In der Anfangsphase fand der Wettbewerb noch auf gesamtdeutscher Ebene in Turnierform statt. Später wurde der Sieger aus den jeweiligen Bezirkspokalsiegern ermittelt. Der Stellenwert des ostdeutschen Nachwuchspokals war mit dem heutigen DFB-Junioren-Vereinspokal vergleichbar.
In jenen sieben Spielzeiten, in denen die Junioren- von der Nachwuchsoberliga ersetzt wurde (1976/77 bis 1982/83), und die besten Juniorenspieler der zehn staatlich geförderten Fußballclubs und der ihnen gleichgestellten SG Dynamo Dresden in der Juniorenliga (AK 17/18) antraten, stammten die Sieger des Wettbewerbs ausschließlich aus Betriebssportgemeinschaften. Ab 1983/84 durften laut DFV-Beschluss wieder alle Junioren - und Jugendmannschaften am Junge Welt- (AK 17/18) und am FDJ-Pokal (AK 15/16) teilnehmen. Damit begann erneut die Dominanz der Fußballclubs. Erfolgreichste Teilnehmer waren der BFC Dynamo (später FC Berlin) mit fünf Triumphen sowie mit jeweils vier Siegen der 1. FC Lokomotive Leipzig und Dynamo Dresden.
| Titelträger 1949–1959
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Titelträger 1960–1970
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Titelträger 1971–1981
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Titelträger 1982–1991
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