OpenMS
OpenMS ist eine Software-Sammlung für den Bereich der Hochdurchsatz-Massenspektrometrie. Hauptziel ist dabei die Identifizierung von Substanzen und deren Konzentration etwa, um Krankheiten auf Ebene der Moleküle zu verstehen, Biomarker zur Diagnostik zu finden oder mögliche neue Zielpunkte für Arzneimittelwirkstoffe zu entdecken. Im Zuge wurden freie Datenformate wie mzData und mzXML unterstützt sowie am Nachfolger mzML aktiv mitgearbeitet.[3] Die Lizenzbedingungen wurden so liberal gewählt, dass sie für akademische und kommerzielle Zwecke anwendbar sind. Ziel ist die flexible und reproduzierbare Datenanalyse durch Programmierschnittstellen in C++ und Python unter Verwendung offener Datenformate. Die unterschiedlichen Auswertestrategien der unterschiedlichen Disziplinen und verwendeter Gerätetechniken sollen so wieder zusammengeführt werden. Zur Datenauswertung wird eine Kombination aus integrierten Werkzeugen und kommerziellen Applikationen zur Verfügung gestellt, die hintereinander geschaltet werden können. Durch die Integration in KNIME und Galaxy ist auch eine grafische Bearbeitung der Schritte möglich.[4]
| OpenMS | |
|---|---|
| Basisdaten
| |
| Entwickler | Chris Bielow, Timo Sachsenberg, Hannes L. Röst |
| Erscheinungsjahr | 2007 |
| Aktuelle Version | 3.1.0[1] (25. Oktober 2023) |
| Betriebssystem | Linux, Microsoft Windows[2], macOS[2] |
| Programmiersprache | C++11[2] |
| Lizenz | 3-Klausel-BSD[2] |
| openms.org | |
Weblinks
Bearbeiten- offizielle Website (englisch)
- OpenMS auf GitHub
- OpenMS bei OpenCollective
Einzelnachweise
Bearbeiten- ↑ Release 3.1.0. 25. Oktober 2023 (abgerufen am 19. Juni 2024).
- ↑ a b c d www.openms.de. (abgerufen am 20. Dezember 2017).
- ↑ Marc Sturm, Andreas Bertsch, Clemens Gröpl, Andreas Hildebrandt, Rene Hussong, Eva Lange, Nico Pfeifer, Ole Schulz-Trieglaff, Alexandra Zerck, Knut Reinert, Oliver Kohlbacher: OpenMS - an open-source software framework for mass spectrometry. In: BMC bioinformatics. Band 9, 2008, ISSN 1471-2105, S. 163, doi:10.1186/1471-2105-9-163, PMID 18366760, PMC 2311306 (freier Volltext).
- ↑ Hannes L. Röst, Timo Sachsenberg, Stephan Aiche, Chris Bielow, Hendrik Weisser, Fabian Aicheler, Sandro Andreotti, Hans-Christian Ehrlich, Petra Gutenbrunner, Erhan Kenar, Xiao Liang, Sven Nahnsen, Lars Nilse, Julianus Pfeuffer, George Rosenberger, Marc Rurik, Uwe Schmitt, Johannes Veit, Mathias Walzer, David Wojnar, Witold E. Wolski, Oliver Schilling, Jyoti S. Choudhary, Lars Malmström, Ruedi Aebersold, Knut Reinert, Oliver Kohlbacher: OpenMS: a flexible open-source software platform for mass spectrometry data analysis. In: Nature Methods. Band 13, Nr. 9, 2016, ISSN 1548-7105, S. 741–748, doi:10.1038/nmeth.3959, PMID 27575624 (mdc-berlin.de [PDF]).