Diskussion:G-Protein-gekoppelte Rezeptoren

Dieser Artikel war am 20. Februar 2007 der Artikel des Tages.

G-Protein-gekoppelter Rezeptor

Zugegeben, sehr schwere Kost. Die größte Schwierigkeit liegt darin, Begriffe und Fakten aus der aktuellen Forschung (Lehrbuchwissen ist hier meist schon überholt) verständlich darzustellen. Eigentlich wollte ich diesen Artikel aus diesem genannten Grund nicht auf ein Prädikat (lesenswert oder exzellent) trimmen, aber ich erhielt jetzt schon mehrfach positive Kommentare dazu via E-Mail. Ich weiß, dass an einigen Stellen noch einige Verbesserungen nötig sind (z.B. Down-Regulierung, ist leider nicht so mein Métier), deshalb sind Expertenwissen und Anregungen durch Laien willkommen. --Svеn Jähnісhеn 14:16, 3. Mär 2006 (CET)

• Beeindruckend, wirkt auf einen Laien wie mich fast wie ein Fachaufsatz aus wiss. Zeitschrift. Sehr begrüßenswert, das auch höchst aktuelles Wissen in Wikipedia Platz findet. Ich würde mir allenfalls noch einen Ausbau des letzten Abschnitts "Bedeutung der GPCR für die Medizin" wünschen, auch für Laien wohl besonders relevant. SK 11:47, 10. Mär 2006 (CET)
  • Ja, ich schreibe gerade an diesem Kapitel. --Svеn Jähnісhеn 12:52, 23. Mär 2006 (CET)

• Gefällt mir wirklich gut, eigentlich hab ich nur Kleinigkeiten. Zur Struktur wäre ein Bild gut um die Vorstellung zu erleichtern. Im Inhaltsverzeichnis sieht es etwas komisch aus, das du die Unterüberschriften zu Funktion nochmal numeriert hast (3.1.1 I und so). Nicht tragisch aber seltsam. Im Bild würde ich den "Urtyp" (A) noch extra hervorheben (Rahmen drum oder so). Zu welcher Art der Ligandenbildung gehört Acetycholin? Ein Bild das die Aktivierung Schritt für Schritt zeigt wäre nicht schlecht. Ich weiß, es ist eigentlich irgendwie blöd, aber ich find's etwas verwirrend das die Abbildungen genauso benannt sind wie die Untergruppen (A-F). Da würde ich in diesem Fall lieber Zahlen nehmen. Bei der Aufzählung der Medikamente im Medizinabschnitt würde ich über eine Liste nachdenken, so wie's jetzt ist finde ich's etwas chaotisch (ich weiß, manche mögen Listen nicht, aber ich denke in diesem Fall wäre es machbar). Aber auch so wie er jetzt ist, gefällt mir der Artikel ausgesprochen gut. Gruß, Lennert B ^blablubb 15:35, 22. Mär 2006 (CET)
  • Wird gemacht. An dem Medizinabschnitt bastele ich gerade. Den Text finde ich selbst kacke und werde noch einmal komplett darübergehen. Und habe ich dich richtig verstanden, du möchtest eine Liste statt der angegebenen Tabelle? Das halte nun ich wieder für unübersichtlicher. --Svеn Jähnісhеn 12:52, 23. Mär 2006 (CET)

Um Gottes Willen. Ich meinte bloß den Fließtext drüber. Aber grad hab ich gesehen das da eigentlich genau das gleiche drin steht wie in der Tabelle. Also mal drüber nachdenken ob der nicht vielleicht stark gekürzt werden kann. Lennert B ^blablubb 18:24, 23. Mär 2006 (CET)

Der ist Klasse, Sven ! Einziger Punkt, an dem ich dem Pharmakologen aber lieber nicht einfach reinfrickeln wollte: In der Tabelle bei Betablocker listest du auch Propranolol auf, dann aber nur die ß1-Adrenozeptoren. Müssten das nicht ß1- und ß2-Rez. sein? Und in der letzten Spalte würde ich einfach schreiben Senken als Antagonisten an β1-Adrenozeptoren u. a. die Herzfrequenz (sonst könnte der Leser denken, das nur eine erhöhte Frequenz gesenkt wird). Gruß, Jürgen JHeuser 19:11, 8. Apr 2006 (CEST)

• sehr schöner Artikel, aber dass 3% des humanen Genoms für GPCRs codieren kann nicht richtig sein. Wenn dann müssten es 3% des codierenden Genoms sein, was ja durchaus ein erheblicher Unterschied ist. Allerdings erscheint mir auch das sehr viel, wenngleich ich nicht besonders viel Ahnung davon habe. Vielleicht sollte dem nochmal nachgegangen werden (aus welchen Quellen stammt die 3%-Angabe usw...). Das war auch schon das einzige was mir aufgefallen ist, ansonsten sehr informativer und gut geschriebener Artikel. Gruß, Christian

• Du hast recht, es müsste "3% des codierenden Genoms" heißen. Die 3% stammen aus der einfachen Rechnung, dass beim Menschen etwa 800 Gene für GPCRs gefunden wurden und das Genom etwa 28000 Gene umfasst. --Svеn Jähnісhеn 14:12, 1. Feb. 2007 (CET)

• Also, ganz ehrlich?

Für einen Normalmenschen, der sich noch mit der Materie beschäftigt hat, unverständlich. --212.29.45.84 07:18, 20. Feb. 2007 (CET)

• Kleine Anmerkung die, Gruppe der cAMP-Rezeptoren wurde bisher nur in Dictyosteliaceaen beschrieben und meiner Meinung nicht in Nematoden. Sollest du vielleicht nochmal ueberpruefen.Rica

Lesenswert-Diskussion 30. April - 7. Mai 2006

Der Begriff G-Protein-gekoppelter Rezeptor (kurz GPCR, für englisch „G-protein coupled receptor“) wird in der Biologie für Rezeptoren in der Zellmembran verwendet, die Signale über GTP-bindende Proteine (kurz G-Proteine) in das Zellinnere weiterleiten (Signaltransduktion). In der Neurobiologie wird für G-Protein-gekoppelte Rezeptoren häufig der Begriff metabotrope Rezeptoren verwendet, um sie von einem anderen Rezeptortyp, den ligandengesteuerten Ionenkanälen (Ionotroper Rezeptor), zu unterscheiden.

• pro - für Nichtt-Naturwissenschaftler bestimmt harter Stoff, imho aber sehr gut und auch verständlich dargestellt. In den modernen Biowissenschaften und der Pharmakologie kommt man zudem an diesen Rezeptoren kaum noch vorbei, entsprechend wichtig ist auch das Thema. -- Achim Raschka 00:59, 30. Apr 2006 (CEST)

• pro Ich war gespannt, wie Achim das meinte. Für mich als Volllaien durchaus mit Arbeit versehen, manche speziellere Passage zwingt mich auch schlicht&ergreifend in die Knie. Ist aber relativ wurscht, da für mich deutlich der Eindruck 'rüberkommt, Autor&Artikel bemühen sich um die Oma, so gut es eben geht. Was die inhaltliche Korrektheit angeht, erlaube ich mir natürlich überhaupt kein Urteil, ich bin nur froh, dass die geschilderten Prozesse in meiner Biomasse ganz automatisch ablaufen, ohne dass in meiner Chefetage ständig nachgefragt werden muss („Milz an Großhirn...“ :-) --Rainer Lewalter 03:45, 30. Apr 2006 (CEST)

• dickes pro, fand schon im review, dass der Artikel sehr schön ist, insbesondere teile ich Rainers Ansicht hinsichtlich des Bemühens um Verständlichkeit. Inhaltlich mache ich mir angesichts des Hauptautoren sowieso keinen Kopf. JHeuser 07:30, 30. Apr 2006 (CEST)
• Guter Grundlagenartikel, für Leute ohne biochemische Grundkenntnisse sicherlich nicht bis ins Detail verfolgbar, aber die Einleitung ist zumindest omatauglich. --Uwe G. ¿⇔? 22:43, 4. Mai 2006 (CEST)
•  Pro für mich als Laie ein sehr sehr guter Artikel. Julius1990 10:44, 30. Apr 2006 (CEST)
• Klares Pro - fachlich sauber ausgearbeitet, toll bebildert, sprachlich ohne Beanstandungen. Mit großem Potential für höhere Weihen. --Uwe 15:09, 30. Apr 2006 (CEST)
• Pro. Gut strukturierter Artikel. Eingängig geschrieben (was für dieses doch recht abstrakte Thema doch recht schwierig ist). --Kalumet. Kommentare? 15:28, 3. Mai 2006 (CEST)
• Pro - is eigentlich alles gesagt. Schöner, interessanter Artikel. Lennert B d·c·b 16:00, 3. Mai 2006 (CEST)

Diese Diskussion ist beendet. --JHeuser 06:57, 7. Mai 2006 (CEST)

Bildunterschrift

Die Bildunterschrift des Aktivierungs-Schemas unter Punkt (4) ist unverständlich, bzw. scheint da ein Wort zu fehlen. Gancho 17:53, 13. Mai 2006 (CEST)

Erledigt, es war ein Wort zuviel. --Svеn Jähnісhеn 23:34, 20. Mai 2006 (CEST)

Exzellenz-Kandidatur (abgeschlossen)

Beginn der Kandidatur: 7. Mai

• pro - gerade in die Lesenswerten gewählt. Ich will nicht behaupten, dass der Artikel jede Oma mitnimmt, ich finde aber, dass er sich ob des doch sehr speziellen Lemma alle Mühe dazu gibt. Imho ist dies ein ausgezeichneter Artikel, der auch das grüne Baüüerl verdient. -- Achim Raschka 09:59, 7. Mai 2006 (CEST)
•  Pro - so ein Thema kann nicht mehr jede Oma mitnehmen, aber enthält in einer Übersicht alles, was man zu GPCRs wissen sollte. --Jan R 16:45, 8. Mai 2006 (CEST)
• pro... und trotzdem bleibe ich, als biochemische Großmutter, bei meiner Ansicht aus der KLA-Abstimmung: Oma fühlt sich von den Kinners sehr liebevoll auf den Ausflug mitgenommen, und wenn die Kleinen sich auf ihrem Spielplatz etwas austoben ;-), muss ich ja nicht alles mitmachen. mE vorbildhaft für naturwissenschaftliche Heavy-Weight-Lemmata, merci!, --Rainer Lewalter 16:53, 8. Mai 2006 (CEST)
• Pro also fundierter und näher an der aktuellen Forschung gehts wohl kaum - das ist das geile an WP. Lennert B d·c·b 22:22, 8. Mai 2006 (CEST)
• Pro, keine Frage. --Kalumet. Kommentare? 22:40, 8. Mai 2006 (CEST)

• pro Das ist ähnlich wie bei der Mitralklappe. Der Artikel legt die Meßlatte für Exzellente wieder mal ein Stückchen höher. Er ist sehr technisch und man kann was daraus lernen. Aber ist es zunehmend nix für die Oma. Egal: sehr schöner Artikel mit informativen Bildern. Ein passender Einstieg in das Thema intrazellulärer Signalpfad... Gruß -- Andreas Werle 10:31, 9. Mai 2006 (CEST)
• pro anspruchsvolles Thema, sehr aktuell, gut geschrieben, gefiel mir schon im review und bei den KLA ausnehmend gut. JHeuser 20:06, 9. Mai 2006 (CEST)
• pro Dieser Artikel hat „exzellent“ verdient: umfassend, auf dem neuesten Stand, verständlich... --Hermann Thomas 16:08, 12. Mai 2006 (CEST)
• pro ausführlich wie ein fachartikel, gleichzeitig für vorgebildete gut verständlich formuliert und angenehm zu lesen wg der hervorragenden bebilderung. Redecke 01:32, 13. Mai 2006 (CEST)
• pro super Artikel, da brauche ich nicht mehr sagen --Luziferase 19:38, 15. Mai 2006 (CEST)
• pro Habe den Artikel für meine Diplomprüfungsvorbereitung im Fach molekulare Entwicklungsbiologie als extrem hilfreich empfunden, und das, obwohl es mir an Literatur nicht mangelt. Das sagt doch wohl alles. Exzellente Zusammenfassung! -- Felix Kleine Borgmann 19. Juni 2006

Second Messenger

es gibt so ein Artikel... "Second Messenger" könnte man es nicht dazu verbinden? Danke

 Seagull

Es sind zwei grundverschiedene Begriffe. --Svеn Jähnісhеn 18:40, 4. Jul 2006 (CEST)

Entdeckung

Hallo, weiß einer, wann diese Rezeptoren endeckt wurden? (Typische Frage von AdT-Fuzzies) --Wendelin _Kritik? 23:23, 24. Okt. 2006 (CEST)

Kommt drauf an, wie die Frage gemeint ist: Rhodopsin als erster GPCR-Rezeptor durch Boll (1876); das Rezeptor-G-Protein-Prinzip Ende der 60er bis Ende der 70er durch Alfred Gilman und Martin Rodbell (dafür Nobelpreis 1994). Was heisst eigentlich AdT? --Jan R 09:55, 25. Okt. 2006 (CEST)

Moin Jan, AdT heißt Artikel des Tages. Hmm, schön wäre es, wenn in diesem Artikel ein Tag vermerkt wäre, wann das Prinzip der GPCR entdeckt respektive veröffentlicht wurde. --Wendelin _Kritik? 11:33, 25. Okt. 2006 (CEST)

Einen einzigen Tag bzw. eine Publikation kann man leider nicht so sagen, wie oft in der Wissenschaft. Das grundsätzlich Prinzip mit Rezeptor hat Rodbell Ende der 60er ausgeführt, nur die Komponenten waren unbekannt. Gilmann hat Ende der 70er bis Anfang der 80er einzelne Elemente publiziert (G-Porteine etc.), aber in mehreren Publikationen. Erst der Gesamtzusammenhang ergibt das heutige Bild. --Jan R 13:32, 25. Okt. 2006 (CEST)

GPCR bei Pflanzen

Im Artikel steht, GPCR wurden bei Pflanzen kürzlich entdeckt. Da das aber sehr ungenau ist und spätestens in einigen Jahren total falsch, wärs wohl besser eine Jahreszahl anzugeben. Bei PubMed hab ich auf die Schnelle nichts gefunden. Kann das bitte wer konkretisieren? --85.124.101.1 13:34, 3. Mai 2007 (CEST)

Entdeckt wurden die MLO-Rezeptoren, die strukturell und funktionell den GPCRs zugeordnet werden können, zwar schon früher, doch die erstmalige Erwähnung als mögliche GPCRs datiert AFAIK auf 1999 (Devoto A. et al. J. Biol. Chem., 274, 34993-35004). --Svеn Jähnісhеn 00:05, 4. Mai 2007 (CEST)

Ah, vielen Dank :) Vielleicht noch im Artikel Ende der 1990er Jahre oder gleich 1999 erwähnen? Ich find es schon interessant wann etwas nachgewiesen wurde. --85.124.97.191 00:45, 4. Mai 2007 (CEST)

Verstärkung, Thermodynamik

• Mir fehlt, dass ein einzelner Rezeptor viele G-Proteine aktivieren und so eine erste Signalverstärkung bewirken kann. Gibt es dazu Zahlenangaben?
• Welchen Sinn hat der explizite Hinweis „und dabei den Gesetzen der Thermodynamik unterliegt“?

Spid 19:37, 4. Mai 2007 (CEST)

Zahlenangaben, sofern in der Fachliteratur vorhanden, variieren in Abhängigkeit vom Rezeptor und vom G-Protein (Gi-Proteine haben beispielsweise einen bis zu 20-fach höheren Turnover als andere G-Proteine). Eine Verallgemeinerung ist daher nicht möglich. Dennoch könnte man ein Zahlenbeispiel für den Prototyp der GPCRs, das Rhodopsin, bringen. --Svеn Jähnісhеn 22:04, 4. Mai 2007 (CEST)

Die Thermodynamik kann man ganz simpel als folgende Gleichgewichtsreaktion verstehen: Rezeptor + Agonist <=> Rezeptor-Agonist-Komplex. Oder ein wenig komplexer so. Darf ich deinen Hinweis als Anregung verstehen, diese Modelle im Artikel zu erwähnen? --Svеn Jähnісhеn 22:04, 4. Mai 2007 (CEST)

Ah, verstehe, danke. Du willst damit also auf Modelle zur Affinität usw. hinweisen? Das „Gesetze der Thermodynamik“ fand ich zu allgemein; denen folgt irgendwo jede Reaktion. Beim Lesen dachte ich deshalb, dass du bei der Formulierung irgendwas bestimmtes im Hinterkopf gehabt haben musst... eher verwirrend wenn man nicht ohnehin weiß, was.

Irgendwas zum turnover fände ich ganz nett, will aber nicht selbst irgendwas halbgares in den schönen Artikel reindoktern;)--Spid 16:03, 5. Mai 2007 (CEST)

Alternative Signaltransduktionswege

Sollte man nicht zwischen GPCRs und 7TM-Rezeptoren unterscheiden. Ich bin der Meinung Frizzled wäre kein GPCR... Bin mir aber nicht 100% sicher... -fou-rire 18:35, 23. Jun. 2007 (CEST)

Die Frizzeled sind zusätzlich zur Aktivierung des beta-Cateninwegs in der Lage G-Proteine vom Typ q/11 zu binden. Damit trifft für sie die Definition der GPCR zu. Aber dein Kommentar geht in die richtige Richtung ... --Svеn Jähnісhеn 12:07, 11. Nov. 2007 (CET)

GPCRs <> 7-TM

Noch einmal: GPCRs sind nicht identisch mit 7-TMs! Sie stellen nur die mit Abstand größte Gruppe der 7-TMs dar. Also zusammen mit beispielsweise Bacteriorhodopsin (einer Protoenpumpe) oder DARC (einem Chemokinfänger). Daher werfen auch viele Wissenschaftler beide Begriffe in einen Topf. Einige andere nennen sie gleich heptahelikale Rezeptoren, was spätestens mit dem Bekanntwerden der Kristallstrukturen von Rhodopsin und des Beta-2-Adrenozeptors als überholt gelten sollte. Aber müssen wir diese Fehler auch machen? --Svеn Jähnісhеn 12:07, 11. Nov. 2007 (CET)

Struktur

Im Oktober 2007 wurde in drei wissenschaflichen Arbeiten des Kobilka-Labors die erfolgreiche Ermittlung der Kristallstruktur des β₂-Adrenozeptors gezeigt. Dennoch scheint es unterschiedliche Interpretationen der Ergebnisse zu geben. Für mich konnte keine dieser Arbeiten einen nennenswerten Beitrag zur Aufklärung der Topologie der dritten intrazellulären Schleife (IL3) liefern. Wie auch. In der Rasmussen-Publikation (Nature) wurde ein Antikörper, der gegen 12 Aminosäuren der IL3 gerichtet war, verwendet. Strukturinterpretationen sind für diesen Teil somit wertlos. Obendrein konnten die verbleibenden Aminosäuren der IL3 nicht aufgelöst werden. Die Arbeiten von Cherezov und Rosenbaum (beide Science) nutzten chimäre Proteine, bei denen das leicht zu kristallisierdende T4 Lysozym die IL3 ersetzt (Fußnote 25 bei Cherezov)! Also auch nix mit IL3-Topologie. Wenn jemand (siehe Versionsgeschichte des Hauptartikels) etwas anderes meint, heraus damit. --Svеn Jähnісhеn 22:59, 20. Nov. 2007 (CET)

Der IL3 ist ein Buch mit sieben Siegeln; bisher kannte man nur die Kristallsstruktur von Rhodopsin, in der dieser Loop sehr klein ist. Das Rasmussen-Papier ist recht nett, aber ganze Teile des Rezeptors fehlen, ist die Aussagekraft gering und die Kristallstruktur als Template ungeeignet. Das einzige, was man erkennen kann ist, dass sich beim Alignen von Protein 1U19 mit 2R4R die TM-Bereiche sehr gut überlagern, weshalb man annehmen kann, dass die GPCR-Modelle auf der Basis von Rhodopsin nicht so ganz falsch gewesen sein müssen. Die Kristallstruktur des Proteins 2RH1 ist wie bereits erwähnt eine Chimäre aus dem originären β₂-Rezeptor und viralem Lysozym. Dabei stellt die Topologie des IL3 natürlich nicht die Topologie des echten Loops dar, gibt aber schon einmal eine ungefähre Vorstellung von dessen Lage. Der IL3 ist recht kurz beim originären Rezeptor, aber es gibt GPCRs, bei dem dieser Teil 150 bis >200 Aminosäuren groß ist, als Beispiel seien hier die Muskarinrezeptoren genannt. Bisher war es nicht möglich, solche Bereiche zu modellieren, Modelle sahen zum Teil sehr merkwürdig aus (siehe Pedretti et al.), weil z. B. Teile des Loops in den Membranberich reinragen . Das Protein 2RH1 gibt zum ersten Mal eine Vorstellung, wie dieser Loop aussehen könnte und erste Ansätze, diesen Bereich auch zu modellieren, auch wenn die Verwendung als Template zum jetzigen Zeitpunkt eher zweifelhaft ist. Allerdings liefert dies die Möglichkeit, den Loop beim Homologiemodelling im intrazellulären Bereich zu fixieren, ohne dass er in den Tm-Bereich wandern, weil da im Vakuum noch Platz ist. Aber ich schlage vor, lad Dir die PDBs mal runter und schau sie Dir selbst an, entferne aber alle überflüssigen Ketten. Paper lesen ist eine Sache, 3D-Struktur anschauen die andere. --131.220.136.195 11:35, 21. Nov. 2007 (CET)

Uni Bonn, Muskarinrezeptoren mit großer IL3 - das kann doch nur jemand aus dem Umfeld von Klaus Mohr sein? Deinem Vorschlag bin ich bereits Ende Oktober nachgegangen und das Resultat hattest du selbst bereits vor einer Woche in den Artikel eingebunden (Bild:Beta-2 adrenergic receptor.png). Wie du selber schreibst, kann man den T4L-Teil bestenfalls als ein Modell für die IL3 betrachten. Selbst dazu wird es unterschiedliche Meinungen geben. Da nun die Wikipedia nicht der Theorienfindung dienen soll (siehe WP:WWNI), befürworte ich stark, eine mögliche Bedeutung für Modeller nicht im Artikel zu diskutieren. --Svеn Jähnісhеn 13:46, 21. Nov. 2007 (CET)

Dicht dran, gut kombiniert.;) Wenn man es streng nimmt, ist Modelling generell eine einzige Theoriefindung, weil die Modelle todsicher nicht der Realität entsprechen (Stichwort Strukturbrecher an unterschiedlichen Stellen). Aber es ging ja weniger darum, in WP eine Theorie zu finden, sondern die Theorie darzustellen (und dabei zu sagen, dass diese Theorie nicht von allen geteilt wird). Ferner kann man jetzt über die Aussagekraft von Kristallstrukturen streiten; im Grunde wurden die Proteine so misshandelt, dass es sich gewiss nicht mehr um physiologische Bedingungen handelt; aber es ist das Beste, was man hat. Aber vor dem T4-Teil konnte man beim IL3 nur eins machen: wegschneiden. Im Grunde ist dies immer noch die sinnvollste Vorgehensweise, aber jetzt kann man ihn "spaßeshalber" mal drin lassen, ohne dass er einem das gesamte Modell versaut. Aber das sind, wo Du recht hast, jetzt wirklich Diskussionen über aktuelle Forschung, die hier, trotz des Anspruchs von WP auf Aktualität, nicht hingehören. --131.220.136.195 13:32, 22. Nov. 2007 (CET)

Retinol oder Retinal?

Hallo, mich wundert die Angabe, dass an das Rhodopsin Retinol gebunden sein soll. In allen Quellen, die mir zur Verfügung stehen, finde ich nur, dass Retinal gebunden ist. (Funktion; Schritt 2: Ligandenbindung) Schönen Abend noch --Baertierchen 22:01, 18. Mai 2010 (CEST)

Du hast recht, natürlich handelt es sich um Retinal. --Svеn Jähnісhеn 22:40, 18. Mai 2010 (CEST)

Abbildungen

Schema einer siebenfach-transmembranen, α-helicale Struktur eines G-Protein-gekoppelten Rezeptors

G-Protein-gekoppelten Rezeptor. Schematischer Ablauf der Aktivierung. Unter C der Guanylylcyclase-Weg (Cyclisches Guanosinmonophosphat) und unter D der Cyclische Adenosinmonophosphat-Weg

Ich war mal so frei, und habe die zwei nebenstehenden Abbildungen aus dem herauskommentiert. Grund: Sie wurden irgendwann einmal (blind ?) mitten in einen Absatz gesetzt und passen so nicht zum Textfluss. Qualitativ sind sie nicht schlecht und optisch allemal ansprechender als meine angestaubten Tonnenmodelle. Die Darstellung lenkt jedoch IMHO von dem zu vermittelnden Inhalt ab. --Svеn Jähnісhеn (Diskussion) 22:13, 16. Dez. 2012 (CET)

Retinal selbst ist nicht transmembranär

Der vorhergehende Satz lautet: "Abhängig von der Art des Liganden erfolgt die Bindung an den Rezeptor an seine extrazellulären, transmembranären oder intrazellulären Domänen:"

Dies bedeutet, dass im Falle des Lichtrezeptors Rhodopsin die 7 Helices die "transmembranären Domänen" sind. Das von den 7 Helices eingeschlossene Retinal ist selber nicht transmembranär. Siehe auch Bild in Rhodopsin, möglichst in bildschirmfüllendem Format.--Saidmann (Diskussion) 12:49, 21. Nov. 2014 (CET)

Der Ligand 11-cis-Retinal ist fester Bestandteil des transmembranären Lichtrezeptors Rhodopsin (Abb. a).

Dass das kovalent im Inneren des Rhodopsin gebundene und damit sterisch unzugängliche Retinal unmittelbar mit dem G-Protein interagieren soll (Bedeutung des Begriffs Ligand)), erschliesst sich mir nicht - und liesst sich in der Literatur und den Artikeln Phototransduktion sowie Rhodopsin ganz anders:

"Das aktivierte Rhodopsin bindet dann die alpha-Untereinheit des Transducins."

"Am Beginn des Sehprozesses führt der Einfall von Licht zu einer Isomerisierung des Retinals (11-cis-Retinal → all-trans-Retinal). Hierfür wird nur ein Photon ausreichender Energie benötigt. Dadurch kommt es zu einer Konformationsänderung im Opsin, was über die Aktivierung des G-Proteins Transducin zur Auslösung der visuellen Signaltransduktion führt."

Also bitte Retinal als Ligand des G-Proteins ganz schnell belegen - bis dahin nehme ich diesen Punkt aus dem Artikel. Gruß, --Burkhard (Diskussion) 07:05, 23. Nov. 2014 (CET)

Seit wann muss ein Ligand "unmittelbar mit dem G-Protein ineragieren"? Kannst Du Belegen, dass dies Bestandteil der Definition für "Ligand" ist? Ich behaupte: garantiert nicht. Vermutlich interagiert kein Ligand unmittelbar mit dem G-Protein. Liganden binden an ein Rezeptormolekül, bewirken eine Konformationsänderung des Rezeptors und ermöglichen dadurch eine Interaktion mit dem G-Protein. Das würde ich in jedem Fall als "mittelbare" Interaktion bezeichnen, nicht als unmittelbare. Bei Retinal ist es nun so, dass die Interaktion nicht durch die Bindung mit dem Rezeptor ausgelöst wird, sondern durch die Isomerisierung. Meiner Meinung nach genügt das noch der Definition. So habe ich es im Studium gelernt. Natürlich gibt es auch einen Literaturbeleg, nämlich hier. --Pyrrhocorax (Diskussion) 12:17, 23. Nov. 2014 (CET)

So eine Riesendiskussion für eine so kurze Formulierung. Einfach die zahlreichen Kristallstrukturen anschauen, dann wird klar warum der Rezeptor, aber nicht der Ligand transmembranär ist. Um mehr geht es hier gar nicht. --Svеn Jähnісhеn (Diskussion) 14:05, 23. Nov. 2014 (CET)

Genau. Zum Glück hat Pyrrhocorax dies inzwischen auch bemerkt. Damit ist der Grund für diesen Thread eigentlich erledigt. Nun kam aber Burkhard hinzu und hat den berechtigten Einwand gemacht, dass Retinal kein Ligand im üblichen Sinne ist. Die hier zitierte Sonderbedeutung von Ligand ist zwar in der Literatur vorhanden, nicht aber in in den WP-Definitionen von Ligand. Deshalb dürfte die Sonderbedeutung hier auch nicht benutzt werden, da jetzt der Leser beim Nachschlagen von Ligand "auf Grund läuft".

Da du, Sven, das neben dem Text stehende Bild hergestellt hast, gleich eine Frage dazu: Du hast hier die Bildunterschrift für den Teil a des Bildes relativ zum Originalbild abgeändert. Warum - und inwiefern hälst du das für gerechtfertigt?--Saidmann (Diskussion) 14:28, 23. Nov. 2014 (CET)

Es ging oder geht hier um zwei Dinge:

1) Wofür steht "transmembranär"? In der ursprünglichen Version hieß es missverständlich, Retinal sei transmembranär. Saidmann verbesserte, der Rezeptor Opsin sei transmembranär. Das ist zwar richtig, aber trägt keine Information, da Rezeptoren ohnehin in aller Regel Transmembranproteine sind. Der Autor wollte vermutlich in der Aufzählung Retinal als Beispiel eines Liganden nennen, der in der transmembranären Domäne steckt (ohne natürlich selbst transmembranär zu sein). Die jetzige Formulierung lässt keine Missverständnisse in der einen oder anderen Richtung zu. 2) Ist Retinal ein Ligand? Die Definition in WP besagt, dass der Ligand ein Stoff sei, der an ein Zielprotein (z. B. einen Rezeptor) binden könne. Ich sehe nicht, warum Retinal dieser Definition nicht genügen soll. --Pyrrhocorax (Diskussion) 17:17, 23. Nov. 2014 (CET)

Warum kann denn das so schwer sein? Wenn ich eine Reise von Hamburg nach Berlin mache, ist Berlin das Ziel. Wenn ich allerdings schon in Berlin bin - und zudem noch dort im Gefängnis sitze - kann Berlin wohl nicht als Ziel bezeichnet werden. Außerdem gehört es zur Grundcharakteristik eines Liganden, dass er erst durch sein Andocken an den Rezeptor eine Signalkaskade auslöst. Also nicht bereits schon vorher als Schlüssel im Schloss steckt. Da in der Literatur drei funktionelle Fachtermini für Retinal im Opsin gängig sind, nämlich Funktionelle Gruppe, Cofaktor, und Ligand, wäre die eleganteste - weil für alle Leser korrekteste - Lösung, einen funktionellen Begriff für Retinal wegzulassen. Was Retinal macht, ist ja bereits klar durch die Beschreibung in den diversen Artikeln.--Saidmann (Diskussion) 17:45, 23. Nov. 2014 (CET)

Das Wort "Zielprotein" stammt nicht von mir. Es ist ein höchst schwammiger Begriff und nicht ohne Grund gibt es keinen Wikipedia-Artikel mit diesem Lemma. Ich kenne keine belastbare Definition für den Begriff. So wie ich es kenne, umschreibt das Wort lediglich das Protein, das zu einem bestimmten Reaktionspartner gehört. Ich glaube nicht, dass man daraus ableiten kann, ob dieser Reaktionspartner daran gebunden ist oder nicht. Es hilft auch nicht weiter, wenn Du hier Plausibilitätsbetrachtungen anführst oder Äpfel mit Birnen vergleichst. Zu den drei Fachbegriffen, die angeblich in der Literatur verwendet werden: Funktionelle Gruppe ist falsch. Cofaktor ist formal richtig, auch wenn ich es für ungewöhnlich halte (Wenn es einen Cofaktor gibt, muss es auch einen "Faktor" geben. Welcher ist das?). Ligand ist richtig. Und zu Deinem letzten Punkt: In diesem Artikel können wir nicht auf die Bezeichnung Retinals als Ligand verzichten, den hier geht es um den G-Protein-gekoppelten Rezeptor. In Bezug auf einen Rezeptor ist das bindende Molekül natürlich ein Ligand. Die einzige Alternative zu dieser Sprechweise ist in diesem Artikel die ersatzlose Streichung des Beispiels (weil man der Ansicht ist, dass das Begriffspaar Retinal/Opsin kein Beispiel für Ligand/Rezeptor ist). --Pyrrhocorax (Diskussion) 19:18, 23. Nov. 2014 (CET)

Hallo, Retinal ist eine prosthetische Gruppe (eine funktionelle Gruppe des Rezeptors), kein Cofaktor und aufgrund trotz der kovalenten Bindung m.E. auch k ein Ligand. Retinal befindet sich, als kovalent gebundener Bestandteil des Transmembranproteins, in der Membran, also nicht trans-, zudem ist Retinal zu kurz für einen Membrandurchgang. Längst nicht alle Rezeptoren sind Transmebranproteine, z. B. die verschiedenen Steroidrezeptoren. Grüße, --Ghilt (Diskussion) 00:22, 24. Nov. 2014 (CET)

Sowohl der Begriff "Zielprotein" als auch "Ligand" (im Zusammenhang mit Retinal) finden ihren Ursprung in der englischsprachigen Fachliteratur. Kaum ein Review zu Mechanismen der Ligand-Rezeptor-Wechselwirkungen kommt ohne das Wort "target" aus. Auch in en:Ligand (biochemistry) wird der Term "target protein" genutzt. Auch mit dem zweiten Wortteil von "Zielprotein" habe ich kein Problem. Die kovalente Bindung von Retinal verändert genausowenig den Status des Rhodopsins als Protein, wie die N-Glycosylierungen an dessen extrazellulärer Oberfläche (siehe en:Protein). Zweiter Punkt: "Ligand". Der Begriff "prosthetische Gruppe" ist in diesem Fall proteinbiochemisch korrekt (siehe en:Protein). Nur wird dieser Begriff in der aktuellen Fachliteratur zu Rhodopsin kaum noch benutzt. Dafür findet man in aktuellen Artikeln den Ligandenbegriff im Zusammenhang mit Rhodopsin deutlich häufiger. Der Begriff "Ligand" ist nicht verkehrt (oder wir würden Heerscharen von Wissenschaftlern, Nobelpreisträgern eingeschlossen, terminologische Unkenntnis unterstellen). Auch der Artikel Ligand (Biochemie) schließt eine kovalente Bindung nicht aus. --Svеn Jähnісhеn (Diskussion) 10:03, 24. Nov. 2014 (CET)

Ich bin hier raus, wurde ohne Diskussion revertiert. Grüße, --Ghilt (Diskussion) 11:54, 24. Nov. 2014 (CET)

Nun mal nicht gleich beleidigt sein. Ich dachte, dass durch meine Begründung klar ist, warum ich revertiert habe, und zwar aus zwei Gründen: 1) Die Quelle nennt Retinal ausdrücklich "Ligand" und nicht "Prosthetische Gruppe". Würde man die Begriffe austauschen, ohne den Einzelnachweis anzupassen, dann stünde ein falscher Literaturbeleg im Artikel. 2) Zusammenhang: Der betreffende Satz steht im Artikel als ein Beispiel dafür, wo ein Ligand gebunden sein kann. Wenn man der Meinung ist, dass man Retinal nicht "Ligand" nennen darf, dann sollte man die gesamte Passage aus dem Artikel löschen. Tauscht man nämlich nur "Ligand" durch "Prosthetische Gruppe" aus, dann steht da plötzlich ein Satz als Beispiel, der kein Beispiel ist, weil er nicht über Liganden spricht.--Pyrrhocorax (Diskussion) 14:04, 24. Nov. 2014 (CET)

Eine epidemische Falschanwendung eines Fachterminus müssen wir nicht mitmachen, sofern es Alternativen gibt. Und die gibt es. Ich unterstütze die Anregung von Pyrrhocorax, das Beispiel hier zu streichen und durch eines der Beispiele für Bildteil a zu ersetzen, für die Bildteil a ursprünglich gemacht war: "a) Bindung von Aminen, Nucleotiden und Lipiden."--Saidmann (Diskussion) 14:52, 24. Nov. 2014 (CET)

Nochmal: Es ist keine "Falschanwendung eines Fachterminus" (siehe Post von Sven Jähnichen). Ich wollte auch nicht anregen, die Passage zu löschen (sonst hätte ich es selbst getan). Nur: Wer der Ansicht ist, dass hier der Begriff falsch verwendet wird, sollte für eine Löschung (nicht für eine Umbenennung) argumentieren. Ich selbst bin natürlich dafür, dass es stehen bleibt, denn ich halte es für völlig korrekt. (BTW: Hast Du nicht kürzlich jemandem vorgeworfen, dass er Dich absichtlich missversteht?) --Pyrrhocorax (Diskussion) 15:26, 24. Nov. 2014 (CET)

Die prosthetische Gruppe wurde mit Nachweis eingefügt, wodurch die Information 'Ligand' nicht verloren geht, da der Satz sich immer noch im gleichen Abschnitt befindet. Revertierungen meiner Beiträge in Artikeln mit begleitenden Diskussionen, bei denen Grundstudiumswissen erst noch vermittelt werden muss, führen bei mir zu einer Meidung der Teilnahme an der Diskussion, denn ich möchte meine Zeit hier lieber sinnvoll nutzen. Der Artikel Ligand (Biochemie) wird demnächst präzisiert. Grüße, --Ghilt (Diskussion) 16:00, 24. Nov. 2014 (CET)

Kinder, was ist das für ein überflüssiger Edit-War und eine überflüssige Diskussion. Könnt ihr euch als Kompromiss nicht auf eine Formulierung wie "der als prosthetische Gruppe fungierende, kovalent gebundene Ligand ..." einigen? Dann wird keiner benachteiligt. Eine "epidemische Falschanwendung eines Fachterminus" sehe ich nicht - man könnte höchstens über eine Dehnung des Begriffs diskutieren. Zur Abb. a: Sie veranschaulicht die Lage der Ligandenbindungsstelle rhodopsinähnlicher GPCRs (wozu nun mal die Amin- , Nucleotid- und Lipidrezeptoren zählen), welche mit der Lage des Retinols im Rhodopsin übereinstimmt. Daher die Erweiterung um einen (wichtigen) Punkt. --Svеn Jähnісhеn (Diskussion) 17:31, 24. Nov. 2014 (CET)

Nach BK: Du hast vollkommen recht. Es lohnt nicht, sich wegen des Einwurfs von oben herab ("Grundstudium") aufzuregen (auch wenn ich jetzt etliche Zeilen umsonst geschrieben und Pubmed umsonst durchwühlt habe). Deine Formulierung finde ich gut. --Pyrrhocorax (Diskussion) 18:08, 24. Nov. 2014 (CET)

Die Satzkonstruktion könnte noch auf "die als Ligand fungierende...prosthetische Gruppe" geändert werden, da 'prosthethische Gruppe' sich auf die Zusammensetzung bezieht, 'Ligand' dagegen auf die Funktion. Mit dem didaktischen Hendiadyoin kann ich leben...Grüße, --Ghilt (Diskussion) 18:43, 24. Nov. 2014 (CET)

Animation lenkt ab

Ich finde die Animation des Proteins sehr ablenkend. Kann die Animation durch ein statisches Bild ersetzt werden? --GeographyMasterDE (Diskussion) 22:14, 24. Jan. 2022 (CET)