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Pegivirus

Gattung der Familie Flaviviridae

Pegivirus ist die vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) anerkannte Bezeichnung für eine Gattung von einzelsträngigen RNA-Viren positiver Polarität aus der Familie der Flaviviridae.[3][4][5][6] Der Name ist wie folgt abgeleitet: „Pe“ steht für „persistent“, „g“ ist ein Hinweis auf Hepatitis G, der durch die Spezies Pegivirus C (veraltet GB-Virus C) hervorgerufenen Erkrankung.

Pegivirus
Systematik
Klassifikation: Viren
Realm: Riboviria[2]
Reich: Orthornavirae[1]
Phylum: Kitrinoviricota[1]
Klasse: Flasuviricetes[1]
Ordnung: Amarillovirales[1]
Familie: Flaviviridae
Gattung: Pegivirus
Taxonomische Merkmale
Genom: (+)ssRNA linear
Baltimore: Gruppe 4
Symmetrie: ikosaedrisch, komplex
Hülle: vorhanden
Wissenschaftlicher Name
Pegivirus
Links
ICTV Taxon History: 201903139
NCBI Taxonomy: 1307799
ViralZone (Expasy, SIB): 4860
Schemazeichnung eines Virusteilchens der Gattung Pegivirus (Querschnitt und Seitenansicht)
Genom-Karte von Viren der Gattung Pegivirus

Pegivirus A

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Pegiviren der Typusspezies Pegivirus A (veraltet GB-Virus A) wurden alle bei Primaten (Menschen, Schimpansen und mehrere Arten von Neuweltaffen) isoliert.

Die erste beschriebene Sequenz zu dieser Spezies ist U22303 (Isolat A/T1053, zu SPgV), sie wurde ihr daher als Typus zugewiesen.[7]

Pegivirus B

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Eine weitere Spezies innerhalb der Pegiviren wird als Pegivirus B (veraltet GB-Virus D) bezeichnet. Der ursprüngliche Namensvorschlag enthielt nur eine einzige Viruslinie, von der aber ein vollständiges Genom verfügbar war. Sie wurde bei der Fledermausart Pteropus giganteus gefunden. Diese Sequenz unterscheidet sich um mehr als 50 % (in den Nukleotiden) und mehr als 55 % (in den kodierten Aminosäuren) von allen vorgeschlagenen Mitgliedern der Spezies Pegivirus C, die von Primaten-Wirten stammen (Menschen, Schimpansen und mehrerer Arten von Neuweltaffen). Die Sequenz GU566734 (Isolat D/68) wurde als Typmitglied der Art zugewiesen, da dies das erste Pegivirus war, das für diese Art beschrieben wurde.[7]

Pegivirus C

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Isolate der Spezies Pegivirus C (veraltet GB-Virus C) sind monophyletisch und zeigen untereinander eine Divergenz zwischen ausgerichteten Sequenzen von weniger als 50 % (Nukleotid-Sequenz) bzw. 55 % (kodierte Aminosäure-Sequenz). Alle unterscheiden sich jedoch durch eine Abweichung von mehr als 50 % (Nukleotid-Sequenz) bzw. 55 % (Aminosäure-Sequenz) zu anderen Mitgliedern dieser Gattung. Typsequenz ist U44402 (Isolat PNF2161).[7]

Eine Variante ist die Subspezies GB-Virus Citro, die Schimpansen befällt;Gensequenz ist AF070476 (Isolat Citro).[7]

Weitere Spezies

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Durch den Einsatz von Deep-Sequencing-Technologien (deep sequencing technologies) konnten zusätzliche Spezies identifiziert werden, die sich von den Spezies Pegivirus B und C um mehr als 50 % in der Nukleotid- und mehr als 55 % in der Aminosäuresequenz unterscheiden. Die Gensequenzen wurden gefunden bei Säugetierwirten wie Nagetieren, Pferden, verschiedene Fledermausarten sowie bei Altweltaffen. Die Zahl der verschiedenen Pegivirus-Arten wurde so auf elf erweitert (Stand September 2019).[8][9]

Systematik

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Pegivirus-Vertreter werden herkömmlich nach ihren Wirtsspezies klassifiziert wie folgt:

  • HPgV bzw. HPgV-1 für das humane Pegivirus A (englisch „human“)
  • SPgV für die Neuweltaffen-Pegiviren („simian“)
  • SPgVcpz oder SPgV-ch für das Schimpansen-Affen-Virus („chimpanzee“)
  • …

Diese Benennung der Pegiviren nach ihren Wirten ist vom ICTV jedoch nicht anerkannt.

Mit Stand September 2019 umfasste die Gattung Pegivirus elf vom ICTV bestätigte Arten, Pegivirus A – K.[9][4][8] Diese Artbezeichnungen wurden inzwischen umbenannt zugunsten aassagekräfigerer Art-Epitheta. Mit Stand Mai 2024 setzt sich die Gattung wie folgt zusammen:[10][11]

  • Gattung Pegivirus (PgV)[9]
    • Spezies Pegivirus caballi (früher Pegivirus E, PgV-E) mit Equine pegivirus (EPgV, Equines Pegivirus), befällt Pferde
    • Spezies Pegivirus carolliae (früher Pegivirus F, PgV-F) mit Bat pegivirus F (BPgV-F), befällt Fledermäuse
    • Spezies Pegivirus columbiaense (früher Pegivirus H, PgV-H) mit Human hepegivirus alias Human pegivirus 2 (HHPgV, HPgV-2)
    • Spezies Pegivirus equi (früher Pegivirus D, PgV-D) mit Theiler’s disease associated virus (TDAV), befällt Pferde
    • Spezies Pegivirus hominis (früher Pegivirus C, PgV-C) mit
      • Human pegivirus genotype 2 (HPgV-2) alias GB-Virus C (GBV-C) oder Hepatitis-G-Virus mit Isolat PNF2161 (Exemplar/Referenz), R10291, 765 und PEI[12]
      • Human pegivirus genotype 1 (HPgV-1) mit Isolat EA und CG01BD
      • Human pegivirus genotype 3 (HPgV-3) mit Isolat K2141
      • Human pegivirus genotype 4 (HPgV-4) mit Isolat MY14
      • Human pegivirus genotype 5 (HPgV-5) mit Isolat D50
      • Human pegivirus genotype 6 (HPgV-6) mit Isolat G05BD
      • Simian pegivirus-chimpanzee (SPgV-ch, SPgVcpz), GB-Virus Citro (GBV-Citro), alias GB virus Ccpz, GB virus C variant troglodytes, befällt Schimpansen; Isolate Ctro
    • Spezies Pegivirus neotomae (früher Pegivirus J, PgV-J) mit Rodent pegivirus (RPbV), befällt Nagetiere
    • Spezies Pegivirus platyrrhini (früher Pegivirus A, PgV-A, ehem. Typusspezies) mit GB-Virus A alias Simian pegivirus (GBV-A, SPgV), befällt Neuweltaffen; Isolate A/T1053 und Alab
    • Spezies Pegivirus pteropi (früher Pegivirus B, PgV-B) mit GB-Virus D alias Bat Pegivirus B (GBV-D,BPgV-B), befällt Fledermäuse (englisch bats)
    • Spezies Pegivirus scotophili (früher Pegivirus G, PgV-G) mit Bat pegivirus G (BPgV-G), befällt Fledermäuse
    • Spezies Pegivirus sturnirae (früher Pegivirus I, PgV-I) mit Bat pegivirus I (BPgV-I), befällt Fledermäuse
    • Spezies Pegivirus suis (früher Pegivirus K, PgV-K) mit Porcine pegivirus (PPgV, Porcines Pegivirus), befällt Schweine
    • Spezies „Dolphin pegivirus“,[13] befällt Delfine: „DPgV“

Forschungsgeschichte

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  • 1995 wurden zwei neue Mitglieder der Familie Flaviviridae (GBV-A und GBV-B) in Tamarinen identifiziert, die nach Inokulation eine Hepatitis entwickelten. Eine Reihe von GBV-A-Varianten wurde später in wilden Neuweltaffen identifiziert, die man gefangen hatte.
  • Anschließend wurde im selben Jahr ein menschliches Virus identifiziert (GBV-C oder Hepatitis-G-Virus, HGV).
  • Ein entfernter verwandteres Virus (GBV-D) wurde später in einer Fledermaus (Pteropus giganteus, Indischer Riesenflughund) entdeckt.[14]

Ein anderes Virus – RodentPegivirus oder Nagetier-Pegivirus – wurde von der Weißkehl-Buschratte (Neotoma albigula, englisch throated woodrat) isoliert.[15]

Ein weiteres Pegivirus (Equines Pegivirus oder Pferde-Pegivirus) wurde zudem von einem Pferd isoliert.[16]

  • Im Jahr 2011 wurde für die bisherigen Vertreter die neue Gattung Pegivirus vorgeschlagen.[5] Dabei wurde GBV-B der Gattung Hepacivirus zugeordnet, während GBV-A zusammen mit GBV-C der neuen Gattung Pegivirus zugeordnet wurde.[4]
  • Das Humane Hepegivirus 1 (HHPgV1, alias Humanes Pegivirus 2, HPgV2) ist eine Virusart, die von zwei Hämophilen (Patienten mit Bluterkrankheit) nach mehrfacher Bluttransfusion und von zwei weiteren Patienten, ebenfalls nach Bluttransfusion, isoliert wurde. Dieses Virus scheint zu einer neuen Gruppe der Pegiviren zu gehören.[18]
  • Die menschlichen Pegiviren scheinen mit den Spezies verwandt zu sein, die nichtmenschliche Primatenarten befallen.[19]
  • Im Jahr 2016 wurde die Gattung Pegivirus in 11 Arten unterteilt – Pegivirus A – K, wobei GBV-C als Pegivirus C eingestuft wurde.[8]
  • Forscher beschrieben im Jahr 2019 das Human Pegivirus-1 als Ursache einer Form der menschlichen Enzephalitis (Leukoenzephalitis), die sowohl sexuell als auch von Mutter auf Kind (vertikal) übertragen wird.[20]

Einzelnachweise

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  1. ↑ a b c d ICTV: ICTV Taxonomy history: Yellow fever virus, EC 51, Berlin, Germany, July 2019; Email ratification March 2020 (MSL #35).
  2. ↑ ICTV Master Species List 2018b.v2. MSL #34, März 2019.
  3. ↑ Peter Simmonds, Paul Becher, Jens Bukh, Ernest A Gould, Gregor Meyers, Tom Monath, Scott Muerhoff, Alexander Pletnev, Rebecca Rico-Hesse, Donald B Smith, Jack T Stapleton, Consortium Ictv Report: ICTV Virus Taxonomy Profile: Flaviviridae. In: Journal of General Virology. 98. Jahrgang, Nr. 1, 2017, S. 2–3, doi:10.1099/jgv.0.000672, PMID 28218572, PMC 5370391 (freier Volltext).
  4. ↑ a b c ICTV Report Flaviviridae.
  5. ↑ a b J. T Stapleton, S Foung, A. S Muerhoff, J Bukh, P Simmonds: The GB viruses: A review and proposed classification of GBV-A, GBV-C (HGV), and GBV-D in genus Pegivirus within the family Flaviviridae. In: Journal of General Virology. 92. Jahrgang, Nr. 2, 2010, S. 233–46, doi:10.1099/vir.0.027490-0, PMID 21084497, PMC 3081076 (freier Volltext).
  6. ↑ M. J Adams, E. J Lefkowitz, A. M. Q King, E. B Carstens: Recently agreed changes to the International Code of Virus Classification and Nomenclature. In: Archives of Virology. 158. Jahrgang, Nr. 12, 2013, S. 2633–9, doi:10.1007/s00705-013-1749-9, PMID 23836393.
  7. ↑ a b c d ICTV: Genus: Pegivirus (Memento des Originals vom 29. Oktober 2020 im Internet Archive)  Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/talk.ictvonline.org, 10th Report of the ICTV, Revision vom 19. Februar 2019.
  8. ↑ a b c Donald B Smith, Paul Becher, Jens Bukh, Ernest A Gould, Gregor Meyers, Thomas Monath, A. Scott Muerhoff, Alexander Pletnev, Rebecca Rico-Hesse, Jack T Stapleton, Peter Simmonds: Proposed update to the taxonomy of the genera Hepacivirus and Pegivirus within the family Flaviviridae. In: Journal of General Virology. 97. Jahrgang, Nr. 11, 2016, S. 2894–2907, doi:10.1099/jgv.0.000612, PMID 27692039, PMC 5770844 (freier Volltext).
  9. ↑ a b c ICTV: Positive-sense RNA Viruses: Flaviviridae, Genus: Pegivirus (Memento des Originals vom 29. Oktober 2020 im Internet Archive)  Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/talk.ictvonline.org, 2019.
  10. ↑ ICTV: Taxonomy Browser.
  11. ↑ ICTV: Virus Metadata Resource (VMR).
  12. ↑ NCBI Nucleotide: Hepatitis G virus isolate PEI,….
  13. ↑ NCBI: Dolphin pegivirus (species)
  14. ↑ Jonathan H Epstein, Phenix-Lan Quan, Thomas Briese, Craig Street, Omar Jabado, Sean Conlan, Shahneaz Ali Khan, Dawn Verdugo, M. Jahangir Hossain, Stephen K Hutchison, Michael Egholm, Stephen P Luby, Peter Daszak, W. Ian Lipkin: Identification of GBV-D, a Novel GB-like Flavivirus from Old World Frugivorous Bats (Pteropus giganteus) in Bangladesh. In: PLoS Pathogens. 6. Jahrgang, Nr. 7, 2010, S. e1000972, doi:10.1371/journal.ppat.1000972, PMID 20617167, PMC 2895649 (freier Volltext).
  15. ↑ A Kapoor, P Simmonds, T. K. H Scheel, B Hjelle, J. M Cullen, P. D Burbelo, L. V Chauhan, R Duraisamy, M Sanchez Leon, K Jain, K. J Vandegrift, C. H Calisher, C. M Rice, W. I Lipkin: Identification of Rodent Homologs of Hepatitis C Virus and Pegiviruses. In: mBio. 4. Jahrgang, Nr. 2, 2013, S. e00216–13, doi:10.1128/mBio.00216-13, PMID 23572554, PMC 3622934 (freier Volltext).
  16. ↑ A Kapoor, P Simmonds, J. M Cullen, T. K. H Scheel, J. L Medina, F Giannitti, E Nishiuchi, K. V Brock, P. D Burbelo, C. M Rice, W. I Lipkin: Identification of a Pegivirus (GB Virus-Like Virus) That Infects Horses. In: Journal of Virology. 87. Jahrgang, Nr. 12, 2013, S. 7185–90, doi:10.1128/JVI.00324-13, PMID 23596285, PMC 3676142 (freier Volltext).
  17. ↑ S Chandriani, P Skewes-Cox, W Zhong, D. E Ganem, T. J Divers, A. J Van Blaricum, B. C Tennant, A. L Kistler: Identification of a previously undescribed divergent virus from the Flaviviridae in an outbreak of equine serum hepatitis. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. 110. Jahrgang, Nr. 15, 2013, S. E1407–15, doi:10.1073/pnas.1219217110, PMID 23509292, PMC 3625295 (freier Volltext), bibcode:2013PNAS..110E1407C.
  18. ↑ Amit Kapoor, Arvind Kumar, Peter Simmonds, Nishit Bhuva, Lokendra Singh Chauhan, Bohyun Lee, Amadou Alpha Sall, Zhezhen Jin, Stephen S Morse, Beth Shaz, Peter D Burbelo, W. Ian Lipkin: Virome Analysis of Transfusion Recipients Reveals a Novel Human Virus That Shares Genomic Features with Hepaciviruses and Pegiviruses. In: mBio. 6. Jahrgang, Nr. 5, 2015, S. e01466–15, doi:10.1128/mBio.01466-15, PMID 26396247, PMC 4600124 (freier Volltext).
  19. ↑ Julien Thézé, Sophia Lowes, Joe Parker, Oliver G Pybus: Evolutionary and Phylogenetic Analysis of the Hepaciviruses and Pegiviruses. In: Genome Biology and Evolution. 7. Jahrgang, Nr. 11, 2015, S. 2996–3008, doi:10.1093/gbe/evv202, PMID 26494702, PMC 5635594 (freier Volltext).
  20. ↑ Ross Neitz: Scientists discover a hidden cause of encephalitis. Auf: Medical Express vom 22. Februar 2019.
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