ProteoWizard
ProteoWizard ist eine Sammlung von graphischen Werkzeugen zur Proteomik unter Verwendung von LC/MS auf Basis von .NET. Linux wird nur über Mono unterstützt. Die Lizenz ist freigiebig und erlaubt eine kommerzielle Nutzung.[2] Mit mzR ist eine Ansteuerung über die Programmiersprache R möglich.[3]
| ProteoWizard | |
|---|---|
| Basisdaten
| |
| Hauptentwickler | Matt Chambers, Nick Shulman und Brendan MacLean[1] |
| Betriebssystem | Microsoft Windows |
| Programmiersprache | C++ |
| Lizenz | Apache-Lizenz |
| deutschsprachig | nein |
| proteowizard.sourceforge.net | |
Unterstützt wird das mzXML/mzML-Datenformat. Herstellerspezifische Formate werden über Fremdbibliotheken importiert, die ggf. nur unter Microsoft Windows lauffähig sind.[2] Im Rahmen der Entwicklung entstand zudem mit mz5 eine platz- und zeiteffizientere Alternative.[4]
Unterstützt werden Routineoperationen zur Berechnung der Masse von Peptiden oder in-silico-Verdau von Proteinen. In der Massenspektrometrie wird Peak-Picking, Dekonvolution von Isotopen und Vorläufermolekülabschätzung unterstützt. Zudem lassen sich Heatmaps für eine Pseudo-Gel-Ansicht der Daten anzeigen. Basierend auf dem ProteoWizard Toolkit fußt zudem die Software Skyline, die gezielte Analysen ermöglicht, während Topograph für die Messung des Proteinumsatzes in Zeitverlaufsexperimenten zur metabolischen Markierung verwendet werden kann.[3]
Weblinks
Bearbeiten- offizielle Website (englisch)
- Projektübersicht bei SourceForge
- ProteoWizard auf GitHub
Einzelnachweise
Bearbeiten- ↑ https://github.com/ProteoWizard/pwiz/graphs/contributors
- ↑ a b Darren Kessner, Matt Chambers, Robert Burke, David Agus, Parag Mallick: ProteoWizard: open source software for rapid proteomics tools development. In: Bioinformatics. Band 24, Nr. 21, 1. November 2008, S. 2534, doi:10.1093/bioinformatics/btn323, PMID 18606607, PMC 2732273 (freier Volltext).
- ↑ a b Matthew C. Chambers, Brendan Maclean, Robert Burke, Dario Amodei, Daniel L. Ruderman, Steffen Neumann, Laurent Gatto, Bernd Fischer, Brian Pratt, Jarrett Egertson, Katherine Hoff, Darren Kessner, Natalie Tasman, Nicholas Shulman, Barbara Frewen, Tahmina A. Baker, Mi-Youn Brusniak, Christopher Paulse, David Creasy, Lisa Flashner, Kian Kani, Chris Moulding, Sean L. Seymour, Lydia M. Nuwaysir, Brent Lefebvre, Frank Kuhlmann, Joe Roark, Paape Rainer, Suckau Detlev, Tina Hemenway, Andreas Huhmer, James Langridge, Brian Connolly, Trey Chadick, Krisztina Holly, Josh Eckels, Eric W. Deutsch, Robert L. Moritz, Jonathan E. Katz, David B. Agus, Michael MacCoss, David L. Tabb, Parag Mallick: A cross-platform toolkit for mass spectrometry and proteomics. In: Nature Biotechnology. Band 30, Nr. 10, 2012, S. 918–920, doi:10.1038/nbt.2377, PMC 3471674 (freier Volltext).
- ↑ Mathias Wilhelm, Marc Kirchner, Judith A. J. Steen, Hanno Steen: mz5: Space- and Time-efficient Storage of Mass Spectrometry Data Sets. In: Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Band 11, Nr. 1, 2012, ISSN 1535-9476, doi:10.1074/mcp.O111.011379, PMID 21960719, PMC 3270111 (freier Volltext).