Benutzer:Dirk123456/Baustellenbaustelle 001/Baustelle-3/Baustelle-3.22

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SARS-CoV | Diskussion:SARS-CoV | SARS-CoV-2 | Diskussion:SARS-CoV-2 |

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• .../Baustelle-3.22&oldid=210735985 – 2021-04-09 um 09:14:10 Uhr /Dokumentierte Vorversion (zwischen zwei Benennungen für Überschriften, vorher: "SARS-CoV, SARS-CoV-1, Einordnung" sowie nachher: "SARS-CoV, SARS-CoV-1, Einordnung und Benennung")./.

SARS-CoV, SARS-CoV-1, Einordnung und Benennung

{Anker|Dirk123456.2021-0409.d8a-i2k}ßßHallo, in diesem Diskussionsbeitrag geht es mir (Dirk123456) vor allem um die Darstellung des alternativen Ausdrucks „SARS-CoV-1“ und die Einordnung von „SARS-CoV“ bzw. „SARS-CoV-1“.

| {Anker|Dirk123456.2021-0409.d8a-i2k.001}ßßHauptziele | {Anker|Dirk123456.2021-0409.d8a-i2k.002}ßßHintergrund | {Anker|Dirk123456.2021-0409.d8a-i2k.003} | ßßWas ist „SARS-CoV-2“ und was ist „SARS-CoV“? | {Anker|Dirk123456.2021-0409.d8a-i2k.004}ßßVermeidung der Unterart durch Vermeidung der Infobox | {Anker|Dirk123456.2021-0409.d8a-i2k.005}ßßEinführung von SARS-CoV-1 | {Anker|Dirk123456.2021-0409.d8a-i2k.006}ßßPlan | {Anker|Dirk123456.2021-0409.d8a-i2k.Ende}ßßWeitere Maßnahmen |

Einordnung

• Vermeidung des Begriffs der „Unterart“ oder „subspecies“, den es in der Virentaxonomie nicht gibt und den ich in keiner wissenschaftlichen Publikation finden konnte.
• Einführung des Begriffs „Klade“, der laut Coronaviridae Study Group of the ICTV (2020; doi: 10.1038/s41564-020-0695-z) den Gruppen „SARS-CoV“ und „SARS-CoV-2“ entspricht („Schwesterkladen“)

Benennung

• Erwähnung des häufig verwendeten, alternativen Ausdrucks „SARS-CoV-1“ am Anfang der Einleitung und
• genaue Erläuterung der Herkunft im Abschnitt unterhalb der Einleitung.

{Anker|Dirk123456.2021-0409.d8a-i2k.002}ßßHintergrund

Ein Coronavirus, das „SARS“ verursacht, wurde von der Wissenschaft „SARS-CoV“ genannt. Später wurde ein anderes Coronavirus mit dem Namen „SARS-CoV-2“ belegt. Daraufhin wurde dem „SARS-CoV“ ein zusätzlicher, praktikablerer Name gegeben: „SARS-CoV-1“.

Im Artikel SARS-CoV ist prinzipell alles Notwendige zu „SARS-CoV-1“ enthalten. Allerdings gibt es eingangs eine Aufzählung von Synonymen, z. B. „früher auch SCV“, wobei „SARS-CoV-1“ in dieser Aufzählung noch nicht auftaucht. Da die Verwendung des neuen Ausdrucks „SARS-CoV-1“ mittlerweise etabliert ist, sollte dieser synonym genutzte Ausdruck vielleicht „mehr nach vorn“ und der Artikel SARS-CoV sollte die „zentrale Anlaufstelle“ zu Fragen um „SARS-CoV“ und „SARS-CoV-1“ bilden.

Die Einordnung von „SARS-CoV“ bzw. „SARS-CoV-1“ ist schwierig. Es ist kein einzelner Stamm, wie das in der englischen Wikipedia (oldid=1013390944) und durch WikiData (oldid=1385090943) suggeriert wird, sondern es gibt mehrere Stämme (z. B. „Tor2“ und „PC4-227“). Es ist keine Unterart, weil in der Virentaxonomie (aus gutem Grund) unterhalb der Art keine festen Ränge zugeordnet werden. In der „Vorlage:Infobox Virus“ (oldid=210116141), die gegenwärtig als Infobox im Artikel SARS-CoV (oldid=210580116) angewendet wird, gibt es aber den Parameter „Subspezies“ (bzw. in der resultierenden Infobox die Rubrik „Unterart“), der dennoch angewendet wurde.

Ich habe bereits versucht, dieses Problem mit der „Unterart“ in der Infobox „zu umschiffen“, indem ich dort eine Anmerkung angebracht habe, die darauf hinweisen sollte, dass SARS-CoV eigentlich keine „Unterart“, sondern eine „Klade“ ist (das wurde dokumentiert – Diskussion: oldid=209511424#SARS-CoV, Anmerkungen, Taxonomie; Versionsvergleich: diff=209455357&oldid=209300463). Das ändert aber nichts daran, dass weder SARS-CoV, noch SARS-CoV-2 „Unterarten“ sind, weil weder die Virusart (oder besser „species“: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus), noch jede andere Virusart in „subspecies“, „Subspezies“, „Unterarten“ oder ähnliches gegliedert wird; der Begriff sollte vermieden werden.

{Anker|Dirk123456.2021-0409.d8a-i2k.003}ßßWas ist „SARS-CoV-2“ und was ist „SARS-CoV“?

Die Coronaviridae Study Group of the ICTV – CSG (2020; doi: 10.1038/s41564-020-0695-z) vergleicht die Verhältnisse bei den Viren in Abbildung 1 (Fig. 1: Taxonomy of selected coronaviruses.) mit den Verhältnissen bei der Säugetierart Homo sapiens, bei der es unterhalb der Art ebenfalls nur Individuen gibt und keine weiteren taxonomischen Ränge (wie bspw. Unterarten). Die Namen von Individuen können etwas mit der Herkunft zu tun haben, müssen aber nicht. Die CSG gibt keinen besonders praktikablen Ratschlag, wie man die Kategorie nennen soll, in der die beiden Gruppen von Stämmen oder Isolaten (Gruppe zu „SARS-CoV“ und Gruppe zu „SARS-CoV-2“) angesiedelt sind. Die CSG macht Vorschläge zu genauen Benennung eines Isolates oder Stammes („isolate or strain number“); Übersetzung:

• „Die vorgeschlagene Namenskonvention enthält einen Verweis auf den Wirtsorganismus, aus dem das Virus isoliert wurde, den Ort der Isolierung (geografischer Ort), eine Isolat- oder Stammnummer und den Zeitpunkt der Isolierung (Jahr oder detaillierter) im Format Virus/Wirt/Ort/Isolat/Datum; z. B. SARS-CoV-2/human/Wuhan/X1/2019. Diese vollständige Bezeichnung sollte zusammen mit zusätzlichen und wichtigen Merkmalen wie dem pathogenen Potenzial beim Menschen oder anderen Wirten in die Übermittlung jeder Isolat-Genomsequenz an öffentliche Datenbanken wie die GenBank einbezogen werden. In Veröffentlichungen könnte dieser Name mit einer Sequenzdatenbank-ID erweitert werden, z. B. SARS-CoV-2/human/Wuhan/X1/2019_XYZ12345 (fiktives Beispiel), wenn dies erstmals im Text erwähnt wird.“

Beim künftig empfohlenen „Format Virus/Wirt/Ort/Isolat/Datum“ („format virus/host/location/isolate/date“) lassen sich Wirt, Ort und Datum vermutlich leicht bestimmen, für das Isolat lässt sich eine Bezeichnung bzw. Stammnummer festlegen, aber was genau ist „das Virus“?

In Abbildung 2 (Fig. 2: Phylogeny of coronaviruses.) gibt es phylogenetische Grafiken, in denen die Positionen „SARS-CoV“, „SARS-CoV-2“ und „MERS-CoV“ dunkelrot hervorgehoben wurden, also jene Coronaviren, die schwere Atemwegserkrankungen hervorrufen. Andere Positionen, z. B. „SARS-CoV PC4–227“ und „AY351680.1“, sind nicht hervorgehoben. Die beiden letztgenannten Positionen sind in einer phylogenetischen Grafik direkt zum dunkelroten „SARS-CoV“ benachbart:

• „SARS-CoV PC4–227“ bezieht sich auf ein Virusisolat, das in der Sequenzdatenbank GenBank die Zugriffsnummer AY613950.1 hat und dort „SARS coronavirus PC4-227“ heißt. Dem Eintrag wurde die Publikation Song et al. (2005; PMID 15695582) zugeordnet. Der Wirt ist eine Schleichkatze („palm civet“, vermutlich Paguma larvata).
• „AY351680.1“ ist eine Zugriffsnummer für ein Virus in GenBank, das dort „SARS coronavirus ZMY 1“ genannt wird. Dem Eintrag wurde keine separate Publikation zugeordnet (Zeng et al., 2003; direkt übermittelt – AY351680.1). Der Wirt ist vermutlich der Mensch (Homo sapiens), da als Sequenz-Übermittler das Zentrallabor eines Krankenhauses in Guangzhou (Guangdong, China) angegeben wurde.

Für die dunkelrot hervorgehobene Position „SARS-CoV“ wird in der Abbildungsunterschrift die GenBank-Zugriffsnummer AY274119.3 angegeben; dort heißt das Virus „SARS coronavirus Tor2“. Dem Eintrag wurde die Publikation He et al. (2004; PMID 15020242) zugeordnet. Der Wirt ist der Mensch (Homo sapiens); die Bezeichnung des Isolats, „Tor2“, bezieht sich auf den Patienten Nr. 2 in Toronto (Ontario, Kanada).

Das Isolat würde nach der vorgeschlagenen Namenskonvention also vermutlich „SARS-CoV/human/Toronto/Tor2/2003“ oder „SARS-CoV/human/Toronto/Tor2/2003_AY274119“ heißen.

In der Diskussion habe ich im Thread „SARS-CoV, Anmerkungen, Taxonomie“ (oldid=209511424#...omie) beim Lesezeichen „Untersuchung von Zitaten – Suche nach guten Ausdrücken“ (oldid=209511424#...003) bereits eine Übersetzung für den Satz mit den Schwesterkladen angeboten. Dort hatte ich als Erstes „to the prototype“ in als Mehrzahl-Form übersetzt; im Folgenden wird als Zweites auch eine Übersetzung in der Einzahl-Form angegeben:

• Originaler Text (im „Abstract“, doi: 10.1038/s41564-020-0695-z):  ―  „... Based on phylogeny, taxonomy and established practice, the CSG recognizes this virus as forming a sister clade to the prototype human and bat severe acute respiratory syndrome coronaviruses (SARS-CoVs) of the species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, and designates it as SARS-CoV-2. ...“

• Erste ungefähre Übersetzung, Mehrzahl-Form (die Prototypen):  ―  „... Basierend auf Phylogenie, Taxonomie und etablierter Praxis erkennt das CSG, dass dieses Virus [zuvor „2019-nCoV“ genannt] eine Schwesterklade in Bezug zu den Prototypen von Coronaviren mit schwerem akutem respiratorischem Syndrom (SARS-CoVs) beim Menschen und bei Fledertieren bildet, wobei die genannten Kladen zur Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus gehören, und bezeichnet es [das Virus] als SARS-CoV-2. ...“
• Zweite ungefähre Übersetzung, Einzahl-Form (der Prototyp):  ―  »... Basierend auf Phylogenie, Taxonomie und etablierter Praxis erkennt das CSG, dass dieses Virus [zuvor „2019-nCoV“ genannt] eine Schwesterklade zum Prototyp „human and bat severe acute respiratory syndrome coronaviruses“ (SARS-CoVs) der Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus bildet und bezeichnet es als SARS-CoV-2.«  ―  Der Prototyp hieße übersetzt in etwa: „Coronaviren des schweren akuten respiratorischen Syndroms beim Menschen und bei Fledermäusen“.

Die erste Übersetzung ist aus meiner Sicht leichter zu lesen, die zweite ist dichter am Original. Die erste Übersetzung liest sich eher so, als wenn zu mehreren Kladen („zu mehreren Schwestern“) eine neue Schwesterklade hinzu käme, die zweite Übersetzung liest sich eher so, als wenn zu nur einer Klade eine zweite hinzu käme. Warum der Prototyp nur Menschen und Fledermäuse als Wirte einbezieht, aber keine Schleichkatzen, lässt sich auch nicht ohne Weiteres erkennen.

Das Problem scheint zu sein, dass medizinische Aspekte und phylogenetische Aspekte die Benennung beeinflussen; ein Virus interessiert sich aber nicht dafür, mit wem es verwandt ist, wenn es jemanden krank macht. Im Kasten 1 (Box 1 Virus discovery and naming: from disease-based to phenotype-free; in doi: 10.1038/s41564-020-0695-z) gibt es ein Schema, dass dieses Dilemma darstellt:

• die WHO hatte zwei Seuchen benannt (oder deren Benennung bestätigt), nämlich SARS und MERS, und
• die Arbeitsgruppe „ICTV-CSG“ hatte zwei Seuchen-verursachende Viren benannt, nämlich SARS-CoV und MERS-CoV.  ―  Anmerkung zu „ICTV-CSG“: so heißt die Arbeitsgruppe, also die „Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses“, in der schematischen Abbildung.

Im Jahr 2019 kam dann eine dritte Seuche dazu, die von der WHO als COVID-19 bezeichnet wurde. Die ersten beiden Seuchen wurden von zwei Coronaviren ausgelöst, die unterschiedlichen Virusarten angehören; die dritte Seuche wurde von einem Virus ausgelöst, dass der gleichen Virusart angehört, wie jenes Virus der ersten Seuche. Das Muster:

• „X Y Respiratory Syndrome → XYRS → XYRS-CoV“ funktionierte nicht mehr.

Was ist „SARS-CoV“ heute? Es ist vermutlich nur ein Kompromis, der „auf Phylogenie, Taxonomie und etablierter Praxis basiert“ (siehe oben: „... Based on phylogeny, taxonomy and established practice, ...“).

Es kommt noch dazu, dass Stämme, die „SARS-CoV“ ähneln, aber unmittelbar kein SARS beim Menschen verursachen, manchmal das Präfix „SARS-CoV“ tragen und manchmal nicht. Die verschiedenen Formen von „SARS-Coronavirus“, „dem SARS-Coronavirus ähnliches Virus“, „zu SARS gehöriges Coronavirus“, die sich in Benennung wiederfanden und wiederfinden, machen es auch nicht einfacher.

{Anker|Dirk123456.2021-0409.d8a-i2k.004}ßßVermeidung der Unterart durch Vermeidung der Infobox

Eine (nicht ganz ernst gemeinte) Definition dieser Art wäre nicht hilfreich:

•   (‑;  SARS-CoV ist alles, was zur Art Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus gehört und nicht irgendwie anders heißt. Besonders gar nicht SARS-CoV ist das, was SARS-CoV-2 ist. Wenn irgendetwas SARS-CoV nicht besonders ähnlich erscheint, muss man ein bisschen gucken. Je nach dem, was gerade wichtig ist, macht man die Benennung an einer Krankheit oder an einem Stamm fest, von der oder dem man meint, dass sie oder er das Zentrum des Begriffs „SARS-CoV“ wären. Wenn gar nichts hilft, ist „etablierte Praxis“ das Schlüsselwort. Bei Schleichkatzen hat sich „SARS-CoV“ eingeschlichen, Fledermäuse sind Wirte von „SARS-CoVs“. Niemals nicht sollte man „SARS-CoV-1“ verwenden, denn das ist keine „etablierte Praxis“. Da man einen solchen Ausdruck vor SARS-CoV-2 nicht gebraucht hat, braucht man ihn auch jetzt nicht.  ;‑)  

Eine einfache und klar formulierte Definition ist in der Wikipedia deshalb schwer niederzuschreiben, weil es außerhalb der Wikipedia niemand getan hat.

Das einzige, was man wirklich sehr einfach belegen kann, ist, dass es keine Unterarten in der Virentaxonomie gibt:

• https://talk.ictvonline.org/information/w/faq/386/how-to-write-virus-species-and-other-taxa-names
  • Hier geht die Einordnung von „realm“ als höchstes Taxon bis zu „species“ als kleinstes Taxon. Das nächstkleinere Taxon wäre „subspecies“ – wenn es das gäbe. Weder diese, noch ein anderer Ausdruck für ein Taxon unterhalb der Art ist im Text zu finden.
• https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/10312
  • Hier lässt sich die Excel-Datei „VMR 010820 MSL35.xlsx“ herunterladen, die zwei Arbeitsblätter enthält: „VMRb35 010820 MSL35“ und „Column definitions“. Das erste Blatt („VMRb35 010820 MSL35“) enthält die konkreten Daten zu den einzelnen Viren, das zweite („Column definitions“) die Legende. Für die Spalte „Q“ bzw. „Species“ im eigentlichen Arbeitsblatt („VMRb35 010820 MSL35“) steht in der Legende („Column definitions“) unter „Definition“ Folgendes:  ―  „A 'species' is the lowest taxonomic rank in the hierarchy approved by the ICTV. While subspecies levels of classification may exist for some viruses, the ICTV is not currently responsible for the classification of viruses below the species level.“

Übersetzung der letzten Sätze:  ―  „Eine 'species' ist der niedrigste taxonomische Rang in der vom ICTV genehmigten Hierarchie. Während für einige Viren Klassifizierungsstufen auf Ebene von 'subspecies' existieren können, ist das ICTV derzeit nicht für die Klassifizierung von Viren unterhalb der Artenstufe verantwortlich.“

Fakt ist, dass das ICTV sich mit der Klassifizierung von Viren unterhalb der Stufe von einer „species“, nämlich Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, beschäftigt hat (CSG, 2020; doi: 10.1038/s41564-020-0695-z), nicht aber mit der Definition eines Taxons unterhalb der Artenstufe, also unterhalb von „species“. Das „classifying“ im Titel:

• „The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2“

bezieht sich lediglich auf Verzweigungen in Kladen, die Untersuchungen zu Ähnlichkeiten abbilden, nicht aber auf Taxa, die verbindliche Rangstufen haben würden (also z. B. „subspecies“).

Da die Verhältnisse ausreichend kompliziert sind, kann man sie im Artikel SARS-CoV weder in der Einleitung, noch in der Infobox am Anfang gleichzeitig richtig und übersichtlich darstellen. Gerade eine Infobox bietet wenig Raum für die Darstellung komplexer Zusammenhänge.

Da die Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus ein Taxon ist, kann man die „Infobox Virus“ im Artikel sinnvoll anwenden. Die Ausdrücke „SARS-CoV“ und „SARS-CoV-2“ beziehen sich auf Bedeutungsinhalte, denen keine sinnvolle Rubrik zugeordnet werden kann, die sich für die Infobox eignen würde. Weder das bisher nicht gültige Taxon „Unterart“ (gegenwärtig anwendet: Vorlage:Infobox Virus – Version vom 23.3.'21 – oldid=210116141; Einbindung im Artikel mit dem Titel „SARS-CoV“ – Version vom 5.4.'21 – oldid=210580116), noch ein einzelner „Stamm“ (in der engl. Wikipedia angewendet) sind wirklich zutreffend. Einzelne wissenschaftliche Publikationen liefern keinen punktgenauen Beleg für eine eindeutige Rubrik. Die Begriffe „Klade“ und „Schwesterklade“ phylogenetische „Arbeitsbegriffe“, aber keine verbindlichen taxonomischen Einheiten.

{Anker|Dirk123456.2021-0409.d8a-i2k.005}ßßEinführung von SARS-CoV-1

So wie es keinen punktgenauen Beleg für einen eindeutigen Namen einer Rubrik für „SARS-CoV“ gibt, gibt es auch keinen einzelnen Beleg für die alternative Verwendung des Ausdrucks „SARS-CoV-1“. Auch hier werden ausführliche Erläuterungen benötigt, die in der Einleitung oder in einer Infobox kaum angebracht werden können.

Der Ausdruck „SARS-CoV-1“ wird vor allem verwendet, wenn es um den Vergleich mit „SARS-CoV-2“ geht (z. B. van Doremalen et al., 2020; PMID 32182409)

{Anker|Dirk123456.2021-0409.d8a-i2k.006}ßßPlan

Grundsätzlicher Plan

Der Artikel wird in vier Textbereiche gegliedert: die Infobox, die Einleitung, den folgenden Abschnitt für ausführliche Erklärungen (momentan „Name“) und den vorerst unbetroffenen Text.

Die Infobox wird durch eine Abbildung ersetzt (die gegenwärtig in der Infobox enthalten ist). Sämtliche Information, die in Infobox enthalten sind und „SARS-CoV“ direkt betreffen, sollen in die Einleitung, in den erklärenden Abschnitt und ggf. in Anmerkungen ausgelagert werden. Informationen, die die gesamte Art betreffen, sollen künfig über die Verknüpfung auf eben diese Spezies, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, in der Einleitung erreichbar sein. Das betrifft vor allem die „Leiter der Taxa“, die auf der Virusart fußt und nicht weiter herunter reicht.

Sämtliche Einzelnachweise, die bisher in der Infobox, in der Einleitung und im erklärenden Abschnitt (momentan „Name“) aufgetaucht, sollen anschließend in den entsprechenden Bereichen, in der Abbildung, in der Einleitung und im erklärenden Abschnitt wieder auftauchen.

Es soll mehr erklärenden Text geben, der aber nicht in der Einleitung stehen soll. Daher wird mit Anmerkungen und Verweisen auf den erklärenden Abschnitt gearbeitet.

Bereits erledigte Vorbereitungen

• Anmerkungen als Referenztyp eingefügt (group="A").
• Einzelnachweise und Anmerkungen in den betroffenden Textbereichen mit „name“-Attributen ausgestattet.

Konkreter Plan

• Umbenennung des Abschnitts „Name“ nach „Einordnung und Benennung“.
• Einfügung von Planungskommentaren mit drei Textbereichen (Status: in Vorbereitung.).
• Austauch des Wikitextes zwischen den Planungskommentaren (Status: umgesetzt.).

{Anker|Dirk123456.2021-0409.d8a-i2k.Ende}ßßWeitere Maßnahmen

Wahrscheinlich sind mein Plan und die folgende Umsetzung nicht so ausreift, dass alles ohne Nachbesserungen funktioniert. Ich werde die Umsetzung unterhalb des Beitrag dokumentieren.

| ßß[#Dirk123456.2021-0409.d8a-i2k|↑Zum Anfang des Beitrags↑]ßß | ßß[#SARS-CoV, SARS-CoV-1, Einordnung und Benennung|↑Zur Überschrift↑]ßß |

MfG --~~

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Artikelentwurf

Elektronenmikroskopische Aufnahme von Virionen des SARS verursachenden Virus SARS-CoV.

SARS-CoV und ferner SARS-CoV-1 sind heute die gebräuchlichen Ausdrücke zur Bezeichnung desjenigen Virus’, welches die Krankheit SARS auslösen kann und die SARS-Pandemie 2002/2003 hervorgerufen hat. Am 16. April 2003, während der SARS-Pandemie 2002/2003, gab die WHO bekannt, dass als Verursacher ein Coronavirus (ein Virus, dass heute zur Familie der Coronaviridae gehört) von verschiedenen Laboren bestimmt worden war. Das Genom ist über 29,7 kbp groß und somit eines der umfangreichsten unter den RNA-Viren.

Die als Name verwendete Abkürzung „SARS-CoV“ wurde aus der englische Wortgruppe „severe acute respiratory syndrome coronavirus“ abgeleitet. Das SARS-CoV wird heute einer Klade zugeordnet, die zur Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus gehört, zu einer Art von Coronaviren, zu welcher weitere Viren bzw. Kladen gehören, z. B. SARS-CoV-2. Der alternative Ausdruck SARS-CoV-1 wird vor allem deshalb anstelle von SARS-CoV verwendet, um das Virus besser von jenem anderen Virus zu unterscheiden, welches SARS-CoV-2 genannt wurde (und zu einer COVID-19-Pandemie geführt hat). Einzelne Isolate bzw. Virusstämme der Klade, welcher SARS-CoV angehört, heißen beispielsweise „SARS-CoV Tor2“ und „SARS-CoV PC4-227“.

Einordnung und Benennung

Verschiedene Namen für das Virus, welches SARS verursachen kann („SARS-Coronavirus“, „SCV“), bezogen sich bis 2009 zugleich auf die gesamte taxonomische Spezies (damals „Severe acute respiratory syndrome coronavirus“), der dieses Virus angehörte.

Es wurden Stämme von Coronaviren in anderen Säugetieren als dem Menschen gefunden, z. B. in Fledermäusen, die dem SARS-verursachendem Virus beim Menschen ähneln. Seit 2009 heißt die Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (siehe dort für weitere Infos) und beherbergt (neben dem SARS-verursachenden Virus) auch weitere Stämme, die zwar verwandt sind, aber kein SARS beim Menschen auslösen. In der folgenden Zeit wurden weitere Stämme entdeckt, ohne dass dies die Unterscheidung von SARS-verursachenden Viren und anderen Viren innerhalb dieser Spezies grundlegend erschwert hätte.

Ein weiteres Virus, dass vorläufig mit n2019-CoV bezeichnet wurde, eng mit SARS-CoV verwandt ist und zur gleichen Spezies gehört, wurde Anfang 2020 als SARS-CoV-2 bezeichnet. Die Verwandschaft zwischen SARS-CoV und SARS-CoV-2, dem zweiten Pandemie-verursachenden Virus in dieser Spezies, wird vor allem durch Genomanalysen kenntlich.

In der gegenwärtig gültigen Liste für die Einordnung und Benennung von Viren, die durch das ICNV herausgegeben wurde, ist „SARS-CoV“ eine Kurzbezeichnung, die z. B. für zwei Virus-Isolate (bzw. Stämme) verwendet wird: „Tor2“ und „PC4-227“; der Ausdruck „SARS-CoV-1“ taucht dort nicht auf.

Seitdem es die Idee gibt, das 2019 als Erreger einer Krankheit (COVID-19) neu in Erscheinung getretene Coronavirus „SARS-CoV-2“ zu nennen, gibt es auch die Idee, das lange vorher in Erscheinung getretene Coronavirus besser als „SARS-CoV-1“ zu bezeichnen (statt es „SARS-CoV“ zu nennen), um die Viren besser unterscheiden zu können; frühe Beispiele stammen aus Februar 2020.

Eine schwierige Frage ist die nach der Einteilung von Viren, die zu einer einzelnen Spezies gehören, aber innerhalb dieser gruppiert werden müssen, da die Virus-Taxonomie (bzw. das ICTV) keine Ränge unterhalb der „species“ vorsieht.

Zwei solcher Gruppen sind zum einen diejenigen Viren, die SARS auslösen können und zum anderen jene Viren, die COVID-19 auslösen können, wobei beide Gruppen jeweils mehrere verschiedene Isolate aufweisen (bspw. „BJ-01“ bis „BJ-04“ bei „SARS-CoV“) und derselben Spezies angehören. Die Arbeitsgruppe vom Internationalen Komitee für die Taxonomie der Viren, welche für die Coronaviridae zuständig ist („Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses“), bezeichnete die beiden Viren, „SARS-CoV“ (jenes Virus, das die Krankheit SARS hervorrufen kann) und „SARS-CoV-2“ (jenes Virus, das die Krankheit COVID-19 hervorrufen kann) als Kladen zugeordnete Viren, als „Schwesterkladen“ („sister clades“) innerhalb derselben Spezies („species“), Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus. Die Arbeitsgruppe gab die Empfehlung, künftig nicht nur die grundsätzliche Virus-Bezeichnung (also z. B. „SARS-CoV“ oder „SARS-CoV-2“) innerhalb von Publikationen anzugeben, sondern weitere Angaben hinsichtlich des jeweiligen Isolates bzw. Stammes zu machen (z. B. im Format Virus/Wirt/Ort/Isolat/Datum; ggf. Zugriffsnummer zur Genomsequenz).

Bei vergleichenden Untersuchungen ist es praktikabel, sowohl die Gruppe von Krankheitserregern, als auch das konkret verwendete Isolat anzugeben; bei van Doremalen et al. (2020) wurden z. B. sowohl Ausdrücke für die beiden Gruppen („SARS-CoV-2“ und „SARS-CoV-1“), als auch konkrete Stammbezeichnungen („nCoV-WA1-2020“ und „Tor2“) sowie Zugriffsnummern für die jeweiligen Genomsequenzen („MN985325.1“ und „AY274119.3“) angegeben.

In Publikationen werden die Kurzformen SARS-CoV, SARS-CoV-1 und SARS-CoV-2 zumeist als Namen verwendet, während die ausgeschrieben Formen zumeist als Erklärungen für diese Namen zu finden sind. Bei Verwendung des Ausdrucks „SARS-CoV-1“ als Namen wurden unterschiedliche ausgeschriebenen Formen zur Erklärung des Namens verwendet, solche mit Einbeziehung der Ziffer (die ersten beiden Beispiele) und solche ohne Einbeziehung der Ziffer (die letzten beiden Beispiele):

• „… data from severe acute respiratory syndrome coronavirus 1 (SARS-CoV-1), the virus responsible …“,
• „… by its sister coronaviruses such as severe acute respiratory syndrome coronavirus-1 (SARS-COV-1) and …“,
• „… candidates for severe acute respiratory syndrome (SARS-CoV-1) and provided a brief overview of …“,
• „… Analysis of the first severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV-1) outcomes in 2003, and …“.

z

a

• „… data from severe acute respiratory syndrome coronavirus 1 (SARS-CoV-1), the virus responsible …“, Radhakrishnan et al. (Epub 2020 Jun 22; PMID 32719738) + (+ "Radhakrishnan-etal2020-PMID32719738" +) <ref name="Radhakrishnan-etal2020-PMID32719738">{{Literatur |Autor=Suma Radhakrishnan, Hafees Abdullah Perumbally, Sai Surya, Mohammed Shareef Ponneth |Titel=Guidelines for Surgical Tracheostomy and Tracheostomy Tube Change During the COVID-19 Pandemic: A Review Article |Sammelwerk=Indian Journal of Otolaryngology and Head and Neck Surgery: Official Publication of the Association of Otolaryngologists of India |Band=72 |Nummer=3 |Datum=2020-09 |ISSN=2231-3796 |DOI=10.1007/s12070-020-01893-y |PMC=7306934 |PMID=32719738 |Seiten=398–401}}</ref>
• „… by its sister coronaviruses such as severe acute respiratory syndrome coronavirus-1 (SARS-COV-1) and …“, Rahman et al. (2020 Jun 5; PMID 32528783) + Rahman et al. (2020 Jun 5; PMID 32528783) + (+ "Rahman-etal2020-PMID32528783" +) <ref name="Rahman-etal2020-PMID32528783">{{Literatur |Autor=Jawaria Rahman, Abilash Muralidharan, Sohail J. Quazi, Hajra Saleem, Safeera Khan |Titel=Neurological and Psychological Effects of Coronavirus (COVID-19): An Overview of the Current Era Pandemic |Sammelwerk=Cureus |Band=12 |Nummer=6 |Datum=2020-06-05 |ISSN=2168-8184 |DOI=10.7759/cureus.8460 |PMC=7282368 |PMID=32528783 |Seiten=e8460}}</ref>
• „… candidates for severe acute respiratory syndrome (SARS-CoV-1) and provided a brief overview of …“, Lin & Yao (2020 Jun 11; PMID 32606823) + (+ "Lin-Yao-2020-PMID32606823" +) <ref name="Lin-Yao-2020-PMID32606823">{{Literatur |Autor=Chih-Yin Lin, Chun-An Yao |Titel=Potential Role of Nrf2 Activators with Dual Antiviral and Anti-Inflammatory Properties in the Management of Viral Pneumonia |Sammelwerk=Infection and Drug Resistance |Band=13 |Datum=2020 |ISSN=1178-6973 |DOI=10.2147/IDR.S256773 |PMC=7295331 |PMID=32606823 |Seiten=1735–1741}}</ref>
• „Analysis of the first severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV-1) outcomes in 2003, and …“. Pozzer et al. (2020 Dec 1; PMID 33236040) + (+ "Pozzer-etal2020-PMID33236040" +) <ref name="Pozzer-etal2020-PMID33236040">{{Literatur |Autor=Andrea Pozzer, Francesca Dominici, Andy Haines, Christian Witt, Thomas Münzel |Titel=Regional and global contributions of air pollution to risk of death from COVID-19 |Sammelwerk=Cardiovascular Research |Band=116 |Nummer=14 |Datum=2020-12-01 |ISSN=1755-3245 |DOI=10.1093/cvr/cvaa288 |PMC=7797754 |PMID=33236040 |Seiten=2247–2253}}</ref>

Aufstellung der Einzelnachweise und einer Anmerkung, wie sie in der gegenwärtigen Version SARS-CoV&oldid=210580116) vorliegen sollten.

/ ---- angewendet ---- Novotny et al. (2006; PMID 16420098) + (- "Novotny-etal2006-PMID16420098" -)

/ ---- angewendet ---- Lau et al. (2005; PMID 16169905) + (- "10.1073/pnas.0506735102" -)

/ ---- angewendet ---- Hu et al. (2017; PMID 29190287) + (- "Hu-etal2017" -)

/ ---- angewendet ---- ICTV (2018b; Master Species List #34) + (- "ICTV_MSL#34_List2018b" -)

/ ---- angewendet ---- ICTV (Master Species List #35) + (- "ICTV_MSL#35" -)

/ ---- angewendet ---- Anmerkung zu Schwesterkladen (2020; Bezug auf doi:10.1038/s41564-020-0695-z) + (- "Anm-Schwesterkladen-CSG" group="A" -)

/ ---- angewendet ---- Coronaviridae Study Group of the ICTV (2020; PMID 32123347) + (- "CSG-naming-it-SARS-CoV-2_PMID32123347" -)

/ ---- angewendet ---- Drexler et al. (2014; doi:10.1016/j.antiviral.2013.10.013) (- "10.1016/j.antiviral.2013.10.013" -)

/ ---- angewendet ---- Li et al. (2005; PMID 16195424) + (- "Li-etal2005-PMID16195424" -)

/ ---- angewendet ---- Martina et al. (2003; PMID 14586458) + (- "Martina2003" -)

/ ---- angewendet ---- WHO-Bericht #22 (2020, 11. Feb.) + (- "WHO_report_22" -)

/ ---- angewendet ---- Gorbalenya et al. (2020, 7. Feb.; bioRxiv: 10.1101/2020.02.07.937862v1 (Preprint-Volltext)) + (- "CSG20190211" -)

/ ---- angewendet ---- Andersen et al. (2020) + (- "arambaut2020" -)

/ ---- angewendet ---- ICTV, taxnode_id=20113528 und Proposal (2008) + (- "ictv_taxref_2008" -)

--

ref name="Novotny-etal2006-PMID16420098"

ref name="10.1073/pnas.0506735102"

ref name="Hu-etal2017"

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ref name="Anm-Schwesterkladen-CSG" group="A"

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ref name="ictv_taxref_2008"

Anmerkungen

Wird für die Simulation des Artikels benötigt.

Einzelnachweise

Wird für die Simulation des Artikels benötigt.