Smacoviridae
Smacoviridae ist die Bezeichnung einer Familie von Einzelstrang-DNA-Viren. Das Genom vom Mitgliedern dieser Familie ist zirkulär und klein – die Länge beträgt etwa 2,3–2,8 kb (Kilobasen). Das Genom kodiert für ein Rolling-Circle-Replikationsinitiationsprotein (Rep) und familienspezifische Kapsidproteine.[2] Derzeit (Stand Ende März 2021) sind sechs Gattungen in dieser Familie vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) anerkannt.[3] Die Viren in diesem Taxon wurden durch Metagenomanalysen aus Fäkalproben von Insekten und Wirbeltieren identifiziert. Über ihre Biologie ist wenig bekannt.
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Beschreibung
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Die Smacoviridae haben ein nicht-segmentiertes, zirkuläres Einzelstrang-Genom mit einer Länge von 2,3–2,8 kb (Kilobasen). Das Genom kodiert für sechs Proteine, darunter ein Replikator (Rep) und ein Kapsidprotein (CP).[6][2]
Systematik
BearbeitenDie Systematik der Familie ist mit Stand Mai/Juni 2024 wie folgt:[3][7]
Familie Smacoviridae
- Gattung Babosmacovirus
- Spezies Babosmacovirus babas1 mit Papio cynocephalus associated smacovirus
- Gattung Bonzesmacovirus (abgetrennt von Gattung Huchismacovirus)
- Spezies Bonzesmacovirus bovas1 (früher Bovine associated huchismacovirus 1) mit Bovine faeces associated smacovirus 1
- Spezies Bonzesmacovirus camas1 mit Smacoviridae CM13_Smaco
- Gattung Bostasmacovirus (abgetrennt von Gattung Huchismacovirus)
- Spezies Bostasmacovirus bovas1 (früher Bovine associated huchismacovirus 2) mit Bovine faeces associated smacovirus 6
- Gattung Bovismacovirus
- Spezies Bovismacovirus bovas1 (früher Bovine associated bovismacovirus 1) mit Circoviridae bovine stool/BK/KOR/2011
- Spezies Bovismacovirus bovas2 (früher Bovine associated bovismacovirus 2) mit Bovine faeces associated smacovirus 3
- Spezies Bovismacovirus bovas3 mit Genomoviridae sp. C021765
- Spezies Bovismacovirus cervi1 mit CRESS virus sp. UJSL004
- Spezies Bovismacovirus draga1 (früher Dragonfly associated bovismacovirus 1) mit Odonata-associated circular virus 21
- Spezies Bovismacovirus equid1 mit Smacoviridae sp. 215Smaco-1
- Spezies Bovismacovirus equid2 mit Smacoviridae D33_Smaco_3
- Gattung Cosmacovirus
- Spezies Cosmacovirus bovas1 (früher Bovine associated cosmacovirus 1) mit Bovine faeces associated smacovirus 4
- Gattung Dragsmacovirus
- Spezies Dragsmacovirus budor1 mit Smacoviridae sp. 132Smaco-3
- Spezies Dragsmacovirus cervi1 mit Smacoviridae sp. 195Smaco
- Spezies Dragsmacovirus draga1 (früher Dragonfly associated dragsmacovirus 1) mit Odonata-associated circular virus 5
- Gattung Drosmacovirus
- Spezies Drosmacovirus bovas1 (früher Bovine associated drosmacovirus 1) mit Bovine faeces associated smacovirus 5
- Spezies Drosmacovirus camas1 (früher Camel associated drosmacovirus 1) mit Dromedary stool-associated circular ssDNA virus c1359
- Spezies Drosmacovirus camas2 (früher Camel associated drosmacovirus 2) mit Dromedary stool-associated circular ssDNA virus c1330
- Spezies Drosmacovirus camas3 mit Smacoviridae sp. 190Smaco
- Spezies Drosmacovirus cervi1 mit Smacoviridae sp. 195Smaco
- Spezies Drosmacovirus kobus1 mit Smacoviridae sp. 180Smaco
- Spezies Drosmacovirus macro1 mit Smacoviridae sp. 172Smaco
- Spezies „Pig stool associated circular ssDNA virus“ (Vorschlag)
- Gattung Felismacovirus (23 Spezies)
- Spezies Felismacovirus avias1 mit Smacoviridae sp. w3chi091cir5
- Spezies Felismacovirus avias2 mit Smacoviridae sp. w3chi090cir1
- Spezies Felismacovirus babas1 mit Papio kindae associated smacovirus 1/ZM09-64 alias Papio kindae associated smacovirus[8] Papio kindae associated smacovirus-like virus 1 (PkSmV1)[5][9]
- Spezies Felismacovirus canid1 mit Raccoon dog stool-associated smacovirus 3 CJY6
- Spezies Felismacovirus cervi1 mit Smacoviridae sp. 198Smaco
- Spezies Felismacovirus chicas1 mit Cressdnaviricota sp. Y02-smal-02
- Spezies Felismacovirus chicas2 mit Chicken virus mg5_1345
- Spezies Felismacovirus chicas3 mit Chicken virus mg6_1197
- Spezies Felismacovirus lynas1 (erste Art der Gattung) mit Lynx rufus smacovirus 1
- Spezies Felismacovirus macas1 mit Unidentified circular ssDNA virus cg5862
- Spezies Felismacovirus macro1 Smacoviridae sp. 167Smaco-2
- Spezies Felismacovirus porci1 mit CRESS virus sp. 17489x95_4644
- Spezies Felismacovirus porci2 mit CRESS virus sp. 17668x41_1812
- Spezies Felismacovirus porci3 mit CRESS virus sp. 17499x9_1430
- Spezies Felismacovirus porci4 mit Pig stool associated circular ssDNA virus GER2011
- Spezies Felismacovirus porci5 mit CRESS virus sp. 17489x12_563
- Spezies Felismacovirus porci6 mit CRESS virus sp. 17489x27_1313
- Spezies Felismacovirus porci7 mit CRESS virus sp. 17668x7_933
- Spezies Felismacovirus porci8 mit CRESS virus sp. 17489x57_911
- Spezies Felismacovirus porci9 mit CRESS virus sp. 17489x90_2227
- Spezies Felismacovirus porci10 mit CRESS virus sp. 17668x34_1256
- Spezies Felismacovirus ratas1 mit Rat associated smacovirus 22084x8_1043
- Spezies Felismacovirus vulpe1 mit Vulpes vulpes-associated smacovirus SMCO22
- Gattung Huchismacovirus
- Spezies Huchismacovirus chicas1 (früher Chicken associated huchismacovirus 1) mit Chicken associated smacovirus RS/BR/2015/2
- Spezies Huchismacovirus chicas2 (früher Chicken associated huchismacovirus 2) mit Chicken associated smacovirus RS/BR/2015/3
- Spezies Huchismacovirus humas1 (früher Human associated huchismacovirus 1) mit Human smacovirus 1 Oregon/6/2011/GottageGrove/5A1
- Spezies Huchismacovirus humas2 (früher Human associated huchismacovirus 2) mit Human smacovirus 1 France/8/2008/2444
- Spezies Huchismacovirus humas3 (früher Human associated huchismacovirus 3) mit Human smacovirus 1 France/1/2009/3664
- Gattung Inpeasmacovirus (abgetrennt von Porprismacovirus)
- Spezies Inpeasmacovirus avias1 mit Smacoviridae sp. wbp226sma1
- Spezies Inpeasmacovirus humas1 mit Human associated porprismacovirus, Isolat 16845x3_952
- Spezies Inpeasmacovirus peafo1 mit Smacoviridae sp. blp210cre2
- Gattung Porprismacovirus
Die Spezies dieser Gattung im Detail anzeigen:
- Spezies Porprismacovirus alecas1 mit Alces alces faeces associated smacovirus MP78
- Spezies Porprismacovirus anati1 mit Cygnus columbianus Smacoviridae sp. swn66sma1
- Spezies Porprismacovirus avias1 mit Avian associated porprismacovirus BR_DF13
- Spezies Porprismacovirus avias2 mit Smacoviridae sp. w3chi091cir1
- Spezies Porprismacovirus babas1 mit Papio cynocephalus associated smacovirus[10] mit Papio cynocephalus associated smacovirus 3 (PcSmV3),[11][9] Isolat ZM09-74
- Spezies Porprismacovirus bovas1 (früher Bovine associated porprismacovirus 1) mit Bovine faeces associated smacovirus 2
- Spezies Porprismacovirus bovas2 mit Cattle blood-associated circovirus-like virus Bvch001
- Spezies Porprismacovirus bovas3 mit Genomoviridae sp. C025899
- Spezies Porprismacovirus camas1 (früher Camel associated porprismacovirus 1) mit Dromedary stool-associated circular ssDNA virus c1378
- Spezies Porprismacovirus camas2 (früher Camel associated porprismacovirus 2) mit Dromedary stool-associated circular ssDNA virus c1072
- Spezies Porprismacovirus camas3 (früher Camel associated porprismacovirus 3) mit Dromedary stool-associated circular ssDNA virus c1345
- Spezies Porprismacovirus camas4 (früher Camel associated porprismacovirus 4) mit Dromedary stool-associated circular ssDNA virus c1258
- Spezies Porprismacovirus camas5 mit Smacoviridae sp. 173Smaco
- Spezies Porprismacovirus canid1 mit Canine associated porprismacovirus SmacoviridaeDogfe369C1
- Spezies Porprismacovirus canid2 mit Canine associated porprismacovirus SmacoviridaeDogfe322C1
- Spezies Porprismacovirus canid3 mit Raccoon dog stool-associated smacovirus 4 CJY7
- Spezies Porprismacovirus canid4 mit Canine associated porprismacovirus SmacoviridaeDogfe433C1
- Spezies Porprismacovirus canid5 mit Canine associated porprismacovirus SmacoviridaeDogfe373C1
- Spezies Porprismacovirus canid6 mit Canine associated porprismacovirus SmacoviridaeDogfe373C1
- Spezies Porprismacovirus canid7 mit Canine associated porprismacovirus SmacoviridaeDogfe342C1
- Spezies Porprismacovirus canid8 mit Raccoon dog stool-associated smacovirus 1 CJY4
- Spezies Porprismacovirus canid9 mit Raccoon dog stool-associated smacovirus 2 CJY5
- Spezies Porprismacovirus capas1 mit Capybara associated smacovirus 1_cap1_104 alias Capybara associated smacovirus[4] mit Capybara associated smacovirus 1_cap1_104[12]
- Spezies Porprismacovirus chicas1 mit Chicken associated smacovirus RS/BR/2015/1
- Spezies Porprismacovirus chicas2 mit Chicken smacovirus mg4_881
- Spezies Porprismacovirus chicas3 mit Chicken smacovirus mg5_1212
- Spezies Porprismacovirus chicas4 mit Chicken smacovirus mg4_885
- Spezies Porprismacovirus chicas5 mit Chicken smacovirus mg7_67
- Spezies Porprismacovirus chicas6 mit Chicken smacovirus mg4_964
- Spezies Porprismacovirus chicas7 mit Chicken smacovirus mg5_1081
- Spezies Porprismacovirus chimas1 (früher Chimpanzee associated porprismacovirus 1) mit Chimpanzee stool associated circular ssDNA virus DP152[13][14]
- Spezies Porprismacovirus chimas2 (früher Chimpanzee associated porprismacovirus 2) mit Chimpanzee stool associated circular ssDNA virus GM495[13][14]
- Spezies Porprismacovirus envor1 mit Virus sp. D3_464
- Spezies Porprismacovirus envor2 mit Virus sp. D3_567
- Spezies Porprismacovirus equid1 mit Smacoviridae D23_Smaco
- Spezies Porprismacovirus equid2 mit Smacoviridae D33_Smaco_2
- Spezies Porprismacovirus flas1 mit Fly associated circular virus 4
- Spezies Porprismacovirus goas1 mit Goat associated porprismacovirus, Isolat 16915x9_1969
- Spezies Porprismacovirus goras1 (früher Gorilla associated porprismacovirus 1) mit Gorilla smacovirus
- Spezies Porprismacovirus howas1 (früher Howler monkey associated porprismacovirus 1) mit Black howler monkey smacovirus
- Spezies Porprismacovirus humas1 (früher Human associated porprismacovirus 1) mit Human feces smacovirus 2
- Spezies Porprismacovirus humas2 (früher Human associated porprismacovirus 2) mit Chimpanzee smacovirus
- Spezies Porprismacovirus humas3 mit Human feces smacovirus 3
- Spezies Porprismacovirus humas4 mit Human associated porprismacovirus 3
- Spezies Porprismacovirus lemas1 (früher Lemur associated porprismacovirus 1) mit Lemur smacovirus
- Spezies Porprismacovirus leo1 mit Panthera leo smacovirus 1
- Spezies Porprismacovirus lynas2 mit Lynx rufus smacovirus 2
- Spezies Porprismacovirus macas1 mit Macaca mulatta feces associated virus 7
- Spezies Porprismacovirus macas2 mit Macaca mulatta feces associated virus 4
- Spezies Porprismacovirus macas3 mit Macaca mulatta feces associated virus 3
- Spezies Porprismacovirus macas4 mit Macaca mulatta feces associated virus 2
- Spezies Porprismacovirus macas5 mit Macaque stool associated virus 11
- Spezies Porprismacovirus macas6 mit Macaca mulatta feces associated virus 10
- Spezies Porprismacovirus macas7 mit Macaca mulatta feces associated virus 1 cg6982
- Spezies Porprismacovirus macro1 mit Smacoviridae sp. 167Smaco-1
- Spezies Porprismacovirus macro2 mit Smacoviridae sp. 171Smaco
- Spezies Porprismacovirus malbas1 mit Chlorocebus cynosuros associated smacovirus
- Spezies Porprismacovirus molos1 mit Smacoviridae sp. 164Smaco-1
- Spezies Porprismacovirus peafo1 mit Smacoviridae sp. bpk075sma01
- Spezies Porprismacovirus phasi1 mit Chrysolophus pictus Smacoviridae sp. gps222sma2
- Spezies Porprismacovirus phasi2 mit Pavo cristatus Smacoviridae sp. blp211sma3
- Spezies Porprismacovirus phasi3 mit Chrysolophus pictus Smacoviridae sp. gps222sma6
- Spezies Porprismacovirus porci1 (früher Porcine associated porprismacovirus 1) mit Porcine associated stool circular virus
- Spezies Porprismacovirus porci10 (früher Porcine associated porprismacovirus 10) mit Porcine faeces associated smacovirus 1
- Spezies Porprismacovirus porci11 mit Porcine associated porprismacovirus 17499x73_1865
- Spezies Porprismacovirus porci12 mit Porcine associated porprismacovirus 17499x3_679
- Spezies Porprismacovirus porci13 mit Porcine associated porprismacovirus 17499x80_1385
- Spezies Porprismacovirus porci14 mit Porcine associated porprismacovirus 17489x67_1878
- Spezies Porprismacovirus porci15 mit Porcine associated porprismacovirus 17499x75_2040
- Spezies Porprismacovirus porci16 mit Porcine associated porprismacovirus 17489x75_2609
- Spezies Porprismacovirus porci17 mit Porcine associated porprismacovirus 17668x35_2540
- Spezies Porprismacovirus porci18 mit Porcine associated porprismacovirus 17668x43_2798
- Spezies Porprismacovirus porci19 mit Porcine associated porprismacovirus 17489x27_1438
- Spezies Porprismacovirus porci2 (früher Porcine associated porprismacovirus 2) mit Porcine stool-associated circular virus 2 und/alias Bovine stool associated circular virus.[15][16]
- Spezies Porprismacovirus porci20 mit Porcine associated porprismacovirus 17499x31_375
- Spezies Porprismacovirus porci3 (früher Porcine associated porprismacovirus 3) mit Porcine stool-associated circular virus 3
- Spezies Porprismacovirus porci4 (früher Porcine associated porprismacovirus 4) mit Porcine stool-associated circular virus 1 DP2
- Spezies Porprismacovirus porci5 (früher Porcine associated porprismacovirus 5) mit Porcine stool-associated circular virus 1 DP3
- Spezies Porprismacovirus porci6 (früher Porcine associated porprismacovirus 6) mit Porcine stool-associated circular virus 6
- Spezies Porprismacovirus porci7 (früher Porcine associated porprismacovirus 7) mit Porcine stool-associated circular virus 7
- Spezies Porprismacovirus porci8 (früher Porcine associated porprismacovirus 8) mit Porcine stool-associated circular virus 8
- Spezies Porprismacovirus porci9 (früher Porcine associated porprismacovirus 9) mit Porcine stool-associated circular virus 9
- Spezies Porprismacovirus ratas1 (früher Rat associated porprismacovirus 1) mit Rat stool-associated circular ssDNA virus
- Spezies Porprismacovirus sheas1 (früher Sheep associated porprismacovirus 1) mit Sheep faeces associated smacovirus 1
- Spezies Porprismacovirus sheas2 (früher Sheep associated porprismacovirus 2) mit Sheep faeces associated smacovirus 2
- Spezies Porprismacovirus sheas3 (früher Sheep associated porprismacovirus 3) mit Sheep faeces associated smacovirus 3
- Spezies Porprismacovirus strut1 mit Smacoviridae sp. 207Smaco
- Spezies Porprismacovirus turas1 (früher Turkey associated porprismacovirus 1) mit Turkey stool associated circular ssDNA virus
- Gattung Simismacovirus
- Spezies Simismacovirus malbas1 mit Chlorocebus cynosuros associated smacovirus ZM09-95
- Spezies Simismacovirus malbas2 mit Chlorocebus cynosuros associated smacovirus ZM09-83
Literatur
Bearbeiten- Matheus A. Duarte, João M. F. Silva, Clara R. Brito, Danilo S. Teixeira, Fernando L. Melo, Bergmann M. Ribeiro, Tatsuya Nagata, Fabrício S. Campos: https://www.mdpi.com/1999-4915/11/9/803/htm Faecal Virome Analysis of Wild Animals from Brazil. In: MDPI Viruses, Band 11, Nr. 9, Special Issue Emerging Viruses: Surveillance, Prevention, Evolution and Control, 30. August 2019, S. 803; doi:10.3390/v11090803 (englisch).
Einzelnachweise
Bearbeiten- ↑ a b c d e ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
- ↑ a b Arvind Varsani, Mart Krupovic: Smacoviridae: a new family of animal-associated single-stranded DNA viruses. In: Virology Division News, Arch Virol, 163, 2005–2015, 23. März 2018; doi:10.1007/s00705-018-3820-z (englisch).
- ↑ a b ICTV: Taxonomy Browser.
- ↑ a b Rafaela S. Fontenele, Cristiano Lacorte, Natalia S. Lamas, Kara Schmidlin, Arvind Varsani, Simone G. Ribeiro: Single Stranded DNA Viruses Associated with Capybara Faeces Sampled in Brazil. In: MDPI Viruses, Band 11, Nr. 8, Special Issue Viromics: Approaches, Advances, and Applications; doi:10.3390/v11080710 (englisch).
- ↑ a b NCBI: LC386203.
- ↑ SIB: Smacoviridae, auf: Expasy ViralZone.
- ↑ ICTV: Virus Metadata Resource (VMR).
- ↑ NCBI: Papio kindae associated smacovirus (species).
- ↑ a b Paulina D. Anindita, Michihito Sasaki, Gabriel Gonzalez, Wallaya Phongphaew, Michael Carr, Bernard M. Hang’ombe, Aaron S. Mweene, Kimihito Ito, Yasuko Orba, Hirofumi Sawa: Discovery and genetic characterization of diverse smacoviruses in Zambian non-human primates. In: Nature Sci Rep, Band 9, Nr. 5045, 8. pril 2029; doi:10.1038/s41598-019-41358-z (englisch); mit Korrektur doi:10.1038/s41598-019-44438-2. Siehe insbes. Fig. 1 und Tbl. 1.
- ↑ NCBI: Papio cynocephalus associated smacovirus (species).
- ↑ NCBI: LC386205.
- ↑ NCBI: Capybara associated smacovirus 1_cap1_104.
- ↑ a b O. Blinkova, J. Victoria, Y. Li, B. F. Keele, C. Sanz, J. B. Ndjango, M. Peeters, D. Travis, E. V. Lonsdorf, M. L. Wilson, A. E. Pusey, B. H. Hahn, E. L. Delwart: Novel circular DNA viruses in stool samples of wild-living chimpanzees. In: J. Gen. Virol. 91. Jahrgang, Nr. 1, 2010, S. 74–86, doi:10.1099/vir.0.015446-0, PMID 19759238, PMC 2887567 (freier Volltext) – (englisch).
- ↑ a b NCBI: Chimpanzee stool associated circular ssDNA virus (species).
- ↑ H. K. Kim, S. J. Park, V. G. Nguyen, D. S. Song, H. J. Moon, B. K. Kang, B. K. Park: Identification of a novel single stranded circular DNA virus from bovine stool. In: J Gen Virol, 1. März 2012; doi:10.1099/vir.0.037838-0 (englisch).
- ↑ NCBI: Porcine stool-associated circular virus (species).