Die Tweede Divisie 1958/59 war die dritte Spielzeit der dritthöchsten niederländischen Fußballliga. An ihr nahmen insgesamt 29 Mannschaften teil, die in zwei Gruppen zu 15 und 14 Teams aufgeteilt wurden.
Die Vereine spielten aufgeteilt in einer Hin- und einer Rückrunde jeweils zwei Mal gegeneinander. Die beiden Gruppensieger und Zweitplatzierten stiegen in die Eerste Divisie auf. Sportliche Absteiger in den Amateurfußball gab es nicht. Da sich die beiden Tabellenletzten freiwillig in den Amateurbereich zurückzogen, mussten die beiden Vorletzten in der folgenden Saison an der Abstiegsrunde teilnehmen.
Für die beiden letztjährigen Aufsteiger kamen aus der Eerste Divisie die Absteiger HFC EDO und RFC Xerxes Rotterdam hinzu. Aus dem Amateurbereich kam Velox Utrecht.
