Bidirectional Best Hits

Bidirectional Best Hits ist eine Methode der Bioinformatik, um orthologe Gene zu identifizieren.

Vorgehen

Um ein orthologes Gen zu einem gegebenen Gen $A_{x}$ im Organismus $B$ zu finden, führt man zunächst eine Blast-Suche im kompletten Genom von Organismus $B$ nach dem Gen $A_{x}$ aus. Das Ergebnis ist eine Liste von Sequenzalignments, die nach Qualität der Treffer sortiert ist.

Um die Bidirectional Best Hits zu identifizieren, führt man nun mit dem Treffer (also der Sequenz aus Organismus $B$) eine Suche in dem kompletten Genom von Organismus $A$ (also dem Ursprungsorganismus) aus. Bester Treffer sollte jetzt das Ursprungsgen $A_{x}$ sein. Ist das der Fall, handelt es sich bei den beiden Genen um BBHs.

BBHs sind einander sehr ähnlich. Man nimmt an, dass es sich um Orthologe handelt.

Diese Verfahren kann man sowohl mit Proteinsequenzen als auch mit Nukleotidsequenzen durchführen.

Kritik

Dieses Verfahren legt die Annahme zu Grunde, dass keine zwei Gene sich ähnlicher sind als zwei Orthologe. Diese Annahme mag in den meisten Fällen stimmen, aber sicher nicht immer.

Literatur

• Ross Overbeek et al.: The use of gene clusters to infer functional coupling. In: PNAS. Band 96, Nr. 6, März 1999, PMC 15866 (freier Volltext) – (englisch). 

Weblinks

• “BBH” bei der National Microbial Pathogen Data Resource (USA)