Benutzer:Dirk123456/Baustellenbaustelle 001/Baustelle-4/Baustelle-4.9
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Bearbeiten| Baustelle-4.5 | | Baustelle-D.64 |
SARS-CoV-2 | 18.8.2023 – SARS-CoV-2&oldid=236512369 | Versionsgeschichte ...SARS-CoV-2&action=history |
Notizen
BearbeitenAus Baustelle-4.5 wurden am 31.1.'24 drei Blöcke übernommen.
Baustelle-4.5 hatte dadurch sechs Segmente, hier als a) bis f) bezeichnet:
- a) – 0 (nicht übernommen)
- b) – 2. Block
- c) – 0 (nicht übernommen)
- d) – 1. Block
- e) – 3. Block
- f) – 0 (nicht übernommen)
Eine Vorversion enthält unter „Notizen“:
- Baustelle-4.9&oldid=241736651#Notizen (UTC 2024-01-31T15:14:41)
eine Tabelle, die das Inhaltverzeichnis der anderen Baustelle-4.5, aber geliedert in die sechs Segmenten a) bis f), angibt. Das entspricht etwa dem Inhaltsverzeichnis von Baustelle-4.5, unmittelbar nach Übernahme der Blöcke
- Baustelle-4.5&oldid=241729883 (UTC 2024-01-31T11:31:03.)
Entwurf
BearbeitenErgänzungen zu: Schuppentiere, langer Satz und Weiteres
BearbeitenHallo, dies ist eine Sammlung ergänzender Informationen zu einem Abschnitt auf der Diskussionsseite vom Artikel SARS-CoV-2:
- Titel des Threads: „Schuppentiere, langer Satz und Weiteres“
- Erste Bearbeitungsversion:
Es geht um den Text unterhalb der Markierung „Schuppentiere“, der sich im Artikel SARS-CoV-2 im Abschnitt „Fledertiere und Schuppentiere“ befindet. Dort gibt es eingangs einen recht langen Satz, dessen Inhalt möglicherweise besser durch mehrere Sätze dargestellt werden könnte. Ich möchte diesen Satz und den darauffolgenden Text überarbeiten.
- Stichtag für den Beginn der Umsetzung im Artikel SARS-CoV-2: 5. Februar 2024
Arbeitsbegriffe
BearbeitenIch nutze im Weiteren einige Arbeitsbegriffe, die ich weiter unten erkläre; siehe #Eine Art „Glossar“ für Arbeitsbegriffe.
Es folgenden die Arbeitsbegriffe, wobei die jeweilige Abkürzung mit dem Pfeil nach links zum „Glossar“ führt:
- „Analyse-Basisversion“ (←ABV);
- „gegenwärtig“ (←GGW);
- „langer Satz“ (←LGS);
- „Muster /x – y/“ (←MXY);
- „relevanter Textbereich“ (←RTB);
- „speziell angepasste Zitierweise“ (←SAZ);
- „Teilbereich“ (←TLB);
Hintergrund
BearbeitenUnter SARS-CoV-2#Herkunft und Wirtsspektrum gibt es gegenwärtig die Überschrift SARS-CoV-2#Fledertiere und Schuppentiere und dort eine Markierung „Schuppentiere“, die als eine Art Überschrift dient. Unter dieser „Überschrifts-ähnlichen Markierung“ stehen zwei Absätze als eine Art „Abschnitts-ähnliche Textpassage“. Diese zwei Absätze werden mit einem sehr langen Satz eingeleitet wird, in etwa wie folgt:
- Nachdem in Malaiischen Schuppentieren (Manis javanica, en. Sunda pangolin) Coronaviren mit hoher genetischer Übereinstimmung zum SARS-CoV-2 gefunden wurden (Manis-CoV, genauer Pan_SL-CoV_GD/P1L,
[253]Isolate SRR10168377 und SRR10168378),[111]gerieten diese in Verdacht der Ursprung der Pandemie zu sein, obwohl Schuppentiere Einzeltiere sind, die relativ kleine Populationsgrößen aufweisen, aber trotz Verbots in China gehandelt werden (Rote Liste gefährdeter Arten).[54][69][254][255][256][257][253]
Die Nummern ([253],[111]usw.) sollen hier die Referenznummern für Einzelnachweise darstellen, wie sie in einer bestimmten Bearbeitungsversion das Artikels SARS-CoV-2 auftreten. Da sich die Nummerierung jederzeit ändern könnte, habe ich eine Bearbeitungsversion als Bezugspunkt für die Analyse herausgegriffen, welche die einzige Version am gewählten Tag ist und bezeichne sie als Analyse-Basisversion:
- Analyse-Basisversion – 18. Aug. 2023 – oldid=236512369.
Die Abfolge bestimmter Wörter im langen Satz:
- „Nachdem ..., gerieten ... in Verdacht ..., obwohl ..., aber trotz ...“
macht eine Zuordnung von Aussagen, bei denen Widersprüche zueinander hervorgehoben werden, nicht einfach. Ich ging am wahrscheinlichsten davon aus, dass im langen Satz zwei Aussagen getroffen werden sollten:
- Die Seltenheit macht das Schuppentier als Überträger unwahrscheinlich (Kontra-Argument).
- Der illegale Handel macht das Schuppentier als Überträger wahrscheinlich (Pro-Argument).
Um den Satz hinsichtlich seiner Aussagen und Quellen genauer aufzulösen, habe ich die acht Einzelnachweise mit neun Anwendungen untersucht, welche zum Satz gehören. Ich habe nach dem ersten Lesen in den Einzelnachweisen festgestellt, dass sich einzelnen Aussagen in manchen Fällen schwer zuordnen lassen, weshalb ich auch frühere Bearbeitungsversionen im Wikipedia-Artikel hinzuziehen wollte, um mir solche Zuordnungen zu erschließen.
Zwei Analyseformen kamen vor allem zum Einsatz, um Einzelaussagen besser zuordnen zu können:
- Suche nach entsprechenden Aussagen innerhalb des jeweiligen Belegs,
- Suche nach ursprünglicheren Textpassagen in der Versionsgeschichte, bspw. mithilfe eines dafür geeigneten Tools (https://blame.toolforge.org/wikiblame.php).
Es war eine Kombination mehrerer Methoden, die ich zur Zusammensetzung eines Bildes als eine Art „Prozess-Schleife“ abgearbeitet habe.
Eine Schwierigkeit bei dem Thema besteht darin, dass anfangs sehr frühe Aussagen aus Medien und Veröffentlichungen im Wikipedia-Artikel SARS-CoV-2 eingearbeitet wurden und diese dann sukzessive durch neue Aussagen ergänzt worden sind. Unter der „Überschrifts-ähnlichen Markierung“ mit dem Titel „Schuppentiere“ steht deshalb ein „Gemisch“ aus anfänglichen und späteren Textpassagen. Wenn etwas Neues dazu kam, wurde entsprechend versucht, den sonst immer länger werdenden Text in einer kompakten Form zu belassen. Da die „Zeit der Schuppentiere“ sehr schnelllebig war, sind einige Textpassagen sozusagen „gewandert“, sodass manches seinen ursprünglichen Kontext verbirgt.
So lassen sich festgelegte Namen und IDs, wie bspw. „SRR10168377“ und „SRR10168378“, noch halbwegs gut einordnen, da es öffentliche Datenbank-Einträge sind, während so etwas bei einem „Arbeitsbegriff“, der einmalig in einer einzelnen Publikation verwendetet wird, wie bspw. „Manis-CoV“, schwieriger wird. Bei komplexen Ausdrücken, wie bspw. „Pan_SL-CoV_GD/P1L“, lässt sich nicht ohne Weiteres erkennen, ob so ein Ausdruck eine einzelne Benennung darstellt oder ob er mehrere Dinge bzw. Benennungen aufzählt.
Im Zusammenhang mit „Pan_SL-CoV_GD/P1L“ habe ich festgestellt, dass ich die Recherche nicht auf den langen Satz – also den ersten Satz unter „Schuppentiere“ – beschränken kann, sondern zumindest auf alle beide Absätze unter „Schuppentiere“ ausdehnen muss; u. a. deshalb, weil der kürzere Ausdruck „Pan_SL-CoV_GD“ weiter unten im Wikipedia-Text erwähnt wird. Ich habe dann möglichst systematisch in den angegebenen Quellen nach kurzen Teil-Ausdrücken gesucht (bspw. /Pan_SL/, /SL-CoV/, ..., /P1L/, ...), um das Vorhandensein von speziellen Ausdrücken, wie sie im Wikipedia-Text angegeben sind, mit den Einzelnachweisen in Übereinstimmung zu bringen.
- Diese speziellen Ausdrücke sind: „Manis-CoV“, „Pan_SL-CoV_GD/P1L“, „SRR10168377“, „SRR10168378“ und „Pan_SL-CoV_GD“
Dabei stellte sich heraus, dass es im Text der Quellen weitere Ausdrücke gibt, bspw. „GD/P1L“ oder „GD/P1La“, die mit den zuvor genannten Ausdrücken etwas zu tun haben, aber im betrachteten Wikipedia-Text nicht auftauchen. Ich habe dann Tabellen erstellt, mit denen ich das Vorhandensein von Zeichenketten im Text der Einzelnachweise besser vergleichen konnte als ohne.
Für solche Tabellen habe ich alle 14 verschieden Einzelnachweise, die in den beiden Absätzen unter „Schuppentiere“ mindesten einmal auftauchen, entsprechend der Analyse-Basisversion vom 18. Aug. 2023 (oldid=236512369) mit einer Nummerung für eine jeweils eindeutige IDs versehen. So bedeutet „/256 – 7/“ bspw., dass der Einzelnachweis in der Analyse-Basisversion tatsächlich die Nummer „259“ in der Einzelnachweisliste trägt, aber die Nummer „7“ tragen würde, wenn sich die gesamte Einzelnachweis-Liste lediglich auf die beiden Absätze unter „Schuppentiere“ bezöge. Mit diesem „/x – y/“-Muster lassen sich bspw. solche Ausdrücke generieren:
- „/256 – 7/ {↓↑→} Tommy Tsan-Yuk Lam et al. 2020-03-26“,
- „/259 – 11/ {↓↑→} Xiaojun Li et al. 2020-06-01“,
mit denen es mir leichter fällt, die Einzelnachweise nicht zu verwechseln.
- Der Pfeil nach unten („↓“) führt dann zur jeweiligen Position in der Einzelnachweis-Liste der Analyse-Basisversion (bei den obigen Beispielen zur Nr. 256 oder zur Nr. 259),
- der Pfeil nach oben („↑“) führt zur ersten Anwendung des Einzelnachweises im relevanten Fließtext – also bezogen auf die beiden Absätze unterhalb von „Schuppentiere“ – in der Analyse-Basisversion und
- der Pfeil nach rechts („→“) führt zur Online-Veröffentlichung.
Durch solche Konstruktionen, wie „/256 – 7/ {↓↑→} Tommy Tsan-Yuk Lam et al. 2020-03-26“ und „/259 – 11/ {↓↑→} Xiaojun Li et al. 2020-06-01“, kann ich zwar nicht verhindern, dass die Verwendung von Referenz-Nummern weiterhin etwas unübersichtlich bleibt, aber es lässt sich verhältnismäßig gut nachschauen, ob bspw. Lam et al. (2020) oder Li et al. (2020) den Ausdruck „GD/P1L“ oder den Ausdruck „GD/P1La“ verwendet haben und wer oder was zu den Referenz-Nummern [256] bzw. [259] gehört.
In Listen mit eindeutiger Benennung der Listen-Punkte (nach dem Muster „/x – y/“) lassen sich auch einzelne Aussagen einfacher zuordnen als ohne. So war es mir besser möglich festzustellen, ob verschiedenen Fakten-Fragen, die einzeln mit ja oder nein beantwortbar sind, auch in einem Zusammenhang mit ja beantwortet werden können oder nicht. So konnte ich ermitteln, ob bspw. Folgendes beim jeweiligen Einzelnachweis gleichzeitig zutrifft oder nicht:
„Wird erwähnt, dass Schuppentiere ...
- ... Einzeltiere sind?“
- ... kleine Populationsgrößen haben?“
- ... illegal gehandelt werden?“
- ... in der Roten Liste gefährdeter Arten vertreten sind?“
- ... ?“
Beim langen Satz, eingangs unter „Schuppentiere“, behandelt der hintere Teil solche Fragen wie die oben gestellten. Es folgt hier die entsprechende Textpassage des langen Satzes:
- „... der Ursprung der Pandemie zu sein, obwohl Schuppentiere Einzeltiere sind, die relativ kleine Populationsgrößen aufweisen, aber trotz Verbots in China gehandelt werden (Rote Liste gefährdeter Arten).“
Lediglich ein Einzelnachweis, der beim langen Satz angewendet wird, trifft auf jeden Aspekt der Textpassage zu, nämlich derjenige Einzelnachweis, welcher in der Analyse-Basisversion die Nummer 256 hat:
Auch in einigen anderen Quellen, die als Einzelnachweise verwendet werden, wird auf einzelne Aspekte bei den Schuppen-Tieren hingewiesen, bspw. auf den illegalen Handel; aber für die Darstellung der Zusammenhänge passt nur Lam et al. 2020 (→online).
Deswegen halte ich es für zweckmäßig, aus dem dem hinteren Teil des langen Satzes, aus dem bisherigen „..., obwohl ..., aber trotz ...“-Teil, einen selbständigen Satz zu formen, der nur durch einen Einzelnachweis belegt wird (also durch Lam et al., 2. März 2020, entsprechend einem Einzelnachweis in der Analyse-Basisversion vom 18. Aug. 2023 (oldid=236512369); dort ↓Nr. 256 in der Einzelnachweis-Liste ).
Beim vorderen Teil des langen Satzes, beim „Nachdem ..., gerieten ... in Verdacht ...“-Teil, brachte mir vor allem die Recherche in der Versionsgeschichte zusätzliche Klarheit gegenüber dem Lesen der Quellen selbst.
Aus der Versionsgeschichte ließ sich die erste Version „fischen“ (mithilfe von .../wikiblame.php), in welcher der ursprüngliche Fließtext zu Schuppentieren eingefügt wurde, wobei der erste Satz in dieser Version vom 12. Feb. 2020 (oldid=196744905) zwar bereits mit „Nachdem in Malaiischen Schuppentieren ...“ anfing, aber kürzer war als heute. Weiterhin standen dort ursprünglich andere Einzelnachweise als in späteren Versionen.
Ein Einzelnachweis in der Version vom 12. Feb. 2020 (oldid=196744905) zeigte, dass es um eine Pressekonferenz vom 7. Februar 2020 gehen sollte, die von Wissenschaftlern einberufen wurde, nachdem die Forschenden bei vorläufigen Untersuchungen etwas erkannt hatten, nämlich eine sehr große Ähnlichkeit zwischen Coronaviren beim Schuppentier und SARS-CoV-2. Der frühere Einzelnachweis präsentierte eine offizielle Mitteilung einer namhaften Presseagentur zur Pressekonferenz vom 7. Februar 2020 und berichtete von den zuvor gelaufenen Untersuchungen bzw. von den vor der Pressekonferenz erhaltenen Ergebnissen (Einzelnachweis Nr. 37 in der Version vom 12. Feb. 2020 — oldid=196744905; ↓Nr. 37 in der Einzelnachweis-Liste und ↑Nr. 37 im Fließtext).
Der Satzanfang „Nachdem ...“ steht heute weiterhin im Text, es wirkt aber mittlerweile so, als wenn „Nachdem ...“ sich teilweise auf spätere Quellen beziehen würde. Es folgt hier die entsprechende Textpassage des langen Satzes in der Analyse-Basisversion:
- „Nachdem in Malaiischen Schuppentieren (Manis javanica, en. Sunda pangolin) Coronaviren mit hoher genetischer Übereinstimmung zum SARS-CoV-2 gefunden wurden (Manis-CoV, genauer Pan_SL-CoV_GD/P1L,
[253]Isolate SRR10168377 und SRR10168378),[111]gerieten diese in Verdacht ...“
Beide Einzelnachweise, [253] und [111], beziehen sich auf Publikationen, die nach der Pressekonferenz am 7. Februar 2020 erfolgt sind, also dann, als die Schuppentiere schon in Verdacht geraten waren, etwas zu sein (laut langem Satz der Pandemie). Alle anderen Veröffentlichungen, welche hinter dem langen Satzes stehen, müssten später erfolgt sein als die beiden im vorderen Satzteil ([253] und [111]), damit „Nachdem ...“ beim gegenwärtigen (←GGW) Satzanfang schlüssig wirkt.
Letztlich ist „nachdem ...“ schon lange her, denn viele Wildtiere sind in Verdacht geraten, eine Ursache von SARS-ähnlichen Coronavirus-Erkrankungen sein zu können, nachdem Ende 2002 SARS ausgebrochen war. Aufgrund der Erfahrungen mit SARS und MERS wurden Wildtiere bereits seit geraumer Zeit vor dem Auftreten von COVID-19 bezüglich ihrer Coronaviren beobachtet. Einige Proben von Malaiischen Schuppentieren, die entsprechend einem Einzelnachweis hinter dem langen Satz (←LGS) von den Forschenden verwendet worden sind, stammen aus dem Jahr 2017. Dieser Einzelnachweis entspricht bei meiner speziell angepassten Zitierweise (←SAZ) dieser Angabe: „/256 – 7/ {↓↑→} Tommy Tsan-Yuk Lam et al. 2020-03-26“.
Eine weitere Methode, die ich für hilfreich gehalten habe, mir den Kontext zu erschließen, war die Kategorisierung von Veröffentlichungen. Ich habe Einteilungen danach vorgenommen, ob der Kommunikationszweck eher wissenschaftlich oder journalistisch sei bzw. danach, ob der Gegenstand einer Publikation eher Labor-Untersuchungen an biologischen Material betrifft („Wet-Lab“) oder Metagenom-Untersuchungen u. ä.
Versionsgeschichte – Textanalyse in früheren Bearbeitungsversionen
BearbeitenZufolge meiner Analyse mit dem Tool (https://blame.toolforge.org/wikiblame.php) ist der Text mit den Malaiischen Schuppentieren ursprünglich am 12. Feb. 2020 eingefügt worden:
- https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&diff=prev&oldid=196744905 | 12. Feb. 2020 | Ursprüngliche Einfügung, „.. zumal diese (trotz Verbots) ...“
Am 28. März 2020 waren bereits alle Einzelnachweise eingefügt, die auch heute noch beim langen Satz als Belege verwendet werden:
- https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&diff=prev&oldid=198177791 | 28. März 2020 | Alle heutigen Belege beim langen Satz bereits vorhanden
Am 17. April gab es mehrere aufeinanderfolgende Bearbeitungen, die wohl dazu dienen sollten, verschiedene Aussagen gleichzeitig möglichst kompakt in nur einem Satz unterzubringen. Die letzte dieser Bearbeitung ergab eine Formulierung des Satzes „quasi wie heute“. D. h., dass dieser lange Satz seitdem nahezu gleich geblieben ist. Es wurden danach höchstens noch einzelne Wörter, Zeichen u. ä. geändert:
- https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&diff=prev&oldid=211031437 | 17. April 2021 | „..., zumal diese ...“ nach „..., (... überraschend ...), aber ...“
- https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&diff=prev&oldid=211032415 | 17. April 2021 | Klammern und Kommas reduziert
- https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&diff=prev&oldid=211032709 | 17. April 2021 | „überraschend“ nach „obwohl“
- https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&diff=prev&oldid=211032987 | 17. April 2021 | Langer Satz „quasi wie heute“
Danach sind beim langen Satz eher Kleinigkeiten angepasst worden, es folgt ein Beispiel:
- https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&diff=prev&oldid=213097012 | 19. Juni 2021 | Kleinigkeit, Punkt verschoben
Nach der Bearbeitungsversion aus April 2021, in welcher der lange Satz „quasi wie heute“ aussah, gab es im gesamten relevanten Textbereich einige Änderungen (z. B. „Pangoline“ nach „Schuppentiere“, „ SARS-CoV[-1]“ nach „ SARS-CoV-1“).
Die Version, welche hier als Basis für die Analysen zum relevanten Textbereich gewählt wurde, stammt vom 18. Aug. 2023 und bildet die Referenz für Vergleiche mit Versionen davor und danach:
- https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&oldid=236512369 | 18. Aug. 2023 | Analyse-Basisversion (←ABV).
Aktualität der Analyse-Basisversion
BearbeitenAm Stichtag, 5. Feb. 2024, ist folgende Bearbeitungsversion die aktuell gültige:
- https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&oldid=240613106 | 28. Dez. 2023 | Aktuell am 5. Feb. 2024
Vergleich beider Versionen: – Analyse-Basisversion ↔ aktuelle Version
- https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&diff=240613106&oldid=236512369 | 18. Aug. 2023 ↔ 5. Feb. 2024 (lt. 28. Dez. 2023) | de facto gleich; nur einzelnes Zeichen im relevanten Textbereich geändert
Zwischen der Analyse-Basisversion (←ABV) vom 18. Aug. 2023 (oldid=236512369) und der heute, am 5. Feb. 2024, gültigen Bearbeitungsversion vom 28. Dez. 2023 (oldid=240613106) unterscheidet sich der relevante Textbereich (←RTB) nur bei einem einzelnen Zeichen: Es ist ein Bindestrich bzw. Bis-Strich bei den Seitenangaben eines Einzelnachweises, der in der Analyse-Basisversion ein Viertelgeviertstrich (-) ist und heute ein Halbgeviertstrich (–). Es geht um die Darstellung der Seiten als „S. 3134-3146“ oder als „S. 3134–3146“ (im Wikitext vorher: „S. 3134-3146“ und nachher: „S. 3134–3146“).
Die Analyse-Basisversion ist de facto aktuell: Es macht keinen Unterschied bei den hier erörterten Sachverhalten, ob als gegenwärtig (←GGW) aktueller Inhalt der relevante Textbereich (←RTB) in der Analyse-Basisversion (←ABV) herangezogen wird oder ob es eine spätere Bearbeitungsversion bis zum Stichtag, am 5. Feb. 2024, wäre.
Spezielle Ausdrücke im Text und in den Referenzen als Tabelle
BearbeitenDa die Zuordnung von speziellen Ausdrücken zu Veröffentlichungen unübersichtlich sein kann, habe ich sie für mich in verschiedenen Tabellen gegenübergestellt. Eine dieser Tabellen stelle ich im Folgenden vor. Die Tabelle enthält sowohl die 14 Einzelnachweise, die im relevanten Textbereich (←RTB) der Analyse-Basisversion (←ABV) angewendet werden, als auch einige spezielle Ausdrücke, die dort im Fließtext auftreten. Es gibt bei so einer Zuordnung Schwierigkeiten, bspw. bei komplexen Ausdrücken, wie das bei „Pan_SL-CoV_GD/P1L“ der Fall ist.
Besonderheit – Ausdruck Pan_SL-CoV_GD/P1L und zugeordnete Ausdrücke
BearbeitenDer spezielle Ausdruck „Pan_SL-CoV_GD/P1L“ tritt im langen Satz (←LGS) auf, kann dort aber keinem Einzelnachweis zugeordnet werden. Durch die gezielte Suche mit einem Set von kurzen Teilausdrücken, die ich bei jedem Einzelnachweis des langen Satzes vornahm, konnte ich aber einen kürzeren Ausdruck finden, nämlich „GD/P1L“. Als ich die Suche auf den gesamten Fließtext des relevanten Textbereichs (←RTB) und die 14 Einzelnachweise ausdehnte, stellte ich fest, dass es unter den 14 Quellen zwei Veröffentlichungen gibt, in denen Ausdrücke bzw. Zeichenketten vorkommen, die mit „Pan_SL-CoV_GD/P1L“ teilweise übereinstimmen. Die beiden Einzelnachweise gebe ich hier in meiner speziell angepassten Zitierweise (←SAZ) an, wobei jeweils ein Kommentar für die Treffer der Suche folgt:
- /256 – 7/ {↓↑→} Tommy Tsan-Yuk Lam et al. 2020-03-26: „Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins“ | Nature |
- Treffer in: „GD/P1L“. Der Ausdruck „GD/P1L“ wird in der Arbeit als Bezeichnung für eine Consensus-Sequenz benutzt, deren Erstellung auf Einträgen in einer Datenbank beruht. Neben weiteren Datenbank-Inhalten („SRR10168374“, „SRR10168376“ und „SRR10168392“) wurden für die Erstellung der Consensus-Sequenz auf die Angaben „SRR10168377“, „SRR10168378“ verwendet.
- /259 – 11/ {↓↑→} Xiaojun Li et al. 2020-06-01 „Emergence of SARS-CoV-2 ... recombination ... selection“. | SCIENCE ADVANCES |
- Treffer in: „Pan_SL-CoV“, „Pan_SL-CoV_GD“, „Pan_SL-CoV_GD/P1L“, „Pan_SL-CoV_GD/P1La“, „GD/P1La“. Die Zeichenkette
GD/P1Lkommt bei Li et al. 2020-06-01 (→online) zwar als Teil von Ausdrücken vor, nicht aber als selbständiger Ausdruck „GD/P1L“. Die Arbeit ist diejenige, bei der die meisten „Pan_SL-CoV_GD“- und „P1L“-Ausdrücke bzw. -Teilausdrücke genutzt werden. Die neue Consensus-Sequenz, „Pan_SL-CoV_GD/P1La“ oder „GD/P1La“ genannt, ist laut Li et al. 2020-06-01 (→online) eine Erweiterung der Consensus-Sequenz von Lam et al. 2020-03-26 (→online). Die vorausgehende Consensus-Sequenz wird dortselbst, bei Lam et al. 2020-03-26, als „GD/P1L“ bezeichnet und später, bei Li et al. 2020-06-01 (→online), „Pan_SL-CoV_GD/P1L“.
- Treffer in: „Pan_SL-CoV“, „Pan_SL-CoV_GD“, „Pan_SL-CoV_GD/P1L“, „Pan_SL-CoV_GD/P1La“, „GD/P1La“. Die Zeichenkette
Vorn im relevanten Textbereich (←RTB), beim langen Satz (←LGS), habe ich anstelle von „Pan_SL-CoV_GD/P1L“ den kürzeren Ausdruck „GD/P1L“ gefunden und weiter hinten, habe ich unter anderen den kürzeren Ausdruck „Pan_SL-CoV_GD“ gefunden. Da eine Tabelle mit sehr vielen Spalten nicht besonders übersichtlich ist, habe ich für die Tabelle hier nur zwei Spalten vorgesehen, die sich mit den „‚Pan_SL-CoV_GD/P1L‘-ähnlichen Ausdrücken“ beschäftigen soll. Für die beiden Spalten habe ich diejenigen Ausdrücke ausgewählt, mit denen ich glaube, am einfachsten zeigen zu können,
- dass bei nur zwei Veröffentlichungen Zeichenketten von „Pan_SL-CoV_GD/P1L“ passen, während das bei den anderen 12 Veröffentlichungen nicht der Fall ist und
- dass die beiden Veröffentlichungen, bei denen etwas passt, sich unterscheiden.
Die beiden kurzen, aber dennoch eigenständigen Ausdrücke „Pan_SL-CoV_GD“ und „GD/P1L“ erschienen mir für die Spalten zweckmäßiger zu sein, als den recht langen Ausdruck „Pan_SL-CoV_GD/P1L“ an dieser Stelle zu verwenden. Es folgt eine Übersicht zu den speziellen Ausdrücken, wobei die schwierigen drei Ausdrücken fett hervorgehoben sind.
Auftreten von speziellen Ausdrücken und Auswahl für die Tabelle:
- Nur beim Langen Satz (←LGS):
- im Fließtext: „Manis-CoV“, „Pan_SL-CoV_GD/P1L“, „SRR10168377“, „SRR10168378“
- in den Einzelnachweisen: „Manis-CoV“, „GD/P1L“, „SRR10168377“, „SRR10168378“
- Beim gesamten relevanten Textbereich (←RTB):
- im Fließtext: „Manis-CoV“, „Pan_SL-CoV_GD/P1L“, „SRR10168377“, „SRR10168378“ und „Pan_SL-CoV_GD“
- in den Einzelnachweisen: „Manis-CoV“, „SRR10168377“, „SRR10168378“ und „Pan_SL-CoV_GD/P1L“ sowie „GD/P1L“ und „Pan_SL-CoV_GD“
- Auswahl für die Spalten der Tabelle:
- | „Manis-CoV“ | „Pan_SL-CoV_GD“ UND „Pan_SL-CoV_GD/P1L“ gleichzeitig | „GD/P1L“ als selbständiger oder als Teilausdruck | „SRR10168377“ | „SRR10168378“ |
Die Tabelle
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Links unter „—↓—“ führen zur jeweiligen Spalte (i bis iv) der Tabellenlegende | i —↓— Laufende Nr. | ii —↓— ID-Muster /x – y/, Referenz-Nr. + lfd. Nr. | iii —↓— Zur Referenz-Nr. in der Einzelnachweis-Liste | iv —↓— Zur Referenz-Nr. im Fließtext | v —↓— Zur Online-Publikation | vi —↓— Art der Veröffentlichung, Gegenstand (A–E, R) | vii —↓— Art der Veröffentlichung, Zielgruppe (α, β) | viii —↓— Spezielle Zeichenketten? (1 oder 0) | ix —↓— „Manis-CoV“? (1 oder 0) | x —↓— „Pan_SL-CoV_GD“ UND „Pan_SL-CoV_GD/P1L“? (1 oder 0) | xi —↓— „GD/P1L“? (1 oder 0) | xii —↓— „SRR10168377“? (1 oder 0) | xiii —↓— „SRR10168378“? (1 oder 0) | xiv —↓— Angaben zur Veröffentlichung |
| i | ii | iii | iv | v | vi | vii | viii | ix | x | xi | xii | xiii | xiv |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | /253 – 1/ | ↓ | ↑ | → | C | α | 1 | „Manis-CoV“: 1 | „Pan_SL-CoV_GD“: 0 | „GD/P1L“: 0 | „SRR10168377“: 1 | „SRR10168378“: 1 | Chengxin Zhang et al. 2020-03-22: „Protein Structure … Insertions and HIV-1“. | J. Proteome Res. | |
| 2 | /111 – 2/ | ↓ | ↑ | → | C | α | 1 | „Manis-CoV“: 0 | „Pan_SL-CoV_GD“: 0 | „GD/P1L“: 0 | „SRR10168377“: 1 | „SRR10168378“: 1 | Xingguang Li et al. 2020-02-27: „Evolutionary history, potential … SARS‐CoV‐2“. | J Med Virol | |
| 3 | /54 – 3/ | ↓ | ↑ | →(1) / →2 | D, E | β | 0 | „Manis-CoV“: 0 | „Pan_SL-CoV_GD“: 0 | „GD/P1L“: 0 | „SRR10168377“: 0 | „SRR10168378“: 0 | Lars Fischer, Alina Schadwinkel (et al.?) 2020-02-10: Achtung! Inhalt umfassend geändert, alte URL →(1) wird weitergeleitet wie →2. |
| 4 | /69 – 4/ | ↓ | ↑ | → | C | α | 1 | „Manis-CoV“: 0 | „Pan_SL-CoV_GD“: 0 | „GD/P1L“: 0 | „SRR10168377“: 1 | „SRR10168378“: 1 | Kristian G. Andersen et al. 2020-03-17: „The proximal origin of SARS-CoV-2“. | Nature Medicine | |
| 5 | /254 – 5/ | ↓ | ↑ | →1 / →(2) | D, E | α, β | 0 | „Manis-CoV“: 0 | „Pan_SL-CoV_GD“: 0 | „GD/P1L“: 0 | „SRR10168377“: 0 | „SRR10168378“: 0 | David Cyranoski 2020-02-07: Achtung! Das Original →1„Did pangolins spread … to people?“ ist nicht kostenfrei, es gibt aber eine weiteren Link, wie →(2). | Nature; NEWS | |
| 6 | /255 – 6/ | ↓ | ↑ | → | D | β | 0 | „Manis-CoV“: 0 | „Pan_SL-CoV_GD“: 0 | „GD/P1L“: 0 | „SRR10168377“: 0 | „SRR10168378“: 0 | By Mike McRae 2020-03-27: „Coronaviruses Similar … in Pangolins“. | (sciencealert) | |
| 7 | /256 – 7/ | ↓ | ↑ | → | B | α | 1 | „Manis-CoV“: 0 | „Pan_SL-CoV_GD“: 0 | „GD/P1L“: 1 | „SRR10168377“: 1 | „SRR10168378“: 1 | Tommy Tsan-Yuk Lam et al. 2020-03-26: „Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins“ | Nature | |
| 8 | /257 – 8/ | ↓ | ↑ | → | D | β | 0 | „Manis-CoV“: 0 | „Pan_SL-CoV_GD“: 0 | „GD/P1L“: 0 | „SRR10168377“: 0 | „SRR10168378“: 0 | By AMERICAN CHEMICAL SOCIETY anonym 2020-03-27: „Pangolins, Not Snakes, May … to Humans“. | (SciTechDaily) | |
| 9 | /33 – 9/ | ↓ | ↑ | → | D | β | 0 | „Manis-CoV“: 0 | „Pan_SL-CoV_GD“: 0 | „GD/P1L“: 0 | „SRR10168377“: 0 | „SRR10168378“: 0 | By Alexandre Hassanin 2020-03-23: „Coronavirus ... 'Chimera' of Two ... Analysis Suggests“. | (sciencealert) | |
| 10 | /258 – 10/ | ↓ | ↑ | → | D | β | 0 | „Manis-CoV“: 0 | „Pan_SL-CoV_GD“: 0 | „GD/P1L“: 0 | „SRR10168377“: 0 | „SRR10168378“: 0 | By Tina Hesman Saey 2020-03-26: „No, the coronavirus ... from nature“. | (sciencenews) | |
| 11 | /259 – 11/ | ↓ | ↑ | → | C | α | 1 | „Manis-CoV“: 0 | „Pan_SL-CoV_GD“: 1 | „GD/P1L“: 1 | „SRR10168377“: 0 | „SRR10168378“: 0 | Xiaojun Li et al. 2020-06-01 „Emergence of SARS-CoV-2 ... recombination ... selection“. | SCIENCE ADVANCES | |
| 12 | /260 – 12/ | ↓ | ↑ | → | D | β | 0 | „Manis-CoV“: 0 | „Pan_SL-CoV_GD“: 0 | „GD/P1L“: 0 | „SRR10168377“: 0 | „SRR10168378“: 0 | By AMERICAN ASSOCIATION FOR THE ADVANCEMENT OF SCIENCE 2020-05-31: „Bats, Pangolins and ... Across Different Species“. | (SciTechDaily) | |
| 13 | /261 – 13/ | ↓ | ↑ | → | D | β | 0 | „Manis-CoV“: 0 | „Pan_SL-CoV_GD“: 0 | „GD/P1L“: 0 | „SRR10168377“: 0 | „SRR10168378“: 0 | By DUKE UNIVERSITY MEDICAL CENTER 2020-06-06: „Evolution of Pandemic Coronavirus ... Future Danger“. | (SciTechDaily) | |
| 14 | /262 – 14/ | ↓ | ↑ | → | R | α | 0 | „Manis-CoV“: 0 | „Pan_SL-CoV_GD“: 0 | „GD/P1L“: 0 | „SRR10168377“: 0 | „SRR10168378“: 0 | Rachel L. Graham & Ralph S. Baric 2010-04-01 „Recombination, Reservoirs... Spike... Cross-Species Transmission“. | Journal of Virology | |
i — ↑zum Anfang der Tabelle↑ — Laufende Nr.
Nummerierung und Sortierung der Einzelnachweise entsprechend relevantem Textbereich (←RTB). Die Nummerierung erfolgt – bezogen auf den Text der zwei Absätze unterhalb von „Schuppentiere“ – entsprechend der jeweils ersten Stelle des jeweiligen Einzelnachweises in der Analyse-Basisversion vom 18. Aug. 2023 (oldid=236512369).
ii — ↑zum Anfang der Tabelle↑ — ID-Muster /x – y/, Referenz-Nr. + lfd. Nr.
Benennung der Einzelnachweise nach dem Muster /x – y/ (←MXY)
Manche IDs sind fett dargestellt, nämlich dann, wenn spezielle Ausdrücke bzw. Zeichenketten zutreffen, siehe Spalte viii.
- Die Zahl x steht für die jeweilige Referenz-Nummer [x], wie sie jeweils im Text des Wikipedia-Artikels in der Analyse-Basisversion vom 18. Aug. 2023 (oldid=236512369) angezeigt wird.
- Die Zahl y steht für die laufenden Nummer, wie sie sich durch die Reihenfolge der jeweils ersten Anwendung von Einzelnachweisen im Text unterhalb von „Schuppentiere“ ergibt. Unter y wird jeder Einzelnachweis im relevanten Text (zwei Absätze unter „Schuppentiere“) nur einmal gezählt.
iii — ↑zum Anfang der Tabelle↑ — Zur Referenz-Nr. in der Einzelnachweis-Liste
Das Pfeilsymbol „↓“ ist jeweils zum Einzelnachweis in der Liste unter „Einzelnachweise“ verknüpft.
iv — ↑zum Anfang der Tabelle↑ — Zur Referenz-Nr. im Fließtext
Das Pfeilsymbol „↑“ ist jeweils zur ersten Anwendung des jeweiligen Einzelnachweise im relevanten Textbereich (←RTB) verknüpft.
v — ↑zum Anfang der Tabelle↑ — Zur Online-Publikation
Das Pfeilsymbol „↑“ ist zur jeweiligen Website der Online-Publikation verknüpft. In zwei Fällen (/54 – 3/ und /254 – 5/) wurden mehrere Varianten angegeben, wobei die jeweils weniger zielführende Alternative in Klammern steht.
vi — ↑zum Anfang der Tabelle↑ — Art der Veröffentlichung, Gegenstand (A–E, R)
- A — Originalarbeit mit konkreten Labor-Experimenten („Wet Lab“), keine Meta-Analysen (oder kaum)
- B — Originalarbeit mit konkreten Labor-Experimenten („Wet Lab“) und Meta-Analysen
- C — Ausschließlich Meta-Analysen, keine direkten Labor-Experimente
- D — Indirekte Bezugnahmen, Pressemitteilung u. ä, keine Experimente und keine Meta-Analysen
- E — Mehrdeutige Zuordnung von Quellen, eingeschränkt verfügbar u. ä.
- R — Reviews
vii — ↑zum Anfang der Tabelle↑ — Art der Veröffentlichung, Zielgruppe (α, β)
- α ― Alpha, gilt hier als wissenschaftliche Arbeit
- β — Beta, gilt hier als journalistischer Beitrag
viii — ↑zum Anfang der Tabelle↑ — Spezielle Zeichenketten? (1 oder 0)
Es geht darum, ob spezielle Zeichenketten, die im Text des Wikipedia-Artikels unter „Schuppentiere“ verwendet wurden, auch im Text einer jeweils betrachteten Quelle vorhanden sind oder nicht.
- Die speziellen Zeichenketten sind: „Manis-CoV“, „Pan_SL-CoV_GD“, „Pan_SL-CoV_GD/P1L“, „GD/P1L“, „SRR10168377“ und „SRR10168378“.
Die Frage „Spezielle Zeichenketten?“ wird mit 1 (ja) beantwortet, wenn in der jeweiligen Quelle mindestens eine der zuvor genannten Zeichenketten auftaucht. Die Frage „Spezielle Zeichenketten?“ wird dagegen mit 0 (nein) beantwortet, wenn in der jeweiligen Quelle keine der zuvor genannten Zeichenketten auftaucht. Die Zeichenketten werden in den Spalten ix bis xiii einzeln betrachtet. Genaueres unter ix bis xiii.
ix — ↑zum Anfang der Tabelle↑ —„Manis-CoV“? (1 oder 0)
Es gibt nur einen Einzelnachweis, /253 – 1/, in dem „Manis-CoV“ auftritt.
x — ↑zum Anfang der Tabelle↑ — „Pan_SL-CoV_GD“ UND „Pan_SL-CoV_GD/P1L“? (1 oder 0) (zum Anfang der Tabelle↑)
Besonderheit: Die Ausdrücke „Pan_SL-CoV_GD“ UND „Pan_SL-CoV_GD/P1L“ kommen nur gleichzeitig vor. Es gibt nur einen Einzelnachweis, /259 – 11/, in dem „Pan_SL-CoV_GD“ bzw. „Pan_SL-CoV_GD/P1L“ auftritt. In /259 – 11/ treten weitere assoziierte und abgeleitete Ausdrücke auf, bspw. „Pan_SL-CoV_GD/P1L“ und „GD/P1La“. Siehe auch: Besonderheit – Ausdruck Pan_SL-CoV_GD/P1L und zugeordnete Ausdrücke.
xi — ↑zum Anfang der Tabelle↑ — „GD/P1L“? (1 oder 0)
Besonderheit: Der Ausdruck „GD/P1L“ kommt zum einen selbständig vor und zum anderen lediglich in Form von „Pan_SL-CoV_GD/P1L“, also als ein Teil davon. Es gibt zwei Quellen, /256 – 7/ und /259 – 11/, in denen eine Form von „GD/P1L“ auftritt. Innerhalb von /256 – 7/ tritt „GD/P1L“ in genau dieser Form auf und in /259 – 11/ als Teil des Ausdrucks „Pan_SL-CoV_GD/P1L“ bzw. als Basis des abgeleiteten Ausdrucks „GD/P1La“. Siehe auch: Besonderheit – Ausdruck Pan_SL-CoV_GD/P1L und zugeordnete Ausdrücke.
xii — ↑zum Anfang der Tabelle↑ — „SRR10168377“? (1 oder 0)
Datenbankeintrag „SRR10168377“ laut „NCBI BioProject PRJNA573298“ (Die Links wurden unter /69 – 4/ gefunden).
xiii — ↑zum Anfang der Tabelle↑ — „SRR10168378“? (1 oder 0)
Datenbankeintrag „SRR10168378“ laut „NCBI BioProject PRJNA573298“ (Die Links wurden Links unter /69 – 4/ gefunden).
xiv — ↑zum Anfang der Tabelle↑ — Angaben zur Veröffentlichung
Ungefähre Formate:
- • Vorname Nachname ggf. weitere Autoren • Datum der Publikation JJJJ-MM-TT • „Gekürzter ... Titel der Publikation“ • | Wissenschafts-Journal o. ä. |
- • By Universität, Autoren o. ä. • Datum der Publikation JJJJ-MM-TT • „Gekürzter ... Titel der Publikation“ • | (Portal o. ä.) |
Kommentare zu den Belegen im gegenwärtigen Text
BearbeitenHier gebe ich den gegenwärtigen Fließtext, die Einzelnachweise und dazu meine Kommentare an, welche sich auf die Einzelnachweise bei den jeweiligen Textpassagen beziehen. Als gegenwärtig (←GGW) verwende ich den Inhalt des relevantes Textbereichs (←RTB) in der Analyse-Basisversion (←ABV).
Ungefähres Format:
>>Textpassage vor einem Einzelnachweis (bzw. zwischen zwei Einzelnachweisen),<<
|
Es folgt nun die im oben gegebenen Format kommentierte Text:
--
>>Nachdem in Malaiischen Schuppentieren (Manis javanica, en. Sunda pangolin) Coronaviren mit hoher genetischer Übereinstimmung zum SARS-CoV-2 gefunden wurden (Manis-CoV, genauer Pan_SL-CoV_GD/P1L,<<
- /253 – 1/ {↓↑→} Chengxin Zhang et al. 2020-03-22: „Protein Structure … Insertions and HIV-1“. | J. Proteome Res. |
- Die Zeichenkette „Manis-CoV“ trifft in der Publikation zwar zu, nicht aber „Pan_SL-CoV_GD/P1L“ und auch kein Teilausdruck davon (bspw. „Pan_SL-CoV_GD“, „GD/P1L“ o. ä.). Weiterhin würden hier, bei Zhang et al. 2020-03-22, /253 – 1/ {↓↑→}, auch die Zeichenketten „SRR10168377“ und „SRR10168378“ zutreffen.
>>Isolate SRR10168377 und SRR10168378),<<
- /111 – 2/ {↓↑→} Xingguang Li et al. 2020-02-27: „Evolutionary history, potential … SARS‐CoV‐2“. | J Med Virol |
>>gerieten diese in Verdacht der Ursprung der Pandemie zu sein, obwohl Schuppentiere Einzeltiere sind, die relativ kleine Populationsgrößen aufweisen, aber trotz Verbots in China gehandelt werden (Rote Liste gefährdeter Arten).<<
- /54 – 3/ {↓↑→(1) / 2} Lars Fischer, Alina Schadwinkel (et al.?) 2020-02-10: Der Inhalt wurde umfassend geändert, alte URL →(1) wird auf neue weitergeleitet, entsprechend →2.
- Die Information ist nicht aktuell und adressiert (zumindest heute) kaum Aussagen im zugeordneten Wikipedia-Artikeltext.
- /69 – 4/ {↓↑→}/ Kristian G. Andersen et al. 2020-03-17: „The proximal origin of SARS-CoV-2“. | Nature Medicine |
- Die Veröffentlichung (Brief an den Editor der Zeitschrift Nature) ist zwar eine der wichtigsten zum Thema Ursprung der Pandemie, passt aber gegenwärtig nur wenig zum zugeordneten Wikipedia-Artikeltext.
- /254 – 5/ {↓↑→1 / (2)} David Cyranoski 2020-02-07: Achtung! Das Original →1„Did pangolins spread … to people?“ ist nicht kostenfrei, es wird im sichtbaren Text-Teil aber aber ein weiterer NEWS-Link angezeigt →(2). | Nature; NEWS |
- Bezieht sich vor allem auf die 99 % Übereinstimmung und somit vermutlich auf die Pressekonferenz vom 7. Februar 2020. Zumindest in einer zugeordneten NEWS-Mitteilung (→2) geht es auch um die Pressekonferenz.
- /255 – 6/ {↓↑→} By Mike McRae 2020-03-27: „Coronaviruses Similar … in Pangolins“. | (sciencealert) |
- /256 – 7/ {↓↑→} Tommy Tsan-Yuk Lam et al. 2020-03-26: „Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins“ | Nature |
- Das ist die hautsächliche wissenschaftliche Referenz, die für einen großen Teil der Aussagen des langen Satzes zutrifft: Rote Liste und hohe Wahrscheinlichkeit des Schuppentiers als Zwischenwirt durch illegalen Handel, trotz seiner Seltenheit.
- /257 – 8/ {↓↑→} By AMERICAN CHEMICAL SOCIETY anonym 2020-03-27: „Pangolins, Not Snakes, May … to Humans“. | (SciTechDaily) |
- /253 – 1/ {↓↑→} Chengxin Zhang et al. 2020-03-22: „Protein Structure … Insertions and HIV-1“. | J. Proteome Res. |
- Wiederholung der Referenz am Anfang des Satzes für den gesamten langen Satz.
>>Die Übereinstimmung betrug in diesem Fall 90 % über das gesamte Genom, aber 99 % in einer spezifischen Region des Spike-Proteins (S-Protein), die es dem Virus erlaubt, an die ACE-Rezeptoren der menschlichen Zellen zu binden.<<
- /33 – 9/ {↓↑→} By Alexandre Hassanin 2020-03-23: „Coronavirus ... 'Chimera' of Two ... Analysis Suggests“. | (sciencealert) |
- Für die Angabe von „90“ Prozent wird bei Hassanin 2020-03-23, /33 – 9/ {↓↑→}, ein Preprint herangezogen: Kangpeng Xiao et al. 2020-02-20 „Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins“ (→online). Die Angabe von „99“ Prozent kommt bei Hassanin 2020-03-23, /33 – 9/ {↓↑→}, ebenfalls vor, wobei Cyranoski 2020-02-07, /254 – 5/ {↓↑→1 / (2)}, herangezogen wird. Die Angabe von „99“ Prozent dürfte sich also am Ende auf die Pressekonferenz vom 7. Februar 2020 beziehen.
>>Interessanterweise ist das in den Java-Hufeisennasen (R. affinis) isolierte Virus RaTG13 gerade in diesem Genom-Abschnitt zu SARS-CoV-2 mit nur 77 % Übereinstimmung vergleichsweise unterschiedlich.<<
- /33 – 9/ {↓↑→} By Alexandre Hassanin 2020-03-23: „Coronavirus ... 'Chimera' of Two ... Analysis Suggests“. | (sciencealert) |
>>Dies bedeutet, dass die aus den Malaiischen Schuppentieren isolierten Coronaviren in menschliche Zellen eindringen können, das aus Java-Hufeisennasen isolierte jedoch nicht.<<
- /33 – 9/ {↓↑→} By Alexandre Hassanin 2020-03-23: „Coronavirus ... 'Chimera' of Two ... Analysis Suggests“. | (sciencealert) |
- Im Anschluss an die „99“ und „77“ Prozent steht bei Hassanin 2020-03-23, /33 – 9/ {↓↑→}: „This means that ... is capable of entering ... whereas ... is not.“ Übersetzung: „Dies bedeutet, dass das aus dem Schuppentier isolierte Coronavirus in der Lage ist, in menschliche Zellen einzudringen, während dies bei dem aus Fledermaus R. affinis isolierten nicht der Fall ist.“
>>Außerdem ist dieses Ergebnis verträglich mit der Annahme, dass SARS-CoV-2 das Ergebnis einer Rekombination der RNA-Moleküle zweier verschiedener Viren sein könnte, eines dem RaTG13 aus Fledermäusen von Yunnan, das andere dem Pan_SL-CoV_GD aus den Schuppentieren von Guangdong nahestehend.<<
- /33 – 9/ {↓↑→} By Alexandre Hassanin 2020-03-23: „Coronavirus ... 'Chimera' of Two ... Analysis Suggests“. | (sciencealert) |
- /258 – 10/ {↓↑→} By Tina Hesman Saey 2020-03-26: „No, the coronavirus ... from nature“. | (sciencenews) |
- Die wissenschaftliche Publikation von Andersen et al. 2020-03-17, /69 – 4/ {↓↑→}, wird hier kommentiert. Unter „Clinching the case for nature“ steht bei Hesman Saey 2020-03-26 (/258 – 10/ {↓↑→}), dass ein Autor (von /69 – 4/ {↓↑→}), nämlich Robert F. Garry, folgendes gesagt habe: „Es sieht so aus, als ob SARS-CoV-2 eine Mischung aus Fledermaus- und Schuppentierviren sein könnte“.<<
>>Dann wäre SARS-CoV-2 entstanden als eine neue Chimäre aus zwei Viren, die diesen beiden Linien jeweils sehr nahestanden. Diese Annahme wurde durch eine weitere Studie von Xiaojun Li und Kollegen (Duke University, Los Alamos National Laboratory, University of Texas, El Paso und New York University) Ende Mai 2020 unterstützt.
- /259 – 11/ {↓↑→} Xiaojun Li et al. 2020-06-01 „Emergence of SARS-CoV-2 ... recombination ... selection“. | SCIENCE ADVANCES |
- /260 – 12/ {↓↑→} By AMERICAN ASSOCIATION FOR THE ADVANCEMENT OF SCIENCE 2020-05-31: „Bats, Pangolins and ... Across Different Species“. | (SciTechDaily) |
- /261 – 13/ {↓↑→} By DUKE UNIVERSITY MEDICAL CENTER 2020-06-06: „Evolution of Pandemic Coronavirus ... Future Danger“. | (SciTechDaily) |
>>Zwar besitzen Coronaviren – anders als etwa Influenzaviren – ein unsegmentiertes Genom (monopartit), d. h. nur ein einziges Nukleinsäuremolekül (hier RNA). Eine Rekombination von Segmenten als Ganzes (Reassortment) ist also im Gegensatz zu diesen nicht möglich. Insbesondere um den Ursprung des alten SARS-Virus SARS-CoV-1[Anmerkung A 3] zu erklären, wurde bereits früher bei dieser Virusfamilie ein Rekombinationsmechanismus, und zwar innerhalb des (einzigen) Genom-Segments, beschrieben (homologe Rekombination).<<
- /33 – 9/ {↓↑→} By Alexandre Hassanin 2020-03-23: „Coronavirus ... 'Chimera' of Two ... Analysis Suggests“. | (sciencealert) |
- /262 – 14/ {↓↑→} Rachel L. Graham & Ralph S. Baric 2010-04-01 „Recombination, Reservoirs... Spike... Cross-Species Transmission“. | Journal of Virology |
>>Eine solche Rekombination kann, egal ob segmentiertes oder unsegmentiertes Genom, zu einem neuen Virus führen, das eine neue Wirtsspezies befallen und krank machen kann.<<
- /33 – 9/ {↓↑→} By Alexandre Hassanin 2020-03-23: „Coronavirus ... 'Chimera' of Two ... Analysis Suggests“. | (sciencealert) |
- Es steht zwar bei Hassanin 2020-03-23, /33 – 9/ {↓↑→}, nicht da, dass es egal sei, ob dass Genom segmentiert sei oder nicht, aber es steht da, dass Rekombination zu einem neuen Virus führen kann usw.: „It is important to know that recombination results in a new virus potentially capable of infecting a new host species.“
>>Das Rekombinationsereignis kann daher zum Ausgangspunkt einer neuen Epidemie werden, wie es bei SARS vermutet (und bei Influenza stets befürchtet) wird. Voraussetzung ist die Doppelinfektion (Koinfektion) eines (einzelnen) Wirtsindividuums durch die beiden Ausgangsviren.<<
- /33 – 9/ {↓↑→} By Alexandre Hassanin 2020-03-23: „Coronavirus ... 'Chimera' of Two ... Analysis Suggests“. | (sciencealert) |
- Es steht da, dass bei SARS-CoV Rekombination vermutet wird („already been described“: Link auf Graham & Baric 2010-04-01, /262 – 14/ {↓↑→}), aber nichts über Influenza. Über Doppelinfektion steht ebenfalls etwas da („For recombination to occur, the two divergent viruses must have infected the same organism simultaneously.“).
>>Allerdings bleibt bislang (Stand 2. Juni 2020) ungeklärt, in welcher Spezies die hypothetische Doppelinfektion stattgefunden haben könnte, und unter welchen Umständen dies geschehen sein könnte. Bei den konfiszierten Schuppentieren, die in Quarantӓnezentren untergebracht wurden, konnten hochspezifische SARS-CoV-2-Antigene festgestellt werden.<<
- /33 – 9/ {↓↑→} By Alexandre Hassanin 2020-03-23: „Coronavirus ... 'Chimera' of Two ... Analysis Suggests“. | (sciencealert) |
- Die Aussage „Stand 2. Juni 2020“ bezieht sich auf die letzte Recherche, wie die Versionsgeschichte zeigt (diff=prev&oldid=200546059). Von Quarantänezentren und Antigenen steht nichts direkt unter Hassanin 2020-03-23, /33 – 9/ {↓↑→}; diese Wörter beziehen sich aber in ähnlicher Form auf einen dort verlinkten Preprint (beim Linktext „recent study under review“, →online) von Kangpeng Xiao et al. 2020-02-20: „Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins“. Ein direktes englisches Wort für „Quarantätezentren“ wurde im Preprint nicht gefunden, aber für die Wörter „konfiziert“ und „Zentrum“ in Bezug auf Schuppentiere: „confiscated by Customs and Department of Forestry of Guangdong Province in March-December 2019“ und „animals were sent to the wildlife rescue center“. Eine Formulierung wie „hochspezifische SARS-CoV-2-Antigene“ wird nicht direkt genutzt, aber Antigene und Antikörper, die etwas mit SARS-CoV-2 zu tun haben, werden im Preprint von Xiao et al. 2020-02-20 (→online) erwähnt. Es gibt eine Arbeit, die wahrscheinlich aus dem Preprint hervorgegangen ist und dazu eine Korrektur. Bei allen drei Veröffentlichungen, welche Kangpeng Xiao als ersten Autor nennen, beim Preprint (→20. Februar 2020), bei der eigentlichen Veröffentlichung (→7. Mai 2020) und bei der Korrektur (→11. November 2021), werden in der jeweiligen Autorenliste zwei andere Autoren genannt, nämlich Lihua Xiao und Yongyi Shen, die beide als Berichterstatter bei der Pressekonferenz vom 7. Februar 2020 auftraten.
Entwurf, Teilbereiche TLB_1 bis TLB_8
BearbeitenAusgehend von den Betrachtungen zum relevanten Textbereich (←RTB), vor allen von solchen Betrachtungen, wie sie hier unter „#Kommentare zu den Belegen im gegenwärtigen Text“ stehen, habe ich überlegt, wie sich der Text einteilen ließe, um in so zu überarbeiten, dass zwischen dem gegenwärtigen und künftigen Text ein Zusammenhang erkennbar bleibt. Dabei sind acht Teilbereiche (←TLB) entstanden, TBL_1 bis TBL_8.
Aus jedem Teilbereich habe ich nacheinander einen Entwurf abgeleitet, bei dem möglichst viel übernommen wird. Hier stelle ich „alte“ (gegenwärtige) und „neue“ (ungefähr geplante) Sätze gegenüber, wobei sich eine Nummerierung der „alten“ Sätze ggf. auf den jeweiligen Teilbereich bezieht und nicht auf den gesamten relevanten Textbereich (←RTB). Bei mehreren geplanten Sätzen für einen Teilbereich habe ich Buchstaben (A, B, ...) vergeben.
TLB_1 – Erster langer Satz zu mehreren Sätzen
BearbeitenDen gegenwärtigen langen Satz, hier ohne Einzelnachweise angegeben:
- >>Nachdem in Malaiischen Schuppentieren (Manis javanica, en. Sunda pangolin) Coronaviren mit hoher genetischer Übereinstimmung zum SARS-CoV-2 gefunden wurden (Manis-CoV, genauer Pan_SL-CoV_GD/P1L, Isolate SRR10168377 und SRR10168378), gerieten diese in Verdacht der Ursprung der Pandemie zu sein, obwohl Schuppentiere Einzeltiere sind, die relativ kleine Populationsgrößen aufweisen, aber trotz Verbots in China gehandelt werden (Rote Liste gefährdeter Arten).<<
möchte ich ungefähr in folgende, künftige Sätze umwandeln:
- Satz A, Entwurf ohne Einzelnachweise: >>Nachdem in Malaiischen Schuppentieren (Manis javanica, en. Sunda pangolin) Coronaviren mit hoher genetischer Übereinstimmung zum SARS-CoV-2 gefunden wurden, wie auf eine Pressekonferenz am 7. Februar 2020 mitgeteilt, gerieten diese durch weitere Untersuchungen zunehmend in Verdacht der Ursprung der Pandemie zu sein.<<
- Satz B, Entwurf ohne Einzelnachweise: >>Schuppentiere sind Einzeltiere, die relativ kleine Populationsgrößen aufweisen und außerdem sehr selten sind (in der Roten Liste gefährdeter Arten vertreten); daher erscheint es auf der einen Seite überraschend, dass sie als Auslöser der Pandemie in Frage kommen sollen, auf der anderen Seite werden sie aber trotz Verbots in China gehandelt.<<
Die Zeichenketten „Manis-CoV“, „Pan_SL-CoV_GD/P1L“, „SRR10168377“ und „SRR10168378“ möchte ich weglassen, da sie wenig allgemeingültige Information liefern und sich nur umständlich den Quellen richtig zuordnen lassen.
Durch die neue Formulierung bleibt „Nachdem ..." erhalten, es wird aber vielleicht durch die explizite Erwähnung eines Ereignisses (nämlich der Pressekonferenz) besser klar, dass sich der Text auch auf solche Untersuchungen bezieht, die vor der Pressekonferenz stattfanden und bei dieser Pressekonferenz vorgestellt worden sind.
Anpassung der Referenzen in den ersten Sätzen:
Ich möchte einen früheren Einzelnachweis (durch Benutzer:Ernsts am 12. Feb. 2020 erstmalig angewendet, diff=prev&oldid=196744905), welcher die Mitteilung einer offiziellen Nachrichtenagentur auf einer Website unter france24.com (→online) bereitgestellt hatte, als Einzelnachweis erneut anwenden, da es sich um eine kostenfreie, stabile, offizielle und themenfokussierte Quelle zur Pressekonferenz am 7. Februar 2020 in China handelt.
Einen einzelnen Satz, bei dem es um den überraschenden Zusammenhang zwischen Häufigkeit, Lebensweise und Handel von Schuppentieren bei der Pandemie gehen soll, möchte ich nur durch eine Quelle belegen, nämlich einen Nature-Artikel von Lam et al. 2020-03-26 (→online), da diese Quelle die einzige ist, die alle Aspekte des überraschenden Zusammenhangs gleichzeitig erwähnt.
Da beim langen Satz (←LGS) sehr viele Einzelnachweise zum Einsatz kommen, gebe ich hier, bei meinem Entwurf neuer Sätze, das „alte“ Muster /x – y/ (←MXY) mit an, wenngleich die Nummern in einer neuen Bearbeitungsversion kaum zutreffen werden. So werde ich zwar auf das lange Format meiner speziell angepassten Zitierweise (←SAZ) verzichten, bspw. auf:
- „/256 – 7/ {↓↑→} Tommy Tsan-Yuk Lam et al. 2020-03-26: „Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins“ | Nature |“,
aber die nicht auf die „alte ID“, die die beim Beispiel „/256 – 7/“ ist, so das die Angabe für die geplanten Sätze in diesem Teilbereich, TBL_1 (←TLB), folgendermaßen aussieht:
- „/256 – 7/ Lam et al. 2020-03-26 (→online)“.
Die beiden geplanten Sätze mit Einzelnachweisen:
- Satz A: >>Nachdem in Malaiischen Schuppentieren (Manis javanica, en. Sunda pangolin) Coronaviren mit hoher genetischer Übereinstimmung zum SARS-CoV-2 gefunden wurden, wie auf eine Pressekonferenz am 7. Februar 2020 mitgeteilt,
[„neu“ france24.com, Beijing (AFP) 2020-02-07: →online][/254 – 5/ Cyranoski 2020-02-07: →online]gerieten diese zunehmend in Verdacht der Ursprung der Pandemie zu sein.<<- Am Satzende sollen fast alle Einzelnachweise folgen (außer /254 – 5/ Cyranoski 2020-02-07), die gegenwärtig auftauchen: /253 – 1/ Zhang et al. 2020-03-22 (→online); /111 – 2/ Li et al. 2020-02-27 (→online); /54 – 3/ Fischer, Schadwinkel 2020-02-10 (→online); /69 – 4/ Andersen et al. 2020-03-17 (→online); /255 – 6/ McRae 2020-03-27 (→online); /256 – 7/ Lam et al. 2020-03-26 (→online); /257 – 8/ AM. CHEM. SOC. 2020-03-27 (→online).
- Satz B: >>Schuppentiere sind Einzeltiere, die relativ kleine Populationsgrößen aufweisen und außerdem sehr selten sind (in der Roten Liste gefährdeter Arten vertreten); daher erscheint es auf der einen Seite überraschend, dass sie als Auslöser der Pandemie in Frage kommen sollen, auf der anderen Seite werden sie aber trotz Verbots in China gehandelt.<<
- Am Satzende soll nur ein Einzelnachweis folgen: /256 – 7/ Lam et al. 2020-03-26 (→online).
TLB_2 – Übereinstimmungen von 90 und 99 Prozent
BearbeitenIn einem gegenwärtigen Satz geht es um die Übereinstimmungen unterschiedlicher Genomabschnitte:
- >>Die Übereinstimmung betrug in diesem Fall 90 % über das gesamte Genom, aber 99 % in einer spezifischen Region des Spike-Proteins (S-Protein), die es dem Virus erlaubt, an die ACE-Rezeptoren der menschlichen Zellen zu binden.<< (Einzelnachweis für Hassanin 2020-03-23:→online)
In diesem Satz steht eingangs:
- „Die Übereinstimmung betrug in diesem Fall ...“,
wobei bei „in diesem Fall“ kein konkreter Bezug zu den vorausgehenden Angaben steht. Die folgenden Prozentangaben:
- „... 90 % über das gesamte Genom, aber 99 % in einer spezifischen Region des Spike-Proteins (S-Protein), ...“
gehen auf zwei Quellen zurück, einen Preprint und die Pressekonferenz, welche bisher nicht explizit angegeben werden.
Die bisherige Formulierung „in diesem Fall“ möchte ich durch einen Text mit „zwar ... 90 %, aber ... 99 %“ darstellen, wobei für den Satz drei Einzelnachweise geplant werden, um es besser abzugrenzenen: „laut Preprint“ (neu, Xiao et al. 2020-02-20: →online), „laut Pressekonferenz“ (Cyranoski 2020-02-07: →online) und für den ganzen Satz (Hassanin 2020-03-23: →online).
Mein geplanter Satz sieht ungefähr so aus:
- >>Die gefundene Übereinstimmung betrug zwar zum einen 90 % über das gesamte Genom (laut Preprint
[neu, Xiao et al. 2020-02-20: →online]), aber zum anderen 99 % in einer spezifischen Region (laut Pressekonferenz[Cyranoski 2020-02-07: →online]) des Spike-Proteins (S-Protein), die es dem Virus erlauben könnte, an die ACE-Rezeptoren der menschlichen Zellen zu binden.<< (Einzelnachweis für Hassanin 2020-03-23: →online).
TLB_3 – Interessanterweise 77 Prozent
BearbeitenDen gegenwärtigen Satz, der mit „Interessanterweise ist ...“ beginnt, möchte ich im Wesentlichen beibehalten:
- >>Interessanterweise ist das in den Java-Hufeisennasen (R. affinis) isolierte Virus RaTG13 gerade in diesem Genom-Abschnitt zu SARS-CoV-2 mit nur 77 % Übereinstimmung vergleichsweise unterschiedlich.<< (Einzelnachweis für Hassanin 2020-03-23: →online)
Allerdings möchte ich hervorheben, welcher Genomabschnitt verglichen wird und deshalb „... gerade in diesem Genom-Abschnitt ...“ durch „... gerade im spezifischen Genom-Abschnitt ...“ ersetzen.
- Geplanter, kaum veränderter Satz: >>Interessanterweise ist das in den Java-Hufeisennasen (R. affinis) isolierte Virus RaTG13 gerade im spezifischen Genom-Abschnitt (Spike-Protein) zu SARS-CoV-2 mit nur 77 % Übereinstimmung vergleichsweise unterschiedlich.<< (Einzelnachweis für Hassanin 2020-03-23: →online)
TLB_4 – Möglichkeit einzudringen
BearbeitenFür den gegenwärtigen Satz, der mit „Dies bedeutet, dass ...“ beginnt:
- >>Dies bedeutet, dass die aus den Malaiischen Schuppentieren isolierten Coronaviren in menschliche Zellen eindringen können, das aus Java-Hufeisennasen isolierte jedoch nicht.<< (Einzelnachweis für Hassanin 2020-03-23: →online)
möchte ich eine Textpassage relativieren:
- „... in menschliche Zellen eindringen können, ...“
Im englischen Text von Hassanin 2020-03-23 (→online) steht im Anschluss an die Betrachtungen über „99“ und „77“ Prozent ein entsprechender Satz mit folgenden Textpassagen:
- „This means that ... is capable of entering ... whereas ... is not.“
Die Formulierung „is capable of entering“ entspricht eher einer potentiellen Voraussetzung (prinzipiell in der Lage sein einzudringen) als einer konkreten Situation (eindringen können). Gegenwärtig wird im Wikipedia-Text nur Hassanin 2020-03-23 (→online) zitiert und keine konkreten Untersuchungen. In Hassanin 2020-03-23 wird zwar zwar weiter oben ein Preprint erwähnt, Xiao et al. 2020-02-20 (→online), in welchen anfängliche Untersuchungen zum Eindringen von Viren in Zellen von Zellkulturen dargestellt werden, aber unter Laborbedingungen und keine menschlichen Zellen (Vero E6-Zellen; s. Vero-Zellen: Niere, Grüne Meerkatze).
Deshalb schlage ich etwas wie folgt vor:
- Geplanter Satz: >>Dies bedeutet, dass das aus dem Schuppentier isolierte Coronavirus in der Lage sein könnte, in menschliche Zellen einzudringen, während dies bei dem aus Fledermaus R. affinis isolierten nicht der Fall ist.<< (Einzelnachweis für Hassanin 2020-03-23: →online)
TLB_5 – Rekombination und spezielle Ausdrücke
BearbeitenIn drei aufeinanderfolgenden gegenwärtigen Sätzen, in denen es um die möglichen Rekombination geht, steht ein spezieller Ausdruck, nämlich „Pan_SL-CoV_GD“, zwar im ersten Satz, aber ein passender Einzelnachweis für den Ausdruck, entsprechend der Veröffentlichung von Li et al. 2020-06-01 (→online), wird erst hinter dem dritten Satz (bzw. am Ende des Absatzes) angewendet.
Es folgen die gegenwärtigen drei Sätze:
- Satz: >>Außerdem ist dieses Ergebnis verträglich mit der Annahme, dass SARS-CoV-2 das Ergebnis einer Rekombination der RNA-Moleküle zweier verschiedener Viren sein könnte, eines dem RaTG13 aus Fledermäusen von Yunnan, das andere dem Pan_SL-CoV_GD aus den Schuppentieren von Guangdong nahestehend.<< (Einzelnachweise für Hassanin 2020-03-23: →online; Hesman Saey 2020-03-26: →online)
- Satz: >>Dann wäre SARS-CoV-2 entstanden als eine neue Chimäre aus zwei Viren, die diesen beiden Linien jeweils sehr nahestanden.<< (Kein Einzelnachweis)
- Satz: >>Diese Annahme wurde durch eine weitere Studie von Xiaojun Li und Kollegen (Duke University, Los Alamos National Laboratory, University of Texas, El Paso und New York University) Ende Mai 2020 unterstützt.<< (Einzelnachweise für Li et al. 2020-06-01: →online; AM. ASSOC. ADV. SCIENCE 2020-05-31: →online; DUKE UNIV. MED. CENTER 2020-06-06: →online)
Den grundsätzlichen Text möchte ich erst einmal weitgehend beibehalten, aber die Viren-Bezeichnungen anpassen und die Zuordnung der Quellen verbessern. Während der Ausdruck „RaTG13“ eine häufiger verwendete Bezeichnung für einen konkreten Stamm ist, ist das beim Ausdruck „Pan_SL-CoV_GD“ nicht der Fall.
Der Ausdruck „RaTG13“ für einen Virusstamm, der de facto ein Name ist, taucht beim entsprechenden Satz sowohl im Wikipedia-Text als auch im Text eines Einzelnachweises auf (Hassanin 2020-03-23: →online). Dagegen ist „Pan_SL-CoV_GD“ kein vielfach verwendeter Name für einen Virusstamm oder ein Virusisolat, sondern ein Arbeitsbegriff in einer Veröffentlichung, nämlich Li et al. 2020-06-01 (→online), der zum Bezeichnen als eine spezielle Klade bzw. als ein Suffix für bestimmte Sequenzcontigs dient. Die Bedeutungen der Teilausdrücke beim Ausdruck Pan_SL-CoV_GD sind folgende: Pan_ => pangolin; SL-CoV_ => SARS-like CoVs; GD => Guangdong province.
Da die Referenz Li et al. 2020-06-01 ( →online) durch die Formulierung: „eine weitere Studie von Xiaojun Li und Kollegen“ eingeleitet wird, braucht man eigentlich passend zur weiteren Studie auch eine vorhergehende Studie o. ä., wobei sich dafür Andersen et al. 2020-03-17 (→online) anbieten würde; denn ein vorausgehender Satz wurde durch eine passende Pressemitteilung flankiert. In dieser Pressemitteilung von Hesman Saey 2020-03-26 (→online) wird die Veröffentlichung von Andersen et al. 2020-03-17 (→online) besprochen. Andersen et al. 2020-03-17 (→online) ist eine wichtige Veröffentlichung (Brief an den Editor von Nature) zum Themenkomplex Rekombination, Zoonosen und SARS-CoV-2.
Die in Andersen et al. 2020-03-17 in Bezug auf Schuppentiere verwendeten Ausdrücke „SRR10168377“ und „SRR10168378“ sind zwar auch keine echten Namen für konkrete Virusstämme bzw. -Isolate, sondern Bezeichnungen für Sequenz-Contigs; es sind aber konkrete IDs in einem konkreten Projekt (NCBI BioProject PRJNA573298), die eindeutig zugeordnet werden können. Die IDs „SRR10168377“ und „SRR10168378“ können durch das Projekt (PRJNA573298) und die entsprechende Datenbank mit einer häufig genannten Quelle assoziiert werden, unter PRJNA573298 angegeben als:
- „Liu P et al., "Viral Metagenomics Revealed Sendai Virus and Coronavirus Infection of Malayan Pangolins (Manis javanica).", Viruses, 2019 Oct 24;11(11)“.
Diese häufig genannte Quelle, Liu, Chen & Chen 2019-10-24 (→online, PMID 31652964), taucht zwar bisher in Wikipedia-Text nicht auf; ich würde sie vorerst aber noch nicht als Einzelnachweis anwenden, da es im Kern an dieser Stellen lediglich um die Sequenzen hinter den IDs „SRR10168377“ und „SRR10168378“ geht.
- Geplanter Satz A: >>Außerdem ist dieses Ergebnis verträglich mit der Annahme, dass SARS-CoV-2 das Ergebnis einer Rekombination der RNA-Moleküle zweier verwandter, aber unterschiedlicher Viren sein könnte, wobei das eine Virus demjenigen Virus aus Fledermäusen von Yunnan besonders nahestehen würde (lt. Zhou et al., 3. Februar 2020:
[→online]Virus-Isolat RaTG13) und das andere demjenigen Virus aus den Schuppentieren von Guangdong (bspw. lt. Andersen et al., 17. März 2020:[→online]Sequenz-Contigs „SRR10168377“[→online]und „SRR10168378“[→online]); dann wäre SARS-CoV-2 sozusagen als Chimäre aus zwei Viren entstanden.<< - Geplanter Satz B: >>Diese Annahme wurde durch eine weitere Studie von Xiaojun Li und Kollegen (Duke University, Los Alamos National Laboratory, University of Texas, El Paso und New York University) Ende Mai 2020 unterstützt.<<
TLB_6 – Rekombination bei Coronaviren und anderes
BearbeitenGegenwärtig gibt es mehrere aufeinanderfolgende Sätze, beginnend mit „Zwar besitzen Coronaviren ...“, welche das Thema Rekombination bei Coronaviren und bei anderen Viren behandeln. Manche dieser Sätze sind nicht direkt, sondern mittels des Folgesatzes durch Belege flankiert, für die meisten Sätze wird der Einzelnachweis zu Hassanin 2020-03-23 (→online) verwendet und bei manchen Sätzen sind zwei Einzelnachweise vorhanden, sowohl Hassanin 2020-03-23 (→online) als auch Graham & Baric 2010-04-01 (→online).
Es folgen sechs gegenwärtige Sätze, die hier, im TLB_6 behandelt werden:
- Satz: >>Zwar besitzen Coronaviren – anders als etwa Influenzaviren – ein unsegmentiertes Genom (monopartit), d. h. nur ein einziges Nukleinsäuremolekül (hier RNA).<< (kein direkter Einzelnachweis)
- Satz: >>Eine Rekombination von Segmenten als Ganzes (Reassortment) ist also im Gegensatz zu diesen nicht möglich.<< (Kein direkter Einzelnachweis)
- Satz: >>Insbesondere um den Ursprung des alten SARS-Virus SARS-CoV-1[Anmerkung A 3] zu erklären, wurde bereits früher bei dieser Virusfamilie ein Rekombinationsmechanismus, und zwar innerhalb des (einzigen) Genom-Segments, beschrieben (homologe Rekombination).<< (Einzelnachweise für Hassanin 2020-03-23: →online; Graham & Baric 2010-04-01: →online)
- Satz: >>Eine solche Rekombination kann, egal ob segmentiertes oder unsegmentiertes Genom, zu einem neuen Virus führen, das eine neue Wirtsspezies befallen und krank machen kann.<< (Einzelnachweis für Hassanin 2020-03-23: →online)
- Satz: >>Das Rekombinationsereignis kann daher zum Ausgangspunkt einer neuen Epidemie werden, wie es bei SARS vermutet (und bei Influenza stets befürchtet) wird.<< (kein direkter Einzelnachweis)
- Satz: >>Voraussetzung ist die Doppelinfektion (Koinfektion) eines (einzelnen) Wirtsindividuums durch die beiden Ausgangsviren.<< (Einzelnachweis für Hassanin 2020-03-23: →online)
Im Wikipedia-Text des 1. und 2. Satzes werden Unterschiede bei Rekombinationen für solche Viren postuliert, die nicht segmentiert sind (Coronaviren) oder doch (Influenzaviren), wobei kein Einzelnachweis angegeben ist. Im 3. Satz wird darauf hingewiesen, dass bereits früher ein Rekombinationsmechanismus bei Coronaviren beschrieben wurde. Die beiden Einzelnachweise zum Thema stehen hinter dem 3. Satz. Im Text der einen Quelle, Hassanin 2020-03-23 (→online), werden die segmentierten Influenzaviren gar nicht erwähnt und in der anderen Quelle, Graham & Baric 2010-04-01 (→online), geht es kaum um Influenzaviren, sondern hauptsächlich um Coronaviren.
Ich denke, es wurde im Wikipedia-Text (Sätze 1. bis 3. im TLB_6) versucht Folgendes zu erklären:
Es könnte jemanden zwar auf der einen Seite plausibel vorkommen, dass neue Viren durch Rekombination bei segmentierten Virengenomen entstehen und bei unsegmentierten eher nicht, aber auf der anderen Seite ist bekannt, dass solche neuen Viren auch bei unsegmentierten Genomen entstehen können, wie man es bspw. in Graham & Baric 2010-04-01 (→online) für die Coronaviren nachlesen kann.
Das Problem bei einem Vergleich von zwei verschiedenen Virengruppen und deren Rekombinationsmöglichkeiten ist, dass so ein Vergleich an dieser Stelle im Wikipedia-Text – wenn er nicht zu lang werden soll – weder das eine noch das andere besonders gründlich erklären kann. Außerdem erzählen die beiden Quellen fast nichts über Influenzaviren: die eine Quelle rein gar nichts (Hassanin 2020-03-23: →online), die andere kaum Detailliertes (Graham & Baric 2010-04-01: →online).
Und wie erklärt man andere Dinge bei der Rekombination, die nicht viel mit den Segmenten zu tun haben? Wenn es um die Neukombination zu einem neuen Virus geht, erklärt die Vorstellung von „besseren Voraussetzungen“ und „schlechteren Voraussetzungen“ – je nachdem, ob Segmente vorliegen – bspw. kaum, wieso es bei neu entstandenen Viren Bereiche geben kann, die weder bei der einen noch bei der anderen Virengruppe normalerweise als einzelne Segmente vorliegen.
Ich möchte den Text für die segmentierten Influenzaviren straffen und direkter zu den belegten Aussagen im Minireview (Graham & Baric 2010-04-01: →online) überleiten.
Geplante Sätze:
- (aus 1. und 2. Satz), Satz A: >>Wenngleich die Entstehung eines neuen Virus durch Rekombination plausibler erscheinen mag, wenn das Genom segmentiert ist (bspw. bei den Influenzaviren), kommt das auch bei den Coronaviren vor, die ein unsegmentiertes Genom (monopartit) besitzen:<< (Kein Einzelnachweis im einleitenden Teilsatz mit „:“)
- (aus 3. Satz), Satz B: >>Insbesondere um den Ursprung des alten SARS-Virus SARS-CoV-1[Anmerkung A 3] zu erklären, wurde bereits früher das Thema Rekombination bei dieser Virusfamilie untersucht und über mögliche Mechanismen nachgedacht.<< (Einzelnachweise für Hassanin 2020-03-23: →online; Graham & Baric 2010-04-01: →online)
- (aus 3. Satz und zusätzlich), Satz C: >>Coronaviren haben eine ausgeprägte Fähigkeit zur homologen Rekombination gezeigt, wobei Viren im Rahmen einer Koinfektion (Doppelinfektion) genetisches Material austauschen.<< (Nur Einzelnachweis Graham & Baric 2010-04-01: →online; Text dort abgeleitet)
- (zusätzlich), Satz D >>Laut Graham & Baric (2010) erinnerte das Thema zu den Möglichkeiten, die bei Coronaviren hinsichtlich von Rekombination beobachtet worden sind, besonders in Bezug auf SARS, beunruhigend an die Influenzaviren.<< (Nur Einzelnachweis Graham & Baric 2010-04-01: →online; Text dort abgeleitet)
- (aus 4. und 5. Satz), Satz E: >>Eine solche Rekombination kann zu einem neuen Virus führen, das eine neue Wirtsspezies befallen und krank machen kann; das entsprechende Rekombinationsereignis kann daher zum Ausgangspunkt einer neuen Epidemie werden, wie es bei SARS vermutet wird.<< (Einzelnachweise für Hassanin 2020-03-23: →online; Graham & Baric 2010-04-01: →online)
- (aus 6. Satz), Satz F: >>Voraussetzung für ein neues Virus, das direkt durch Rekombination aus zwei verschieden Viren hervorgeht, ist eine Doppelinfektion (Koinfektion) eines einzelnen Wirtsindividuums, welche durch die beiden Ausgangsviren gleichzeitig erfolgt.<< (Einzelnachweis für Hassanin 2020-03-23: →online)
TLB_7 – Stand zur hypothetischen Doppelinfektion
BearbeitenBei einen Satz über die hypothetische Doppelinfektion, die bei einem Entstehen von SARS-CoV-2 aus zwei Viren aufgetreten sein müsste, wird kein Einzelnachweis angegeben, da man Fehlendes schlecht belegen kann:
- Gegenwärtiger Satz: >>Allerdings bleibt bislang (Stand 2. Juni 2020) ungeklärt, in welcher Spezies die hypothetische Doppelinfektion stattgefunden haben könnte, und unter welchen Umständen dies geschehen sein könnte.<< (Kein direkter Einzelnachweis)
Man könnte mutmaßen, dass der Wirt mittlerweile nicht mehr sicher nachgewiesen werden kann, in welchem die entscheidende Koinfektion stattgefunden hat, welche direkt zu SARS-CoV-2 oder zu seinem Vorläufer geführt haben mag. Vielleicht sollte man eine Aktualisierung bei der Aussage lieber „Recherche“ nennen, statt sie als „Stand“ zu bezeichnen, da man heutzutage kaum alles erfasst haben kann, was wissenschaftlich zu SARS-CoV-2 und assoziierten Themen publiziert worden ist.
Ich schlage Folgendes vor:
- Geplanter Satz: >>Allerdings bleibt weiterhin ungeklärt (Recherche im Januar 2024),
[Anmerkung]in welcher Spezies die hypothetische Doppelinfektion (wie bei Hassanin am 23. März 2020 dargestellt[→online]) stattgefunden haben könnte, und unter welchen Umständen dies geschehen sein könnte.<< - Geplante Anmerkung: >>Recherchen zur hypothetischen Doppelinfektion: Monate nach der Erwägung einer hypothetischen Doppelinfektion, durch Hassanin am 23. März 2020 (→online), konnte keine Veröffentlichung gefunden werden, in der ein Wirt für die maßgebliche Doppelinfektion/Koinfektion bestätigt worden sei (Stand 2. Juni 2020). Eine spätere Recherche im Januar 2024, die in PubMed durchgeführt wurde (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/), weist ebenfalls nicht darauf hin, dass ein tatsächliches Wirtstier für die maßgebliche Koinfektion bestätigt worden sei; bspw. verwendeter Suchausdruck: /coinfection origin sars-cov-2/.<<
TLB_8 – Hochspezifische Antigene bzw. Antikörper
BearbeitenDer Satz über die serologischen Untersuchungen bei Schuppentieren, deren Antigene etwas mit SARS-CoV-2 zu tun haben, wirkt in Bezug auf die vorhergehenden Sätze ein wenig verloren, eher wie ein Nachtrag.
- Gegenwärtiger Satz: >>Bei den konfiszierten Schuppentieren, die in Quarantӓnezentren untergebracht wurden, konnten hochspezifische SARS-CoV-2-Antigene festgestellt werden.<< (Einzelnachweis für Hassanin 2020-03-23: →online)
Vielleicht sollte man etwas dazu mitteilen, wie Antigene und Antikörper bei Schuppentieren zu denen beim Menschen passen und was die serologischen Befunde mit der Ähnlichkeit der verglichenen Coronaviren zu tun haben. Antigene und Antikörper werden im bisher verwendeten Einzelnachweis, Hassanin 2020-03-23 (→online), an keiner Stelle genannt. Im Zusammenhang mit der Darstellung zu den Unterschieden zwischen den beiden Genomen in Bezug auf verschiedene Genom-Abschnitte wird in Hassanin 2020-03-23 (→online) aber ein Preprint erwähnt: Xiao et al. 2020-02-20 (→online). In diesem Preprint werden nicht nur Untersuchungen zur Genom-Übereinstimmung beschrieben, sondern auch Untersuchungen zu Antigenen und Antikörpern. Es wurden dabei zwar Antigene als Mittel zum Zweck verwendet, aber weniger um damit „hochspezifische SARS-CoV-2-Antigene“ bei den Schuppentieren festzustellen, sondern Antikörper.
Die Aussage (im Wikipedia-Text), dass „hochspezifische SARS-CoV-2-Antigene“ bei Schuppentieren festgestellt worden seien, wirkt eher verwirrend, wenngleich – oder gerade weil – die Antigene bei Schuppentieren „hochspezifisch“ zu jenen Antikörpern passten, welche im Preprint quasi als „Anti-SARS-CoV-2-Antikörper“ bezeichnet worden sind. Im Preprint von Xiao et al. vom 20. Februar 2020 (→online) steht noch die Formulierung: „anti-2019-nCoV antibodies“, da das Virus zu dieser Zeit „2019-nCoV“ genannt wurde und erst später SARS-CoV-2. Es gibt eine spätere, „echte Publikation“ von Xiao et al. vom 7. Mai 2020 (→online), in welcher bereits von „anti-SARS-CoV-2 antibodies“ geschrieben wird.
Obendrein gibt es eine Korrektur Xiao et al. vom 11. November 2021 (→online), in welcher Fehler bei Nummerierungen, bei der Probenbenennung sowie bei der genauen Adressierung bereits veröffentlichter Aussagen usw. berichtigt worden sind. Die Fehler und Korrekturen betreffen aber keine Grundaussagen, weshalb ich die Korrektur nicht als Einzelnachweis bringen würde.
Da der genannte Preprint und die „echte Publikation“ (Nature-Artikel) verschieden Titel haben, sind sie nicht direkt gegenseitig verlinkt.
Ich plane, sowohl den Preprint von Xiao et al. vom 20. Februar 2020 (→online) als auch die „echte Publikation“ von Xiao et al. vom 7. Mai 2020 (→online) beim einleitenden Satz zum Thema zu nennen und in der Folge nur den Nature-Artikel, Xiao et al. 2020-05-07 (→online).
Die geplanten Sätze:
- Satz A: >>Bei konfiszierten Schuppentieren, die in einem Rettungszentrum für Wildtiere untergebracht wurden und von denen viele mit Coronaviren infiziert waren, wurden nicht nur genetische, sondern auch serologische Untersuchungen durchgeführt.<< (Neue Einzelnachweise für Preprint Xiao et al. 2020-02-20: →online; Xiao et al. 2020-05-07: →online)
- Satz B: >>Bei acht Malaiischen Schuppentiere, von denen vier positiv auf das als SARS-CoV-2-ähnlich eingestufte Coronavirus getestet wurden und vier negativ (Testung durch PCR), wurden Plasma-Proben genommen, um den Gehalt zirkulierender Antikörper zu vergleichen.<< (Einzelnachweis Xiao et al. 2020-05-07: →online)
- Satz C: >>Bei einem Individuum dieser vier positiv getesteten Malaiischen Schuppentiere wurden hochspezifische Antikörper gegen ein relevantes Antigen bei SARS-CoV-2 gefunden (Anti-SARS-CoV-2-Antikörper gegen das Spike-Protein; S1 als Antigen), während bei den anderen drei Individuen keine entsprechenden Antikörper nachgewiesen wurden.<<
- Satz D: >>Die Autoren nahmen an, dass die kurze Zeitspanne zwischen dem Ausbruch einer schweren Erkrankung und dem Versterben bei diesen drei Tieren möglicherweise nicht ausreichend gewesen sei, um eine nachweisbare Immunreaktion hervorzurufen.<< (Einzelnachweis Xiao et al. 2020-05-07: →online)
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Eine Art „Glossar“ für Arbeitsbegriffe
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| ABV | — | „Analyse-Basisversion“ | — | Als Analyse-Basisversion (ABV) bezeichne ich hier eine einzelne Bearbeitungsversion des Wikipedia-Artikels SARS-CoV-2, nämlich oldid=236512369, welche vom 18. August 2023 stammt. |
Eine einzelne Bearbeitungsversion habe ich deshalb ausgewählt, um bei meiner Analyse des Wikipedia-Artikels SARS-CoV-2 einen stabilen Bezugspunkt zu haben. Die Wahl genau dieser Bearbeitungsversion bietet Vorteile:
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| GGW | — | „gegenwärtig“ | Als gegenwärtig (GGW) bezeichne ich hier einen IST-Zustand, der vor der Umsetzung von geplanten Änderungen im relevanten Textbereich besteht (oder bestand). | |
| Ein gegenwärtiger Text ist bspw. der Text im relevanten Textbereich (←RTB) der Analyse-Basisversion (←ABV), da dieser Text der Gegenwart entspricht, in der die Planung hier liegt.
Die Analyse-Basisversion von 18. Aug. 2023 liegt zwar nicht in der Gegenwart, aber der Text entspricht dem IST-Zustand in der Planung. | ||||
| ______ | ||||
| LGS | — | „langer Satz“ | — | Als langen Satz (LGS) bezeichne ich hier denjenigen Satz, welcher den ersten Satz des relevanten Textbereiches (←RTB) in der Analyse-Basisversion (←ABV) darstellt und welcher recht lang ist. |
| ______ | ||||
| MXY | — | „Muster /x – y/“ | — | Als Muster /x – y/ (MXY) bezeichne ich hier eine eigene Form bei der Darstellung von bestimmten Einzelnachweisen, bei der gleichzeitig mehrere Nummerierungen angegeben werden. |
Es handelt sich dabei um jene 14 Einzelnachweise, die im relevanten Textbereich (←RTB) in der Analyse-Basisversion (←ABV) vorkommen.
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| RTB | — | „relevanter Textbereich“ | — | Als relevanten Textbereich (RTB) bezeichne ich hier denjenigen Text über die Coronaviren bei den Schuppentieren, der im Wikipedia-Artikel SARS-CoV-2 unterhalb einer Markierung für „Schuppentiere“ steht. |
| Der relevanten Textbereich ist derjenige Bereich, in dem ich Bearbeitungen vornehmen möchte.
In der eigens für die Analyse des Textes ausgewählten Analyse-Basisversion (←ABV) vom 18. August 2023 besteht dieser relevante Textbereich aus zwei Absätzen, die zwischen den beiden fett dargestellten Zeilen „Schuppentiere“ und „Alternatives Szenario“ stehen. Die beiden Absätze des relevanten Textes stehen in der Analyse-Basisversion unter der Hauptüberschrift „Herkunft und Wirtsspektrum“ (...oldid=236512369#H...), dort unter der Überschrift „Fledertiere und Schuppentiere“ (...oldid=236512369#F...) und dort unter der fett dargestellten Zeile „Schuppentiere“. | ||||
| ______ | ||||
| SAZ | — | „speziell angepasste Zitierweise“ | — | Als speziell angepasste Zitierweise (SAZ) bezeichne ich hier eine Form zur Darstellung von bestimmten Einzelnachweisen, bei der ich zusätzliche Angaben mache. |
| Es handelt sich dabei um jene 14 Einzelnachweise, die im relevanten Textbereich (←RTB) in der Analyse-Basisversion (←ABV) vorkommen.
Muster und Beispiele:
• /x – y/ : Das Muster „/x – y/“ (←MXY) dient zur Anzeige von Referenz-Nummern und anderen laufenden Nummern bei Einzelnachweisen • {↓↑→} : Die drei Pfeilsymbole verlinken zu folgenden Orten: — „↓“ — zur Referenz-Nr. in der Einzelnachweis-Liste: Das Pfeilsymbol „↓“ ist jeweils zum Einzelnachweis in der Liste unter „Einzelnachweise“ in der Analyse-Basisversion (←ABV) verknüpft. — „↑“ — zur Referenz-Nr. im Fließtext: Das Pfeilsymbol „↑“ ist jeweils zur ersten Anwendung des jeweiligen Einzelnachweise unterhalb von „Schuppentiere“ verknüpft. — „↑“ — zur Online-Publikation: Das Pfeilsymbol „↑“ ist zumeist zur jeweiligen Website der Online-Publikation verknüpft. In zwei Fällen (/54 – 3/ und /254 – 5/) wurden mehrere Varianten angegeben. • JJJJ-MM-TT : Datum der Publikation, als Jahr-Monat-Tag | ||||
| ______ | ||||
| TLB | — | „Teilbereich“ | — | Acht Teilbereiche, TLB_1 bis TLB_8. Als einen Teilbereich bezeichne ich hier jeweils einen einzeln betrachteten Ausschnitt des relevanten Textbereichs (←RTB), den ich durch eine Gliederung in acht solcher Segmente erhalten habe. |
| Die Teilbereiche habe ich aus dem relevanten Textbereichs (←RTB) der Analyse-Basisversion (←ABV) abgeleitet und danach festgelegt, wie sich so ein Textausschnitt aus meiner Sicht gut als Einheit darstellen und bearbeiten lässt. | ||||
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Nachträgliche Angaben
BearbeitenHier werden ggf. nachträgliche Informationen abgelegt, die sich bei oder nach der Umsetzung des Entwurfs zum Thema „Schuppentiere, langer Satz und Weiteres“ ergeben.