Diskussion:Caudoviricetes

Einheiten

Hallo Griensteidl, bei Wikipedia bin ich mir nicht sicher, ob man SI-Einheiten wie nm ausschreiben muß ebenso die üblichen Abkürzungen nt, kB und kBp in der Mikrobiologie (wenn diese korrekt verlinkt sind zu Kilobase). Die ursprüngliche Form hielt ich für korrekter, es ist auch die in der Fachliteratur übliche. Falls das Konsens ist, werde ich den ursprünglichen Zustand wieder herstellen, da die Einheiten in allen weiteren Artikeln zur Virustaxonomie und zur Virologie ebenfalls so einheitlich gehandhabt werden. Gruß --Gleiberg 20:10, 8. Jul 2006 (CEST)

Soweit ich weiß, gibt es keinen Konsens, zu keiner der beiden Varianten. Ich halte es einfach für Laien-freundlicher, die Einheiten auszuschreiben (in meinen Artikeln schreibe ich auch Meter aus). BTW: In der Taxobox ruft der Begriff tailed nach einer deutschen Bezeichnung. Gruß Griensteidl 20:16, 8. Jul 2006 (CEST)

Finde es auch besser, in der Taxonomie soweit möglich den deutschen Begriff zu schreiben, aber bei tailed müßte man Wortschöpfnung betreiben (habe in mehreren Werken gesucht, aber nichts gefunden). Die Virus-Taxonomie ist (auch bei den Spezies-Taxa) an der englischen Sprache orientiert, leider hat das ICTV nicht konsequent (in Anlehnung an die Taxa in der Botanik oder Zoologie) lateinische Begriffe eingeführt: trotzdem gehen mir Begriffe wie "Phi-like Viren" nicht über die Lippen :-). Gruß --Gleiberg 20:50, 8. Jul 2006 (CEST)

Habe gerade gesehen, dass Du in der normierten Taxo-Box ikosaedrisch verlinkt hast. Diese Box-Norm habe ich mit Benutzer Muck erarbeitet und soll bei allen Virus-Familien Anwendung finden. Mit der Verlinkung zu Kapsid soll gleichzeitig die Erklärung der verschiedenen Symmetrien erfolgen, wobei die Kapsid-Symmetrie nicht aussreichend mit "Ikosaeder" beschrieben ist (da es bei Viren verschiedene ikosaedrische Symmetrien mit unterschiedlicher Orientierungszahl T=3 oder T=4 gibt); es soll bei Kapsid noch mit entsprechenden Graphiken erklärt werden. Die Verlinkung zu dem mathematischen Gebilde "Ikosaeder" ist (trotz gleicher Begrifflichkeit) im Detail für Viren falsch und deshalb haben wir darauf verzichtet. --Gleiberg 20:57, 8. Jul 2006 (CEST)

Neue Familien mit MSL#36 2021

Leider gibt es offenbar derzeit noch keine Beschreibung, was die neu geschaffenen Familien auszeichnet. Es gibt auch in keiner anderssprachigen WP einen Artikel zu einer dieser Familien. Es macht wohl nicht viel Sinn, jeweils einen Stub anzulegen, nur für die Taxonomie. Die Info zu der Gattungen und Spezies etc. muss daher leider erst mal hier rein als Provisorium. Spätestens wenn es einen ICTV-Report zu den neuen Familien gibt, wird sich das ändern. Hoffe, dann auch auf die Klappboxen verzichten zu können.

Das ICTV ist diesmal dem Vorschlag, die drei herkömmlichen Familien (Podo-, Myo- und Siphoviridae) als taxonomische Einheiten völlig aufzulösen, noch nicht nachgekommen, es verbleibt daher noch eine ganze Reihe vorgeschlagener Familien. Erst recht bleiben die Caudovirales bestehen. Im Übrigenwird man auch in Zukunft (mindestens) eine Ordnung als Gegenpart zu den vorgeschlagenen Crassvirales brauchen...

Vielleicht wird man den Artikel dannsplitten müssen, wenn das alles durch ist.--Ernsts (Diskussion) 08:52, 19. Jun. 2021 (CEST)

MSL#37+ Reorganisation der Caudoviricetes

Das ICTV hat mit dem Update auf MSL #37 März/April 2022 in der Klasse Caudoviricetes verschiedene Ordnungen definiert, u. a. die vorgeschlagene Crassvirales samt Unterstruktur, aber auch meherer andere; die Caudovirales sind jetzt vorschlagsgemäß abgeschafft. Die klassischen Familien Myoviridae, Siphoviridae und Podoviridae sind ebenfalls abgeschafft, aber nur teilweise durch neue Familien ersetzt. Es gibt daher in der Klasse Caudoviricetes derzeit viele Gattungen (und auch Unterfamilien) incertae sedis. Zu diesem Stand erschien Mitte Juni 2022 eine Korrektur MSL #37v2. Dies ist der akt. Stand 18. Juli 2022, weitere Korrekturen sind abere bereits angesagt (Siehe ICTV: Master Species Lists).

Mein Idee:

Die Artikel zu den klassischen Familien entsprechend dem hier im Artikel zitierten Vorschlag umbenennen in die morphologisch begründeten, nicht-taxonomischen Bezeichnungen, deutsch also zu Myoviren, Siphoviren und Podoviren (früher Morphotyp A, B bzw. C). Die bereits in den letzten Jahren ausgegliederten Familien (wie Chaseviridae) werden konsequenterweise entsprechend ihrer Morphologie in diese informellen Gruppen wieder aufgenommen.

Diese Regel ist einfach anzuwenden für alle Caudoviricetes-Mitglieder, die keiner (neuen) Ordnung zugeordnet sind. Ich gehe davon aus, dass innerhalb der neuen Caudoviricetes-Familien bzw. der familienlosen Unterfamilien die Morphologie einheitlich ist und jeweils die ganze Familie bzw. Unterfamilie (weiter) ein und demselben Morphotyp zugeordnet werden kann.

Fraglich war, wie mit den neuen Ordnungen der Caudoviricetes zu verfahren ist (wie etwa den Crassvirales). Das Beste wäre, für diese ICTV-konform jeweils eigene Artikel zu erstellen.

1. Möglichkeit: Die Artikel Myoviren, Podoviren und Siphoviren listen nur Caudoviricetes-vertreter ohne Zuordnung zu einer der neuen Ordnung. Dann sind diese Artikel Lückenbüßer/Lumpensammler, die mit der Zeit immer kleiner werden.

2. Möglichkeit: Diese Artikel listen alle Caudoviricetes-Taxa, mit und ohne Zuordnung zu einer der neuen Ordnungen. Sie dienen als informelle Übersichtsartikel über den jeweiligen CaudoviricetesMorphotyp (nicht-taxonomisch).

Im Laufe der Anpassungen erscheint mir Vorgehensweise 2 geeigneter. Dabei ist zu beachten, dass manche Ordnungen Mitglieder (d. h. Familien) unterschiedlicher Morphotypen haben, und entsprechend auf die drei Artikel Podoviren, Siphoviren und Myoviren aufzuteilen sind (mit entsprechendem Hinweis). Die Information zum jeweiligen Morphotyp findet man im Vorschlag 2021.001A, Tabelle 1 auf strain-Ebene(!), aber offenbar sind alle Familien von jeweils ein- und demselben Morphotyp. Die Sache ist daher handhabbar.

Vorgehensweise:

1. Caudoviricetes: Kennzeichnung der Caudoviales als nicht-taxonomische Gruppe. Informelle Charakterisierung als Viren mit Kopf-Schwanz-Aufbau und linearer dsDNA, die Prokaryoten befallen.
2. Caudoviricetes: Kennzeichnung der Crassvirales als ICTV-bestätigte Ordnung. Abgleich der Mitgliedsliste mit MSL#37 (v2)
3. Caudoviricetes: Aufnahme der anderen neuen Mitgliedsordnungen. Check der bisherigen im Artikel erwähnten Vorschläge, ob diese als Mitglieder dieser Ordnungen bestätigt sind.
4. Verschiebung der Artikel Myoviridae, Siphoviridae und Podoviridae zu Myoviren, Siphoviren respektive Podoviren (informelle nicht-taxonomische Gruppen). Den Artikel über die Myoviridae habe ich bereits als Beispiel für eine solche Verschiebung vorbereitet (Vorschlag).
5. In diesen Artikeln Hinweis auf veraltetes Taxon (s. u.) statt Infobox.
6. Aufnahme der in den letzten Jahren bereits ausgegliederten Familien (Chaseviridae, Ackermannviridae etc.) und Ausweisung der neuen Familien und Unterfamilien in den Artikeln Myoviren, Siphoviren und Podoviren.
7. Myoviren, Podoviren, Siphoviren: Ausweisung eben dieser Struktur auch hier. Also: Einrichtung der neuen Familien, Gruppierung aller Familien in die informellen mophologischen Gruppen.
8. Artikel zu den neuen Ordnungen und zu den neuen Familien der ex-Caudovirales erstellen, nach und nach.
9. Crassvirales: Update auf MSL #37 (v2)
10. Links auf Myoviridae, Podoviridae, Siphovridae und Caudovirales in allen Artikeln entsprechend den vorgenommenen Verschiebungen ersetzen. Insbesondere die Infobox Virus aktualisieren in allen Artikeln über Mitglieder/Taxa der Caudoviricetes
11. Anpassung bzw. neue Artikel: (neue) Ordnungen und Familien der Caudoviricetes. Zweck: Verschieben von Detailinfo aus den Artikeln Myoviren, Podoviren, Siphoviren in diese für eine bessere „Load-Balance“.

• Die ersten vier Schritte sind nach Maßgabe des ICTV notwendig und können daher im Prinzip unabh. von der Diskussion sofort beginnen.
• Schritt 5 ist auch nötig, zur Designfrage s. u. (Diskussion nötig)
• Schritte 6 und 7 entsprechen dem Vorschlag von Turner et al., diese Gruppen als informelle Gruppen zu behandeln und die Artikel nicht zu löschen (Diskussion nötig)
• Die Vorgehensweise stellt sicher, dass keine Mitglieder der neuen Caudoviricetes-Ordnungen in den informellen Gruppen landen. In der Gesamtliste im Artikel hier tauchen sie so nur einmal auf.

Referenz:

• https://talk.ictvonline.org/files/master-species-lists/m/msl/13425 ICTV MSL#37 Excel-Liste
• https://talk.ictvonline.org/taxonomy/ ICTV Taxonomy Browser (optional mit Historie)
• https://www.mdpi.com/1999-4915/13/3/506 der zitierte Vorschlag doi:10.3390/v13030506 von Turner et al.

Was mein ihr dazu?

Zusatz: Wir benötigen wohl auch eine Box analog zu Vorlage:Alternatives Taxon. Einen Vorschlag habe ich mal unter Arbovirus gemacht. Die neue Vorlage wäre dann auch bei diesen drei informellen Gruppen (und anderen, etwa Pflanzenvirus, RNA-Virus, DNA-Virus etc.) einzubauen. Also nicht unbedingt „veraltetes Taxon“, wenn es nie eines war. Nur ein Bearbeiterhinweis ist glaube ich zu wenig.

Aktueller Stand:

• Punkte 1, 2, 3 und 4 abgearbeitet. Der Artikel Caudoviricetes ist aktuell. Bitte gerne prüfen, ggf. Nachricht/Fragen an mich. :-)
• Punkt 5 - Vorlage:KeinVirustaxon erstellt und in etlichen Artikeln eingebaut, insbes. Myoviren, Podoviren, Siphoviren. Kann diese Vorlage neben (über) der Virusbox existieren oder soll letztere heraus? Wie ist es in anderen Fällen wie Influenzaviren? Wie soll in den Virusboxen der Mitglieder der 3 Morphotypen verfahren werden? Soll der Morphotyp angegeben werden? Wenn ja, wie soll er gekennzeichnet werden? als ohne Rang (das könnte als Klade missverstanden werden? Oder mit Benennung „Morphotyp“? Dafür müsste die Virusbox erweitert werden. Oder doch lieber gar nicht, Hinweis nur im Text?
• Punkt 6 und 7 - erledigt für alle (Myoviren, Podoviren und Siphoviren). Die Zuordnung basiert auf der ad-hoc-Annahme, dass eine Familie oder Unterfamilie immer einen einheitlichen Morphotyp hat.
• Punkt 8: Bei der Bearbeitung der Myoviren, Podoviren und Siphoviren hat sich gezeigt, dass auch die neuen Ordnungen in den Caudoviricetes je nach ihrem Morphotyp aufgenommen werden sollten (das war ursprünglich nicht der Fall).
• Punkt 9: Update des Artikels Crassvirales auf Stand MSL #37 (v2). Anmerkung: Der isolierte Phage crAss001 aus der Familie Steigviridae hat Podoviren-Morphologie. Ob dies auch für alle anderen Familien der Crassvirales gilt, ist nicht sicher.
• Punkt 10: Die Anpassung der Infobox und der restlichen QVs fertig.
• Punkt 11: nach und nach. Mithilfe ist gerne gesehen :-). Die bestehenden Familien und Ordnung (Crassvirales) sind nur teilweise angepasst. Die mit MSL#37 neuen Familien und Ordnungen haben dezeit noch keine Artikel.

Die Artikel zu den (mit MSL#37) neuen Caudoviricetes-Ordnungen habe ich erstellt. Artikel zu den neuen Familien sind von geringerer Relevanz, da diese Familien irgendwann bestehenden oder neuen Ordnungen zugewiesen werden könnten. Einigen Familien-Vorschläge (post-MSL#37) sind schon bekannt.--Ernsts (Diskussion) 12:37, 31. Mär. 2023 (CEST)

Anmerkung: Gleichzeitig hat das ICT die vor einem Jahr begonnene Praxis massiv fortgesetzt, für die Speziesnamen eine (freizügige) binäre Nomenklatur einzuführen, wie sie für zelluläre Organismen üblich ist. Noch sind nicht alle Spezies einschlägig benannt, interessanterweise sind für die Poxviridae die bereits gebräuchlichen/vorgeschlagenen/früheren binären Namen (wie Orthopoxvirus simiae) bisher offenbar nicht bestätig. Durch diese strenge taxonomische Ausrichtung geht dabei oft der Bezug zu den (Haupt-)Wirten verloren. Damit in der WP der Bezug erhalten bleibt, empfiehlt sich eine ähnliche Vorgehensweise wie sie das NCBI pflegt:

• die bisherigen Speziesnamen (wie Escherichia-Virus xyz, ohne Anführungszeichen, aber mit Bindstrich und großem ‚V‘) als deutsche Trivialnamen belassen bzw. englische entsprechend umformen.
• Die offiziellen, wissenschaftlichen binären Speziesnamen kommen hinzu (wie bei den Lebewesen).
• Speziesnamen in der bisherigen Form sind englisch, also Vorlage lang|en.
• Vorgeschlagene Speziesnamen (wie auch bei den höheren Rängen) in doppelten Anführungszeichen (zusätzlich).
• mir noch unklar: Vorgehensweise bei Untergattungen (Coronaviridae). Offenbar sind hier noch keine binären Namen eingeführt. Bei Lebewesen Parxis: Gattungsname (Untergattung) Artepitheton, etwa. Canis (Xenocyon) africanus. Wie bei Viren?

Diese Vorgehensweise ist der bei Lebwesen am ähnlichsten, für die deutschen Bezeichnungen ergibt sich nichts Neues. Die binären Namen sind (ICTV-gewollt) international.

--Ernsts (Diskussion) 16:20, 19. Jul. 2022 (CEST)