Die Finale des UEFA Intertoto Cups 1999 wurden von HSC Montpellier, Juventus Turin und West Ham United gewonnen. Diese Mannschaften qualifizierten sich damit für den UEFA-Pokal 1999/2000.
1. Runde
Bearbeiten| Gesamt | Hinspiel | Rückspiel | ||
|---|---|---|---|---|
Herfølge BK 
|
0:4 |  MŠK Žilina
|
0:2 | 0:2 |
FCM Bacău 
|
0:2 |  FC Ararat Jerewan
|
0:1 | 0:1 |
Lakamatyu-96 Wizebsk .svg){kind=small}
|
3:4 |  NK Varteks Varaždin
|
1:2 | 2:2 |
US Luxemburg 
|
1:7 |  Vasas Budapest
|
1:3 | 0:4 |
| NK Hrvatski dragovoljac
|
1:2 |  Newry City
|
1:0 | 0:2 |
Maccabi Haifa 
|
2:2(a) |  FK Qarabağ Ağdam
|
1:2 | 1:0 |
FK Cementarnica 55 Skopje 
|
8:2 | .svg){kind=small} FC Kolcheti 1913 Poti
|
4:2 | 4:0 |
Spartak Warna 
|
1:8 |  VV St. Truiden
|
1:2 | 0:6 |
Polonia Warschau 
|
4:0 |  Tiligul Tiraspol
|
4:0 | 0:0 |
NK Jedinstvo Bihać 
|
3:1 |  GÍ Gøta
|
3:0 | 0:1 |
ÍA Akranes 
|
6:3 |  KS Teuta Durrës
|
5:1 | 1:2 |
Vålerenga Oslo 
|
1:2 |  FK Ventspils
|
1:0 | 0:2 |
NK Rudar Velenje 
|
(a)2:2 |  Halmstads BK
|
0:0 | 2:2 |
FC Jokerit Helsinki 
|
7:1 |  JK Trans Narva
|
3:0 | 4:1 |
Aberystwyth Town 
|
3:4 |  FC Floriana
|
2:2 | 1:2 |
| FK Pobeda Prilep
|
4:4 (4:3 i. E.) |
FK Ozeta Dukla Trenčín
|
3:1 | 1:3 n. V. |
| NK Korotan Prevalje
|
0:6 |  FC Basel
|
0:0 | 0:6 |
Shelbourne F.C. 
|
0:2 | Neuchâtel Xamax
|
0:0 | 0:2 |
| Ceahlăul Piatra Neamț
|
2:0 | .svg){kind=small} Ekranas Panevėžys
|
1:0 | 1:0 |
SK Hradec Králové 
|
1:1 (1:3 i. E.) |
FK Homel
|
1:0 | 0:1 n. V. |
2. Runde
Bearbeiten| Gesamt | Hinspiel | Rückspiel | ||
|---|---|---|---|---|
| FK Cementarnica 55 Skopje
|
2:3 |  Rostselmasch Rostow
|
1:1 | 1:2 |
| Brann Bergen
|
3:3 (4:5 i. E.) |
NK Varteks Varaždin
|
3:0 | 0:3 n. V. |
| FK Qarabağ Ağdam
|
0:9 |  HSC Montpellier
|
0:3 | 0:6 |
| FC Ararat Jerewan
|
1:5 | VV St. Truiden
|
0:2 | 1:3 |
| Neuchâtel Xamax
|
0:3 | Vasas Budapest
|
0:2 | 0:1 |
| FK Ventspils
|
1:3 |  Kocaelispor
|
1:1 | 0:2 |
AC Perugia 
|
1:0 | FK Pobeda Prilep
|
1:0 | 0:0 |
| SC Lokeren
|
6:2 | ÍA Akranes
|
3:1 | 3:1 |
| MŠK Žilina
|
2:4 | FC Metz
|
2:1 | 0:3 |
| FC Kopenhagen
|
1:4 | Polonia Warschau
|
0:3 | 1:1 |
MSV Duisburg 
|
2:1 | Newry City
|
2:0 | 0:1 |
| NK Rudar Velenje
|
2:4 |  SC Austria Lustenau
|
1:2 | 1:2 |
| FC Jokerit Helsinki
|
3:2 | FC Floriana
|
2:1 | 1:1 |
| Ceahlăul Piatra Neamț
|
5:2 | NK Jedinstvo Bihać
|
2:1 | 3:1 |
| FC Basel
|
4:2 | FC Boby Brünn
|
0:0 | 4:2 |
| Hammarby IF
|
6:2 | FK Homel
|
4:0 | 2:2 |
3. Runde
Bearbeiten| Gesamt | Hinspiel | Rückspiel | ||
|---|---|---|---|---|
| Trabzonspor
|
4:2 | AC Perugia
|
1:2 | 3:0 1 |
SC Heerenveen 
|
4:0 | Hammarby IF
|
2:0 | 2:0 |
West Ham United 
|
2:1 | FC Jokerit Helsinki
|
1:0 | 1:1 |
| SC Austria Lustenau
|
2:2(a) | Stade Rennes
|
2:1 | 0:1 |
| VV St. Truiden
|
2:3 | FK Austria Wien
|
0:2 | 2:1 |
| NK Varteks Varaždin
|
2:2(a) | Rostselmasch Rostow
|
1:2 | 1:0 |
| Kocaelispor
|
0:3 | MSV Duisburg
|
0:3 | 0:0 |
| SC Lokeren
|
2:2(a) | FC Metz
|
1:2 | 1:0 |
| Polonia Warschau
|
4:1 | Vasas Budapest
|
2:0 | 2:1 |
Espanyol Barcelona 
|
1:4 | HSC Montpellier
|
0:2 | 1:2 |
| Ceahlăul Piatra Neamț
|
1:1(a) | Juventus Turin
|
1:1 | 0:0 |
| Hamburger SV
|
(a)3:3 | FC Basel
|
0:1 | 3:2 |
1
Das Rückspiel wurde beim Stande von 3:1 i. V. für Trabzonspor abgebrochen, da der Linienrichter von einem Gegenstand getroffen wurde. Das Spiel wurde mit 3:0 für Trabzonspor gewertet.
Halbfinale
Bearbeiten| Gesamt | Hinspiel | Rückspiel | ||
|---|---|---|---|---|
| West Ham United
|
2:0 | SC Heerenveen
|
1:0 | 1:0 |
| Stade Rennes
|
4:2 | FK Austria Wien
|
2:0 | 2:2 |
| MSV Duisburg
|
1:4 | HSC Montpellier
|
1:1 | 0:3 |
| FC Metz
|
6:2 | Polonia Warschau
|
5:1 | 1:1 |
| Rostselmasch Rostow
|
1:9 | Juventus Turin
|
0:4 | 1:5 |
| Trabzonspor
|
3:6 | Hamburger SV
|
2:2 | 1:4 |
Finale
Bearbeiten| Gesamt | Hinspiel | Rückspiel | ||
|---|---|---|---|---|
| HSC Montpellier
|
2:2 (3:0 i. E.) |
Hamburger SV
|
1:1 | 1:1 n. V. |
| Juventus Turin
|
4:2 | Stade Rennes
|
2:0 | 2:2 |
| West Ham United
|
3:2 | FC Metz
|
0:1 | 3:1 |