Diskussion:Maximum parsimony

Artikelzusammenlegung

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Der vorliegende Artikel Maximale Sparsamkeit wurde mit dem Artikel Long-branch attraction artefact zusammengelegt. Der ursprüngliche Text und die Autorenliste des Artikels Long-branch attraction artefact befinden sich in dieser Version des Artikels Maximale Sparsamkeit. --Regiomontanus (Diskussion) 14:26, 24. Aug. 2009 (CEST)Beantworten

Long Branch Attraction (LBA)

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Oben: Tatsächlicher Zusammenhang (oben) und LBA-Artefakt (unten)^[1] ^[2]

Soweit ich bei der Lektüre von ein paar Artikeln^[3]^[4]^[5]^[6]^[7] mitbekommen habe, treten LBA-Artefakte nicht nur bei der maximum parsimony-Analyse auf. Auch deswegen hat die LBA in der Forschungsgeschichte der letzten Jahrzehnte grundfalsche Ergebnisse hinterlassen. Wegen dieser Relevanz möchte ich vorschlagen, den vorliegenden Artikel in ein neu zu erstellendes Kapitel im Lemma Phylogenetischer Baum zu verschieben. Das Kapitel soll von Artefakten und falschen Bäumen handeln, die ja nicht nur bei der "Maximalen Sparsamkeit" auftreten.

Gerne trage ich etwas dazu bei, nämlich ein fiktives, für Laien verständliches Beispiel, siehe unten.

1. Der Wirklichkeit entsprechende Klade

Kuchen

Rumkugeln

	Weihnachtsstollen, Sachertorte

	Hundekuchen, Butterkuchen, Schokoladentorte
Vorlage:Klade/Wartung/Style

Brot

	Rosinenbrot, Marmeladenbrot

	Knäckebrot, Butterbrot, Weißbrot
Vorlage:Klade/Wartung/Style

Semmelknödel

2. LBA-Artefakt

Backwerk

	Weihnachtsstollen, Sachertorte

	Hundekuchen, Butterkuchen, Schokoladentorte
Vorlage:Klade/Wartung/Style

	Rosinenbrot, Marmeladenbrot

	Knäckebrot, Butterbrot, Weißbrot
Vorlage:Klade/Wartung/Style

Teig

	Semmelknödel

	Rumkugeln

Bei Bakterien

1. Konsens-Klade

Aquifex

Thermotoga

ca. 50 bakterielle mesophile Spezies

	Deinococcus

	Thermus

2. Artefakt

0,67

	Aquifex

	Thermotoga

0,7

Thermus

	ca. 50 bakterielle mesophile Spezies

	Deinococcus

Die fett gedruckten Mesophilen sind zusammen plaziert. Die anderen sind thermophile Kurzarm-Bakterien und landen an der Wurzel. Man meinte daher früher, dass die Thermophilen immer die ursprünglichen sind. ^[8]^[7]

--Asw-hamburg (Diskussion) 15:10, 17. Mär. 2016 (CET)Beantworten

Tree of Life ^[7]

1. Eocyten-Baum

Bakterien

Archaeen

Euryarchaeota

Proteoarchaeota

	Crenarchaeota

	Eukarya

2. Carl Woese in der Felsenstein-Zone (LBA)

Bakterien

	Archaeen

	Eukarya

--Asw-hamburg (Diskussion) 07:01, 18. Mär. 2016 (CET)Beantworten

Literatur

↑ Joseph Felsenstein: Cases in which Parsimony or Compatibility Methods Will be Positively Misleading. In: Systematic Zoology. 410. Jahrgang, Nr. 4, 1978, S. 401–410, doi:10.2307/2412923 (jstor.org).
↑ Volker Knoop, Kai Müller: Gene und Stammbäume: ein Handbuch zur molekularen Phylogenetik. 2. Auflage. Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg 2009, ISBN 978-3-8274-2230-9, S. 331–333, doi:10.1007/978-3-8274-2230-9.
↑ G. Peter Foster, A. Donal Hickey: Compositional Bias May Affect Both DNA-Based and Protein-Based Phylogenetic Reconstructions. In: PLoS One. 7. Jahrgang, Nr. 1, 2012, S. 22291975, doi:10.1128/JB.00934-06 (nih.gov).
↑ John P. Huelsenbeck: Is the Felsenstein Zone a Fly Trap? Syst Biol (1997) 46 (1): 69-74 doi:10.1093/sysbio/46.1.69
↑ Mark S. Springer, John Gatesy: The gene tree delusion. In: Molecular Phylogenetics and Evolution. 94A. Jahrgang, 2016, S. 01 - 33, doi:10.1016/j.ympev.2015.07.018 (sciencedirect.com).
↑ James A. Lake: Eukaryotic origins. Phil. Trans. R. Soc. B 2015 370 20140321; DOI: 10.1098/rstb.2014.0321. Published 31 August 2015
↑ ^a ^b ^c Tom A. Williams, Sarah E. Heaps, Svetlana Cherlin, Tom M. W. Nye, Richard J. Boys, T. Martin Embley: New substitution models for rooting phylogenetic trees. In: Philosophical Transactions of the Royal Society of London B: Biological Sciences. 370. Jahrgang, Nr. 1678, 2015, doi:10.1098/rstb.2014.0336 (royalsocietypublishing.org).
↑ Marina V. Omelchenko, Yuri I. Wolf, Elena K. Gaidamakova, Vera Y. Matrosova, Alexander Vasilenko, Min Zhai, Michael J. Daly, Eugene V. Koonin, Kira S. Makarova: Comparative genomics of Thermus thermophilus and Deinococcus radiodurans : divergent routes of adaptation to thermophily and radiation resistance. In: BMC Evolutionary Biology. 5. Jahrgang, Nr. 1, 2005, S. 01 - 21, doi:10.1186/1471-2148-5-57 (biomedcentral.com).

Abschnitt hinzufügen

[Joseph_1978Cases_in_which_P-1] Joseph Felsenstein: Cases in which Parsimony or Compatibility Methods Will be Positively Misleading. In: Systematic Zoology. 410. Jahrgang, Nr. 4, 1978, S. 401–410, doi:10.2307/2412923 (jstor.org).

[2] Volker Knoop, Kai Müller: Gene und Stammbäume: ein Handbuch zur molekularen Phylogenetik. 2. Auflage. Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg 2009, ISBN 978-3-8274-2230-9, S. 331–333, doi:10.1007/978-3-8274-2230-9.

[G._2012Compositional_Bi-3] G. Peter Foster, A. Donal Hickey: Compositional Bias May Affect Both DNA-Based and Protein-Based Phylogenetic Reconstructions. In: PLoS One. 7. Jahrgang, Nr. 1, 2012, S. 22291975, doi:10.1128/JB.00934-06 (nih.gov).

[4] John P. Huelsenbeck: Is the Felsenstein Zone a Fly Trap? Syst Biol (1997) 46 (1): 69-74 doi:10.1093/sysbio/46.1.69

[Mark_2016The_gene_tree_de-5] Mark S. Springer, John Gatesy: The gene tree delusion. In: Molecular Phylogenetics and Evolution. 94A. Jahrgang, 2016, S. 01 - 33, doi:10.1016/j.ympev.2015.07.018 (sciencedirect.com).

[6] James A. Lake: Eukaryotic origins. Phil. Trans. R. Soc. B 2015 370 20140321; DOI: 10.1098/rstb.2014.0321. Published 31 August 2015

[Tom_2015New_substitution-7] Tom A. Williams, Sarah E. Heaps, Svetlana Cherlin, Tom M. W. Nye, Richard J. Boys, T. Martin Embley: New substitution models for rooting phylogenetic trees. In: Philosophical Transactions of the Royal Society of London B: Biological Sciences. 370. Jahrgang, Nr. 1678, 2015, doi:10.1098/rstb.2014.0336 (royalsocietypublishing.org).

[Marina_2005Comparative_geno-8] Marina V. Omelchenko, Yuri I. Wolf, Elena K. Gaidamakova, Vera Y. Matrosova, Alexander Vasilenko, Min Zhai, Michael J. Daly, Eugene V. Koonin, Kira S. Makarova: Comparative genomics of Thermus thermophilus and Deinococcus radiodurans : divergent routes of adaptation to thermophily and radiation resistance. In: BMC Evolutionary Biology. 5. Jahrgang, Nr. 1, 2005, S. 01 - 21, doi:10.1186/1471-2148-5-57 (biomedcentral.com).

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