RDML
offenes real-time qPCR Dateiformat
RDML ist ein XML basiertes Dateiformat in der Molekularbiologie. Es dient dazu Real Time Quantitative PCR Experimente in einem offenen Format abzuspeichern, so dass diese herstellerunabhängig interpretierbar bleiben.[1] Der Standard wurde in die Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments (MIQE) Richtlien aufgenommen und wird offiziell empfohlen.[2] Nur ein Bruchteil der häufig genutzten Software unterstützt diesen jedoch.[3] Es gibt Anbindungen an Mathematica[4] oder R.[5]
| Real-Time PCR Data Markup Language | |
|---|---|
| Dateiendung: | .rdml .rdm
|
| MIME-Type: | application/zip
|
| Entwickelt von: | RDML consortium |
| Aktuelle Version | 1.3 (26. Oktober 2022) |
| rdml.org | |
Weblinks
Bearbeiten- Projektübersicht bei SourceForge
- RDML auf GitHub
Einzelnachweise
Bearbeiten- ↑ Steve Lefever, Jan Hellemans, Filip Pattyn, Daniel R. Przybylski, Chris Taylor, René Geurts, Andreas Untergasser, Jo Vandesompele: RDML: structured language and reporting guidelines for real-time quantitative PCR data. In: Nucleic Acids Research. Band 37, Nr. 7, 2009, S. 2065–2069, doi:10.1093/nar/gkp056, PMID 19223324, PMC 2673419 (freier Volltext).
- ↑ Stephen A. Bustin, Vladimir Benes, Jeremy A. Garson, Jan Hellemans, Jim Huggett, Mikael Kubista, Reinhold Mueller, Tania Nolan, Michael W. Pfaffl, Gregory L. Shipley, Jo Vandesompele, Carl T. Wittwer: The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments. In: Clinical Chemistry. Band 55, Nr. 4, 2009, S. 611–622, doi:10.1373/clinchem.2008.112797, PMID 19246619.
- ↑ Stephan Pabinger, Stefan Rödiger, Albert Kriegner, Klemens Vierlinger, Andreas Weinhäusel: A survey of tools for the analysis of quantitative PCR (qPCR) data. In: Biomolecular Detection and Quantification. Band 1, Nr. 1, 2014, S. 23–33, doi:10.1016/j.bdq.2014.08.002.
- ↑ Ramiro Magno, Isabel Duarte, Raquel P. Andrade, Isabel Palmeirim: rdml: A Mathematica package for parsing and importing Real-Time qPCR data. In: BMC research notes. Band 10, Nr. 1, 2017, S. 208, doi:10.1186/s13104-017-2533-9, PMID 28606167.
- ↑ Stefan Rödiger, Michał Burdukiewicz, Andrej-Nikolai Spiess, Konstantin Blagodatskikh: Enabling reproducible real-time quantitative PCR research: the RDML package. In: Bioinformatics. Band 33, Nr. 24, 2017, ISSN 1367-4803, S. 4012–4014, doi:10.1093/bioinformatics/btx528.