SAM (Dateiformat)

Sequence Alignment Map (SAM) ist ein textbasiertes Format, das ursprünglich für die Speicherung biologischer Sequenzen entwickelt wurde, die auf eine Referenzsequenz ausgerichtet sind. Es wurde von Heng Li, Bob Handsaker und anderen entwickelt.^[1] Es wird oft von einem BAM index file (BAI) begleitet.^[2]^[3]^[4]

Lesbar sind die Dateien unter anderem mit Samtools Tview, IGV oder Tablet. Das Binary Alignment Map (BAM) ist eine kompriminierte binäre Form.

Einzelnachweise

↑ H. Li, B. Handsaker, A. Wysoker, T. Fennell, J. Ruan, N. Homer, G. Marth, G. Abecasis, R. Durbin: The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. In: Bioinformatics. 25. Jahrgang, Nr. 16, 2009, ISSN 1367-4803, S. 2078–2079, doi:10.1093/bioinformatics/btp352, PMID 19505943, PMC 2723002 (freier Volltext) – (harvard.edu [PDF]).
↑ What are SAM & BAM Files?
↑ BAM File Format.
↑ Sequence Alignment/Map Format Specification.

[samtools-1] H. Li, B. Handsaker, A. Wysoker, T. Fennell, J. Ruan, N. Homer, G. Marth, G. Abecasis, R. Durbin: The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. In: Bioinformatics. 25. Jahrgang, Nr. 16, 2009, ISSN 1367-4803, S. 2078–2079, doi:10.1093/bioinformatics/btp352, PMID 19505943, PMC 2723002 (freier Volltext) – (harvard.edu [PDF]).

[2] What are SAM & BAM Files?

[3] BAM File Format.

[4] Sequence Alignment/Map Format Specification.

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