Diskussion:Lokiarchaeota

«Komplexe prokaryotische Zelle»

Hi Wi55en55chuft. Du meintest vor ein paar Tagen, den Artikel wie folgt verbessern zu müssen:

«Interpretationen hinsichtlich einer komplexen prokaryotischen Zelle sind allerdings mit Vorsicht zu geniessen, da sie allein auf Sequenzhomologien von einigen wenigen Genen beruhen und jegliche experimentelle Arbeit — inklusive bspw. einer mikroskopischen Aufnahme von Lokiarchaeota — fehlt.»

Bitte keine Strohmannargumente. Niemand hat hier behauptet, Loki wäre eine – was immer das sein mag – „komplexe prokaryotischen Zelle“. Vielmehr haben Christa Schleper und Kollegen vermutet, dass es sich um eine Art „Starter-Kit“ für das Entstehen der komplexen eukaryotischen Zellstrukturen gehandelt hat. Also bitte erst mal einen Artikel zuende lesen, bevor man ihn „verbessert“.

Du schreibst in Deinem Skeptizismus:

„Die Literatur“ zum Thema Loki wäre angeblich „auch sehr kontrovers.“

Dafür fehlen eindeutig Belege. Nach meinen Recherchen gab's zum Thema Loki überraschenderweise gar keine Kontroverse, obwohl Schleper et al. mit einer solchen gerechnet hatten. Schließlich ist Loki ja auch Gott der Zwietracht...--Asw-hamburg (Diskussion) 05:48, 6. Mai 2016 (CEST)

Missverständlich

Im Abschnitt «Innere und äußere Taxonomie der „Lokiarchaeota“ und Bedeutung in der Evolution» steht u.a. „Eukaryoten sind alle Vielzeller wie Tiere, Pilze, Pflanzen und die Protozoen“. M.E. ist das ziemlich missverständlich. Es liest sich, als seien alle Eukaryton Vielzeller, wobei die Protozoen in der Auflistung wie ein weiteres Beispiel dieser Vielzeller neben Tieren, Pflanzen und Pilzen erscheinen. Vielleicht sollte das mal jemand umformulieren.

Ist offenbar inzwischen erledigt.--Ernsts (Diskussion) 22:13, 23. Dez. 2022 (CET)

drei Domänen Modell

«drei Domänen Modell von Carl Woese» – kommt mir vor wie heiß Dampf Lokomotive statt Heißdampflokomotive (oder wenigstens Heiß-Dampf-Lokomotive). Spricht etwas dagegen, das zu Drei-Domänen-Modell zu ändern? --ToKuM957 (Diskussion) 00:06, 13. Aug. 2019 (CEST)

Nein spricht nichts dagegen, ich war schon mal so dreist... --Kogge (Diskussion) 21:45, 13. Aug. 2019 (CEST)

Weitere Kultivierung - Candidatus Lokiarchaeum ossiferum

Damit gibt es mikroskopische Aufnahmen auch von Lokiarchaeum. Es gibt einfacher strukturierte Prokaryoten als dieses. Ist Modellorganismus (siehe idw). Identisch mit Candidatus Lokiarchaeum sp. B-35 (aka Loki-B35), siehe

• doi:10.1038/s41586-022-05550-y Actin cytoskeleton and complex cell architecture in an Asgard archaeon (Fig. 2: B-35 = Ca. L. ossiferum; AMARA_1 = AMARA-1 sp004524545, HM1_B6_4 = Prometheoarchaeum sp018238965 laut GTDB)
• doi:10.1038/d41586-022-04450-5 Mysterious Asgard archaea microbes reveal their inner secrets
• https://www.science.org/content/article/strange-tentacled-microbe-may-resemble-ancestor-complex-life (★ - ausführlich, inkl. Forschungsgeschichte)
• https://scitechdaily.com/a-missing-link-researchers-shed-light-on-the-origin-of-complex-life-forms/
• https://www.scinexx.de/news/biowissen/bindeglied-der-fruehen-evolution-kultiviert/
• doi:10.1016/j.tcb.2016.03.009 On the Archaeal Origins of Eukaryotes and the Challenges of Inferring Phenotype from Genotype (Kommentar)
• Weitere, weniger ausführliche populärwiss. Artikel und Pressemitteilungen:
  • https://medienportal.univie.ac.at/media/aktuelle-pressemeldungen/detailansicht/artikel/dem-ursprung-komplexer-lebewesen-auf-der-spur/
  • https://science.orf.at/stories/3216717/ Möglicher Vorläufer höherer Zellen gezüchtet
  • https://www.studium.at/forscher-zuechteten-moeglichen-vorlaeufer-hoeherer-zellen-wiener-labor
  • https://nachrichten.idw-online.de/2022/12/21/dem-ursprung-komplexer-lebewesen-auf-der-spur
  • https://www.eurekalert.org/news-releases/975017 Shedding light on the origin of complex life forms
  • https://www.sci.news/biology/asgard-archaea-cellular-architecture-cytoskeleton-11503.html
  • https://www.sciencedaily.com/releases/2022/12/221221121318.htm Shedding light on the origin of complex life forms
• https://lpsn.dsmz.de/family/lokiarchaeota-no-family LPSN Lokiarchaeota-Gattungen ohne Familie dort
• https://lpsn.dsmz.de/search?word=Lokiarchae LPSN-Suche Lokiarchae*
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=2951803&lvl=3 B-35
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=Candidatus%20Lokiarchaeota%20archaeon%20isolate%20AMARA_1 AMARA_1
• https://gtdb.ecogenomic.org/genome?gid=GCA_004524545.1 AMARA-1 sp004524545, Stamm/Isolat AMARA_1
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1834434422 MAG: Candidatus Lokiarchaeota archaeon isolate AS27yjCOA_147 (GTDB:negativ)
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=1538547 Lokiarchaeum sp. GC14_75 - der ursprüngliche Lokiarchaeum-Vertreter von Lokis Schloss: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JYIM00000000.1 (GTDB:Failed Quality Check https://gtdb.ecogenomic.org/genome?gid=GCA_000986845.1 GC14_75)

Familienzugehörigkeit der Gattung Lokiarchaeum und Prometheoarchaeum: Als nächsten Verwandten von L. ossiferum zeigt Fig. 2 der aktuellen Studie den Stamm HM1_B6_4, der nach GTDB zu Prometheoarchaeum sp018238965 (also in die andere Gattung) gehören soll. Bzgl. der Gattungszugehörigkeit dieses Stammes widersprechen sich also die neue Studie und GTDB, nach der neuen Studie wäre die Gattung Prometheoarchaeum polyphyletisch (oder beide Gattungsbezeichnungen synonym, was aber lt. der neuen Studie ausdrücklich nicht der Fall ist). Immerhin legt dies aber nahe, dass die betrachteten Isolate und MAGs (mitsamt den beiden Gattungen) zur selben Familie gehören. Die GTDB bezeichnet die Familie von Prometheoarchaeum provisorisch als MK-D1, die en. WP bezeichnet die Familie von Lokiarchaeum als "Lokiarchaeaceae" Vanwonterghem et al. 2016 und stellt auch beide Gattungen (mit Prometheoarchaeum als Typus) in diese Familie, ohne Referenz auf Vanwonterghem (2016). Die einzige Referenz dazu konnte ich in einem sudocu-Blog der Uni Barcelona finden: AECN 7B GX-arqueo Jaba Badia Moreno, die Ordnung Lokiarchaeales findet sich in Additional File 4 (xlsx) von doi:10.1186/s12915-019-0688-7 (s. u.). Angenommen, das wäre ok, dann wäre die Fam. MK-D1 = "Lokiarchaeaceae" (dass en:List of Archaea genera beide Familien unterscheidet erscheint dann fehlerhaft, und die dort angegebene Ordnung Lokiarchaeales fällt offenbar mit der GTDB-Ordnung CR-4 zusammen, s. u.). Meine Recherche nach einer Publikation von Vanwonterghem (2016) mit dieser Familien- (und ggf. Ordnungs-)bezeichnung war bisher negativ, Ref.:

• en:Lokiarchaeota, en:Asgard (archaea) und en:List of Archaea genera (dort fehlende Referenz. Recherche negativ, führt auf ru Server in chin. Sprache, die Kreditkarteninfos abgreifen versuchen)
• https://gtdb.ecogenomic.org/genome?gid=GCA_018238965.1 Prometheoarchaeum sp018238965 HM1_B6_4
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/2031579184 Ca. Lokiarchaeota archaeon isolate HM1_B6_4. Fundort: Haima cold seep in the South China Sea (16°54.04′N, 110°28.45′E, 1,433 m water depth) doi:10.3389/fmars.2021.793645. The Haima cold seep is an active cold seep newly discovered in 2015, which locates at a depth of ~1370–1425 m in the northwest slope of the South China Sea doi:10.1016/j.dsr.2021.103489
• https://scholar.google.com.au/citations?hl=en&user=pZK5qhoAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate Inka Vanwonterghem

Es ist seltsam, dass die GTDB diesen von Frau Vanwonterghem zugeschriebenen Namen nicht verwendet, obwohl Inka Vanwonterghem und Phil Hugenholtz beide an derselben Uni sind https://scmb.uq.edu.au/centres-and-institutes/australian-centre-ecogenomics/our-people (allerdings kennt die GTDB überhaupt kein Lokiarchaeum).

Die Zuordnung von Lokiarchaeum GC14_75 und Prometheoarchaeum MK-D1 zur verschiedenen Familien wird unterstützt durch Extended Data Fig. 4c in Imachi et al. doi:10.1038/s41586-019-1916-6 Isolation of an archaeon at the prokaryote–eukaryote interface, da sie verschiedenen Kladen angehören (DSAG-Gamma bzw, DSAG-Beta1). --Ernsts (Diskussion) 10:03, 11. Jan. 2023 (CET)

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Es entsprechen sich vom Umfang her (annähernd):

• Asgard-Superphylum (NCBI) = Phylum Asgardarchaeota (GTDB)
  • Lokiarchaeota-Helarchaeota-Klade = Klasse Lokiarchaeia (GTDB)
    • Phylum Lokiarchaeota (NCBI) = Ordnung CR-4 (GTDB)
    • Phylum Helarchaeota (NCBI) = Ordnung Helarchaeales (GTDB)

LPSN geht noch im Wesentlichen wie NCBI, abgesehen von einem verwaisten Eintrag zu einem Phylum(!) "Ca. Lokiarchaeia Bulzu" et al. 2019.

Offenbar hat die GTDB früher anstelle der Ordnung CR-4 die (naheligende) Bezeichnung Lokiarchaeales verwendet:

• https://figshare.com/articles/dataset/Additional_file_4_of_Metagenomes_and_metatranscriptomes_shed_new_light_on_the_microbial-mediated_sulfur_cycle_in_a_Siberian_soda_lake/9723572 von doi:10.1186/s12915-019-0688-7 Metagenomes and metatranscriptomes shed new light on the microbial-mediated sulfur cycle in a Siberian soda lake (bei en:Severka)
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1706850798 MAG: Candidatus Lokiarchaeota archaeon isolate CSSed165cm_327R1

Die Ordnungsbezeichnung Ca. Lokiarchaeales verwenden auch Wu et al. (2022):

• doi:10.1038/s41564-021-01039-y PMC 8813620 (freier Volltext) PMID:35027677 Unique mobile elements and scalable gene flow at the prokaryote–eukaryote boundary revealed by circularized Asgard archaea genomes

zusammen mit der Familienbezeichnung Ca. Prometheoarchaeaceae für die von ihnen vorgeschlagene Spezies Ca. Harpocratesius repetitus (Referenzstamm FW102) - s. u. - in der Klasse Lokiarchaeia (ergo GTDB-Taxonomie). Daher wäre die GTDB-Ordnung CR-4 aka Lokiarchaeales, die GTDB-Familie MK-D1 (mit Prometeoarchaeum) aka Prometheoarchaeaceae mit den Gattungen Prometheoarchaeum und Harpocratesius.

Siehe auch

• PMID:32727863 PMC 7392546 (freier Volltext) doi:10.1128/mSphere.00686-20 Visualization of Lokiarchaeia and Heimdallarchaeia (Asgardarchaeota) by Fluorescence In Situ Hybridization and Catalyzed Reporter Deposition (CARD-FISH), Salcher, Bulzu et al.(2020): Kladen Loki_1 (mit GC14_75), Loki_2, Loki3, Loki4 (mit MK-D1)

Vorerst möchte ich noch abwarten, ob in der en WP (oder hier) jemand eine Referenz zu "Lokiarchaeaceae" Vanwonterghem et al. 2016 findet. Eine Kontaktadresse der Forscherin als eventuell letzter Ausweg findet sich in https://scmb.uq.edu.au/profile/6000/inka-vanwonterghem . --Ernsts (Diskussion) 19:59, 21. Dez. 2022 (CET), Letztes Update: 18:10, 11, Jan. 2023 (MEZ)

Jetzt Übernahme in den Artikel--Ernsts (Diskussion) 15:19, 13. Jan. 2023 (CET)

erledigt --Ernsts (Diskussion) 15:51, 13. Jan. 2023 (CET)

Ca. Harpocratesius repetitus FW102

Noch eine Kandidaten-Gattung, Referenz: Wu et al. (2022):

• doi:10.1038/s41564-021-01039-y PMC 8813620 (freier Volltext) PMID:35027677 Unique mobile elements and scalable gene flow at the prokaryote–eukaryote boundary revealed by circularized Asgard archaea genomes
• doi:10.1038/s41586-022-05550-y Actin cytoskeleton and complex cell architecture in an Asgard archaeon

Lt. Extended Data Fig. 2 ist Ca. H. repetitus nahe verwandt mit Ca. Prometheoarchaeum syntrophicum.

In der Studie wird auch erwähnt ein MAG Loki L04. Weitere Referenz dazu:

• http://www.diva-portal.org/smash/get/diva2:1355107/FULLTEXT01.pdf Genomic and evolutionary exploration of Asgard archaea, Eva F. Caceres, 2019. Dazu:
  • doi:10.1101/2019.12.17.879148 Near-complete Lokiarchaeota genomes from complex environmental samples using long and short read metagenomic analyses. Eva F. Caceres, ... Thijs J. G. Ettema 18.12.2019 (PrePrint)

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Ernsts (Diskussion) 12:53, 29. Dez. 2022 (CET)

erledigt --Ernsts (Diskussion) 15:51, 13. Jan. 2023 (CET)

Isolat Bin_245

Das Isolat Bin_245 aus mikrobiellen hypesalinen Matten des Hameline Pool, Shark Bay, Australien wird in der NCBI Taxonomie als Ca. Bathyarchaeota archaeon isolate Bin_245 geführt und den Bathyarchaeota aus dem TACK-Superphylum zugeordnet. In der GTDB gehört es zur Spezies WJJB01 sp014729935 der Familie WJJB01 in der Ordnung CR-4 der dortigen Klasse Lokiarcheia (Asgardarchaeota), also hier mit rein. Referenz:

• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=Bin_245 NCBI Nucleotide: Bin_245 (Liste)
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/WJJB00000000.1 Candidatus Bathyarchaeota archaeon isolate Bin_245 (Details)
• https://gtdb.ecogenomic.org/tree?r=s__WJJB01%20sp014729935 WJJB01 sp014729935 Tree
• https://gtdb.ecogenomic.org/genome?gid=GCA_014729935.1 WJJB01 sp014729935 Details

--Ernsts (Diskussion) 16:18, 24. Dez. 2022 (CET)

erledigt --Ernsts (Diskussion) 15:52, 13. Jan. 2023 (CET)

Sigynarchaeota

Siehe

• https://www.eurekalert.org/news-releases/932138
• Xie et al. (2022): doi:10.1007/s11427-021-1969-6, PMID:34378142

In der herkömmlichen Taxonomie gehört das Phylum zur Helarchaeota-Lokiarchaeota-Klade. In der GTDB-Taxonomie muss dann die (von den Autoren definierte) Ordnung Sigynarchaeales Mitglied der Klasse Lokiaechaeia sein. --Ernsts (Diskussion) 18:49, 10. Jan. 2023 (CET)

erledigt --Ernsts (Diskussion) 15:52, 13. Jan. 2023 (CET)