Jedes Nationale Olympische Komitee (NOC) wurde auf die Teilnahme an einer Mannschaftssportart (Futsal, Beachhandball, Hockey, und 7-er Rugby) beschränkt, mit Ausnahme des Gastlandes, das eine Mannschaft pro Sportart melden durfte. Je teilnehmenden NOK durfte ein Team mit 10 Athleten pro Geschlecht teilnehmen. Die teilnehmenden Spieler im Futsal mussten zwischen dem 1. Januar 2000 und dem 31. Dezember 2003 geboren worden sein.
Argentinien hat als Gastgeber und austragende Nation das Recht, eine Mannschaft in einem Geschlecht ihrer Wahl direkt zu qualifizieren. Es war jedoch nicht möglich für Jungs und Mädchen jeweils eine Mannschaft zu stellen. Für die weiteren Startplätze wurden in den Kontinentalverbänden separate Qualifikationsturniere ausgetragen. Dabei erhielten AFC, UEFA, CONCACAF und CONMEBOL jeweils zwei Quotenplätze, CAF und OFC jeweils einen.
Sollte es im jeweiligen Kontinentalverband kein Qualifikationsturnier bis zum 31. Dezember 2017, erhält das jeweils bestplatzierte Land der Konföderation bei der Futsal-Weltmeisterschaft 2016 einen automatischen Quotenplatz für das Jungenturnier. Für das Mädchenturnier wird ein Quotenplatz an das bestplatzierte Team am letzten großen Futsal-Erwachsenen-Turnier vergeben. Sollte keine Mannschaft mehr aus der jeweiligen Konföderation übrig sein, wird anhand der FIFA-Rangliste vom 15. Mai 2018 die nächstbeste noch nicht qualifizierte Mannschaft ermittelt, die den Quotenplatz dann erhält.