Pungoviridae
Pungoviridae ist eine vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) im März 2023 neu eingerichtete Familie von Archaeenviren innerhalb der Klasse Caudoviricetes. Sie ist innerhalb dieser Klasse bisher ohne nähere Zuordnung (Stand 28. Februar 2024);[2] mit diesem Stand umfasst die Familie monotypisch nur eine Gattung, Flagovirus mit einer einzigen Art (Spezies) Flagovirus limi (Referenzstamm Methanoculleus-Virus Blf4).[2][3]
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Methanoculleus-Virus Blf4, einzelnes | ||||||||||||||
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Beschreibung
BearbeitenDas Methanoculleus-Virus Blf4 infiziert methanogene Archaeen von Stamm E02.3 der Spezies Methanoculleus bourgensis aus der Ordnung Methanomicrobiales (Euryarchaeota). Sowohl das Virus als auch sein Wirt wurden aus dem Schlamm einer kommerziellen Biogasanlage in Deutschland isoliert (Probenentnahme am 13. Juni 2013).[3][4]
Morphologie
BearbeitenDie Virionen (Viruspartikel) zeigen den für die Klasse Caudoviricetes typischen Kopf-Schwanz-Aufbau mit einem ikosaedrischen Kopf von 60 nm Durchmesser und einem langen, nicht kontraktilen Schwanz von 125 nm Länge und 10 nm im Querschnitt (Morphotyp der Siphoviren). Blf4 scheint seinen Wirt durch Bindung an ein Flagellum zu erkennen (siehe Abbildung).[1][3] Ihr Kopf-Schwanz-Aufbau und Archaeen-Wirt klassifizieren die Pungoviridae nicht-taxonomisch auch als arTVs (archaeal tailed viruses).
Genom
BearbeitenDas vollständige dsDNA-Genom von Blf4 hat eine Länge von ca. 37 kb (Kilobasenpaaren). Es enthält 63 offene Leserahmen (open reading frames, ORFs), die alle in der gleichen Transkriptionsrichtung angeordnet sind. Mit Ausnahme der großen Untereinheit der Terminase zeigt Blf4 weder Nukleotid- noch Proteinebene nennenswerte Ähnlichkeit mit anderen zuvor beschriebenen Viren auf.[3]
Systematik
BearbeitenDie Systematik der Pungoviridae gemäß International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) – mit Ergänzungen nach der Taxonomie des National Center for Biotechnology Information (NCBI) – ist wie folgt (Stand Mai/Juni 2024):[5][6] [4]
Familie Pungoviridae
Etymologie
Bearbeiten- Der Name der Familie Pungoviridae leitet sich ab von lateinisch pungo ‚Stich‘, ‚Einstich‘. Dies bezieht sich auf die Fähigkeit des Virus, seinen Wirt (zu infizieren und) zu lysieren. Die Endung ‚-viridae‘ zeigt eine Virusfamilie an.[3][2]
- Der Gattungsname Flagovirus verweist auf das Flagellum, den vermutlichen Adhäsionsrezeptor des Virus hin, an den sich die Viruspartikel bei Kontakt mit der Wirtszelle anheften.[3]
Einzelnachweise
Bearbeiten- ↑ a b c d Katrin Weidenbach, Sandro Wolf, Anne Kupczok, Tobias Kern, Martin A. Fischer, Jochen Reetz, Natalia Urbańska, Sven Künzel, Ruth A. Schmitz, Michael Rother: Characterization of Blf4, an Archaeal Lytic Virus Targeting a Member of the Methanomicrobiales. In: MDPI: Viruses, Band 13, Nr. 10, 26. September 2021, S. 1934; doi:10.3390/v13101934, PMID 34696364, PMC 8540584 (freier Volltext) (englisch).
- ↑ a b c ICTV: Family: Pungoviridae. 2022 Release, MSL #38.
- ↑ a b c d e f g Mart Krupovic, Claire Geslin, Ruth A. Schmitz, Ariane Bize: Create 3 new families for classification of viruses infecting methanogenic archaea (zip:docx). Vorschlag 2022.004A vom Oktober 2021.
- ↑ a b NCBI Taxonomy Browser: Pungoviridae.
- ↑ ICTV: Taxonomy Browser.
- ↑ ICTV: Virus Metadata Resource (VMR).
- ↑ Vuong Quoc Hoang Ngo, François Enault, Cédric Midoux, Mahendra Mariadassou, Olivier Chapleur, Laurent Mazéas, Valentin Loux, Théodore Bouchez, Mart Krupovic, Ariane Bize: Diversity of novel archaeal viruses infecting methanogens discovered through coupling of stable isotope probing and metagenomics. In: Applied Microbiology International : Applied Microbiology, Band 24, Nr. 10, Thematic Issue on Pathogen and Antimicrobial Resistance Ecology, Oktober 2022, S. 4853-4868; doi:10.1111/1462-2920.16120, PMID 35848130, PMC 9796341 (freier Volltext), sfam HAL 03727436 (PDF; 6,1 MB), Epub 18. Juli 2022.