Die DDR-Nachwuchsoberliga 1979/80 war die 4. Auflage dieser Liga im DDR-Fußball. Spielberechtigt waren die Nachwuchsmannschaften jener Vereine, die in der betreffenden Saison in der Oberliga, der höchsten Spielklasse der DDR, vertreten waren. Da in der Oberliga-Saison 1979/80 die 1. Herrenmannschaften vom 1. FC Union Berlin und der BSG Chemie Leipzig abgestiegen waren, galten somit – ungeachtet des sportlich erreichten Ergebnisses – auch die Nachwuchsmannschaften beider Vereine in der Nachwuchsoberliga als Absteiger. Die Saison begann am 18. August 1979 und endete am 10. Mai 1980.