Benutzer:Dirk123456/Baustellenbaustelle 001/Baustelle-D/Baustelle-D.36

Genauer: Es geht um den Abschnitt „BatCoV RaTG13, Anpassung von Text“, der sich auf der Diskussionsseite vom Artikel „SARS-CoV-2“ befindet/ befand. Der Abschnitt wurde am 23. Aug. 2021,16:20 Uhr MESZ, neu angelegt. Zum Sprungziel für den Abschnitt in der ursprünglichen Seitenversion: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=Diskussion:SARS-CoV-2&oldid=214992186#BatCoV_RaTG13,_Anpassung_von_Text. Siehe auch: „Nachträge – Versionen und Bearbeitungen“ auf dieser Benutzerseite.

Spezial:Diff/214992186.

Genauer: Es geht um den Themenpunkt „Detaillierte Suche“, der sich im Abschnitt „BatCoV RaTG13, Anpassung von Text“ auf der Diskussionsseite vom Artikel „SARS-CoV-2“ befindet/ befand. Der Abschnitt wurde am 23. Aug. 2021,16:20 Uhr MESZ, neu angelegt. Zum Sprungziel für den Themenpunkt „Detaillierte Suche“ in der ursprünglichen Seitenversion: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=Diskussion:SARS-CoV-2&oldid=214992186#Dirk123456.2021-08.ratg13-text.009. Siehe auch: „Nachträge – Versionen und Bearbeitungen“ auf dieser Benutzerseite.

Spezial:Diff/214992186.

Genauer: Es geht um den Themenpunkt „Verschiedene Sprachen und Taxonomie“, der sich im Abschnitt „BatCoV RaTG13, Anpassung von Text“ auf der Diskussionsseite vom Artikel „SARS-CoV-2“ befindet/ befand. Der Abschnitt wurde am 23. Aug. 2021,16:20 Uhr MESZ, neu angelegt. Zum Sprungziel für den Themenpunkt „Verschiedene Sprachen und Taxonomie“ in der ursprünglichen Seitenversion: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=Diskussion:SARS-CoV-2&oldid=214992186#Dirk123456.2021-08.ratg13-text.013. Siehe auch: „Nachträge – Versionen und Bearbeitungen“ auf dieser Benutzerseite.

Spezial:Diff/214992186.

Genauer: Es geht um den Themenpunkt „Textvorschlag“, der sich im Abschnitt „BatCoV RaTG13, Anpassung von Text“ auf der Diskussionsseite vom Artikel „SARS-CoV-2“ befindet/ befand. Der Abschnitt wurde am 23. Aug. 2021, 16:20 Uhr MESZ, neu angelegt. Zum Sprungziel für den Themenpunkt „Textvorschlag“ in der ursprünglichen Seitenversion: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=Diskussion:SARS-CoV-2&oldid=214992186#Dirk123456.2021-08.ratg13-text.019. Siehe auch: „Nachträge – Versionen und Bearbeitungen“ auf dieser Benutzerseite.

Nachträge

Nachträge – Versionen und Bearbeitungen

Nach der Umsetzung – Diskussionsbeiträge, Baustelle, Artikelbearbeitungen
Zur Diskussionsseite	Anmerkungen und weitere Verknüpfungen
Überschrift: ← Zur Überschrift „BatCoV RaTG13, Anpassung von Text“	Abschnitt nach der zweiten Bearbeitung auf der Diskussionsseite vom Artikel „SARS-CoV-2“.
Erster Beitrag im Abschnitt: ← Zum Beitragsanfang ← Überblick ← Hintergrund ← Ziel ← Grenzen der geplanten Anpassung ← Einige bisherige Versionen im Wikipedia-Artikel ← Vorbetrachtungen ← Fließtext und Referenzen ← Die drei Quellen ← Detaillierte Suche (Baustelle: Ergänzung) ← Zeitliche Einordnung der Ereignisse ← Beschreibung von Schwierigkeiten ← Stillgelegte Mine – ab wann? ← Verschiedene Sprachen und Taxonomie (Baustelle: Ergänzung) ← Zusammenhang zwischen Isolaten und Sequenzen ← Zusammenhang zwischen RaTG13 und SARS-CoV-2 ← Zahlen für Patienten und Verstorbene ← Plan ← Geplante Aussage ← Textvorschlag (Baustelle: Ergänzung) ← Geplante Durchführung ← Abschluss und Ausblick ← Zum Beitragsende	Verknüpfungen zur Benutzerseite Baustelle-D.40. Die Anmerkung (Baustelle: Ergänzung) zeigt in drei Fällen an, dass der jeweilige Gliederungspunkt im Diskussionsbeitrag auf dieser Benutzerseite (Benutzer:Dirk123456/Baustellenbaustelle_001/Baustelle-D/Baustelle-D.40) durch zusätzliche Information ergänzt wird: ↑ Detaillierte Suche (Baustelle), ↑ Verschiedene Sprachen und Taxonomie (Baustelle), ↑ Textvorschlag (Baustelle).
Zweiter Beitrag im Abschnitt: ← Zum Beitragsanfang „Erfolgte Umsetzung des Plans“	Vergleich von Bearbeitungen im Artikel „SARS-CoV-2“. Zwischenversionen mit Planungskommentaren: diff=214992538&oldid=214992426 → Vorversion—Ergebnis: diff=214992654&oldid=214971053 → Im zweiten Diskussionsbetrag wurden nur die beiden Vergleiche (WP:Diff) präsentiert, hier auch die Bearbeitungsversionen: Letzte Bearbeitung direkt vor dem Einfügen der Planungskommentare, Vorversion. → /, Nach dem Einfügen der Planungskommentare, 1. Zwischenversion – Status: in Vorbereitung. → /, Nach der eigentlichen Textänderung, 2. Zwischenversion – Status: umgesetzt. → /, Nach dem Entfernen der Planungskommentare, Ergebnis. → /.

Vorbereitung

Diskussionsbeitrag

BatCoV RaTG13, Anpassung von Text

Hallo, in diesem Beitrag geht es mir um Anpassungen von Text, welcher durch den Schriftzug „BatCoV RaTG13“ gekennzeichnet wird und der sich sich im Abschnitt „Herkunft und Wirtsspektrum“ befindet.

Überblick

Hintergrund

Im Abschnitt SARS-CoV-2#Herkunft und Wirtsspektrum gibt es gegenwärtig den einer Überschrift ähnlichen Schriftzug „BatCoV RaTG13“. Unterhalb dieses Schriftzugs, den ich hier als „Lesezeichen“ bezeichne, fand ich die Textstelle: „... aus Alpha- und Betacoronaviidae“. Das sah auf den ersten Blick so aus, als würde man nur ein „r“ einfügen müssen, um aus „...coronaviidae“ „...coronaviridae“ zu machen. Als ich den gesamten Text gelesen und die Quellen ausgewertet hatte, stellte ich fest, dass alles recht kompliziert ist, u. a. deshalb, weil die Informationen in den Quellen wenig gebündelt vorliegen. Ein weiterer Punkt sind die unterschiedlichen Handhabungen von Benennungen bei Viren. Das verursacht vor allen bei neuen Viren, die noch nicht klassifiziert wurden, Schwierigkeiten, zumal Übersetzungen in andere Sprachen nicht 1:1 funktionieren.

Ziel

Genaue Zuordnung von Aussagen zu Einzelnachweisen.

Grenzen der geplanten Anpassung

Es wird nicht möglich sein, alle Sachverhalte, die bisher im Text erwähnt werden, in kompakter Form zu präsentieren. Daher wird der Text deutlich länger.

Einige bisherige Versionen im Wikipedia-Artikel

Abschnitt seit 25. März 2020: Der Abschnitt „Schuppentiere versus Fledermäuse“, dessen Überschrift gegenwärtig „Fledertiere und Schuppentiere“ lautet, wurde eingefügt.
- Vorversion: oldid=198107103
- Nach der Bearbeitung: oldid=198107454 | 2020-03-25
- Vergleich: diff=198107454&oldid=198107103
Strukturierung seit 9. April 2021: Strukturierung innerhalb des Abschnitts „Fledertiere und Schuppentiere“, wobei keine weitere Überschriften-Ebene verwendet wurde.
- Vorversion: oldid=210748516#Fledertiere_und_Schuppentiere
- Nach der Bearbeitung: oldid=210751440#Fledertiere_und_Schuppentiere | 2021-04-09
- Vergleich: diff=210751440&oldid=210748516

Gegenwärtiger Textinhalt seit 8. Juni 2021: Unter dem damaligen Schriftzug: „BatCoV RaTG13 Virus“, der einer Überschrift ähnelt („Lesezeichen“), wurde der seitdem dort lesbare Text eingestellt, wobei sich das „Lesezeichen“ geändert hat (gegenwärtig: „BatCoV RaTG13“).
- Vorversion: oldid=212780832#Fledertiere_und_Schuppentiere
- Nach der Bearbeitung: oldid=212786485#Fledertiere_und_Schuppentiere | 2021-06-08
- Vergleich: diff=212786485&oldid=212780832

Aktuelle Version (Check am 22. August 2021):
- oldid=214908119#Fledertiere_und_Schuppentiere | 2021-08-20

Vorbetrachtungen

Fließtext und Referenzen

Der Text im Wikipedia-Artikel umfasst gegenwärtig vier Sätze mit insgesamt vier Referenzen, die unter „Einzelnachweise“ aufgeführt werden. Der erste Satz enthält als Referenz lediglich eine Ortsangabe, die auf eine Karte (Openstreetview) verweist. Dass der Ort Tongguan auf einer Karte zu finden ist, dürfte weniger ein Einzelnachweis im Sinne eines Belegs (WP:BLG) sein, sondern eher eine Anmerkung. Ein Beleg für den Inhalt fehlt beim Satz. Der zweite Satz hat keinen Einzelnachweis und der dritte Satz hat einen solchen: Ge et al., 18. Feb. 2016. Möglicherweise sollte der Einzelnachweis für alle drei vorausgehenden Sätze gelten. Der vierte Satz weist zwei Einzelnachweise an seinem Ende auf: Peng et al., 17. Nov. 2020 und Zhou et. al., 3. Feb. 2020. Diese Referenzen sollen sich vermutlich auf den gesamten Absatz beziehen. Für die drei echten Einzelnachweise gibt es PubMed-IDs (die bisher bei den entsprechenden ref-Tags, also <ref ...>...</ref> und <ref ... />, nicht angewendet wurden).

Im Folgenden gebe ich den gegenwärtigen Text im Artikel mit seinen vier Sätzen (hier nummeriert) und den vier Referenzen (als Unterpunkte) wieder. Die Referenzen wurden hier anders formatiert als im Artikel, ungefähr in dieser Form:

(/ ref-Name im Wikitext | Kurzzitat mit erstem Veröffentlichungsdatum und PubMed-Id (PMID) | Link in der Referenz (DOI), „gekürzter Titel“. /)

Wie im November 2020 bekannt wurde, starben bereits in der zweiten Hälfte des Jahres 2012 drei von sechs infizierten Arbeitern nach schweren Atemwegserkrankungen, die zuvor in einer stillgelegten Kupfermine beim Ort Tongguan (通关镇) ―
- (/ ref: name="OSM_Tongguan" | lediglich Ortangabe, kein Datum | Tongguan Town /) ― im Landkreis Mojiang (墨江县) in der chinesischen Provinz Yunnan mit dem Entfernen von Fledermauskot beschäftigt waren.
Bei Laboruntersuchungen der Patienten und einer im Folgejahr in der Höhle stattgefundenen Expedition fand man SARS-CoV-ähnliche Viren (SARSr-CoVs, Untergattung Sarbecovirus) aus Alpha- und Betacoronaviidae.
Eine teilsequenzierte Probe (RdRp) davon wurde unter BatCov/4991 in der Gendatenbak aufgenommen.
- (/ ref: kein Name | Ge et al., 18. Feb. 2016, PMID 26920708 | doi:10.1007/s12250-016-3713-9, „Coexistence ... mineshaft“ /)
Erst im Frühjahr 2020 wurde die Existenz einer Vollsequenzierung unter BatCoV/RaTG13 bekannt, worauf aufgrund der 100%igen Identität das Isolat BatCov/4991 aufgegeben und gelöscht wurde.
- (/ ref: name="Shi2020-11" | Zhou et al., 17. Nov. 2020, PMID 33199918 | doi:10.1038/s41586-020-2951-z , „Addendum: A pneumonia ... origin“ /)
- (/ ref: name="Zhou_Nature_20200203" | Zhou et. al., 3. Feb. 2020, PMID 32015507 | doi:10.1038/s41586-020-2012-7, „A pneumonia outbreak ... origin“ /)

Die drei Quellen

In allen drei Veröffentlichungen, die im gegenwärtigen Text als Quellen zitiert werden, steht die Virologin Shi Zhengli (bzw. Zheng-Li Shi) an der letzter Stelle in der Autorenliste. Sie ist außerdem die als Einziges angegebene Kontaktperson in allen drei Veröffentlichungen und zwar jeweils als Korrespondenzpartnerin in Bezug zum „Schlüssellabor für besondere Pathogene des Wuhan-Instituts für Virologie“. Die drei Quellen werden im Weiteren – entsprechend ihrer zeitlichen Reihenfolge – mit A_, B_ und C_ abgekürzt und nachfolgend beschrieben:

A_ Ge et al., 18. Feb. 2016 (PMID 26920708 \| doi:10.1007/s12250-016-3713-9) Kurzbeschreibung: In der Publikation geht es hauptsächlich um die Bestandsaufnahme von möglicherweise für den Menschen pathogenen Viren in Feldermauskolonien durch Untersuchung von Stuhlproben. Titel: „Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft“; Ungefähr übersetzter Titel: „Koexistenz mehrerer Coronaviren in mehreren Fledermauskolonien in einem verlassenen Minenschacht“; Wo: VIROLOGICA SINICA 2016, 31 (1): 31–40 \| https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12250-016-3713-9 \| https://link.springer.com/content/pdf/10.1007/s12250-016-3713-9.pdf Kontaktadresse: „Key Laboratory of Special Pathogens, Wuhan Institute of Virology, Chinese Academy of Sciences, Wuhan, 430071, China“. Besonderheiten bei der Veröffentlichung: Die Publikation ist als PDF-Datei lesbar.
B_ Zhou et al., 3. Feb. 2020 (PMID 32015507 \| doi:10.1038/s41586-020-2012-7 ) Kurzbeschreibung: In der Publikation geht es hauptsächlich um den Vergleich vom menschlichen Coronavirus SARS-CoV-2 mit verschiedenen Coronaviren bei Fledermäusen. Titel: „A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin“; Ungefähr übersetzter Titel: „Ein Ausbruch von Lungenentzündungen im Zusammenhang zu einem neuen Coronavirus mit wahrscheinlichem Ursprung in Fledermäusen“. Wo: Nature 579, 270–273 (2020). \| https://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7 Kontaktadresse: „CAS Key Laboratory of Special Pathogens, Wuhan Institute of Virology, Center for Biosafety Mega-Science, Chinese Academy of Sciences, Wuhan, China“. Besonderheiten bei der Veröffentlichung: Nachträgliche Änderung am 28. Sep. 2020! Als Publikationsdatum wird der 3. Feb. 2020 angegeben (Published 03 February 2020) und als Ausgabedatum der 12. März 2020 (Issue Date 12 March 2020). Dennoch wird auf eine spätere Änderung hingewiesen, die erst einmal nichts mit dem Addendum vom 17. Nov. 2020 (C_) zu tun hat. Die Änderung wird unter „Change history“ kommentiert, beginnend mit dem hervorgehobenen Text: „28 September 2020“ und folgend mit: „This article was amended to correct the Peer review information.“ Also ungefähr übersetzt: „Geschichte der Änderungen – 28. September 2020 – Dieser Artikel wurde geändert, um ihn hinsichtlich der Begutachtung (Peer-Review-Informationen) zu korrigieren.“
C_ Zhou et al., 17. Nov. 2020 (PMID 33199918 \| doi:10.1038/s41586-020-2951-z) Kurzbeschreibung: In der Publikation geht es hauptsächlich um die zeitliche Einordnung von Ereignissen, die zuvor nicht veröffentlicht worden sind. C_ ist nicht nur ein Nachtrag zur Veröffentlichung vom 3. Feb. 2020 (als Addendum zu B_, wie es der Titel aussagt), sondern zum Teil auch ein Nachtrag zur Publikation vom 18. Feb. 2016 (A_). Titel: „Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin“; Ungefähr übersetzter Titel: „Nachtrag: Ein Ausbruch von Lungenentzündungen im Zusammenhang zu einem neuen Coronavirus mit wahrscheinlichem Ursprung in Fledermäusen“. Wo: Nature 588, E6 (2020). \| https://www.nature.com/articles/s41586-020-2951-z Kontaktadresse: „CAS Key Laboratory of Special Pathogens, Wuhan Institute of Virology, Center for Biosafety Mega-Science, Chinese Academy of Sciences, Wuhan, China“. Besonderheiten bei der Veröffentlichung: Nachtrag zu B_.

Detaillierte Suche

Der Text im Artikel „SARS-CoV-2“, im Abschnitt „Fledertiere_und_Schuppentiere“, unterhalb des Schriftzugs „BatCoV RaTG13“ wurde hinsichtlich der dort angebrachten drei als Belege verwendeten Quellen untersucht, welche hier A_↑, B_↑ und C_↑ genannt werden. Dazu habe ich die drei Quellen nicht nur gelesen, sondern zusätzlich nach Textmustern durchsucht. Die Suchergebnisse habe ich in einer Art Liste auf einer meiner Benutzerseiten protokolliert:

xxx.

Zeitliche Einordnung der Ereignisse

Ich habe die Referenzen A_↑, B_↑ und C_↑ und ggf. GenBank-Einträge untersucht und die dort gefundenen Ereignisse und Aussagen nach Jahren zusammengestellt. Die folgende Liste enthält die Aussagen, ohne dass der jeweilige Einzelnachweis angegeben wurde; das soll an dieser Stelle die Übersichtlichkeit fördern, da bspw. manche Aussagen in mehreren Quellen auftauchen, aber unterschiedlich genau (z. B. „Mojiang“ in A_↑ und C_↑; „Tongguan“ aber nur in C_↑).

Jahr 2012:

Minenarbeiter sollen eine Kupfermine bei Tongguan im südlichen China (Landkreis Mojiang/ Provinz Yunnan) aufgesucht haben, um dort Reinigungsarbeiten zur Beseitigung von Fledermauskot vorzunehmen.
Es soll bei einigen dieser Minenarbeiter zu Lungenerkrankungen durch Virusinfektionen gekommen sein, die in einem Krankenhaus behandelt wurden.
- Krankenhauseinweisungen: 26.–27. April 2012
- Serumproben der Erkrankten:
  - vom Krankenhauspersonal gesammelte Proben: im Juni, Juli, Aug. u. Sep. 2012;
  - an das Labor: zwischen 1. Juli 2012 und 1. Okt. 2012.
Es sollen Höhlenexpeditionen durchgeführt worden sein, die anschließenden Laboruntersuchungen zur Erfassung des Virenspektrums bei den Fledermäusen dienen sollten.
- Stuhlproben-Entnahme: Aug. 2012 und Sep. 2012

Jahr 2013:

Es sollen weitere Höhlenexpeditionen für Laboruntersuchungen stattgefunden haben.
- Stuhlproben-Entnahme: April 2013 und Juli 2013

Jahre 2014 bis 2015:

Wie in den Jahren zuvor (2012 und 2013), sollen auch in den Jahren 2014 bis 2015 ein bis zwei Höhlenexpeditionen stattgefunden haben, um Laboruntersuchungen durchführen zu können.

Jahr 2016:

Veröffentlichung A_↑ von Ge et al. (18. Feb. 2016) mit dem ungefähr übersetzten Titel: „Koexistenz mehrerer Coronaviren in mehreren Fledermauskolonien in einem verlassenen Minenschacht“;
Hinterlegung einer Teilsequenz des RdRp-Gens von RaTG13 (später gewählte Bezeichnung vom Virus) in GenBank unter der Zugriffsnummer KP876546; die dazugehörige Publikation ist B_↑ vom 18. Feb. 2016.

Jahr 2018:

Die nahezu vollständige Genomsequenz (ohne die 5′- und 3′-Enden) des Virusstammes RaTG13 soll 2018 durch Next-generation sequencing „in our laboratory“ (C_↑) ermittelt worden sein. Entsprechend der Korrespondenz-Angaben in C_↑ vom 17. Nov. 2020 ist mit „in our laboratory“ das „Schlüssellabor für besondere Pathogene des Wuhan-Instituts für Virologie“ gemeint.

Jahr 2020:

Veröffentlichung B_↑ von Zhou et. al. (3. Feb. 2020) mit dem ungefähr übersetzten Titel: „Ein Ausbruch von Lungenentzündungen im Zusammenhang zu einem neuen Coronavirus mit wahrscheinlichem Ursprung in Fledermäusen“.
- Hinweis auf eine Änderung zur Korrektur durch Begutachtung am 28. Sep. 2020: Change history – 28 September 2020 – „This article was amended to correct the Peer review information.“
Veröffentlichung eines Nachtrags C_↑ von Zhou et al. (17. Nov. 2020) mit dem ungefähr übersetzten Titel: „Nachtrag: Ein Ausbruch von Lungenentzündungen im Zusammenhang zu einem neuen Coronavirus mit wahrscheinlichem Ursprung in Fledermäusen“).
- Im Jahr 2020 soll die Sequenz von SARS-CoV-2 mit unveröffentlichten Fledermaus-Coronavirus-Sequenzen verglichen und festgestellt worden sein, dass die Sequenz von SARS-CoV-2 eine Identität von 96,2 % mit RaTG13 teilt (steht im Nachtrag).
Hinterlegung der nahezu vollständigen Genomsequenz des Virusstammes RaTG13 in GenBank unter der Zugriffsnummer MN996532; die dazugehörige Publikation ist B_↑ vom 3. Feb. 2020.

Beschreibung von Schwierigkeiten

Stillgelegte Mine – ab wann?

Es wird in den Quellen zwar angegeben, dass die Mine zur Zeit der Stuhlproben-Entnahmen in den Fledermauskolonien stillgelegt war, also spätestens ab August 2012, es wird aber nicht angegeben, ob die Mine schon vor den Reinigungsarbeiten zur Beseitigung von Fledermauskot geschlossen war. Die Reinigungsarbeiten könnten bspw. genau deshalb durchgeführt worden sein, um den Minenschacht stillzulegen oder die Erkrankungsfälle selbst könnten die Schließung forciert haben. Die Tatsache, dass sich bereits Fledermauskolonien bilden konnten, spricht etwas dafür, dass zumindest der entsprechende Minenschacht schon länger stillgelegt war. Die Formulierung: „zu reinigen ..., um Kupfer abzubauen“ spricht eher dafür, dass der Kupferabbau noch lief und die Mine noch nicht geschlossen war. („to clean ... in order to mine copper“ – in C_↑ von Zhou et al. (17. Nov. 2020), im Satz: „These patients had visited a mine cave in Tongguan town, Mojiang County, Yunnan Province, China, to clean bat faeces in order to mine copper before being admitted to the First Affiliated Hospital of Kunming Medical University on 26–27 April 2012.“).

Wie dem auch sei; es steht dazu nicht viel in den Quellen.

Verschiedene Sprachen und Taxonomie

Deutschen Ausdrücke, wie „Coronaviren“, „Alpha- und Betacoronaviren“ usw., liefern zahlreiche Verwechslungsmöglichkeiten. Auch bei der Verwendung wissenschaftlicher Namen (z. B. Familie Coronaviridae, Gattung Alphacoronavirus und Gattung Betacoronavirus) ist es gerade bei neu entdeckten Viren umständlich, die vorläufige Einordnung präzise zu beschreiben. Die meisten Namen haben zudem nur einen verwendbaren Numerus, entweder Einzahl oder Mehrzahl. Auch Sammelbezeichnungen, wie „SARS-CoV-ähnliche Viren“ und „SARSr-CoVs“, lassen schwer genau zuordnen, weswegen ich sie sparsam einsetzen möchte. Weitere Betrachtungen sind auf einer meiner Benutzerseiten zu finden:

xxx.

Zusammenhang zwischen Isolaten und Sequenzen

Nach den Angaben in den Quellen basieren zwei Sequenzen hinsichtlich von RaTG13, eine Teilsequenz des RdRp-Gens und eine nahezu vollständige Genomsequenz, auf ein und demselben Isolat aus einer Stuhlprobe der Fledermausart Rhinolophus affinis. In den Quellen steht nichts dazu, dass eine Sequenz gelöscht oder ein Isolat verworfen wurde. Das Isolat hatte allerdings unterschiedliche Namen. In der Publikation von 2016 wurde die Proben-Nr. 4991 verwendet (für die Teilsequenz des RdRp-Gens) und für die der Publikation von 2020 wurde die Probe bzw. das Isolat in RaTG13 umbenannt (zur Bezeichnung der nahezu vollständigen Genomsequenz).

Ein Isolat vom Virus, das später BatCoV RaTG13 genannt wurde, wurde aus einer Stuhlprobe der Fledermaus-Art Rhinolophus affinis gewonnen. Die erste Nukleinsäuresequenz, die in den hier dargestellten Quellen auftaucht, war eine Teilsequenz des RdPd-Gens, die – zumindest anfänglich – „RaBtCoV/4991“ genannt wurde (bedeutet vermutlich: Rhinolophus affinis bat coronavirus / sample ID4991). Diese Teilsequenz des RdPd-Gens wurde in GenBank unter der Zugriffsnummer KP876546 hinterlegt und ist auch heute noch dort verfügbar (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KP876546). Unter dem GenBank-Eintrag KP876546 ist auch die Herkunft des Isolats (aus einer Stuhlprobe von R. affinis vom Juli 2013) und der Bezug zur Veröffentlichung (Ge et al., 2016, PMID 26920708) zu finden. Die nahezu vollständige Genomsequenz des Virus RaTG13 soll im gleichen Labor im Jahr 2018 bestimmt worden sein, wie am 17. Nov. 2020 im Nachtrag zur Veröffentlichung vom 3. Feb. 2020 mitgeteilt wurde. Auch hierzu existiert ein GenBank-Eintrag: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN996532. Es gibt bisher zwei Versionen zur Zugriffsnummer MN996532. In der ersten Version (MN996532.1) wird nur der Name „Bat coronavirus RaTG13“ angegeben, während in der zweiten Version (MN996532.2) unter „source“ auch der vorher verwendete Name erwähnt wird: /note="former lab designation: Bat coronavirus Ra4991". Auch unter der Zugriffsnummer MN996532 wird als Herkunft des Isolats eine Stuhlprobe vom Juli 2013 angegeben (sogar genauer: 24. Juli 2013), die von Rhinolophus affinis stammen soll. Die Veröffentlichung, auf die unter MN996532 verwiesen wird, ist jene vom 3. Feb. 2020 (Zhou et. al., doi:10.1038/s41586-020-2012-7). Im Nachtrag vom 17. Nov. 2020 (Zhou et al., C_↑) werden die beiden Benennungen, „4991“ und „RaTG13“, als Synonyme für dasselbe Virusisolat erklärt:

„All of the nine betacoronaviruses are SARSr-CoVs, one of which (sample ID4991; renamed RaTG13 in our Article to reflect the bat species, the location and the sampling year) was described in a 2016 publication[1].“;
in etwa übersetzt: „Alle neun Betacoronaviren sind SARSr-CoVs, von denen eines (Proben-Nr. 4991; in unserem Artikel in RaTG13 umbenannt, um die Fledermausart, den Standort und das Jahr der Probennahme widerzuspiegeln) in einer Veröffentlichung aus dem Jahr 2016 beschrieben wurde[1].“

Der Ausdruck „RaTG13“ bedeutet also vermutlich „Rhinolophus affinis, Tongguan, 2013“. Die Referenz [1] bezieht sich auf die Veröffentlichung von Ge et al. (18. Feb. 2016, PMID 26920708 | doi:10.1007/s12250-016-3713-9).

Zusammenhang zwischen RaTG13 und SARS-CoV-2

Es geht aus der Beschreibung nicht eindeutig hervor, wie die Stuhlproben von Fledermäusen und die Serumproben von Patienten im Zusammenhang stehen. Die bisherige Darstellung vermittelt ein wenig den Eindruck, dass das Virus BatCoV RaTG13 woanders als bei Fledermäusen aufgetreten sein könnte, nämlich bei Menschen mit Lungenentzündungen. Das ist – zumindest nach Quellenlage – nicht der Fall.

Die Serumproben aus 2012, welche von solchen Patienten mit Lungenentzündung stammten, die zuvor in oder bei Tongguan Reinigungsarbeiten zur Beseitigung von Fledermauskot durchgeführt hatten, wurden weder auf das Vorhandensein von RaTG13 noch auf das Vorhandensein von SARS-CoV-2 getestet (Zhou et al., 17. Nov. 2020, C_↑). Das ging schon deshalb nicht, weil sowohl RaTG13 als auch SARS-CoV-2 erst lange nach diesen Ereignissen im Jahr 2012 entdeckt worden sind. RaTG13 wurde erst nach einer Probenahme von Fledermausstuhl im Juli 2013 entdeckt und SARS-CoV-2 wurde erst nach dem Auftreten von entsprechenden Virusinfektionen beim Menschen Ende 2019 entdeckt.

Die Serumproben aus dem Jahr 2012 wurden zwar unter Anderem auf ein Virus getestet, dass mit RaTG13 und SARS-CoV-2 verwandt ist, aber auf eines, dass bereits bekannt war, nämlich auf „bat SARSr-CoV Rp3“. Dieses Virus, „SARSr-CoV Rp3“, konnte nicht in den Serumproben gefunden werden. Es gibt also keinen Nachweis zu einer Ursache-Wirkung-Beziehung zwischen „SARSr-CoVs“ und den schweren Atemwegserkrankungen der Personen, die 2012 durch Reinigungsarbeiten mit Fledermauskot in Kontakt gekommen sind.

Zahlen für Patienten und Verstorbene

Im gegenwärtigen Text des Wikipedia-Artikels ist von sechs infizierten Arbeitern die Rede, von denen drei nach schweren Atemwegserkrankungen in der zweiten Hälfte von 2012 verstorben wären. In der Veröffentlichung vom 3. Feb. 2020 (B_↑) ist zwar auch vom sechs Patienten die Rede; diese Zahl bezieht sich aber auf SARS-CoV-2-Infektionen. Die schweren Atemwegserkrankungen in 2012 werden im Nachtrag vom 17. Nov. 2020 (C_↑) erwähnt, wobei hier vier Patienen angegeben wurden, von denen einer verstorben wäre. Vielleicht gibt es zum Thema noch andere Quellen, die nicht die Zahl der Patienten betreffen, von denen Proben vom „Schlüssellabor für besondere Pathogene des Wuhan-Instituts für Virologie“ untersucht worden sind. Letztlich hat eine andere Zahl von Erkrankten und Verstorbenen keine Auswirkungen auf die Bedeutung von RaTG13, weshalb ich die genaue Zahl weglassen würde.

Plan

Geplante Aussage

Ich gehe davon aus, dass sie Herkunft von RaTG13 dargestellt werden sollte, weil ein Bezug zu SARS-CoV-2 besteht. Ich würde mit diesem Bezug, nämlich dass RaTG13 eng mit SARS-CoV-2 verwandt ist, anfangen. Danach würde ich das Auftreten von Erkrankungen bezüglich der Kupfermine in Tongguan erwähnen, welches entsprechende Forschungen nach sich zog, die zu RaTG13 geführt haben. Dann würde ich den größten Unterschied von SARS-CoV-2 gegenüber RaTG13 herausstellen, nämlich dass SARS-CoV-2 eine Pandemie verursacht hat, während das Auftreten von RaTG13 beim Menschgen gar nicht getestet worden ist. Darunter würde ich

alles chronologisch aufschreiben wollen, was das Zustandekommen der Information zu RaTG13 erklärt und
alles weglassen wollen, was mit dem Bekanntwerden von RaTG13 nichts zu tun hat.

Gerade der zweite Punkt hat den Nachteil, dass die Information, dass es viele Erreger geben wird, die als Überträger für die Erkrankungen 2012 in Frage kommen, nicht explizit hervortritt. Anderseits (bei noch mehr Information) hätte aber der abschnittsähnliche Text unterhalb des „Lesezeichens BatCoV RaTG13“ keinen Umriss mehr.

Ich habe versucht, aus dem hier angegebenen Argumenten einen Textvorschlag zu machen.

Textvorschlag

Der zum Zwecke der Artikelbearbeitung vorbereitete Text ist auf einer meiner Benutzerseiten zu finden:

xxx.

Geplante Durchführung

Die Änderungen im Artikel sollen mit Planungskommentaren kommentiert werden:

Einfügen von Planungskommentaren (Status: in Vorbereitung.)
Umsetzung laut der Planungskommentare (Status: umgesetzt.)
Entfernen der Planungskommentare.

Abschluss und Ausblick

Nach der Anpassung wird viel Text unter „BatCoV RaTG13“ stehen. Dieser könnte vielleicht künftig gestrafft werden, da Ähnliches unter „Untersuchungen zum Ursprung von SARS-CoV-2#Coronaviren und Fledermäuse“ zu finden ist.

--~~

Z

Ausgelagert

Mehrere Abschnitte wurden beseitigt, enthalten in der Vorversion: [1], 2021-08-22T14:45:31 UTC – 16:45 MESZ, 22.8.’21:

Ausgelagert – [2] –|– Veralteter Vorschlag für die Anpassung des Artikels – [3] –|– Detailierte Textsuche – [4] –|– Tod, tot, sterben usw. – [5] –|– Englische Begriffe für "gelöscht" – [6] –|– Im alten Abschnitt „Herkunft und Wirtsspektrum“ – [7] –|