Die Rugby-Union-Afrikameisterschaft 2003 (englisch2003 Rugby Africa Cup, französischCoupe d’Afrique de rugby à XV 2003) der Division 1 war die vierte Ausgabe der afrikanischen Kontinentalmeisterschaft in der Sportart Rugby Union. Es waren neun Teams beteiligt, die in drei Dreiergruppen eingeteilt waren. Jedes Team spielte ein Heim- oder Auswärtsspiel gegen die anderen Teams der Gruppe. Die drei Gruppensieger und der beste Gruppenzweite zogen ins Halbfinale ein, die Halbfinalsieger ermittelten den Afrikameister.
Da Titelverteidiger Namibia an der Weltmeisterschaft 2003 teilnahm, fand das Finale erst 2004 statt. In diesem unterlagen sie Marokko, das erstmals den Afrikameistertitel gewann. Parallel dazu fand der Wettbewerb der Division 2 statt, der zwölf weitere Nationalmannschaften umfasste.
An den Partien der Südzone waren vier Teams beteiligt. Uganda trat mit der zweiten Mannschaft an, nachdem die eigentliche Nationalmannschaft in die erste Division aufgestiegen war.