Eindeutiger molekularer Identifikator

Eindeutige molekulare Identifikatoren (UMI, Abkürzung für englisch Unique molecular identifiers) oder molekulare Barcodes (MBC) sind kurze Sequenzen oder molekulare „Tags“, die DNA-Fragmenten in einigen Protokollen zur Vorbereitung von Sequenzierungsbibliotheken der nächsten Generation hinzugefügt werden, um das eingegebene DNA-Molekül zu identifizieren. Diese Tags werden vor der PCR-Amplifikation hinzugefügt und können verwendet werden, um Fehler und quantitative Verzerrungen, die durch die Amplifikation entstehen, zu reduzieren.

Anwendung findet diese Technik beispielsweise in der Analyse einzigartiger cDNAs zur Vermeidung von PCR-Verzerrungseffekten in ICLIP^[1], Variantenbestimmungsverfahren in ctDNA, Genexpression in Einzelzell-RNA-Sequenzierung^[2]^[3] und Haplotypisierung via Linked-read-Technologie.

Siehe auch

Multiplexing

Einzelnachweise

↑ Julian König, Kathi Zarnack, Gregor Rot, Tomaž Curk, Melis Kayikci, Blaž Zupan, Daniel J Turner, Nicholas M Luscombe, Jernej Ule: iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution. In: Nature Structural & Molecular Biology. Band 17, Nr. 7, Juli 2010, S. 909–915, doi:10.1038/nsmb.1838, PMID 20601959, PMC 3000544 (freier Volltext).
↑ Teemu Kivioja, Anna Vähärautio, Kasper Karlsson, Martin Bonke, Martin Enge, Sten Linnarsson, Jussi Taipale: Counting absolute numbers of molecules using unique molecular identifiers. In: Nature Methods. Band 9, Nr. 1, Januar 2012, S. 72–74, doi:10.1038/nmeth.1778, PMID 22101854.
↑ Saiful Islam, Amit Zeisel, Simon Joost, Gioele La Manno, Pawel Zajac, Maria Kasper, Peter Lönnerberg, Sten Linnarsson: Quantitative single-cell RNA-seq with unique molecular identifiers. In: Nature Methods. Band 11, Nr. 2, Februar 2014, ISSN 1548-7091, S. 163–166, doi:10.1038/nmeth.2772, PMID 24363023.

[1] Julian König, Kathi Zarnack, Gregor Rot, Tomaž Curk, Melis Kayikci, Blaž Zupan, Daniel J Turner, Nicholas M Luscombe, Jernej Ule: iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution. In: Nature Structural & Molecular Biology. Band 17, Nr. 7, Juli 2010, S. 909–915, doi:10.1038/nsmb.1838, PMID 20601959, PMC 3000544 (freier Volltext).

[2] Teemu Kivioja, Anna Vähärautio, Kasper Karlsson, Martin Bonke, Martin Enge, Sten Linnarsson, Jussi Taipale: Counting absolute numbers of molecules using unique molecular identifiers. In: Nature Methods. Band 9, Nr. 1, Januar 2012, S. 72–74, doi:10.1038/nmeth.1778, PMID 22101854.

[3] Saiful Islam, Amit Zeisel, Simon Joost, Gioele La Manno, Pawel Zajac, Maria Kasper, Peter Lönnerberg, Sten Linnarsson: Quantitative single-cell RNA-seq with unique molecular identifiers. In: Nature Methods. Band 11, Nr. 2, Februar 2014, ISSN 1548-7091, S. 163–166, doi:10.1038/nmeth.2772, PMID 24363023.

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