Orthocoronavirinae
Orthocoronavirinae ist eine Virusunterfamilie innerhalb der Familie Coronaviridae, die weitestgehend mit dieser übereinstimmt. Die Viren innerhalb dieser Unterfamilie werden (fach)umgangssprachlich Orthocoronaviren und veraltet und zweideutig auch bloß Coronaviren genannt.
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Coronavirus (schematisch) | ||||||||
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Auch alle Coronaviren, die den Menschen infizieren, gehören zu den Orthocoronaviren. Darunter auch SARS-CoV-2, das Virus, das für die COVID-19-Pandemie verantwortlich war.
Beschreibung
BearbeitenBis heute (Stand 2020) entspricht die Beschreibung der Unterfamilie Orthocoronavirinae nahezu vollständig der der übergeordneten Familie Coronaviridae. Das liegt daran, dass die einzige Schwestergruppe – die Unterfamilie der Letoviren (Letovirinae) – nur wenig erforscht ist und nur eine einzige Art – Microhyla letovirus 1 – enthält. Neben strukturellen und statistischen Unterschieden im Virusgenom bei computergestützten Analysen (vgl. Bioinformatik) besteht der wesentlichste Unterschied zwischen den beiden Unterfamilien Orthocoronavirinae und Letovirinae vor allem darin, dass die Letoviren die ersten Coronaviren sind, die Amphibien infizieren.[2][3]
Benennung
BearbeitenEtymologie
BearbeitenDer Name der Unterfamilie Orthocoronavirinae setzt sich aus dem Vorsatz „Ortho-“ (griechisch ὀρθός orthós, deutsch ‚recht, richtig, aufrecht‘) und dem früheren Namen dieser Unterfamilie Coronavirinae zusammen. „Orthocoronaviren“ bedeutet soviel wie: „richtige, eigentliche, klassische oder echte Coronaviren“. Das entspricht der zuvor gebrauchten umgangssprachlichen Bezeichnung: „echte Coronaviren“ (englisch true coronaviruses[4]), für die Viren dieser Gruppe, bevor die Gruppe den jetzigen Namen erhielt.
Diese Virengruppe wurde zunächst als Gattung unter dem Namen Coronavirus geführt (bis 2008). Durch den Aufstieg in den Rang einer Unterfamilie wurde die Endung in „-virinae“ geändert.[4] Die Herkunft des Namensbestandteils „corona“ wird genauer im Abschnitt Etymologie im Artikel zur Familie Coronaviridae erläutert.
Die Namenserweiterung „Ortho-“ beendete 2018 gewisse Mehrdeutigkeiten, die innerhalb der Familie Coronaviridae aufgrund dessen bestanden, dass der gleiche Wortstamm „Corona-“ für mehrere ineinanderliegende Gruppen verwendet worden war.[5] Näheres unter Taxonomische Hintergründe.
Verwendete Namen
BearbeitenAus dem Taxonnamen Orthocoronavirinae ergibt sich systematisch die Sammelbezeichnung (englisch collective name[6]) „Orthocoronaviren“ für Viren dieser Unterfamilie.[7][8] Besonders im Englischen wird diese Art der Sammelbezeichnung auch „Vernakularname“ (englisch vernacular name) genannt.[5]
Die Sammelbezeichnung „Orthocoronaviren“ ist noch verhältnismäßig jung im Vergleich zum seit den 1960er Jahren gebrauchten Namen „Coronaviren“.[9] Obwohl der ältere Name „Coronaviren“ zweideutig sowohl die Viren der ganzen Familie[10] als auch nur der Unterfamilie (früher: Gattung[4]) bezeichnet, ist er weiter auch für nur die Viren der Unterfamilie im Gebrauch.[11][12][13][14][15]
Aus diesen Gründen existieren grundsätzlich immer noch zwei Vernakularnamen für die Viren dieser Gruppe. Einmal der doppeldeutige Name „Coronaviren“ (englisch coronaviruses). Dieser findet sich in Literatur bis 2018[16] und häufig auch noch nach 2018. Und dann der eindeutige Name „Orthocoronaviren“ als taxonomische Sammelbezeichnung seit 2018. Der eigentlich korrekte und eindeutige englische Vernakularname „coronavirids“ findet allerdings auch heute noch nur gelegentlich Verwendung,[17] dieser ist analog der Bezeichnung nanovirids des ICTV[18] für die Familie Nanoviridae, sowie hominids bzw. camelids[19] für die Familien der Hominiden respektive Cameliden gebildet.[A. 1]
Wegen der Namensähnlichkeit zwischen Familie und Unterfamilie kommt es allenthalben auch zur Falschschreibung des Unterfamiliennamens in der Form: Orthocoronaviridae.[20]
Systematik
BearbeitenÄußere Systematik
BearbeitenDie Unterfamilie Orthocoronavirinae besitzt in der Familie Coronaviridae mit Stand 7. Mai 2024 die beiden Schwester-Unterfamilien Letovirinae und Pitovirinae. Nicht mehr dabei die frühere Schwester-Unterfamilie Torovirinae, die 2018 zur heutigen Familie Tobaniviridae mit der neuen(!) Unterfamilie Torovirinae hochgestuft wurde.[2]
Familie Unterfamilie Coronaviridae Letovirinae Pitovirinae Orthocoronavirinae
Innere Systematik
BearbeitenSystematische Darstellung nach ICTV (Stand: 7. Mai 2024).[21][22] (*) ehem. Typusart[1]
Unterfamilie Orthocoronavirinae
- Gattung Alphacoronavirus (ehem. Phylogruppe Gruppe-1-Coronaviren[23])
- Untergattung Amalacovirus
- Untergattung Colacovirus
- Untergattung Decacovirus
- Untergattung Duvinacovirus (mit HCoV_229E)
- Untergattung Luchacovirus
- Untergattung Minacovirus
- Untergattung Minunacovirus
- Untergattung Myotacovirus
- Untergattung Nyctacovirus
- Untergattung Pedacovirus
- Untergattung Rhinacovirus
- Untergattung Setracovirus (mit HCoV_NL63)
- Untergattung Soracovirus
- Untergattung Sunacovirus
- Untergattung Tegacovirus
- Gattung Betacoronavirus (ehem. Phylogruppe Gruppe-2-Coronaviren[23])
- Untergattung Embecovirus (mit HCoV_OC43 und HCoV_HKU1)
- Untergattung Hibecovirus
- Untergattung Merbecovirus (mit MERS-CoV)
- Untergattung Nobecovirus
- Untergattung Sarbecovirus (mit SARS-CoV und SRS-CoV-2, Details siehe Betacoronavirus pandemicum, §Systematik)
TEM-Aufnahme von Virionen des SARS-CoV-2 - Untergattung Brangacovirus
- Untergattung Cegacovirus
- Untergattung Igacovirus
- Gattung Deltacoronavirus
- Untergattung Andecovirus
- Untergattung Buldecovirus (inkl. ehem Untergattung Moordecovirus)[24]
- Untergattung Herdecovirus
- Gattung „Epsiloncoronavirus“ – Vorschlag[25]
- Untergattung „Tropepcovirus“ – Vorschlag
Taxonomische Hintergründe
BearbeitenAnmerkungen
Bearbeiten- ↑ Das ICTV benutzt diese Konstruktion dort zur Unterscheidung von den "nanoviruses", d. h. den Mitgliedern der Gattung Nanovirus innerhalb dieser Familie. Ähnlich findet man "geminivirids" und "genomovirids" für die Geminiviridae respektive Genomoviridae im ICTV-akzeptierten Vorschlag 2019.012DA.v1 (ZIP: docx, xlsx) von Krupovic et al. (2019) zum Phylum Cressdnaviricota.
Einzelnachweise
Bearbeiten- ↑ a b c d e f g h i ICTV Master Species List 2019.v1. In: International Committee on Taxonomy of Viruses (Hrsg.): ICTV Files. Revision 2019. EC 51, Berlin Juli 2019, MSL #35 (englisch, Volltext [XLSX; 629 kB; abgerufen am 7. August 2020]).
- ↑ a b J. Ziebuhr, R.S. Baric, S. Baker, R.J. de Groot, C. Drosten, A. Gulyaeva, B.L. Haagmans, B.W. Neuman, S. Perlman, L.L.M. Poon, I. Sola, A.E. Gorbalenya: 2017.012_015S.A.v1.Nidovirales. In: Virus Taxonomy. History. Revision 2018a, Juli. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), 18. Februar 2017, Proposal-Code 2017.012_015S (ictvonline.org [ZIP; 5,1 MB; abgerufen am 7. Mai 2020]).
- ↑ Khulud Bukhari, Geraldine Mulley, Anastasia A. Gulyaeva, Lanying Zhao, Guocheng Shu, Jianping Jiang, Benjamin W. Neuman: Description and initial characterization of metatranscriptomic nidovirus-like genomes from the proposed new family Abyssoviridae, and from a sister group to the Coronavirinae, the proposed genus Alphaletovirus. In: Virology. Band 524, Ausgabe November 2018, S. 160–171. Elsevier, 7. September 2018, doi:10.1016/j.virol.2018.08.010, PMID 30199753, PMC 7112036 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 3,3 MB; abgerufen am 18. Mai 2020] „Coronavirinae“: heute „Orthocoronavirinae“.).
- ↑ a b c Raoul J. de Groot, John Ziebuhr, Leo L. Poon, Patrick C.Woo, Pierre Talbot, Peter J.M. Rottier, Kathryn V. Holmes, Ralph Baric, Stanley Perlman, Luis Enjuanes, Alexander E. Gorbalenya: Revision of the family Coronaviridae. Proposal. In: Virus Taxonomy. History. Revision 2009, Juni. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), 2008, Proposal-Code 2008.085-126V (englisch, ictvonline.org [PDF; 175 kB; abgerufen am 5. Mai 2020]).
- ↑ a b H. J. Vetten, A.-L. Haenni: Taxon-specific suffixes for vernacular names. In: Virology Division of the International Union of Microbiological Societies (Hrsg.): Archives of Virology (= International Committee on Taxonomy of Viruses [Hrsg.]: Virology Division News). Band 151, Juni 2006. Springer-Verlag, 23. März 2006, ISSN 0304-8608, S. 1249–1250, doi:10.1007/s00705-006-0743-x, PMID 16721512, PMC 7086949 (freier Volltext) – (englisch).
- ↑ How to write virus and species names? In: ICTV-Homepage. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), 6. April 2020, archiviert vom (nicht mehr online verfügbar) am 9. Juni 2019; abgerufen am 8. August 2020 (englisch). Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.
- ↑ Gideon J. Mordecai, Ian Hewson (Verf.); Emily S. Bailey, Alexander Culley (Gutachter): Coronaviruses in the Sea. Mini Review. In: Andrew S. Lang (Hrsg.): Frontiers in Microbiology. Band 11, Ausgabe Juli 2020, Artikelnr. 1795, 24. Juli 2020, S. 2, doi:10.3389/fmicb.2020.01795 (englisch, Vernakularname „Orthocoronavirus“.): “Orthocoronavirus-like sequences”
- ↑ Jamie A. Mawhinney, Catherine Wilcock, Hasan Haboubi, Shahbaz Roshanzamir: Neurotropism of SARS-CoV-2: COVID-19 presenting with an acute manic episode. Case report. In: BMJ Case Reports. Band 13, Nr. 6, Ausgabe Juni 2020, Artikelnr. e236123, 14. Juni 2020, doi:10.1136/bcr-2020-236123, PMID 32540882, PMC 7298665 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 201 kB; abgerufen am 7. August 2020] Vernakularname „Orthocoronavirus“.): “the orthocoronavirus subfamily”
- ↑ Virology: Coronaviruses. In: Nature. Band 220, 16. November 1968, ISSN 1476-4687, S. 650, doi:10.1038/220650b0 (englisch, Erstmeldung über Entdeckung der Coronaviren).
- ↑ Yosra A. Helmy, Mohamed Fawzy, Ahmed Elaswad, Ahmed Sobieh, Scott P. Kenney, Awad A. Shehata: The COVID-19 Pandemic: A Comprehensive Review of Taxonomy, Genetics, Epidemiology, Diagnosis, Treatment, and Control. Review. In: Journal of Clinical Medicine. Band 9, Nr. 4, Ausgabe April 2020, Artikelnr. 1225. MDPI, 24. April 2020, doi:10.3390/jcm9041225, PMID 32344679, PMC 7230578 (freier Volltext) – (englisch, 29 S., Volltext [PDF; 2,4 MB; abgerufen am 8. August 2020]).
- ↑ Sarah Young: Orthocoronavirinae: What does it mean and which other viruses are in the subfamily? In: The Independent. 18. Juni 2020, abgerufen am 7. August 2020 (englisch, doppeldeutige Wortverwendung, Familie vs. Unterfamilie): „Each of the coronaviruses belong to an overarching sub-family […] called "orthocoronavirinae" […]. The term "orthocoronavirinae" represents a "sub-family" of the [family of the] coronaviruses […].“
- ↑ Hayder M. Al-Kuraishy, Ali I. Al-Gareeb: From SARS-CoV to nCoV-2019: Ruction and Argument. Brief Report. In: Archives of Clinical Infectious Diseases. Band 15 (COVID-19), Ausgabe April 2020, Artikelnr. e102624, 1. April 2020, Abstract und 1. Background, doi:10.5812/archcid.102624 (englisch, Volltext [PDF; 2,6 MB; abgerufen am 7. August 2020] Falsche Zuordnung aller Coronaviren nur zur Unterfamilie.): “Coronaviruses (CoVs) […]. CoVs constitute the subfamily Orthocoronavirinae, in the family Coronaviridae.”
- ↑ Ariane J. Brown, John J. Won, Rachel L. Graham, Kenneth H. Dinnon III., Amy C. Sims, Joy Y. Feng, Tomas Cihlar, Mark R. Denison, Ralph S. Baric, Timothy P. Sheahan: Broad spectrum antiviral remdesivir inhibits human endemic and zoonotic deltacoronaviruses with a highly divergent RNA dependent RNA polymerase. In: Antiviral Research. Band 169, Ausgabe September 2019, Artikelnr. 104541. Elsevier, 21. Juni 2019, ISSN 0166-3542, Abstract, doi:10.1016/j.antiviral.2019.104541, PMID 31233808, PMC 6699884 (freier Volltext) – (englisch, Falsche Bezeichnung von Orthocoronavirinae als Familie, falsche Zuordnung von Abkürzung „CoV“ (gehört zur Familie, nicht Unterfamilie) usw.): “The […] Orthocoronavirinae (CoV) family […].”
- ↑ Antonio C. P. Wong, Xin Li, Susanna K. P. Lau, Patrick C. Y. Woo: Global Epidemiology of Bat Coronaviruses. Review. In: Viruses. Band 11, Nr. 2, Ausgabe Februar 2019, Artikelnr. 174. MDPI, 20. Februar 2019, doi:10.3390/v11020174, PMID 30791586, PMC 6409556 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 2,2 MB; abgerufen am 7. August 2020] Es wird die Unterfamilie beschrieben (= vier Gattungen etc.) und allen Coronaviren zugeordnet.): “Coronaviruses (CoVs) […]. CoVs are classified into four genera, Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus and Deltacoronavirus.”
- ↑ Yi Fan, Kai Zhao, Zheng-Li Shi, Peng Zhou: Bat Coronaviruses in China. Review. In: Viruses. Band 11, Nr. 3, Ausgabe März 2019, Artikelnr. 210. MDPI, 2. März 2019, doi:10.3390/v11030210, PMID 30832341, PMC 6466186 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 1,9 MB; abgerufen am 7. August 2020] Falsche Zuordnung aller Coronaviren zur Unterfamilie.): Coronavirus Taxonomy[. …] Coronaviruses (CoVs) belong to the subfamily Orthocoronavirinae in the family Coronaviridae […].
- ↑ Khulud Bukhari, Geraldine Mulley, Anastasia A. Gulyaeva, Lanying Zhao, Guocheng Shu, Jianping Jiang, Benjamin W. Neuman: Description and initial characterization of metatranscriptomic nidovirus-like genomes from the proposed new family Abyssoviridae, and from a sister group to the Coronavirinae, the proposed genus Alphaletovirus. In: Virology. Band 524, Ausgabe November 2018, S. 160–171. Elsevier, 7. September 2018, doi:10.1016/j.virol.2018.08.010, PMID 30199753, PMC 7112036 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 3,3 MB; abgerufen am 18. Mai 2020] „Korrekte“ doppeldeutige Wortverwendung von „Coronaviren“ vor Existenz von Orthocoronavirinae.): “[…] a sister group to all known coronaviruses, but still within the Coronavirinae.”
- ↑ Ravi Shankar Singh, Abhishek Kumar Singh, Kamla Kant Shukla, Amit Kumar Tripathi: COVID-19 Pandemic: Evidences from Clinical Studies, in: J Comm Pub Health Nursing 6(4):251, 21. September 2020, ISSN 2471-9846.
- ↑ Thomas, JE; Gronenborn, B; Harding, RM; Mandal, B; Grigoras, I; Randles, JW; Sano, Y; Timchenko, T; Vetten, HJ; Yeh, HH; Ziebell, H; ICTV Report Consortium: ICTV Virus Taxonomy Profile: Nanoviridae, in: The Journal of General Virology, 12. Januar 2021. doi:10.1099/jgv.0.001544, PMID 33433311.
- ↑ How Llamas Wally and Winter Are Helping Scientists Find Effective COVID-19 Treatments. Auf SciTechDaily vom 5. Mai 2021.
- ↑ Yosra A. Helmy, Mohamed Fawzy, Ahmed Elaswad, Ahmed Sobieh, Scott P. Kenney, Awad A. Shehata: The COVID-19 Pandemic: A Comprehensive Review of Taxonomy, Genetics, Epidemiology, Diagnosis, Treatment, and Control. Review. In: Journal of Clinical Medicine. Band 9, Nr. 4, Ausgabe April 2020, Artikelnr. 1225. MDPI, 24. April 2020, doi:10.3390/jcm9041225, PMID 32344679, PMC 7230578 (freier Volltext) – (englisch, 29 S., Volltext [PDF; 2,4 MB; abgerufen am 8. August 2020] Falschschreibung mit »d« statt »n«.): “Coronaviridae is classified into two subfamilies, namely, Letovirinae and Orthocoronavirinae. […] Orthocoronaviridae is further classified […] (ICTV 2018).”
- ↑ ICTV: Taxonomy Browser.
- ↑ ICTV: Virus Metadata Resource (VMR).
- ↑ a b ICTV: Revision of the family Coronaviridae. Taxonomic proposal to the ICTV Executive Committee 2008.085-126V.
- ↑
Datenbankeintrag und relevantes Proposal:
- Eintrag: ICTV Taxonomy history: Moordecovirus. In: ICTV-Homepage. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), abgerufen am 9. Juni 2020 (englisch).
- Proposal 2019.021S zu ICTV-Revision № 2019: Create eight new species in the subfamily Orthocoronavirinae of the family Coronaviridae and four new species and a new genus in the subfamily Serpentovirinae of the family Tobaniviridae. (Eine von mehreren PDFen in ZIP-Ordner; 725 kB) 2019.021S. In: ICTV-Homepage. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), abgerufen am 9. Juni 2020 (englisch).
- ↑ J. Ziebuhr, S. Baker, R.S. Baric, R.J. de Groot, C. Drosten, A. Gulyaeva, B.L. Haagmans, B.W. Neuman, S. Perlman, L.L.M. Poon, I. Sola, A.E. Gorbalenya: 2019.021S. Proposal-Dokument in ZIP. In: International Committee on Taxonomy of Viruses (Hrsg.): Virus Taxonomy. History. Revision 2019, Dokument-Name in ZIP: 2019.021S.A.v1.Corona_Tobaniviridae.docx. EC 51, Berlin April 2019, Proposal-Code 2019.021S (ictvonline.org [ZIP; 1,8 MB; abgerufen am 9. Juni 2020] ratifiziert im März 2020, noch nicht vollständig veröffentlicht, Proposal-Webseite auf ictvonline.org).
