Im Landkreis Regen gibt es 14 Naturschutzgebiete. Zusammen nehmen sie im Landkreis eine Fläche von 479 Hektar ein. Das größte Naturschutzgebiet ist das 1939 eingerichtete Naturschutzgebiet Großer Arbersee und Arberseewand.[1]
| Name
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Bild
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Kennung
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Kreis
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Einzelheiten
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Position
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Fläche
Hektar
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Datum
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Bachlerner Moos 
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NSG-00626.01
WDPA: 318152
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Landkreis Regen
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8,65
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1993
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| Birkenbruchwald Oed
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NSG-00214.01
WDPA: 162431
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Landkreis Regen
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18,77
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1984
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| Großer Arbersee und Arberseewand
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NSG-00021.01
WDPA: 163348
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Landkreis Regen
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148,57
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1939
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| Großer Pfahl und Pfahlriegel St. Antoniuspfahl
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NSG-00012.01
WDPA: 81769
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Landkreis Regen
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Der Pfahl, ein Höhenzug im Bayerischen Wald
Viechtach
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24,03
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1939
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| Hof-Pfahl
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NSG-00013.01
WDPA: 81905
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Landkreis Regen
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Allersdorf
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15,93
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1939
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| Kiesau
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NSG-00448.01
WDPA: 164068
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Landkreis Regen
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9,59
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1993
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| Mitternacher Ohe
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NSG-00240.01
WDPA: 164637
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Landkreis Freyung-Grafenau, Landkreis Regen
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LK Freyung-Grafenau 76,70 ha, LK Regen 30,28 ha
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106,98
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1985
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| Moosbacher Pfahl
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NSG-00011.01
WDPA: 82182
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Landkreis Regen
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Moosbach
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10,98
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1939
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| Pfahl bei der Ruine Weißenstein
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NSG-00028.01
WDPA: 82319
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Landkreis Regen
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Ruine Weißenstein
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4,61
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1940
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| Riesloch
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NSG-00016.01
WDPA: 318989
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Landkreis Regen
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Bodenmais
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33,40
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1939
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| Rotfilz
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NSG-00095.01
WDPA: 82449
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Landkreis Regen
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12,88
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1973
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| Stockau-Wiesen
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NSG-00134.01
WDPA: 82647
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Landkreis Regen
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Zwiesel
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10,99
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1980
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| Stockwiesen bei Schollenried
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NSG-00178.01
WDPA: 82650
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Landkreis Regen
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12,33
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1983
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| Todtenau und umgebende Auen
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NSG-00188.01
WDPA: 82719
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Landkreis Deggendorf, Landkreis Regen
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LK Deggendorf 6,71 ha, LK Regen 138,11 ha
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⊙
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144,82
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1983
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| Legende für Naturschutzgebiet
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