Diskussion:Nylonase

Ökologische Konsequenzen

Geiler Artikel. Gibt es in der Literatur Überlegungen dazu, welche ökologischen Konsequenzen diese Evolution hat? Können wir uns entspannt zurücklehnen, weil das ganze Giftzeugs, dass wir so in die Natur kippen, irgendwann doch von irgendwelchen Bakterien gefressen werden wird? Oder müssen wir vielmehr Angst haben, dass uns irgendwann die Plastikteile am Auto "wegfaulen"? LG, --Drahreg01 (Diskussion) Hilf mit! 22:22, 25. Sep. 2015 (CEST)

@Drahreg01: Auch wenn nur Dir der Artikel gefallen würde, schon dann hat es sich gelohnt ihn zu schreiben. Ja, die ökologischen Konsequenzen, das big picture vermisse ich in der Literatur. Paper dazu findet man so gut wie keine (halt mal der spezifische Hinweis, dass die Bakterien mit diesen Enzymen „ja gutes Tun“). In nennenswerten Büchern taucht die Nylonase kaum auf. Leider nicht bei Dawkins, aber wenigstens bei Miller etwas.--Kuebi [✍ · Δ] 13:55, 26. Sep. 2015 (CEST)

Noch ein Gedanke: Plasmide sind ja relativ instabile Gebilde und zusätzliches genetisches Material, das bei einer Zellteilung "mitgeschleppt" werden muss, sollte per se ein evolutionärer Nachteil sein. Gibt es Untersuchungen, wie schnell die Gene für Enzyme in Nylon-freier Umgebung eliminiert werden? Das hat Implikationen für MRSA. LG, --Drahreg01 (Diskussion) Hilf mit! 08:44, 26. Sep. 2015 (CEST)

Ein „Retro-Experiment“? Geile Idee! So wie Lenski, aber mit umgekehrtem Vorzeichen.--Kuebi [✍ · Δ] 13:55, 26. Sep. 2015 (CEST)

Das könnte unter Umständen ein längeres Experiment werden. Plasmide die Stoffwechselgene tragen sind in der Regel low-copy-Plasmide, die diverse Mechanismen zum Plasmiderhalt (plasmid maintenance) nutzen. Im Gegensatz zu den in der Gentechnik verwendeten Antibiotika-Resistenzgen-tragenden high-copy-Expressionsvektoren, können diese Plasmide (in Abhängigkeit von den maintainance-Mechanismen, ihrer Größe, ect...) auch ohne Selektionsdruck hunderte Generationen in den Zellen überdauern. --Paramecium (Diskussion) 16:30, 26. Sep. 2015 (CEST)

Lenski hat die Geduld von über 50.000 Generationen. Schade, dass die Foundation so etwas nicht sponsorn würde. --Kuebi [✍ · Δ] 11:33, 27. Sep. 2015 (CEST)

Jury-Notizen

Ein sehr exotisches Thema mit hohem Anspruch im Grenzbereich zwischen Mikrobiologie, Molekularbiologie und Umweltrelevanz - auch hier gilt es, den Spagat zwischen fachlich korrekter Darstellung und Verständlichkeit für ein interessiertes Laienpublikum zu schaffen. Anders als bei der Pferdekrankheit ist das Publikum hier allerdings wohl eher im Bereich der technologieaffinen Leser zu suchen.

Die Einleitung ist sehr knapp und auch hier gelingt es - vor allem im ersten Satz - nicht, die Definition laientauglich darzustellen, obwohl dies möglich wäre. Frage: Wäre das Lemma evtl. eher im Plural zu setzen, da es sich um eine Gruppe von Enzymen handelt? Die Einführung zur Polyamid-6-Produktion und auch zu den unerwünschten Nebenprodukten erscheint mir korrekt und ich finde sie gut. Den Satz ‘’Diese Produktionsabfälle werden häufig durch Vergraben in Deponien entsorgt.’’ und den direkten Bezug zu der Gesamtproduktion finde ich schwierig, zumal er durch einen 15 Jahre alten Beleg mit Fokus auf Indien ausgestattet ist. Ich würde annehmen, dass heute ein nicht geringer Teil der Nebenprodukte verbrannt wird – das lässt sich aber nicht zweifelsfrei klären. Vorschlag: Die Aussagen zu der Entsorgung relativieren und in einen zeitlichen Bezug setzen. Die Überschrift des Abschnitt würde ich zudem in “Polyamid-6-Produktion und Nebenprodukte” ändern.

Im Abschnitt Nylonasen und die sie produzierenden Bakterien wird sehr detailliert auf die drei Nylonasen eingegangen und deren Entdeckungs- und Erforschungsgeschichte aufgezeigt. Dabei beziehen sich Isolierung und Kennzeichnung allein auf Flavobacterium und es stellt sich die Frage, ob die verantwortlichen Enzyme bei dem vorher identifiziertem Flavobacterium und dem Pseudomonas-Stamm sowie den späteren species damit übereinstimmen oder ob hier weitere Enzyme gebildet wurden. Die erklärende Grafik mit den drei unterscheidlichen Enzymfunktionen und deren ineinandergreifen finde ich prima, die Tabelle ist erstmal schwer zugänglich aber kann man so machen. Die konkreten Enzymdarstellungen sind für Laien sicher nicht verständlich aber fachlich präzise, dies ist auf diesem Level als unvermeidbar zu akzeptieren. Dies gilt in Teilen auch für den Abschnitt zur Herkunft der Enzyme.

Der Abschnitt zu Nylonase und Kreationismus hängt ein wenig in der Luft und kommt erstmal überraschend - er ist zudem sehr knapp und ich würde mir hier etwas mehr zu den Evolutionsmodellen und -prognosen wünschen (constraint, weitere Substratspezifität und Verbesserung der Umsetzung, …).

All in all: Auch dieser Artikel ist qualitativ sehr hochwertig und erfüllt im biologischen Teil seinen Anspuch sehr gut. Das Ende ist mir etwas zu abrupt, der evolutionsbiologische Teil etwas zu flapsig und abgekürzt - er reduziert sich eigentlich allein auf die Aussage, dass man hier ein Beispiel von beobachtbarer Evolution hat und der Kreationismus deshalb falsch liegt …

Was mir tatsächlich fehlt sind Projektionen, die sich aus der Entdeckung der Nylonasen ergeben. Hier haben wir ein Beispiel für eine mikrobielle Evolution, die sich direkt auf einen von Menschen geschaffen Abfall konzentrieren und in der Lage sind, diesen biologisch abzubauen - obwohl dies vorher nicht möglich war. Ich vermisse die umweltwissenschaftliche Perspektive auf diese Option der real stattfindenden Bioremediation durch diese Bakterien und ihre Übertragbarkeit auf andere Stoffströme sowie ihre praktischen Anwendungsoptionen im Rahmen der Dopieregenation und Abwasserbehandlung - imho liegen diese Fragestellungen auf der Hand, gibt es dazu keine Perspektivendarstellungen?

Kurz Ergänzung aus der Jurysitzung: Nahezu alle Nicht-Naturwissenschaftler wurden bereits in der Einleitung abgehängt und haben auch später den Faden aufgrund der schwer laienverständlichen Darstellung verloren. Nachdem man ihnen dargestellt hat, wo eigentlich der spannende Knackpunkt liegt, konnte sie es nachvollziehen - haben es allerdings selbst kaum entdeckt.

Danke für den Artikel, -- Achim Raschka (Diskussion) 07:38, 4. Nov. 2015 (CET)

nylB'

@S.K.: Bist du sicher, dass genau dieses Zeichen korrekt ist? Im PDF des zitierten Papers steht jedenfalls ‘. Auch ’ würde IMHO mehr Sinn ergeben als '. --Leyo 01:04, 9. Nov. 2015 (CET)

@Leyo:: Nein, nur das es zwei Varianten gibt, nylB und nylB' (oder auch nylB‘/nylB’). Wenn nylB‘/nylB’ richtig ist, müsste man es aber konsequent überall im Artikel so verwenden. --S.K. (Diskussion) 06:00, 9. Nov. 2015 (CET)

Warten wir mal ab, ob der Hauptautor, Kuebi, eine Meinung dazu hat. IMHO ist die aktuelle Schreibweise typographisch falsch. --Leyo 12:42, 9. Nov. 2015 (CET)

@Leyo: Ich hab da einen Strich gesetzt (so wie bei N,N′-Dimethylharnstoff) ohne mir Gedanken über die genaue typografische Ausführung zu machen. Für mich heißt das Ding einfach „nylB-Strich“ und der naheliegendste auf meiner Tastatur ist der ', der etwas anders als der ′ aussieht. Aber den ‘ hätte ich nicht genommen, schon weil der nicht so naheliegend ist. --Kuebi [✍ · Δ] 20:17, 9. Nov. 2015 (CET)

Bei Chemikalien wird ′ auch einfach Strich genannt. Ich habe daher als Schreibweise einheitlich nylB′ genommen. --Leyo 20:27, 9. Nov. 2015 (CET)