Diskussion:Basale Transkription

Der Artikel ist inhaltlich teilweise falsch!

- Die Definition des Begriff ist nicht korrekt und in dem angegebenen Artikel (1) so auch nicht zu finden. - Die "Eigenschaften" sind mindesten mißverständlich angegeben, teilweise auch falsch. Artikel 2 und 3 behandeln spezielle Fragestellungen und sind für eine allgemeine Darstellung des Begriffs ungeeignet. - Die Formulierung "meist unerwünscht" ist sachlich falsch. Die Beispiele, die danach genannt werden, erwecken den Eindruck der Allgemeingültigkeit, sind aber wieder Spezialfälle aus der Biotechnologie und sollten auch als solche gekennzeichnet werden.

Hallo, was soll geändert werden? Grüße, --Ghilt (Diskussion) 14:47, 27. Jul. 2018 (CEST)

Der Artikel sollte eher "basale Transkription" als "Basaltranskription" heißen! Definition: Die spontane Bindung der RNA-Polymerase an einen Promotor in Abwesenheit von regulierenden Aktivatoren oder Repressoren führt zu einer konstitutiven, meist sehr schwachen, basalen Transkription. Die Stärke dieser basalen Expression hängt von der Bindeäffinität der RNA-Polymerase zur jeweiligen Promotorsequenz ab. (sinngemäßes Zitat aus "Watson, Baker, Bell, Gann, Levine, Losick (2004): Molecular Biology of the Gene, 5th edition, Seite 484, ISBN-13: 9780805346350") Ich würde hinzufügen: Die Art der Initiation ist dabei bei Eukaryoten, Bakterien und Archaeen jeweils unterschiedlich. (dabei "Initiation" mit dem entsprechenden Artikel verlinken)

Ist nun drin, besser so? Grüße, --Ghilt (Diskussion) 11:14, 31. Jul. 2018 (CEST)

Nein, leider noch nicht! der erste Satz: "Als basale Transkription bezeichnet man in der Genetik die Transkription von Genen ohne eine Induktion und ohne eine Aufhebung der Repression der Genexpression.[1]" ist inhaltlich falsch, steht so nicht in der angegebenen Literatur und widerspricht auch dem zweiten Satz. Der Satz muß weg! Der Satz mit "anschließende Translation" muß auch raus, denn er gehört nicht zu der angegebenen Referenz und führt zu einem neuen inhaltlichen Fehler im folgenden Satz. Der bezieht sich nämlich nur auf die Expression des Transkripts, nicht auf die Expression des Genprodukts. Ich schlage also folgenden Text vor: "Die spontane Bindung der RNA-Polymerase an einen Promotor in Abwesenheit von regulierenden Aktivatoren oder Repressoren führt zu einer konstitutiven, meist sehr schwachen, basalen Transkription. Ihre Stärke hängt allein von der Bindeäffinität der RNA-Polymerase zur jeweiligen Promotorsequenz ab. (sinngemäßes Zitat aus "Watson, Baker, Bell, Gann, Levine, Losick (2004): Molecular Biology of the Gene, 5th edition, Seite 484, ISBN-13: 9780805346350"). Die Art der Initiation ist dabei bei Eukaryoten, Bakterien und Archaeen jeweils unterschiedlich."

Der Abschnitt "Eigenschaften" bedarf ebenfalls dringend(!) einiger Korrekturen. Ich würde ehrlich gesagt empfehlen, ihn erstmal komplett zu löschen: Der erste Absatz ist nicht ganz falsch, gehört aber inhaltlich im Sinne der angegebenen Referenzen erweitert. Der Zweite Absatz ist größtenteils falsch. Der dritte Absatz ist nicht ganz falsch, ihm fehlt aber eine Referenz. Der vierte Absatz ist falsch. Sorry!

Der erste Teil wurde umgesetzt, für den zweiten Teil wären Begründungen oder Textvorschläge hilfreich. Grüße, --Ghilt (Diskussion) 23:37, 1. Aug. 2018 (CEST)

OK, dann heuet erstmal die falschen Infos entfernen. Ich gehe die Absätze 2 und 4 des Abschnitts "Eigenschaften" durch: "Eine Basaltranskription ist in der Biotechnologie, der Genetik oder der Virologie meist unerwünscht...." Die Genetik oder Virologie wünschen sich gar nichts, sie beschreiben nur. In der Biotechnologie sind zwar bestimmt Abläufe erwünscht, welche das sind, läßt sich aber sicher nicht pauschal sagen. Ob basale Transkription "erwünscht" ist oder nicht, ist also Geschmackssache.

M.E. nicht. Auch in der Virologie werden virale Vektoren erzeugt, bei denen eine geringe basale Transkription erwünscht ist. --Ghilt (Diskussion) 18:43, 2. Aug. 2018 (CEST)

".....da sie einer regulierten Induktion zuwiderläuft." Das ist falsch. Basale Transkription, ist die Transkription, die übrig bleibt, wenn die Regulation durch Aktivatoren oder Repressoren ausbleibt. Sie läuft ihr nicht zuwider. Die basale Transkription kann im Gegententeil eine Regulation erst ermöglichen.

Die Formulierung wurde entfernt. Grüße, --Ghilt (Diskussion) 18:43, 2. Aug. 2018 (CEST)

"Bei der Erzeugung eines für das Expressionssystem toxischen rekombinanten Proteins verstirbt ein transgener Organismus (z. B. Escherichia coli, Saccharomyces cerevisiae oder Zelllinien) vor der Erzeugung eines rekombinanten Proteins". Das ist ein Widerspruch in sich: Der Organismus stirbt, bevor (!) er ein toxisches Protein hergestellt hat???? Woran denn? Gemeint ist sicher der Tod nach (!) der Expression eines toxischen Proteins. Das hat aber nichts mit der basalen Trankription, sondern mit einer unvollständigen Repression zu tun. Außerdem eher ein technologisches Problem. Wenn man ein toxisches Protein herstellen will, kann man das Expressionssystem wechseln oder das Protein maskieren.

Die Formulierung wurde angepasst. Grüße, --Ghilt (Diskussion) 18:43, 2. Aug. 2018 (CEST)

"Daher ist es ein Ziel des Vektordesigns, eine Undichtigkeit (engl. leakiness) eines Promotors zu vermindern und somit eine Induktion der Produktion des toxischen Proteins erst nach Heranwachsen der Organismen zu erreichen". Wir sind immer noch bei dem rein technologisches Problem und der Steuerung eines Promotors.

Der Satz ist anderswo besser aufgehoben und wurde entfernt. Grüße, --Ghilt (Diskussion) 18:43, 2. Aug. 2018 (CEST)

"Bei Gen-Knockout- und Komplementationsversuchen kann zur Untersuchung der Funktion eines unbekannten Proteins dessen Expression durch eine gezielte inaktivierende Mutation des Promotors entfernt werden". Üblicherweise wird eher der ORF als der Promotor entfernt oder mutiert. "Expression" würde ohne "verhindert" oder "reduziert" und nicht entfernt.

Die Formulierung wurde angepasst. Grüße, --Ghilt (Diskussion) 18:43, 2. Aug. 2018 (CEST)

"Im Anschluss ist die Abwesenheit einer Basaltranskription nachzuweisen, um einen vollständigen Gen-Knockout zu erhalten." Nach einem KO-Versuch kann man das Fehlen der Transkripte als Nachweis für den KO-Erfolg nutzen, richtig. Es geht dabei aber um jede Form der Transkription, nicht expliziet um die basale Transkription. In der Praxis würde man sicher die veränderte Gensequenz als Kontrolle hinzuziehen. Auf gar keinen Fall "erhält" man aber einen KO, wenn man die Abwesenheit einer Transkription nachweist. Der KO war vorher da, oder eben auch nicht....

Der Satz ist anderswo besser aufgehoben und wurde entfernt. Grüße, --Ghilt (Diskussion) 18:43, 2. Aug. 2018 (CEST)