):
DNA N(6)-adenine methylation (N(6)-methyladenine; 6mA) ...| als formatierter Text (PCM und PDF):DNA N6-adenine methylation (6mA) ...| - Li et al. (2019, PMID 31497001) -- [21] --
N4-cytosine... (4mC) ... methylated motif,“C4mCGCGG”...at N4 atom of “CCGCGG” motif... / in PCM zusätzl. hochgestelltes Leerzeichen und andere Anführungszeichen:N 4-cytosine... (4mC) ... methylated motif,"C4mCGCGG"...at N 4 atom of “CCGCGG” motif... |N6-methyladenine (6mA),N4-methylcytosine (4mC), andC5-methylcytosine (5mC)...- "Here, we demonstrate that N4-cytosine is the major methylated form (4mC) in D. radiodurans." (Li et al. 2019) müsste vermutlich richtig lauten: "Here, we demonstrate that N4-methylcytosine (4mC) is the major methylated form in D. radiodurans." oder "Here, we demonstrate that cytosine—methylated at its N4-position—is the major form (4mC) in D. radiodurans. ...."
- "N6-methyladenine (6mA), N4-methylcytosine (4mC), and C5-methylcytosine (5mC) are the major methylated sites in bacterial genomes, which are generated by methyltransferases (MTases) transferring a methyl group from S-adenosyl-l-methionine (SAM) to certain target bases." müsste vermutlich besser lauten: "...5-methylcytosine..." statt "C5-methylcytosine".
- Blow et al. (2016, PMID 26870957) -- [25] -- ... of 6-methyladenosine (m6A), 4-methylcytosine (m4C), and 5-methylcytosine (m5C) ...
- Alexeeva et al. (2018, PMID 29685966) -- [19] -- | N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) | 5-methylcytosine (m5C) | N4-methylcytosine (mN4C) | N6-methyladenine (mN6A)
- Iyer et al. (2016, PMID 26660621) -- [22] -- Abstract:
N6‐methyladenosine (m6A),5‐methylcytosine, keinN4-methylcytosine;
eingekürzt
- Ehrlich et al. (1985, PMID 4000939) -- [23] --
N4-methylcytosine (m4C),5-methylcytosine (m5C),N6-methyladenine (m6A),dam-type (Gm6ATC), - Ratel et al. (2006, PMID 16684535) -- [24] -- weder kursiv noch hochgestellt: 5-methylcytosine (m5C), N6-methyladenine (m6A), N4-methylcytosine (m4C).
- Heyn & Esteller (2015, PMID 25936836) -- [26] -- weder kursiv noch hochgestellt: DNA N6-methyladenine (6mA) ... | 5-hydromethylcytosine (5hmC), | | N6-methyladenine (6mA)
- Luo et al. (2015, PMID 26507168) -- [20] -- Im ... | als formatierter Text (PCM und PDF):
DNA N6-adenine methylation (6mA) ...| - Li et al. (2019, PMID 31497001) -- [21] --
N4-cytosine... (4mC) ... ... / |N6-methyladenine (6mA),N4-methylcytosine (4mC), andC5-methylcytosine (5mC)... - Blow et al. (2016, PMID 26870957) -- [25] -- ... of 6-methyladenosine (m6A), 4-methylcytosine (m4C), and 5-methylcytosine (m5C) ...
- Alexeeva et al. (2018, PMID 29685966) -- [19] -- | N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) | 5-methylcytosine (m5C) | N4-methylcytosine (mN4C) | N6-methyladenine (mN6A)
- Iyer et al. (2016, PMID 26660621) -- [22] -- Abstract:
N6‐methyladenosine (m6A),5‐methylcytosine, keinN4-methylcytosine;
Textstellen in Iyer et al. (2016, PMID 26660621)
BearbeitenIntroduction: Cytosine is methylated either on the carbon at the 5 position of the pyrimidine ring (C5) or at the exo‐cyclic NH2 group at the 4 position (N4), whereas adenine is methylated on the exocyclic NH2 group at the 6 position of the purine ring (N6) (Fig.1A). ... These modifications include, N6‐methyladenine (m6A), adenine modified at N6 by glycine (momylation), deazaguanines, 5‐hydroxymethyluracil, hypermodified thymines, 5‐methylcytosine (5mC), and 5‐hydroxymethylcytosine (5hmC) and its glycosylated derivatives 15, 24, 25. ...
... In both cases, they might be found alongside a gene for a DNA C5‐MTase, and in some cases a second N6A‐MTase (Fig. 1C).
Figure 1: m6A methylation and demethylation reactions, topology, and conserved features of eukaryotic N6A‐MTases. ... Additional non‐standard names include: X, domains of uncharacterized function; cpN6‐MTase (6 nicht hochgestellt), circularly permuted Group I‐like MTase; ...
hinter Figure 1: ... to give rise to 5hmC, 5‐formylcytosine (5fC), and 5‐carboxylcytosine (5caC) 46, 47, 48, 49, 50. ...
Abschluss von "Introduction"; m6A und N6A gleichzeitig: In contrast to 5mC, m6A (the dominant epigenetic mark in prokaryotes) remained ... overview of the natural history of the N6A methylation, demethylation, and “reading” apparatus.
Abschnitt (nach Introduction): Eukaryotic N6A‐MTases belong to three broad groups
Box 1: (Überschrift Anatomie der MTase-Domänen von N6A-MTasen): Anatomy of N6A‐MTases‐MTase domains ... all nucleic acid C5 MTases 58 (einmal Verwendung ohne Bindestrich) and the other uniting enzymes catalyzing methylation of both N4C and N6A, those modifying the N2 position (nicht hochgestellt) of guanines in RNA, as well as certain ... N4C‐MTases appear ...n the first position 64.
Abschnitt "How are m6A marks reset?": ... It remains to be seen whether the metastable intermediates, N6hmA and N6fA, have any independent role in DNA as proposed for modified RNA 100. ...
Figure 4: ... Domain architectures and gene neighborhoods of N6A demethylases. ...
Erster Satz nach Figure 4: Recently, it was proposed that the Drosophila TET enzyme, DmTET, functions as a m6A demethylase 54.
... are restriction endonucleases of N6A‐modifying R‐M systems (Fig. 4; Supporting Information) ...
Sortiert (Iyer et al. 2016)
Bearbeiten4- : --
5- : 5‐methylcytosine mark, 5‐hydroxymethyluracil, 5‐methylcytosine, 5‐hydroxymethylcytosine,
6- : N6‐methyladenosine, cpN6‐MTase,
a- : m6A-... und N6A‐...
c- : N4C-...,
a6 : --
a4 : --
c5 : C5, C5 MTases, DNA C5 methylation apparatus, DNA C5‐MTase, C5‐MTases,
4m : --
5m : 5mC, oxidized 5mC derivatives, 5mC demethylation
6m : --
m4 : --
m5 : --
m6 : m6A, m6A marks, m6A‐binding protein domains, m6A demethylases, m6A methylation and demethylation reactions, m6A‐enriched regions, m6A‐generating systems, m6A‐based regulation,
n4 : N4, N4C‐MTases, N4C modification in RNA, N4 position,
n5 : --
n6 : N6‐methyladenosine, N6, cpN6‐MTase, N6A‐MTases, N6A methylation, demethylation, and “reading” apparatus, N6A‐MTase domains, N6A‐MTases‐MTase domains, N6A‐MTase, N6A methylation patterns, N6A RNA MTases, N6A demethylases, N6A‐modifying R‐M systems,
Schreibweisen der Enzyme laut EC-Nummern-System
BearbeitenAkzeptierter Name:
ENZYME entry: EC 2.1.1.72 | https://enzyme.expasy.org/EC/2.1.1.72, 2019-10-14
- Akzeptierter Name: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific).
ENZYME entry: EC 2.1.1.113 | https://enzyme.expasy.org/EC/2.1.1.113, 2019-10-14
- Akzeptierter Name: Site-specific DNA-methyltransferase (cytosine-N(4)-specific).
ENZYME entry: EC 2.1.1.37 | https://enzyme.expasy.org/EC/2.1.1.37, 2019-10-14
- Akzeptierter Name: DNA (cytosine-5-)-methyltransferase.
- Ein alternativer Name: Site-specific DNA-methyltransferase (cytosine-specific).
Andere Sachen
BearbeitenHervorhebung von Hervorhebungen
BearbeitenAnhand eines komplex formatierten Ausdrucks wurde getestet, wie der Ausdruck als ganzes hervorgehoben werden könnte. In Kombination mit weiteren automatischen Formatierungen (z. B. durch <ref ...>...</ ref> und <references .../>) scheint nur <code>...</code> stabil zu sein.
- | N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) | span
- |
N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C)| code - | N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) | span class="rahmenfarbe3" style="border-style: solid; border-width: 2px; margin: 2px"
- | N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) | span class="rahmenfarbe3" style="border-style: solid; border-width: 2px; margin: 2px; padding: 5px"
- | N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) | span class="rahmenfarbe4" style="border-style: solid; border-width: 1px; margin: 10px; padding: 10px"
- | "N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C)" | big Anführungszeichen /big span class="rahmenfarbe4" style="border-style: solid; border-width: 1px; margin: 10px; padding: 10px"
Das ganze wird jetzt mit Padding ohne Margin durchgeführt. Große Anführungszeichen außerhalb des Rahmens erzeugen Platz nach oben und unten. "N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C)"......................................"N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C)"....................................."N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C)"......................................."N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C)"................................................"N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C)"......................................."N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) („Unten-gq-Mitte-h'Il-Oben“)"..........bla bla..........................."N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C)". | big Anführungszeichen /big span class="rahmenfarbe4" style="border-style: solid; border-width: 1px; padding: 2px" |
Das ganze wird jetzt ohne Padding und ohne Margin durchgeführt. Der eigentliche Ausdruck wird mit großen geschützten Leerzeichen umklammert, die Abstand nach links und rechts sowie nach oben und unten erzeugen (<big> </big>eigentlicher Ausdruck<big> </big>). werden durch big-nbsp;-/big-Einträge ersetzt. N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ...................................... N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ..................................... N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ....................................... N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ................................................ N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ....................................... N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ..........bla bla........................... N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) („Unten-gq-Mitte-h'Il-Oben“ . | big Anführungszeichen /big span class="rahmenfarbe4" style="border-style: solid; border-width: 1px; padding: 2px" | Als Anmerkung[A 1] |
Statt einer Rahmenfarbe wird die Hintergrundfarbe "background-color:powderblue;" eingesetzt. Der eigentliche Ausdruck wird mit großen geschützten Leerzeichen umklammert, die Abstand nach links und rechts sowie nach oben und unten erzeugen (<big> </big>eigentlicher Ausdruck<big> </big>). werden durch big-nbsp;-/big-Einträge ersetzt. N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ...................................... N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ..................................... N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ....................................... N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ................................................ N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ....................................... N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ..........bla bla........................... N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) („Unten-gq-Mitte-h'Il-Oben“) . | big Anführungszeichen /big span style="background-color:powderblue" |
Experimente mit Links und kursiv
Bearbeiten- Sporenbildung durch Bacillus subtilis, war kursiv, dann Link
- Differenzierung von Rhizobium in stickstofffixierende Bakteroide, erst Link, dann kursiv
- asymmetrische Zellteilung in Caulobacter, erst Link, dann kursiv
- Bildung von Fruchtkörpern durch Myxococcus, erst kursiv und dann Link
- Heterozystenbildung in Cyanobakterien und
- Bildung von Biofilmen bei vielen Bakterienarten.
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* Sporenbildung durch ''[[Bacillus subtilis]]'', war kursiv, dann Link
* Differenzierung von ''[[Rhizobium]]'' in stickstofffixierende Bakteroide, erst Link, dann kursiv
* asymmetrische [[Caulobacter|Zellteilung in ''Caulobacter'']], erst Link, dann kursiv
* Bildung von [[Myxococcus xanthus|Fruchtkörpern durch ''Myxococcus'']], erst kursiv und dann Link
* <u>[[Heterocyste|Heterozystenbildung]] in [[Cyanobakterien]]</u> und
* Bildung von Biofilmen bei vielen Bakterienarten.
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* Sporenbildung durch ''[[Bacillus subtilis]]'', war kursiv, dann Link
* Differenzierung von ''[[Rhizobium]]'' in stickstofffixierende Bakteroide, erst Link, dann kursiv
* asymmetrische [[Caulobacter|Zellteilung in ''Caulobacter'']], erst Link, dann kursiv
* Bildung von [[Myxococcus xanthus|Fruchtkörpern durch ''Myxococcus'']], erst kursiv und dann Link
* <u>[[Heterocyste|Heterozystenbildung]] in [[Cyanobakterien]]</u> und
* Bildung von Biofilmen bei vielen Bakterienarten.
HTML-Entities
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Diskussion Schwerpunkte / Aktualisierung
Bearbeiten- Antwort an mich selbst
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- --Dirk123456 (Diskussion) 18:12, 2. Okt. 2019 (CEST)
Anmerkungen
Bearbeiten- ↑ Als Anmerkung; Das ganze wird jetzt ohne Padding und ohne Margin durchgeführt. Der eigentliche Ausdruck wird mit großen geschützten Leerzeichen umklammert, die Abstand nach links und rechts sowie nach oben und unten erzeugen (
<big> </big>eigentlicher Ausdruck<big> </big>). werden durch big-nbsp;-/big-Einträge ersetzt. N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ...................................... N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ..................................... N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ....................................... N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ................................................ N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ....................................... N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) ..........bla bla........................... N4,5-dimethylcytosine (mN4,5C) („Unten-gq-Mitte-h'Il-Oben“ . | big Anführungszeichen /big span class="rahmenfarbe4" style="border-style: solid; border-width: 1px; padding: 2px" |
Einzelnachweise
Bearbeiten- ↑ a b c Marc W. Schmid, Christian Heichinger, Diana Coman Schmid, Daniela Guthörl, Valeria Gagliardini: Contribution of epigenetic variation to adaptation in Arabidopsis. In: Nature Communications. Band 9, Nr. 1, 25. Oktober 2018, ISSN 2041-1723, S. 4446, doi:10.1038/s41467-018-06932-5, PMID 30361538, PMC 6202389 (freier Volltext).
- ↑ a b c d Jennifer M. SanMiguel, Marisa S. Bartolomei: DNA methylation dynamics of genomic imprinting in mouse development. In: Biology of Reproduction. Band 99, Nr. 1, 1. Juli 2018, ISSN 1529-7268, S. 252–262, doi:10.1093/biolre/ioy036, PMID 29462489, PMC 6044325 (freier Volltext).
- ↑ a b c Mélanie Rigal, Claude Becker, Thierry Pélissier, Romain Pogorelcnik, Jane Devos: Epigenome confrontation triggers immediate reprogramming of DNA methylation and transposon silencing in Arabidopsis thaliana F1 epihybrids. In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Band 113, Nr. 14, 5. April 2016, ISSN 1091-6490, S. E2083–2092, doi:10.1073/pnas.1600672113, PMID 27001853, PMC 4833259 (freier Volltext).
- ↑ a b c Ian R. Henderson, Angelique Deleris, William Wong, Xuehua Zhong, Hang Gyeong Chin: The de novo cytosine methyltransferase DRM2 requires intact UBA domains and a catalytically mutated paralog DRM3 during RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis thaliana. In: PLoS genetics. Band 6, Nr. 10, 28. Oktober 2010, ISSN 1553-7404, S. e1001182, doi:10.1371/journal.pgen.1001182, PMID 21060858, PMC 2965745 (freier Volltext).
- ↑ a b c Israel Ausin, Todd C. Mockler, Joanne Chory, Steven E. Jacobsen: IDN1 and IDN2 are required for de novo DNA methylation in Arabidopsis thaliana. In: Nature Structural & Molecular Biology. Band 16, Nr. 12, Dezember 2009, ISSN 1545-9985, S. 1325–1327, doi:10.1038/nsmb.1690, PMID 19915591, PMC 2842998 (freier Volltext).
- ↑ a b c Massimiliano Manzo, Joël Wirz, Christina Ambrosi, Rodrigo Villaseñor, Bernd Roschitzki: Isoform-specific localization of DNMT3A regulates DNA methylation fidelity at bivalent CpG islands. In: The EMBO journal. Band 36, Nr. 23, 1. Dezember 2017, ISSN 1460-2075, S. 3421–3434, doi:10.15252/embj.201797038, PMID 29074627, PMC 5709737 (freier Volltext).
- ↑ a b c Lei Yang, Li-Shuang Song, Xue-Fei Liu, Qing Xia, Li-Ge Bai: The Maternal Effect Genes UTX and JMJD3 Play Contrasting Roles in Mus musculus Preimplantation Embryo Development. In: Scientific Reports. Band 6, 7. Juli 2016, ISSN 2045-2322, S. 26711, doi:10.1038/srep26711, PMID 27384759, PMC 4935995 (freier Volltext).
- ↑ a b c d e f Rachel Amouroux, Buhe Nashun, Kenjiro Shirane, Shoma Nakagawa, Peter Ws Hill: De novo DNA methylation drives 5hmC accumulation in mouse zygotes. In: Nature Cell Biology. Band 18, Nr. 2, Februar 2016, ISSN 1476-4679, S. 225–233, doi:10.1038/ncb3296, PMID 26751286, PMC 4765106 (freier Volltext).
- ↑ a b c Kam-Wing Jair, Kurtis E. Bachman, Hiromu Suzuki, Angela H. Ting, Ina Rhee: De novo CpG island methylation in human cancer cells. In: Cancer Research. Band 66, Nr. 2, 15. Januar 2006, ISSN 0008-5472, S. 682–692, doi:10.1158/0008-5472.CAN-05-1980, PMID 16423997.
- ↑ a b Liuling Pei, Lin Zhang, Jianying Li, Chao Shen, Ping Qiu: Tracing the origin and evolution history of methylation-related genes in plants. In: BMC plant biology. Band 19, Nr. 1, 12. Juli 2019, ISSN 1471-2229, S. 307, doi:10.1186/s12870-019-1923-7, PMID 31299897, PMC 6624907 (freier Volltext).
- ↑ a b Masaki Yagi, Mio Kabata, Tomoyo Ukai, Sho Ohta, Akito Tanaka: De Novo DNA Methylation at Imprinted Loci during Reprogramming into Naive and Primed Pluripotency. In: Stem Cell Reports. Band 12, Nr. 5, 14. Mai 2019, ISSN 2213-6711, S. 1113–1128, doi:10.1016/j.stemcr.2019.04.008, PMID 31056481, PMC 6524733 (freier Volltext).
- ↑ a b Yangping Li, Lingling Zhang, Yajuan Li, Wanru Li, Zhenyi Guo: Dynamics of DNA Methylation and DNMT Expression During Gametogenesis and Early Development of Scallop Patinopecten yessoensis. In: Marine Biotechnology (New York, N.Y.). Band 21, Nr. 2, April 2019, ISSN 1436-2236, S. 196–205, doi:10.1007/s10126-018-09871-w, PMID 30680591.
- ↑ a b Olya Yarychkivska, Zoha Shahabuddin, Nicole Comfort, Mathieu Boulard, Timothy H. Bestor: BAH domains and a histone-like motif in DNA methyltransferase 1 (DNMT1) regulate de novo and maintenance methylation in vivo. In: The Journal of Biological Chemistry. Band 293, Nr. 50, 14. Dezember 2018, ISSN 1083-351X, S. 19466–19475, doi:10.1074/jbc.RA118.004612, PMID 30341171, PMC 6302165 (freier Volltext).
- ↑ a b Steffen Rulands, Heather J. Lee, Stephen J. Clark, Christof Angermueller, Sébastien A. Smallwood: Genome-Scale Oscillations in DNA Methylation during Exit from Pluripotency. In: Cell Systems. Band 7, Nr. 1, 25. Juli 2018, ISSN 2405-4712, S. 63–76.e12, doi:10.1016/j.cels.2018.06.012, PMID 30031774, PMC 6066359 (freier Volltext).
- ↑ a b Keiichiro Joh, Fumikazu Matsuhisa, Shuji Kitajima, Kenichi Nishioka, Ken Higashimoto: Growing oocyte-specific transcription-dependent de novo DNA methylation at the imprinted Zrsr1-DMR. In: Epigenetics & Chromatin. Band 11, Nr. 1, 6. Juni 2018, ISSN 1756-8935, S. 28, doi:10.1186/s13072-018-0200-6, PMID 29875017, PMC 5989421 (freier Volltext).
- ↑ a b Ming Zhou, Ana Marie S. Palanca, Julie A. Law: Locus-specific control of the de novo DNA methylation pathway in Arabidopsis by the CLASSY family. In: Nature Genetics. Band 50, Nr. 6, Juni 2018, ISSN 1546-1718, S. 865–873, doi:10.1038/s41588-018-0115-y, PMID 29736015, PMC 6317521 (freier Volltext).
- ↑ a b Shoji Maenohara, Motoko Unoki, Hidehiro Toh, Hiroaki Ohishi, Jafar Sharif: Role of UHRF1 in de novo DNA methylation in oocytes and maintenance methylation in preimplantation embryos. In: PLoS genetics. Band 13, Nr. 10, Oktober 2017, ISSN 1553-7404, S. e1007042, doi:10.1371/journal.pgen.1007042, PMID 28976982, PMC 5643148 (freier Volltext).
- ↑ a b Yuta Takahashi, Jun Wu, Keiichiro Suzuki, Paloma Martinez-Redondo, Mo Li: Integration of CpG-free DNA induces de novo methylation of CpG islands in pluripotent stem cells. In: Science (New York, N.Y.). Band 356, Nr. 6337, 5. Mai 2017, ISSN 1095-9203, S. 503–508, doi:10.1126/science.aag3260, PMID 28473583, PMC 5654639 (freier Volltext).
- ↑ a b c d e f g h i j k l m n Marina Alexeeva, Prashanna Guragain, Almaz N. Tesfahun, Miglė Tomkuvienė, Aysha Arshad: Excision of the doubly methylated base N 4 ,5-dimethylcytosine from DNA by Escherichia coli Nei and Fpg proteins. In: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. Band 373, Nr. 1748, 5. Juni 2018, ISSN 0962-8436, S. 20170337, doi:10.1098/rstb.2017.0337, PMID 29685966, PMC 5915725 (freier Volltext).
- ↑ a b c d e f g h Guan-Zheng Luo, Mario Andres Blanco, Eric Lieberman Greer, Chuan He, Yang Shi: DNA N6-methyladenine: a new epigenetic mark in eukaryotes? In: Nature Reviews Molecular Cell Biology. 16, 2015, S. 705, doi:10.1038/nrm4076. PMID 26507168. PMC 4763336 (freier Volltext).
- ↑ a b c d e Shengjie Li, Jianling Cai, Huizhi Lu, Shuyu Mao, Shang Dai: N4-Cytosine DNA Methylation Is Involved in the Maintenance of Genomic Stability in Deinococcus radiodurans. In: Frontiers in Microbiology. Band 10, 2019, ISSN 1664-302X, S. 1905, doi:10.3389/fmicb.2019.01905, PMID 31497001, PMC 6712171 (freier Volltext).
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